Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015765.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15786, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33397
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Found at i:3768 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3740--3788 Score: 82
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
3730 CTTGTACAGT
3740 AAAAAAGAA-TACACGTAAATA
1 AAAAAAGAATTACACGTAAATA
3761 ATAAAAAGAATTACACGTAAATA
1 A-AAAAAGAATTACACGTAAATA
3784 AAAAA
1 AAAAA
3789 GATAAAGATG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 3
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.04
22 12 0.46
23 13 0.50
ACGTcount: A:0.67, C:0.08, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (22 bp):
AAAAAAGAATTACACGTAAATA
Found at i:4080 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 4071--4095 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
4061 CTGACTGTCT
4071 GTCGGA GTCGGA GTCGGA GTCGGA G
1 GTCGGA GTCGGA GTCGGA GTCGGA G
4096 CCTTTAAGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.16, G:0.52, T:0.16
Consensus pattern (6 bp):
GTCGGA
Found at i:6195 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 6149--6203 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
6139 TATCGTTAAA
* * *
6149 AAAGATGATTCAAAAGTTCATTT-
1 AAAGATGATACAAAAGATAATTTC
6172 AAGAGATGATACAAAAGATAATTTC
1 AA-AGATGATACAAAAGATAATTTC
6197 AAAGATG
1 AAAGATG
6204 GTTTAAAAGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.07
24 23 0.85
25 2 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (24 bp):
AAAGATGATACAAAAGATAATTTC
Found at i:20597 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 20495--20647 Score: 137
Period size: 43 Copynumber: 3.7 Consensus size: 43
20485 TTTTGAGTTT
* * *
20495 TGAA-CATGAGATGC-AGATTTTGAACTTTGA-ATTTTG--AAA
1 TGAACCATGAAATGCAAG-TTTTGAAATTTGATTTTTTGAAAAA
* *
20534 TGAA--ATGAAATGCAAATTTTGAAATTTGA-TTTTTGAAGAA
1 TGAACCATGAAATGCAAGTTTTGAAATTTGATTTTTTGAAAAA
* *
20574 TGGAATGC-TGAAATGCAAGTTTTGAATTTTGATTTTTTGAAAAA
1 T-GAA-CCATGAAATGCAAGTTTTGAAATTTGATTTTTTGAAAAA
*
20618 TGAACCATG-AATGCAGGTTTTGAAATTTGA
1 TGAACCATGAAATGCAAGTTTTGAAATTTGA
20648 AATTTGAATT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 11, Indels: 15
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 25 0.27
39 5 0.05
40 3 0.03
41 3 0.03
42 20 0.21
43 27 0.29
44 11 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (43 bp):
TGAACCATGAAATGCAAGTTTTGAAATTTGATTTTTTGAAAAA
Found at i:20834 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 20770--20857 Score: 122
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 42
20760 AGAATGCACG
* *
20770 TTTTGAGTTTTGAAGAATGAAACAAGAAAATGCATATTTTGAA
1 TTTTGAGTTTTGAAGAATGAAACAA-AAAATGCAAATTTTAAA
* * *
20813 TTTTGAGTTTTGATGAGTGAAACAAAAGATGCAAATTTTAAA
1 TTTTGAGTTTTGAAGAATGAAACAAAAAATGCAAATTTTAAA
20855 TTT
1 TTT
20858 GGGGAACCAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 1
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 17 0.43
43 23 0.57
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (42 bp):
TTTTGAGTTTTGAAGAATGAAACAAAAAATGCAAATTTTAAA
Found at i:20968 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 20915--21780 Score: 777
Period size: 37 Copynumber: 23.4 Consensus size: 36
20905 GAATAGAGAC
* * *
20915 CTTAACCAAGAATTTGATAAGAAACTTAAACAGGGAT
1 CTTAAACAAG-ATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
*
20952 CTTGAACAAGATTTTGATAAGACACCTAAACAGGGA-
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * * * *
20988 CATTAAATAAGGATTTAATAAGAAATCTAAACAAGAAT
1 C-TTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * *
21026 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACATCTAAACAGGAAC
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* *
21063 CTTAAACAAGGATTTGATAAGGCACCTAAACAGGGAC
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * *
21100 CTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCT--ACAGGAAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* *
21135 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGAC
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* *
21172 CTTAAACAAGGATTTGATAAAACACCTAAACATGGAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * * *
21209 CTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACTTAAACAGGAAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
*
21246 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGAT
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * * ** *
21283 CTTGAACCAGATTTCGATGAGACACCTAAATAGAAAC
1 CTTAAACAAGATTT-GATAAGACACCTAAACAGGGAT
*
21320 CTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAC
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * * *
21357 CTTAAATAAGGATTTAAGAAGAAATCTAAACAGGGAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * *
21394 CTTGAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGAGAC
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* *
21431 CTTAAACAAGGATTTAATAAGACACCTAAACAGGAAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * * *
21468 CTTGAATAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGAGAC
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * * *
21505 CTTAAACAAGGATTTAATAAGAAATCTAAATAGGAAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * *
21542 CTTAAATAAGATTTCGATGAGACACCTAAACAGAGAT
1 CTTAAACAAGATTT-GATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * *
21579 CTTGAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACATGGAT
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* *
21616 CTTAAACAAGGATTTAATAAGACACCTAAACAGGAAT
1 CTTAAACAA-GATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * *
21653 CTTGAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGAC
1 CTTAAACAAGA-TTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
* * * *
21690 CTTAAACAAGGA-TTGAATAAGAAAGCTAAAAAGGAAT
1 CTTAAACAA-GATTTG-ATAAGACACCTAAACAGGGAT
* *
21727 CTTAAATAAGATTCTGATGAGACACCTAAACAGGGAT
1 CTTAAACAAGATT-TGATAAGACACCTAAACAGGGAT
*
21764 CTTAGACAAGAATTTGA
1 CTTAAACAAG-ATTTGA
21781 CATAGTTTTG
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 137, Indels: 52
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.00
35 26 0.04
36 25 0.04
37 585 0.88
38 28 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (36 bp):
CTTAAACAAGATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAT
Found at i:21109 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 20915--21767 Score: 877
Period size: 111 Copynumber: 7.7 Consensus size: 111
20905 GAATAGAGAC
* * * * * *
20915 CTTAACCAAGAATTTGATAAGAAACTTAAACAGGGATCTTGAACAA-GATTTTGATAAGACACCT
1 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGA-TTTGATAAGACACCT
* * *
20979 AAACAGGGACATTAAATAAGGATTTAATAAGAAATCTAAACAAGAAT
65 AAACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
* * * *
21026 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACATCTAAACAGGAACCTTAAACAAGGATTTGATAAGGCACCTA
1 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTA
21091 AACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCT--ACAGGAAT
66 AACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
* *
21135 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAAACACCTA
1 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTA
* * *
21200 AACATGGATCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACTTAAACAGGAAT
66 AACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
* * *
21246 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTGAACCA-GATTTCGATGAGACACCT
1 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATTT-GATAAGACACCT
* ** * * * * *
21310 AAATAGAAACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAGGGAC
65 AAACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
* * * * * *
21357 CTTAAATAAGGA-TTT-AAGAAGAAATCTAAACAGGGATCTTGAACAA-GATTTTGATGAGACAC
1 CTTAAACAA-GATTTTGATG-AGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGA-TTTGATAAGACAC
* * *
21419 CTAAACAGAGACCTTAAACAAGGATTTAATAAGACACCTAAACAGGAAT
63 CTAAACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
* * * * * * *
21468 CTTGAATAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGAGACCTTAAACAAGGATTTAATAAGAAATCTA
1 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTA
* * * * * *
21533 AATAGGAATCTTAAATAA-GATTTCGATGAGACACCTAAACA-GAGAT
66 AACAGGGACCTTAAATAAGGATTT-AATAAGAAACCTAAACAGGA-AT
* * *
21579 CTTGAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACATGGATCTTAAACAAGGATTTAATAAGACACCTA
1 CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTA
* * * * * * * * *
21644 AACAGGAATCTTGAACAA-GATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGAC
66 AACAGGGACCTTAAATAAGGA-TTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
* * * * * * *
21690 CTTAAACAAGGA--TTGAATAAGAAAGCTAAAAAGGAATCTTAAATAA-GATTCTGATGAGACAC
1 CTTAAACAA-GATTTTG-ATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATT-TGATAAGACAC
*
21752 CTAAACAGGGATCTTA
63 CTAAACAGGGACCTTA
21768 GACAAGAATT
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 87, Indels: 34
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
109 101 0.16
110 23 0.04
111 497 0.78
112 17 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (111 bp):
CTTAAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAACAGGGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTA
AACAGGGACCTTAAATAAGGATTTAATAAGAAACCTAAACAGGAAT
Found at i:22826 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22802--22854 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
22792 GCACTGGAGT
*
22802 ACATGGGGCGCGAAGCAAACC
1 ACATGGGGCGCCAAGCAAACC
* **
22823 ACATGGGGTGCCAAGCATGCC
1 ACATGGGGCGCCAAGCAAACC
22844 ACAT-GGGCGCC
1 ACATGGGGCGCC
22855 CAGCGCTAGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 1
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.22
21 21 0.78
ACGTcount: A:0.26, C:0.30, G:0.34, T:0.09
Consensus pattern (21 bp):
ACATGGGGCGCCAAGCAAACC
Found at i:25044 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 25003--25045 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
24993 AGAACAATCT
*
25003 TCTTTTTCTTTTTCTTATTTC
1 TCTTTTTCTTTTTCCTATTTC
*
25024 TCTTTTTTTTTGTTCCT-TTTC
1 TCTTTTTCTTT-TTCCTATTTC
25045 T
1 T
25046 TCTACTCCCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.79
22 4 0.21
ACGTcount: A:0.02, C:0.19, G:0.02, T:0.77
Consensus pattern (21 bp):
TCTTTTTCTTTTTCCTATTTC
Found at i:25336 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 25309--25367 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 4.4 Consensus size: 13
25299 ACTCAAAACC
25309 TTTTTGAAAACTCA
1 TTTTTGAAAA-TCA
25323 TTTTTGAAAATCA
1 TTTTTGAAAATCA
*
25336 TTTCTTG-AAAGCAA
1 TTT-TTGAAAATC-A
25350 TTTCTTGAAAATC-
1 TTT-TTGAAAATCA
25363 TTTTT
1 TTTTT
25368 TTTAAAATCG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 8
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
12 2 0.05
13 13 0.32
14 21 0.52
15 4 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (13 bp):
TTTTTGAAAATCA
Found at i:25383 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 25361--25395 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
25351 TTCTTGAAAA
25361 TCTTTT-TTTT-AAAATCG
1 TCTTTTATTTTGAAAATCG
25378 TCTTTTATTTTGAAAATC
1 TCTTTTATTTTGAAAATC
25396 CTGAAAATCT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 4 0.25
19 6 0.38
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.06, T:0.57
Consensus pattern (19 bp):
TCTTTTATTTTGAAAATCG
Found at i:28684 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 28616--28719 Score: 163
Period size: 44 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
28606 AGAAACTGGA
* *
28616 TGGGAACTCTCCCTTCCGACCACTAAACTAGGAATTAAAACTAG
1 TGGGAACTCTCCCTTCCGACCACTAAACTAGAAACTAAAACTAG
* * *
28660 TGGGAACTCTCTCTTTCGATCACTAAACTAGAAACTAAAACTAG
1 TGGGAACTCTCCCTTCCGACCACTAAACTAGAAACTAAAACTAG
28704 TGGGAACTCTCCCTTC
1 TGGGAACTCTCCCTTC
28720 TTTTGAAAAC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 7, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 53 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.27, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (44 bp):
TGGGAACTCTCCCTTCCGACCACTAAACTAGAAACTAAAACTAG
Found at i:29050 original size:35 final size:32
Alignment explanation
Indices: 29004--29702 Score: 513
Period size: 35 Copynumber: 21.0 Consensus size: 32
28994 TTCTTACTAA
29004 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATT--ACT
* *
29039 ACTTAATTACCCTGAATTAATTTACTCATTAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATT-ACT
*
29073 CACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTA-TTACT
*
29109 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATCGACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTAT-TACT
*
29144 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATCGACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTAT-TACT
29179 CACTTAATTACCCTGAATTAAG------TTACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTACT
29206 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGTTATTAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATT-ACT
* *
29240 CACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTA-TTACT
* * *
29276 CACTTTATTACCCTGAATTCAGTCGATTATTGACTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TATTATT-AC-T
* * *
29312 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGCATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTA-T-TACT
* * *
29347 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTA--CCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTAC-T
* * * *
29378 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTA-TTAC--T
* *
29414 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTA--CTTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTACT
*
29444 GACTTAATTACGCTGAATTAAGTTACCTT-TTA-T
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA--TTATTACT
** *
29477 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-T-TGCTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTAC-T
