Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015414.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15435, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 50751
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Found at i:92 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 58--152 Score: 129
Period size: 29 Copynumber: 3.2 Consensus size: 29
48 CATTTAGGCC
58 CAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACT
1 CAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACT
* * *
87 CAATTTAAG-CAAGTTTAGAAAGGTTTAGACC
1 CAATTT-GGTCATGTTT--AAAGGTTTAGACT
118 CAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACT
1 CAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACT
147 CAATTT
1 CAATTT
153 AAGCAAATTT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 8
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
29 30 0.54
30 2 0.04
31 24 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
CAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACT
Found at i:112 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 74--181 Score: 132
Period size: 31 Copynumber: 3.5 Consensus size: 31
64 GGTCATGTTT
*
74 AAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAGTTTAG
1 AAAGGTTTAGACCCAATTTAAGCAAGTTTAG
* *
105 AAAGGTTTAGACCCAATTT-GGTCATGTTT--
1 AAAGGTTTAGACCCAATTTAAG-CAAGTTTAG
* *
134 AAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAATTTAG
1 AAAGGTTTAGACCCAATTTAAGCAAGTTTAG
*
165 AAAGATTTAGACCCAAT
1 AAAGGTTTAGACCCAAT
182 GGATATTAAT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 8
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 23 0.36
30 2 0.03
31 39 0.61
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
AAAGGTTTAGACCCAATTTAAGCAAGTTTAG
Found at i:120 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 49--181 Score: 239
Period size: 60 Copynumber: 2.2 Consensus size: 60
39 ATTTGCTAAC
* *
49 ATTTAGGCCCAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAGTTTAGAAAG
1 ATTTAGACCCAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAATTTAGAAAG
*
109 GTTTAGACCCAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAATTTAGAAAG
1 ATTTAGACCCAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAATTTAGAAAG
169 ATTTAGACCCAAT
1 ATTTAGACCCAAT
182 GGATATTAAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 69 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
ATTTAGACCCAATTTGGTCATGTTTAAAGGTTTAGACTCAATTTAAGCAAATTTAGAAAG
Found at i:1116 original size:110 final size:109
Alignment explanation
Indices: 973--1183 Score: 341
Period size: 110 Copynumber: 1.9 Consensus size: 109
963 GATTGGCTCA
* * **
973 CGCTGGCGCGTCGAGTATTCTTGATCTGCGGCTAGCAAATCATTTTAGTTTTAAAGTTTTTTTTT
1 CGCTGGCGCGTCGAGCATTCTTGATCTGCGGCTAGCAAATCATTTTAGTTGTAAAG-TTTCATTT
1038 TCTCTCGGTTCTTATCATATATGTGAGTGGGTGGTTATCGGCTTG
65 TCTCTCGGTTCTTATCATATATGTGAGTGGGTGGTTATCGGCTTG
* *
1083 CGCTGGCGCGTCGAGCATTCTTGATGTGTGGCTAGCAAATCATTTTAGTTGTAAAGTTTCATTTT
1 CGCTGGCGCGTCGAGCATTCTTGATCTGCGGCTAGCAAATCATTTTAGTTGTAAAGTTTCATTTT
* *
1148 CTCTCGGTTCTTATCATATGTGTGAGTTGGTGGTTA
66 CTCTCGGTTCTTATCATATATGTGAGTGGGTGGTTA
1184 GCAAATTCGA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 8, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
109 41 0.44
110 52 0.56
ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.25, T:0.42
Consensus pattern (109 bp):
CGCTGGCGCGTCGAGCATTCTTGATCTGCGGCTAGCAAATCATTTTAGTTGTAAAGTTTCATTTT
CTCTCGGTTCTTATCATATATGTGAGTGGGTGGTTATCGGCTTG
Found at i:1474 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1396--1479 Score: 96
