Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015718.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15739, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15166
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.19, T:0.34
Found at i:6789 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 6634--6768 Score: 211
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 72
6624 TTACACCGAA
* *
6634 TTAAGCTAATTA-CTGATTTACTTAATTTACCAGTTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTA
1 TTAACCTAATTATC-GAATTACTTAATTTACCAG-TTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTA
6698 CCAAACTAC
64 CCAAACTAC
*
6707 TTAACCTAATTATCGAATTACTTAATTTACCAG-TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTA
1 TTAACCTAATTATCGAATTACTTAATTTACCAGTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTA
6769 TCAGATTACT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 4
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
71 28 0.48
73 29 0.50
74 1 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (72 bp):
TTAACCTAATTATCGAATTACTTAATTTACCAGTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACC
AAACTAC
Found at i:6799 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 6649--6804 Score: 208
Period size: 71 Copynumber: 2.2 Consensus size: 72
6639 CTAATTACTG
6649 ATTTACTTAATTTACCAGTTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCT
1 ATTTACTTAATTTACCAG-TTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCT
*
6714 AATTATCG
65 AATTATCC
* * * * * **
6722 AATTACTTAATTTACCAG-TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTATCAGATTACTTAATTTA
1 ATTTACTTAATTTACCAGTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCTA
6786 ATTA-CC
66 ATTATCC
6792 ACTTTACTTAATT
1 A-TTTACTTAATT
6805 GCACTGAATT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 9, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
70 2 0.03
71 54 0.74
73 17 0.23
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (72 bp):
ATTTACTTAATTTACCAGTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCTA
ATTATCC
Found at i:6814 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 6740--6895 Score: 258
Period size: 56 Copynumber: 2.8 Consensus size: 56
6730 AATTTACCAG
* * * **
6740 TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTATCAGATTACTTAATTTAATTACCACTT
1 TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAAT
*
6796 TACTTAATTGCACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAAT
1 TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAAT
6852 TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATT
1 TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATT
6896 GCACCGAATT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 7, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 93 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (56 bp):
TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAAT
Found at i:6853 original size:127 final size:123
Alignment explanation
Indices: 6617--6860 Score: 319
Period size: 127 Copynumber: 2.0 Consensus size: 123
6607 TTTGATTATT
* *
6617 TACTTAATTACACCGAATTAAGCTAATTACTGATTTACTTAATTTACCAGTTTACTTAATTGCAC
1 TACTTAATTACACCGAATTAAGCTAATTACAGATTTACTTAATTTACCACTTTACTTAATTGCAC
* * *
6682 CGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCTAATTATCGAATTACTTAATTTACCAG
66 CGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCTAACTACCAAATTACTTAATTTACCAG
* * *
6740 TACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTATCAGA-TTACTTAATTTAATTACCACTTTACTTAAT
1 TACTTAATTACACCGAATTAAGCTAATTA-CAGATTTACTTAA--T--TTACCACTTTACTTAAT
* * * **
6804 TGCACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAATTACTTAATT
61 TGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCTAACTACCAAATTACTTAATT
6861 GCACCGAATT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 13, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
123 34 0.33
124 3 0.03
125 1 0.01
127 65 0.63
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (123 bp):
TACTTAATTACACCGAATTAAGCTAATTACAGATTTACTTAATTTACCACTTTACTTAATTGCAC
CGAATTAAGTTAATTACCAAACTACTTAACCTAACTACCAAATTACTTAATTTACCAG
Found at i:6883 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 6844--6930 Score: 174
Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35
6834 TTAATTTAAC
6844 TACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGAT
1 TACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGAT
6879 TACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGAT
1 TACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGAT
6914 TACCAAATTACTTAATT
1 TACCAAATTACTTAATT
6931 TAATTACCAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 52 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
TACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGAT
Found at i:6890 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 6786--6975 Score: 326
Period size: 91 Copynumber: 2.1 Consensus size: 91
6776 ACTTAATTTA
** *
6786 ATTACCACTTTACTTAATTGCACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAA
1 ATTACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAA
*
6851 TTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTG
66 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
* *
6877 ATTACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAATTACCAAT
1 ATTACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAA
6942 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
66 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
6968 ATTACCAA
1 ATTACCAA
6976 TTTGCGTTTT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 6, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 93 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (91 bp):
ATTACCAAATTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAACTACCAAA
TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
Found at i:6936 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6912--6951 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
6902 AATTAAGTTG
6912 ATTACCAAATTACTTAATTTA
1 ATTACCAAATTACTTAATTTA
*
6933 ATTACCAATTTACTTAATT
1 ATTACCAAATTACTTAATT
6952 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
ATTACCAAATTACTTAATTTA
Found at i:9548 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 9541--9569 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
9531 CTATGATCAC
9541 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
9570 GCTGCTGAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:11399 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11380--11415 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
11370 AATTAATTAT
11380 TTTA-ATATTA-ATTTTTA
1 TTTATATATTATATTTTTA
11397 TTTATATATTATATTTTTA
1 TTTATATATTATATTTTTA
11416 CTTAAAAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.24
18 6 0.35
19 7 0.41
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (19 bp):
TTTATATATTATATTTTTA
Done.