Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015502.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15523, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6648
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.15, T:0.35
Found at i:3519 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 3506--3532 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 3.4 Consensus size: 8
3496 AATGATAAAC
3506 AAACATGA
1 AAACATGA
3514 AAACATGA
1 AAACATGA
3522 AAACATGA
1 AAACATGA
3530 AAA
1 AAA
3533 TGCAAGCAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 19 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.11, G:0.11, T:0.11
Consensus pattern (8 bp):
AAACATGA
Found at i:4100 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4076--4116 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
4066 TGAGTTAAGT
*
4076 TAATTACCAAGTTACTTAATC
1 TAATTACCAAATTACTTAATC
* *
4097 TAATTATCAAATTGCTTAAT
1 TAATTACCAAATTACTTAAT
4117 TACACTGAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TAATTACCAAATTACTTAATC
Found at i:4158 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4111--4275 Score: 249
Period size: 43 Copynumber: 3.8 Consensus size: 43
4101 TATCAAATTG
* * *
4111 CTTAATTACACTGAATTAACTTGATTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
4154 CTTAATTACACTGAATTAAGTTGTTTACTAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
4197 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTATCAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
4240 CTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTAC
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
4276 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 11, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 111 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (43 bp):
CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
Found at i:4298 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 4231--4430 Score: 237
Period size: 56 Copynumber: 3.8 Consensus size: 56
4221 TTATCAGATT
* *
4231 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* *
4287 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTAC----------C
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* *
4333 A--ATTT-ACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* *
4386 ACCAATTTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGCTTACCAAATTAC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
4431 CAATTTACTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 12, Indels: 26
0.76 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
43 34 0.29
44 3 0.03
46 2 0.02
53 2 0.02
55 3 0.03
56 75 0.63
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:4300 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 4188--4669 Score: 791
Period size: 99 Copynumber: 4.9 Consensus size: 99
4178 TTACTAAATT
* * *
4188 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTATCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
* *
4253 AATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* * *
4287 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
4352 AATAAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
4386 ACCAATTTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
4451 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
4485 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG--T------TTACCAAATTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
4542 AATCAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
4576 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
4641 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
4670 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 18, Indels: 16
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
91 88 0.25
93 1 0.00
97 1 0.00
99 267 0.75
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (99 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:4335 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4287--4374 Score: 149
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
4277 TAATTTAATC
* * *
4287 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGCCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATT
4330 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATT
4373 AC
1 AC
4375 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 42 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (43 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATT
Found at i:4434 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4386--4473 Score: 158
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
4376 TAATTTAATC
*
4386 ACCAATTTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
*
4429 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
4472 AC
1 AC
4474 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 43 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (43 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
Found at i:4476 original size:78 final size:81
Alignment explanation
Indices: 4386--4769 Score: 298
Period size: 91 Copynumber: 4.5 Consensus size: 81
4376 TAATTTAATC
* * *
4386 ACCAATTTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGCTTACC-A-AA-TTACCAATTTACTTAATTACA
1 ACCAAATTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGATTACCAATAATTTACCAAATTACTTAATTACA
4448 CCGAATTAAGTTGTTT
66 CCGAATTAAGTTGTTT
* * * *
4464 ACCAAATTACTTAATTTA-ATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
1 ACCAAATTACTTAA-TTACA-CA-GAATTAAGTTGATT--ACC-AA-TAA----TTTACCAAATT
*
4528 ACTTAATTACACCGAATCAAGTTGTTT
55 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* * * *
4555 ACCAAATTACTTAATTTA-ATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
1 ACCAAATTACTTAA-TTACA-CA-GAATTAAGTTGATT--ACC-AA-TAA--T--TTACC-----
4619 ACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
50 A--AA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* * *
4654 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACC-A-AA-TTACCAATTTACTTAATTACA
1 ACCAAATTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGATTACCAATAATTTACCAAATTACTTAATTACA
4716 CCGAATTAAGTTGTTT
66 CCGAATTAAGTTGTTT
*
4732 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC
1 ACCAAATTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGATTACC
4770 CACTGATTTA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 19, Indels: 50
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
78 80 0.31
79 6 0.02
80 9 0.03
81 1 0.00
82 3 0.01
84 1 0.00
86 7 0.03