Period size: 35 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
1386 ACCATCATTT
* * * *
1396 CATGAATTTATAAGACTATAATCATTCTTTTTTAA
1 CATGAAATGATAAGACTATAATCATTCTATTTGAA
* **
1431 AAAAAAATGATAAGACTATAATCATTCTATTTGAA
1 CATGAAATGATAAGACTATAATCATTCTATTTGAA
1466 CATGAAATGTATAA
1 CATGAAATG-ATAA
1480 TAATGTATTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 10, Indels: 1
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 34 0.89
36 4 0.11
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
CATGAAATGATAAGACTATAATCATTCTATTTGAA
Found at i:5384 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 5370--5407 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
5360 ATTCATAACA
5370 AATTTATAATT
1 AATTTATAATT
5381 AATTTATAATT
1 AATTTATAATT
5392 -ATTTGATAATT
1 AATTT-ATAATT
*
5403 TATTT
1 AATTT
5408 TATATAGGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 3
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.16
11 17 0.68
12 4 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.03, T:0.58
Consensus pattern (11 bp):
AATTTATAATT
Found at i:8250 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 8239--8266 Score: 56
Period size: 6 Copynumber: 4.7 Consensus size: 6
8229 TTGTTGGGCG
8239 AAGAGA AAGAGA AAGAGA AAGAGA AAGA
1 AAGAGA AAGAGA AAGAGA AAGAGA AAGA
8267 AAACAGAGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 22 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.32, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
AAGAGA
Found at i:11511 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 11420--11562 Score: 268
Period size: 70 Copynumber: 2.0 Consensus size: 70
11410 TCAACTCTAT
* *
11420 AACCCGTTTGTGGAATTCAAAATTTACACCGCCGGTGTATCAAATAATTACCCTTAAATAAAATC
1 AACCCGCTTGTGGAATCCAAAATTTACACCGCCGGTGTATCAAATAATTACCCTTAAATAAAATC
11485 AGTAA
66 AGTAA
11490 AACCCGCTTGTGGAATCCAAAATTTACACCGCCGGTGTATCAAATAATTACCCTTAAATAAAATC
1 AACCCGCTTGTGGAATCCAAAATTTACACCGCCGGTGTATCAAATAATTACCCTTAAATAAAATC
11555 AGTAA
66 AGTAA
11560 AAC
1 AAC
11563 GCTTAATTCA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
70 71 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.22, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (70 bp):
AACCCGCTTGTGGAATCCAAAATTTACACCGCCGGTGTATCAAATAATTACCCTTAAATAAAATC
AGTAA
Found at i:11588 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11543--12042 Score: 413
Period size: 36 Copynumber: 14.1 Consensus size: 35
11533 ATAATTACCC
* *
11543 TTAAATAAAATCAGTAAAACGCTTAATTCAGTGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAAAA-GCTTAATTCAGGGTAA
* *
11579 TTAAGTAAAATCAGTAAAGGGTTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAAA-AGCTTAATTCAGGGTAA
*
11615 TTAAGTAAAATCAGTAAAGGGCTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAAA-AGCTTAATTCAGGGTAA
* * *
11651 TTAAGTAGAGTCAGTTAGTAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAG-TA-AAAGCTTAATTCAGGGTAA
* *
11687 TTACGTAAAGTCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAAAAG-CTTAATTCAGGGTAA
* * *
11723 TTAAGTAGAGTCAGTTAGTAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAG-TA-AAAGCTTAATTCAGGGTAA
*
11759 TTAAGTAAAGTCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAAAAG-CTTAATTCAGGGTAA
* *
11795 TTAAGTAGAATCAGTTAGCAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAG-TA-AAAGCTTAATTCAGGGTAA
11831 TTAAGT-AAATCAGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAA-AAG---CTTAATTCAGGGTAA
11869 TTAAGT--AAT---T--AA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAAAAGCTTAATTCAGGGTAA
* * * *
