Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01015749.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15770, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 9077
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.16, T:0.33


Found at i:3206 original size:56 final size:56

Alignment explanation


    Indices: 3134--3378  Score: 294
    Period size: 56  Copynumber: 4.4  Consensus size: 56

       3124 AGTCAATTAC

                *      *             *        *     * *     *       
       3134 TTAATTTAATTGCCAAATTACTTAACTTAATTACTAATTTTCATAATTGCACCGAA
          1 TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAA

                                      *   *  *   *  *          **   
       3190 TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATCTAACTATCAAATTGCTTAATTACATTGAA
          1 TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAA

                  **                       *   *                    
       3246 TTAAGTGGATTACCAAATTACTTAATTTAATCACCGATTTACTTAATTACACCGAA
          1 TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAA

                                                    *                
       3302 TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAATCT-CCAATTCACTTAATTACACCGAA
          1 TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAAT-TACCAATTTACTTAATTACACCGAA

                            *    
       3358 TTAAGTTAATTACCAAGTTAC
          1 TTAAGTTAATTACCAAATTAC

       3379 CAATTTATTT


Statistics
Matches: 158,  Mismatches: 30, Indels: 2
        0.83            0.16        0.01

Matches are distributed among these distances:
  56  158  1.00

ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.06, T:0.38


Consensus pattern (56 bp):   
TTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAA

Found at i:3287 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 3257--3349  Score: 65
    Period size: 21  Copynumber: 4.8  Consensus size: 21

       3247 TAAGTGGATT

                 *               
       3257 ACCAAATTACTTAATTTAATC
          1 ACCAATTTACTTAATTTAATC

               *                 
       3278 ACCGATTTACTTAA-TT-A-C
          1 ACCAATTTACTTAATTTAATC

               *          *     *
       3296 ACCGA---A-TTAAGTTAATT
          1 ACCAATTTACTTAATTTAATC

                 *               
       3313 ACCAAATTACTTAATTTAATC
          1 ACCAATTTACTTAATTTAATC

            *      *        
       3334 TCCAATTCACTTAATT
          1 ACCAATTTACTTAATT

       3350 ACACCGAATT


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 9, Indels: 14
        0.71            0.11        0.18

Matches are distributed among these distances:
  14    4  0.07
  15    3  0.05
  16    1  0.02
  17    4  0.07
  18    6  0.11
  19    1  0.02
  20    3  0.05
  21   34  0.61

ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.03, T:0.39


Consensus pattern (21 bp):   
ACCAATTTACTTAATTTAATC

Found at i:3312 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 3277--3370  Score: 72
    Period size: 19  Copynumber: 5.1  Consensus size: 19

       3267 TTAATTTAAT

                     *         
       3277 CACCG-ATTTACTTAATTA
          1 CACCGAATTAACTTAATTA

                       *       
       3295 CACCGAATTAAGTTAATT-
          1 CACCGAATTAACTTAATTA

                *               
       3313 -ACCAAATT-ACTTAATTTA
          1 CACCGAATTAACTTAA-TTA

                  *    *         
       3331 -ATCTCCAATTCACTTAATTA
          1 CA-C-CGAATTAACTTAATTA

                       *       
       3351 CACCGAATTAAGTTAATTA
          1 CACCGAATTAACTTAATTA

             
       3370 C
          1 C

       3371 CAAGTTACCA


Statistics
Matches: 61,  Mismatches: 8, Indels: 13
        0.74            0.10        0.16

Matches are distributed among these distances:
  16    5  0.08
  17    9  0.15
  18    6  0.10
  19   25  0.41
  20    9  0.15
  21    7  0.11

ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.05, T:0.36


Consensus pattern (19 bp):   
CACCGAATTAACTTAATTA

Found at i:3443 original size:44 final size:43

Alignment explanation


    Indices: 3335--3471  Score: 211
    Period size: 43  Copynumber: 3.2  Consensus size: 43

       3325 AATTTAATCT

                  *                       **       *   
       3335 CCAATTCACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAAGTTA
          1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA

                    *                                  
       3378 CCAATTTATTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
          1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA

              *                                         
       3421 CTTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
          1 C-CAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA

                   
       3465 CCAATTT
          1 CCAATTT

       3472 GATAATCATT


Statistics
Matches: 85,  Mismatches: 8, Indels: 2
        0.89            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
  43   44  0.52
  44   41  0.48

ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38


Consensus pattern (43 bp):   
CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA

Found at i:4342 original size:2 final size:2

Alignment explanation


    Indices: 4335--4376  Score: 84
    Period size: 2  Copynumber: 21.0  Consensus size: 2

       4325 CATTTGCTTA

                                                                          
       4335 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
          1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT

       4377 CCTAGAATCC


Statistics
Matches: 40,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   2   40  1.00

ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50


Consensus pattern (2 bp):   
AT

Done.