89 1 0.00
91 91 0.35
93 1 0.00
95 3 0.01
96 1 0.00
97 9 0.03
98 6 0.02
99 43 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (81 bp):
ACCAAATTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGATTACCAATAATTTACCAAATTACTTAATTACA
CCGAATTAAGTTGTTT
Found at i:4490 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 4429--4535 Score: 214
Period size: 56 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
4419 TTACCAAATT
4429 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
4485 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
4536 ACACCGAATC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 51 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (56 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:4521 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4499--4556 Score: 50
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
4489 ATTTACTTAA
4499 TTACACCGAATTAAGTTGT
1 TTACACCGAATTAAGTTGT
* * **
4518 TT--ACCAAATT-ACTTAA
1 TTACACCGAATTAAGTTGT
*
4534 TTACACCGAATCAAGTTGT
1 TTACACCGAATTAAGTTGT
4553 TTAC
1 TTAC
4557 CAAATTACTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 9, Indels: 6
0.64 0.21 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 7 0.26
18 6 0.22
19 9 0.33
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
TTACACCGAATTAAGTTGT
Found at i:4524 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 4485--4769 Score: 234
Period size: 35 Copynumber: 8.1 Consensus size: 35
4475 TAATTTAATC
*
4485 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
*
4520 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* * * *
4555 ACCAAATTACTTAATTTAATCACC-AATTTACTTAATTAC
1 ACCAAATTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTT-GTT-T
* * **
4594 ACCGAATTAAGTTGCTT--ACC--A--AA-----TT
1 ACCAAATT-ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* *
4619 ACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
4654 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG--T------TT
*
4697 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
*
4732 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
4767 ACC
1 ACC
4770 CACTGATTTA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 24, Indels: 50
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
24 5 0.02
25 5 0.02
26 4 0.02
28 1 0.00
30 2 0.01
32 1 0.00
34 1 0.00
35 120 0.60
36 2 0.01
37 8 0.04
38 6 0.03
39 9 0.04
40 3 0.01
41 1 0.00
43 33 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
Found at i:4566 original size:190 final size:192
Alignment explanation
Indices: 4188--4669 Score: 806
Period size: 190 Copynumber: 2.5 Consensus size: 192
4178 TTACTAAATT
* * *
4188 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTATCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
* * *
4253 AATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
*
4318 GTTTGCCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTA
131 G-TT-----ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTA
4383 ATC
190 ATC
*
4386 ACCAATTTACTTAATTACACAGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
4451 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
*
4516 G-T-TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
131 GTTATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
4576 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
4641 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
4670 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 11, Indels: 8
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
190 148 0.54
196 1 0.00
198 124 0.45
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (192 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
GTTATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATAAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:4580 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 4520--4627 Score: 180
Period size: 56 Copynumber: 1.9 Consensus size: 55
4510 TAAGTTGTTT
*
4520 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGCTTACCAAATTAC-TAATTTAATC
* *
4576 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTAATTTA
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGCTTACCAAATTACTAATTTA
4628 CTTAATTACA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 7 0.14
56 42 0.86
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (55 bp):
ACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGCTTACCAAATTACTAATTTAATC
Found at i:4582 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 4427--4747 Score: 391
Period size: 91 Copynumber: 3.6 Consensus size: 91
4417 GCTTACCAAA
*
4427 TTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATT
1 TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATT
*
4492 TACTTAATTACACCGAATTAAGTTGT
66 TACTTAATTACACCGAATTAAGTTGC
*
4518 TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATT
1 TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATT
4583 TACTTAATTACACCGAATTAAGTTGC
66 TACTTAATTACACCGAATTAAGTTGC
4609 TTACCAAATTACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAA-TT-A-
1 TTACC-----A--AA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAAT
* * **
4671 CACCGAATTAAGTTGCTT--ACC--A--AA-----
58 CACC-AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGC
*
4695 TTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
1 TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
4748 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 9, Indels: 32
0.84 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
78 43 0.20
79 2 0.01
81 1 0.00
86 5 0.02
91 95 0.45
93 1 0.00
95 3 0.01
96 5 0.02
97 10 0.05
98 4 0.02
99 42 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (91 bp):
TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATT
TACTTAATTACACCGAATTAAGTTGC
Found at i:4627 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4579--4747 Score: 246
Period size: 43 Copynumber: 4.1 Consensus size: 43
4569 TTTAATCACC
4579 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACT
1 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACT
*
4622 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A--
1 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACT
*
4658 AA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACC
1 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACT
*
4700 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTT
1 AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTAC-T
4744 AATT
1 AATT
4748 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 4, Indels: 17