11896 TTAAGTAGAGTCAATTAGCAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATC-AGTA-AAAGCTTAATTCAGGGTAA
* * *
11932 TTAAGTAGAGTCAGTTAGTAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAG-TA-AAAGCTTAATTCAGGGTAA
* * *
11968 CTAAGTAAAGTCAATAAGCAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAA--AAGCTTAATTCAGGGTAA
* * *
12004 TTAAGT-TATTCAATAACCAA-CTTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTAAAATCAGTAA--AAGCTTAATTCAGGGTAA
12039 TTAA
1 TTAA
12043 TTAACTTAAT
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 33, Indels: 57
0.82 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 21 0.05
29 2 0.00
31 2 0.00
33 1 0.00
34 9 0.02
35 43 0.11
36 290 0.72
37 9 0.02
38 26 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
TTAAGTAAAATCAGTAAAAGCTTAATTCAGGGTAA
Found at i:11665 original size:72 final size:72
Alignment explanation
Indices: 11601--12042 Score: 563
Period size: 72 Copynumber: 6.2 Consensus size: 72
11591 AGTAAAGGGT
* **
11601 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAAGGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAGT
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAGT
11666 TAGTAAC
66 TAGTAAC
*
11673 TTAATTCAGGGTAATTACGTAAAGTCAGTAAA-AGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAGA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
11737 TTAGTAAC
65 TTAGTAAC
*
11745 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAA-AGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAATCAG
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAGA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
*
11809 TTAGCAAC
65 TTAGTAAC
11817 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-TCAGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT--A---
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGT-A-AAG-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTC
11876 A--T--TAAC
63 AGTTAGTAAC
* * *
11882 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAAT-TAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAG-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
11946 TTAGTAAC
65 TTAGTAAC
* * * * *
11954 TTAATTCAGGGTAACTAAGTAAAGTCAAT-AAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-TATTCAA
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAG-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
* **
12017 TAACCAAC
65 TTAGTAAC
12025 TTAATTCAGGGTAATTAA
1 TTAATTCAGGGTAATTAA
12043 TTAACTTAAT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 21, Indels: 31
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
63 26 0.08
65 26 0.08
66 4 0.01
67 1 0.00
68 1 0.00
69 1 0.00
70 1 0.00
71 31 0.09
72 218 0.65
73 2 0.01
74 22 0.07
75 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (72 bp):
TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAGT
TAGTAAC
Found at i:11680 original size:108 final size:107
Alignment explanation
Indices: 11564--12042 Score: 498
Period size: 108 Copynumber: 4.5 Consensus size: 107
11554 CAGTAAAACG
* ***
11564 CTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAAATCAGTAAAG-GGTTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGT-AAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCA
** *
11628 GTAAAG-GGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAGTTAGTAA
65 GT-AAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAG-TAGTAA
* * * * *
11672 CTTAATTCAGGGTAATTACGTAAAGTCAGTAA-AAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAGCA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCA
* **
