Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015655.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15676, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25408
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Found at i:6671 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 6647--6691 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
6637 ATTAATTATA
6647 TATAATT-TTTTTA-AGATAAAT
1 TATAATTATTTTTATAGATAAAT
* *
6668 TATATTTATTTTTATATATAAAT
1 TATAATTATTTTTATAGATAAAT
6691 T
1 T
6692 TGATAGTATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.30
22 6 0.30
23 8 0.40
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.02, T:0.58
Consensus pattern (23 bp):
TATAATTATTTTTATAGATAAAT
Found at i:9678 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9653--9793 Score: 94
Period size: 22 Copynumber: 6.4 Consensus size: 22
9643 AAACACAATT
* *
9653 TGAAAATTTAATAACCTCATTA
1 TGAAAATTTGATAACCTCACTA
*
9675 TG-AAATTTCGATAACCTCCCTA
1 TGAAAATTT-GATAACCTCACTA
* *
9697 TGAAAAATTGATAACCACACTA
1 TGAAAATTTGATAACCTCACTA
* *
9719 TG-AAATTTTATTACCTGCACTA
1 TGAAAATTTGATAACCT-CACTA
* * *
9741 TG-AAATTTCGATAAATCTCAATG
1 TGAAAATTT-GAT-AACCTCACTA
* *
9764 TGAAATTTTGATAATCTGC-CTA
1 TGAAAATTTGATAACCT-CACTA
9786 T-AAAATTT
1 TGAAAATTT
9794 TAATAATTAC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 19, Indels: 15
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 22 0.24
22 47 0.51
23 16 0.17
24 8 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TGAAAATTTGATAACCTCACTA
Found at i:9754 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 9653--9745 Score: 107
Period size: 44 Copynumber: 2.1 Consensus size: 44
9643 AAACACAATT
* * * * *
9653 TGAAAATTTAATAACCTCATTATGAAATTTCGATAACCTCCCTA
1 TGAAAAATTGATAACCACACTATGAAATTTCGATAACCTCACTA
* *
9697 TGAAAAATTGATAACCACACTATGAAATTT-TATTACCTGCACTA
1 TGAAAAATTGATAACCACACTATGAAATTTCGATAACCT-CACTA
9741 TGAAA
1 TGAAA
9746 TTTCGATAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 7, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 6 0.15
44 35 0.85
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.09, T:0.32
Consensus pattern (44 bp):
TGAAAAATTGATAACCACACTATGAAATTTCGATAACCTCACTA
Found at i:10087 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10062--10165 Score: 91
Period size: 22 Copynumber: 4.7 Consensus size: 22
10052 ACATCCCAAA
* *
10062 GAAATTTTGGTAACCTTTTTAT
1 GAAATTTTGGTAACCTCTGTAT
*
10084 GAAATTTTGGTAATCTCTGTAT
1 GAAATTTTGGTAACCTCTGTAT
* * **
10106 GAAATTTTGATAACTTACACTAT
1 GAAATTTTGGTAACCT-CTGTAT
* ** * *
10129 GAAGTTTTAATAACTTCTATAT
1 GAAATTTTGGTAACCTCTGTAT
10151 GAAATTTTGGTAACC
1 GAAATTTTGGTAACC
10166 ACACTATAAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 16, Indels: 2
0.78 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
22 47 0.72
23 18 0.28
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
GAAATTTTGGTAACCTCTGTAT
Found at i:10136 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10103--10185 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 3.7 Consensus size: 23
10093 GTAATCTCTG
10103 TATGAAATTTTGATAACTTACAC
1 TATGAAATTTTGATAACTTACAC
* *
10126 TATGAAGTTTTAATAACTT-CTA-
1 TATGAAATTTTGATAACTTAC-AC
* *
10148 TATGAAATTTTGGTAAC-CACAC
1 TATGAAATTTTGATAACTTACAC
*
10170 TAT-AAAATTTGATAAC
1 TATGAAATTTTGATAAC
10186 CTTTCTATGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 8
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.24
22 19 0.39
23 18 0.37
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
TATGAAATTTTGATAACTTACAC
Found at i:10192 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 10103--10202 Score: 107
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
10093 GTAATCTCTG
* **
10103 TATGAAATTTTGATAACTTACACTATGAAGTTTTAATAACTTCTA
1 TATGAAATTTTGATAACTCACACTATGAAAATTTAATAACTTCTA
* * *
10148 TATGAAATTTTGGTAAC-CACACTAT-AAAATTTGATAACCTT-TC
1 TATGAAATTTTGATAACTCACACTATGAAAATTTAATAA-CTTCTA
*
10191 TATGTAATTTTG
1 TATGAAATTTTG
10203 GTTTGATTGT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 4
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 21 0.45
44 10 0.21
45 16 0.34
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (45 bp):
TATGAAATTTTGATAACTCACACTATGAAAATTTAATAACTTCTA
Found at i:16557 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 16510--16988 Score: 387
Period size: 35 Copynumber: 13.2 Consensus size: 35
16500 AAGATTTAAG
*
16510 AAGTAAGA-TGGTAATCAACTTAATTGGGTGTAATT
1 AAGTAA-ATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
* * *
16545 AAGTAATTTGGTAAAT-AACTAAATCCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGT-AATCAACTTAATTCGGTGTAATT
* *
16580 AGGTAAATTGGTAATCAATTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
* * * *
16615 AAATAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATT
1 AAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
* * * ** *
16650 AAGTAAATTGGAAATTAAATTAAGTAATTTG-GTAATC
1 AAGTAAATTGGTAATCAACTTAA-T--TCGGTGTAATT
* * ** * * *
16687 AACTTAATTCGGTGTAATTGA-GTAATTTGGTAATCAATTCGGTGT
1 AAGTAAATT--G-GTAATCAACTTAATTCGGT-GT-AA-----T-T
*