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 31 0.27
36 2 0.02
38 1 0.01
40 1 0.01
42 2 0.02
43 72 0.64
44 4 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACT
Found at i:4655 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4632--4768 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 7.3 Consensus size: 19
4622 AATTTACTTA
4632 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * * *
4651 -TT-TACCAAATT-ACTTA
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
4667 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * * *
4686 CTTACCAAATTACC-AATTTACTTA
1 ATTA-C-----ACCGAATTAAGTTG
4710 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * * *
4729 -TT-TACCAAATT-ACTTA
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
4745 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
4764 ATTAC
1 ATTAC
4769 CCACTGATTT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 24, Indels: 26
0.62 0.18 0.20
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.07
17 18 0.22
18 21 0.26
19 21 0.26
20 1 0.01
23 1 0.01
24 10 0.12
25 3 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
ATTACACCGAATTAAGTTG
Found at i:4846 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 4794--5146 Score: 331
Period size: 47 Copynumber: 7.2 Consensus size: 47
4784 AATTGCTAAT
*
4794 TTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
1 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
* * * * * *
4841 TTACTGATTTACTGATTA-CTATTAC-CT--TGACTC-CTTAATTACTGAT
1 TTACTGA-TTACT-ATTACCT-TGACTCTGATTAATCTCTT-TTTACTTAA
* *
4887 TTACTGATTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTC-TTTTATTTAA
1 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
*
4933 TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTATTGA
1 TTACTGA-TTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTAC----TTA---A
* * * *
4988 TTTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATTATTCTCTTTTTACTGAT
1 -TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
5036 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTAA
1 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTAC-----T--TAA
* *
5090 TTTACTGATTACTATTACCTTGTCTTTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
1 -TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
5138 TTACTGATT
1 TTACTGATT
5147 GCCCCTTTTT
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 26, Indels: 54
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
44 7 0.03
45 11 0.04
46 29 0.11
47 91 0.36
48 18 0.07
49 7 0.03
50 1 0.00
51 2 0.01
52 4 0.02
54 1 0.00
55 75 0.30
56 7 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (47 bp):
TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
Found at i:4880 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 4836--4911 Score: 143
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
4826 TCTCTTTTTA
*
4836 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTC
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACATTGACTC
4874 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACATTGACTC
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACATTGACTC
4912 TGATTAATCT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 37 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (38 bp):
CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACATTGACTC
Found at i:4991 original size:102 final size:103
Alignment explanation
Indices: 4874--5146 Score: 442
Period size: 102 Copynumber: 2.7 Consensus size: 103
4864 ACCTTGACTC
* * *
4874 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTC-TTTTATTTAATTACT
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
4938 GATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
66 GATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
* * * *
4976 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATTATTCTCTTTTTACTGATTTACT
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
*
5041 GA-TTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
66 GATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
* *
5078 CTTAATTACTAATTTACTGATTACTATTACCTTGTCTTTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
5143 GATT
66 GATT
5147 GCCCCTTTTT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 14, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
102 140 0.90
103 15 0.10
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (103 bp):
CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
GATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
Found at i:5015 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 4933--5146 Score: 300
Period size: 55 Copynumber: 4.0 Consensus size: 55
4923 TTTTATTTAA
* *
4933 TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTATTGAT
1 TTACTGA-TTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGAT
* *
4989 TTACTGATTACTATTACCTTGTCTCTGATT-AT-TC----T-CTT-TTTACTGAT
1 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGAT
*
5036 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTAAT
1 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGAT
* *
5091 TTACTGATTACTATTACCTTGTCTTTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGAT
1 TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGAT
5146 T
1 T
5147 GCCCCTTTTT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 10, Indels: 17
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
47 36 0.26
48 5 0.04
49 3 0.02
53 3 0.02
54 5 0.04
55 81 0.58
56 7 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.07, T:0.52
Consensus pattern (55 bp):
TTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGAT
Found at i:6029 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 5966--6133 Score: 214
Period size: 50 Copynumber: 3.3 Consensus size: 50
5956 ACTTTTTTTA
5966 AAAAATTCAATCTTTTATTCAAAGGTTACATTTTTTATTTACTAA-TACTT
1 AAAAATTCAATCTTTTATTCAAAGGTTACA-TTTTTATTTACTAATTACTT
* ** * * *
6016 AAAAATTTAATCTTTTGCTCAAAGGTGACA-TTTTAATTATTAATTACTT
1 AAAAATTCAATCTTTTATTCAAAGGTTACATTTTTATTTACTAATTACTT
* **
6065 AAAAATTCAATCTTTTATTCAAAAGGTTACATGTTTATAAACTAATTACTT
1 AAAAATTCAATCTTTTATTC-AAAGGTTACATTTTTATTTACTAATTACTT
6116 AAAAAATTCAATCTTTTA
1 -AAAAATTCAATCTTTTA
6134 CCATAAAGAT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 15, Indels: 6
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
48 11 0.11
49 22 0.22
50 35 0.35
51 14 0.14
52 17 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (50 bp):
AAAAATTCAATCTTTTATTCAAAGGTTACATTTTTATTTACTAATTACTT
Done.