11736 GTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAAAAGA
65 GTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAGTA-A
* *
11780 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAATCAGTTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAG
*
11844 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT--A---A-T--TAA
66 ---TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAGTAA
* * * * * *
11881 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAG
* * * *
11946 TTAGTAACTTAATTCAGGGTAACTAAGTAAAGTCAATAAGCAA
66 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGT-AGTAA
* * * *
11989 CTTAATTCAGGGTAATTAAGT-TATTCAATAACCAACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAA
12043 TTAACTTAAT
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 36, Indels: 37
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
99 25 0.08
101 57 0.18
102 6 0.02
104 2 0.01
105 2 0.01
107 41 0.13
108 157 0.50
109 1 0.00
110 26 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (107 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAG
TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTAGTAA
Found at i:11958 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11707--12209 Score: 639
Period size: 173 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
11697 TCAGTAAAAG
* *
11707 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCA
* *
11772 GTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAATCAGTTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
65 GTAATA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
11837 AAATCAGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTA
128 AAATCAGTAATAA-CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTA
11880 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AGTCA
* * *
11945 GTTAGTAACTTAATTCAGGGTAACTAAGTAAAGTCAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
65 G-TAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-TCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* *
12010 TATTC---AATAACCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAATTA
128 AAATCAGTAATAA-CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTA
* * * * *
12046 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGCA-AGTCAGTAATAAGCAACTCAATTCAGGGCAATTAAGTAATT
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTC---AATTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
* * * * *
12110 AAGTAATCAACTTAATTCAAGGTATTTAAGTAAATCAGTAATCAACTTATTTCAGGGTAATTAAG
63 CAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
12175 CAAGTCAGTAAT--CAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
127 TAAATCAGTAATAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
12210 CAAGTCAGTA
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 26, Indels: 31
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.01
166 80 0.28
167 28 0.10
168 28 0.10
169 4 0.01
170 23 0.08
172 3 0.01
173 117 0.40
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (169 bp):
ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATTAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
TAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
TCAGTAATAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTA
Found at i:12049 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 12022--12065 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
12012 TTCAATAACC
12022 AACTTAATTCAGGGTAATTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAATT
12045 AACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAA
