Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015741.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15762, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11193
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Found at i:5394 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 5376--5409 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 10
5366 AATTGTCTTC
5376 AAATCTTCAA
1 AAATCTTCAA
5386 AATATCTTCAA
1 AA-ATCTTCAA
5397 GAAATCTTCAA
1 -AAATCTTCAA
5408 AA
1 AA
5410 CACGAACTTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.18
11 16 0.73
12 2 0.09
ACGTcount: A:0.50, C:0.18, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (10 bp):
AAATCTTCAA
Found at i:10353 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10307--10676 Score: 365
Period size: 35 Copynumber: 10.8 Consensus size: 35
10297 TTCTTACTAA
* *
10307 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTATTGAAC-T
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG-ACTT
* * * * * *
10342 ACTTAATTACCCTAAATTAAGCTACTCATTAACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTT
* *
10377 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTCGA-TTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGT-TACTTACTGACTT
*
10413 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCGA-TTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TACTTACTGACTT
* *
10448 GCTTAATTA-CCTGAATTAAGTTGAC-TACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTGACTT
*
10482 ACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTACTGCCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTT
* * *
10513 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAC-TT
* *
10549 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTA--G--TG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTT
* *
10580 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTT
*
10614 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTA-TTAACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT-ACTGACTT
*
10649 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTACTTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA
10677 TTACTGATTC
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 37, Indels: 36
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 53 0.19
33 1 0.00
34 57 0.20
35 112 0.40
36 56 0.20
37 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTT
Found at i:10567 original size:136 final size:131
Alignment explanation
Indices: 10307--10674 Score: 368
Period size: 136 Copynumber: 2.7 Consensus size: 131
10297 TTCTTACTAA
** * * *
10307 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTATTGAACTACTTAATTACCCTAAATTAAGCTACT-CAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGC--
* * *
10371 TAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTCGA-TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGT
63 ---CTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGT-TACTAACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-
*
10435 CGATTACTGACTTG
122 C---TACTGA-GTG
10449 -CTTAATTA-CCTGAATTAAGTTGA-CTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGCC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGCC
* * * *
10511 TTACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTT
64 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGAC-TCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTG
10576 AGTG
128 AGTG
* *
10580 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTATTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTATTAACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTATGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAG---TT-ACTG
* *
10645 ACTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTACT
62 CCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT
10675 TATTACTGAT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 18, Indels: 28
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
131 2 0.01
132 39 0.20
133 16 0.08
134 1 0.01
135 14 0.07
136 71 0.36
140 44 0.22
141 10 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (131 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTATGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGCCTT
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTGAGT
G
Done.