16732 AATTAAGCAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGT-A--AAT-TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
**
16771 AAGTAGTTTGGTAAAT-AACTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGT-AATCAACTTAATTCGGTGTAATT
* *
16806 AAGTAAATTTGTAATCCACTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
16841 AAGTAAATTGGTAA-CTAACTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGTAATC-AACTTAATTCGGTGTAATT
16876 AAGTAAATTGGTAA-CTAACTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGTAATC-AACTTAATTCGGTGTAATT
**
16911 AAGTAAATCAGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
** ***
16946 AAGTAAATCAGTAATTGGCTTAATTCGGTGTAATT
1 AAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
16981 AAGTAAAT
1 AAGTAAAT
16989 AAATGGCTTA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 53, Indels: 54
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 7 0.02
35 286 0.79
36 12 0.03
37 11 0.03
38 5 0.01
39 10 0.03
40 7 0.02
44 1 0.00
45 5 0.01
46 7 0.02
47 9 0.02
48 3 0.01
49 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
AAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
Found at i:16693 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16646--16693 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
16636 AATTCAGTGC
*
16646 AATTAAGTAAATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGAAATCA
* *
16667 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGAAATCA
*
16688 ACTTAA
1 AATTAA
16694 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGAAATCA
Found at i:16867 original size:105 final size:103
Alignment explanation
Indices: 16667--16986 Score: 427
Period size: 105 Copynumber: 3.1 Consensus size: 103
16657 TTGGAAATTA
*
16667 AATTAAGTAATTTGGT-AATCAACTTAATTCGGTGTAATTGAGT-AATTTGGTAAT--C--AATT
1 AATTAAGTAATTTGGTAAAT-AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTT-GTAATCACTTAATT
* *
16726 CGGTGTAATTAAGCAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
64 CGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAAT-AACTTAATTCGGTGT
*
16767 AATTAAGTAGTTTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTTGTAATCCACTTAATTC
1 AATTAAGTAATTTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTTGTAAT-CACTTAATTC
16832 GGTGTAATTAAGTAAATTGGTAACTAACTTAATTCGGTGT
65 GGTGTAATTAAGTAAATTGGTAA-TAACTTAATTCGGTGT
* * **
16872 AATTAAGTAAATTGGTAACTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAGTAATCAACTTAATTC
1 AATTAAGTAATTTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTTGTAATC-ACTTAATTC
** **
16937 GGTGTAATTAAGTAAATCAGTAATTGGCTTAATTCGGTGT
65 GGTGTAATTAAGTAAATTGGTAA-TAACTTAATTCGGTGT
16977 AATTAAGTAA
1 AATTAAGTAA
16987 ATAAATGGCT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 14, Indels: 13
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
100 42 0.21
101 8 0.04
103 1 0.01
104 1 0.01
105 144 0.73
106 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (103 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTTGTAATCACTTAATTCG
GTGTAATTAAGTAAATTGGTAATAACTTAATTCGGTGT
Found at i:16961 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 16905--16961 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
16895 TTAATTCGGT
16905 GTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAAGTAAATCA
* * * *
16921 GTAATCAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAA-GTAAATC--A
16940 GTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAAGTAAATCA
16956 GTAATT
1 GTAATT
16962 GGCTTAATTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 6
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.43
17 5 0.17
18 5 0.17
19 7 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
GTAATTAAGTAAATCA
Found at i:23364 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 23334--23383 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
23324 AATAATAGCA
*
23334 ATTATTATTA-CGTTAAACGTTTT
1 ATTATTATAATCGTTAAACGTTTT
* *
23357 ATTATTATAATTGTTAAACTTTTT
1 ATTATTATAATCGTTAAACGTTTT
23381 ATT
1 ATT
23384 CCTATCCGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.39
24 14 0.61
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.06, T:0.56
Consensus pattern (24 bp):
ATTATTATAATCGTTAAACGTTTT
Found at i:24932 original size:46 final size:48
Alignment explanation
Indices: 24841--24934 Score: 138
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
24831 ATGTAAGATG
* * *
24841 TTAACATAAAGGGATTATATAAACCTTTGTTTTTTGATAGAACTATGA
1 TTAACATAAAGGGATTATACAAACCTTTATTTCTTGATAGAACTATGA
*
24889 TTAACATAAAGGGA-T-TACAAACCTTTATTTCTTGATAGCACTATGA
1 TTAACATAAAGGGATTATACAAACCTTTATTTCTTGATAGAACTATGA
24935 CAATTTTTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
46 27 0.64
47 1 0.02
48 14 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (48 bp):
TTAACATAAAGGGATTATACAAACCTTTATTTCTTGATAGAACTATGA
Found at i:25176 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 25171--25202 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
25161 GACCATTGCT
25171 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
25203 ATTTTTGCAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.