12066 GCAAGTCAGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAATT
Found at i:12128 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 12040--12306 Score: 275
Period size: 35 Copynumber: 7.8 Consensus size: 35
12030 TCAGGGTAAT
*
12040 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
* * * * *
12075 TAATAAGCAACTCAATTCAGGGCAATTAAGTAATTAAG
1 TAAT---CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
* * * *
12113 TAATCAACTTAATTCAAGGTATTTAAGTAAATCAG
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
*
12148 TAATCAACTTATTTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
12183 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
12218 TAAAT-AACTTAATTCAGGGTAATT----AAGT-A-
1 T-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
* * * *
12247 -AGT-AACTTAATTCAGGGTAGTTGAGTAAGTCAG
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
*
12280 TAAACAGA-TTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAATCA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAG
12307 GCAATTAAGT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 24, Indels: 26
0.80 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.10
30 1 0.01
31 8 0.04
32 1 0.01
34 1 0.01
35 131 0.67
36 4 0.02
38 29 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAG
Found at i:12275 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 12216--12276 Score: 95
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
12206 TAAGCAAGTC
*
12216 AGTAAATAACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
* *
12243 AGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTG
1 AGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
12270 AGTAAGT
1 AGTAAGT
12277 CAGTAAACAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 31 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
AGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
Found at i:12278 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 12188--12306 Score: 186
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
12178 GTCAGTAATC
*
12188 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAAATA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAAACAGA-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
* * *
12250 AACTTAATTCAGGGTAGTTGAGTAAGTCAGTAAACAGATTAATTCAGGGTAATTAAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAAACAGATTAATTCAGGGTAATTAAG
12307 GCAATTAAGT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 51 0.98
63 1 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (62 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAAACAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
Found at i:20675 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20631--20709 Score: 108
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
20621 AAAATTAAAC
* *
20631 ATGCAAACAAGGAAATTAAAT-CTAAGATGCAA-TCCTAAT
1 ATGCAAACAAGAAAATAAAATACTAA-ATGCAATTCCTAAT
20670 ATGCAAACAAGAAAATAAAATAACTAAATGCAATTCCTAA
1 ATGCAAACAAGAAAATAAAAT-ACTAAATGCAATTCCTAA
20710 GATAGAAATC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
39 19 0.54
40 6 0.17
41 10 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.15, G:0.10, T:0.22
Consensus pattern (40 bp):
ATGCAAACAAGAAAATAAAATACTAAATGCAATTCCTAAT
Found at i:21260 original size:507 final size:502
Alignment explanation
Indices: 20039--21057 Score: 1824
Period size: 507 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
20029 TCAACAATGA
* * *
20039 AAGAAAGAAATAGCAATATTTCATCAAAGTTCATGAAAGGGAGAAATCAATTAAATTAAGAAAAA
1 AAGAAAGAAATAGCAATATTTCA-CAAAGATCAGGAAAGGGAGAAATCAA-TAAATCAAGAAAAA
* *
20104 CTACGAAACTAAAATTAAACATGCAAACAAGGAAATTAAATCTAAGATGCAATCCTAATATGCAA
64 CGAAGAAACTAAAATTAAACATGCAAACAAGGAAATTAAATCTAAGA-GC-ATCCTAATATGCAA
*
20169 ACAAGAAAATAAAATAACTAAATGCAATTCCTAAGATAGAAATCAATCAATTCTTCTCATGTCCA
127 ACAAGAAAAT-AAATAACTAAATGCAATTCCTAAGATAGAAATCAATCAATTCTTATCATGTCCA
*
20234 TGAACAAAATCGGAAATCATCTTGAGTACTTTCTCTTCAAACTCTTGATTTTGAACATCCAACAA
191 TGAACAAAATCGGAAATCATCTTGAGTACTTTATCTTCAAACTCTTGATTTTGAACATCCAACAA
20299 ATCCTCCTTAATCATCCTCATGTGAACATCAAGTTCCCTCCAATGCGAAATCCTTTGATCAAAAG
256 ATCCTCCTTAATCATCCTCATGTGAACATCAAGTTCCCTCCAATGCGAAATCCTTTGATCAAAAG
20364 ATATCATTCAAGTTCCTCTTTTCTCCTCCAAATTTATCAAAGTTGAAAAGAATTCCTTGATTCTT
321 ATATCATTCAAGTTCCTCTTTTCTCCTCCAAATTTATCAAAGTTGAAAAGAATTCCTTGATTCTT
20429 AAGTCCAAGTAATCTAATCAAAGTAACTTGTTTGGTGCTATATTGATAAGGTTATGAGGTAATTG
386 AAGTCCAAGTAATCTAATCAAAGTAACTTGTTTGGTGCTATATTGATAAGGTTATGAGGTAATTG
20494 GGTAGAATAAGGATAAGAAAGTATTTAGGATGTCTTTTGGGTGAGAAAATTC
451 GGTAGAATAAGGATAAGAAAGTATTTAGGATGTCTTTTGGGTGAGAAAATTC
* * *
20546 AAGAAAGAAATAGCAATATTTCATCAAAGTTCATGAAAGGGAGAAATCAATTAAATTAAGAAAAA
1 AAGAAAGAAATAGCAATATTTCA-CAAAGATCAGGAAAGGGAGAAATCAA-TAAATCAAGAAAAA
*
20611 CTAAGAAACTAAAATTAAACATGCAAACAAGGAAATTAAATCTAAGATGCAATCCTAATATGCAA
64 CGAAGAAACTAAAATTAAACATGCAAACAAGGAAATTAAATCTAAGA-GC-ATCCTAATATGCAA
*
20676 ACAAGAAAATAAAATAACTAAATGCAATTCCTAAGATAGAAATCAATCAATTCTTCTCATGTCCA
127 ACAAGAAAAT-AAATAACTAAATGCAATTCCTAAGATAGAAATCAATCAATTCTTATCATGTCCA
20741 TGAACAAAATCGGAAATCATCTTGAGTACTTTATCTTCAAACTCTTGATTTTGAACATCCAACAA
191 TGAACAAAATCGGAAATCATCTTGAGTACTTTATCTTCAAACTCTTGATTTTGAACATCCAACAA
20806 ATCCTCCTTAATCATCCTCATGTGAACATCAAGTTCCCTCCAATGCGAAATCCTTTGATCAAAAG
256 ATCCTCCTTAATCATCCTCATGTGAACATCAAGTTCCCTCCAATGCGAAATCCTTTGATCAAAAG
20871 ATATCATTCAAGTTCCTCTTTTCTCCTCCAAATTTATC-AAGTTGAAAAGAATTCCTTGATTCTT
321 ATATCATTCAAGTTCCTCTTTTCTCCTCCAAATTTATCAAAGTTGAAAAGAATTCCTTGATTCTT
20935 AAGTCCAAGTAATCTAATCAAAGTAACTTGTTTGGTGCTATATTGATAAGGTTATGAGGTAATTG
386 AAGTCCAAGTAATCTAATCAAAGTAACTTGTTTGGTGCTATATTGATAAGGTTATGAGGTAATTG
*
21000 GGTAGAATAAGGATAAGAAAGTATTTAGGATGTGTTTTGGGTGAGAAAATTC
451 GGTAGAATAAGGATAAGAAAGTATTTAGGATGTCTTTTGGGTGAGAAAATTC
21052 AAGAAA
1 AAGAAA
21058 AAGTGGCTGA
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 3, Indels: 1
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
506 148 0.29
507 361 0.71
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (502 bp):
AAGAAAGAAATAGCAATATTTCACAAAGATCAGGAAAGGGAGAAATCAATAAATCAAGAAAAACG
AAGAAACTAAAATTAAACATGCAAACAAGGAAATTAAATCTAAGAGCATCCTAATATGCAAACAA
GAAAATAAATAACTAAATGCAATTCCTAAGATAGAAATCAATCAATTCTTATCATGTCCATGAAC
AAAATCGGAAATCATCTTGAGTACTTTATCTTCAAACTCTTGATTTTGAACATCCAACAAATCCT
CCTTAATCATCCTCATGTGAACATCAAGTTCCCTCCAATGCGAAATCCTTTGATCAAAAGATATC
ATTCAAGTTCCTCTTTTCTCCTCCAAATTTATCAAAGTTGAAAAGAATTCCTTGATTCTTAAGTC
CAAGTAATCTAATCAAAGTAACTTGTTTGGTGCTATATTGATAAGGTTATGAGGTAATTGGGTAG
AATAAGGATAAGAAAGTATTTAGGATGTCTTTTGGGTGAGAAAATTC
Found at i:21696 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 21658--21697 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
21648 ACTTCCAACA
* *
21658 CAATTAATTTCTTCAAAAAT
1 CAATGAATTTCATCAAAAAT
*
21678 CAATGAATTTCATCCAAAAT
1 CAATGAATTTCATCAAAAAT
21698 TGGTCTCTTG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.17, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
CAATGAATTTCATCAAAAAT
Found at i:22801 original size:208 final size:208
Alignment explanation
Indices: 22443--22861 Score: 838
Period size: 208 Copynumber: 2.0 Consensus size: 208
22433 TTTCTTATCC
22443 AAATTGGGTCACTTGAGCATCAAGAATTTGCAAAAATCACTCTTTTGTCATCCTTAATTATTGAG
1 AAATTGGGTCACTTGAGCATCAAGAATTTGCAAAAATCACTCTTTTGTCATCCTTAATTATTGAG
22508 ATATCATTGATTTCTTTCTAATCCAAAGGAATTATATGCAAATGTAACTAAACTAAATGCAAAAT
66 ATATCATTGATTTCTTTCTAATCCAAAGGAATTATATGCAAATGTAACTAAACTAAATGCAAAAT
22573 ACTAAATTTCAAGCAAAATAACATGCTAATCAAAAATCAATTTAATCAAACAAGCTAACAATTAA
131 ACTAAATTTCAAGCAAAATAACATGCTAATCAAAAATCAATTTAATCAAACAAGCTAACAATTAA
22638 GCAATCAAGCAAG
196 GCAATCAAGCAAG
22651 AAATTGGGTCACTTGAGCATCAAGAATTTGCAAAAATCACTCTTTTGTCATCCTTAATTATTGAG
1 AAATTGGGTCACTTGAGCATCAAGAATTTGCAAAAATCACTCTTTTGTCATCCTTAATTATTGAG
22716 ATATCATTGATTTCTTTCTAATCCAAAGGAATTATATGCAAATGTAACTAAACTAAATGCAAAAT
66 ATATCATTGATTTCTTTCTAATCCAAAGGAATTATATGCAAATGTAACTAAACTAAATGCAAAAT
22781 ACTAAATTTCAAGCAAAATAACATGCTAATCAAAAATCAATTTAATCAAACAAGCTAACAATTAA
131 ACTAAATTTCAAGCAAAATAACATGCTAATCAAAAATCAATTTAATCAAACAAGCTAACAATTAA
22846 GCAATCAAGCAAG
196 GCAATCAAGCAAG
22859 AAA
1 AAA
22862 AAATTGCAAT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
208 211 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (208 bp):
AAATTGGGTCACTTGAGCATCAAGAATTTGCAAAAATCACTCTTTTGTCATCCTTAATTATTGAG
ATATCATTGATTTCTTTCTAATCCAAAGGAATTATATGCAAATGTAACTAAACTAAATGCAAAAT
ACTAAATTTCAAGCAAAATAACATGCTAATCAAAAATCAATTTAATCAAACAAGCTAACAATTAA
GCAATCAAGCAAG
Found at i:27166 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 27029--27184 Score: 285
Period size: 82 Copynumber: 1.9 Consensus size: 82
27019 CCATTAAGTT
*
27029 CAAATTGCTGCAATAAATAGATGCTTGGTCTTCAAGAATATTCCTTTGGGCTTTAGCTAAGGTTG
1 CAAATTGCTGCAATAAATAGATGCTTGGTCTTCAAGAATATTCCTTTAGGCTTTAGCTAAGGTTG
27094 AAGGCTTCCGTGTAGTG
66 AAGGCTTCCGTGTAGTG
* *
27111 CAAATTGCTGCCATTAATAGATGCTTGGTCTTCAAGAATATTCCTTTAGGCTTTAGCTAAGGTTG
1 CAAATTGCTGCAATAAATAGATGCTTGGTCTTCAAGAATATTCCTTTAGGCTTTAGCTAAGGTTG
27176 AAGGCTTCC
66 AAGGCTTCC
27185 ATGTTGATAG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
82 71 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (82 bp):
CAAATTGCTGCAATAAATAGATGCTTGGTCTTCAAGAATATTCCTTTAGGCTTTAGCTAAGGTTG
AAGGCTTCCGTGTAGTG
Found at i:27662 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 27655--27684 Score: 51
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
27645 TTGAAAAGAC
*
27655 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AC AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
27685 TTTCTTTGAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:28161 original size:19 final size:17
Alignment explanation
Indices: 28139--28173 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
28129 TCACTTCCTC
28139 CTTTTCATATATTTTTTTT
1 CTTTTCAT-T-TTTTTTTT
28158 CTTTTCATTTTTTTTT
1 CTTTTCATTTTTTTTT
28174 GAGGGACAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.44
18 1 0.06
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.11, C:0.11, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (17 bp):
CTTTTCATTTTTTTTTT
Found at i:49438 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 49407--49475 Score: 75
Period size: 28 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
49397 TTTAAAGTGT
49407 CCAAAATGCCCTTGAATGCAAAAATCA
1 CCAAAATGCCCTTGAATGCAAAAATCA
* * * * *
49434 TCAAAACGCCCCCTGAATGTAAAAATGA
1 CCAAAATG-CCCTTGAATGCAAAAATCA
*
49462 CCAAAATGTCCTTG
1 CCAAAATGCCCTTG
49476 TATGACCCTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 9, Indels: 2
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 10 0.31
28 22 0.69
ACGTcount: A:0.41, C:0.26, G:0.13, T:0.20
Consensus pattern (27 bp):
CCAAAATGCCCTTGAATGCAAAAATCA
Done.