* *
29508 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-T-TCACAG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTAC-T
*
29539 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-T-TCACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTACT
29569 GACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTT-TTACTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA--TTATTAC-T
** *
29604 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-T-TGCTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTAC-T
*
29635 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-A-TTAC-T
*
29670 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTACTTATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTACT
29703 GATTCACCTT
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 51, Indels: 102
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
26 21 0.04
27 3 0.01
28 2 0.00
29 2 0.00
30 2 0.00
31 149 0.26
32 26 0.05
33 6 0.01
34 43 0.08
35 221 0.39
36 84 0.15
37 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (32 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTACT
Found at i:29221 original size:96 final size:95
Alignment explanation
Indices: 29004--29692 Score: 518
Period size: 106 Copynumber: 6.9 Consensus size: 95
28994 TTCTTACTAA
* *
29004 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACT-ACTTAATTACCCTGAATTAATTTACTCAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATCG-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAA-GT--T-AT
*
29068 TA-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTAACT
60 TACACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT--TGACT---T
29109 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTA-
29174 CGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-TT-AC-T
62 C-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTGACTT
** *
29206 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGTTATTAACTCACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTAC
* *
29271 TAACTCACTTTATTACCCTGAATTCAGTCGATTATTGACTT
63 --ACTCACTTAATTACCCTGAATT-A----AGT-TTGACTT
* ** *
29312 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-CTG-CATTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTATC-GAC-TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTAC
* * *
29375 -CTTACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTT
63 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--T---TGAC-TT
* * * * **
29414 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACT-T--ACTGACTTAATTACGCTGAATTAAGTTACCTTTTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA--TTACA
29476 -T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTGACTT
64 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT--TGACTT
**
29508 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-T-TC-ACAGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-CACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACACT
* *
29569 GACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTTTTACTT
66 CACTTAATTACCCTGAATTAAG-----TTTGACTT
** *
29604 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-T-TGCT-GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-AC--
* *
29666 ACTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
63 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
29693 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 44, Indels: 103
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
91 1 0.00
92 3 0.01
93 23 0.05
94 51 0.10
95 9 0.02
96 106 0.22
97 33 0.07
98 29 0.06
99 20 0.04
100 26 0.05
101 25 0.05
102 25 0.05
103 5 0.01
104 7 0.01
105 15 0.03
106 113 0.23
107 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (95 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACACT
CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTGACTT
Found at i:29237 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 29180--29229 Score: 100
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
29170 TTATCGACTC
29180 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT
29206 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA
29230 GTTATTAACT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 24 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (26 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT
Found at i:29241 original size:167 final size:166
Alignment explanation
Indices: 29036--29692 Score: 691
Period size: 167 Copynumber: 4.0 Consensus size: 166
29026 TACTTATTGA
* *
29036 ACTACTTAATTACCCTGAATTAATTTACTCATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGAT
1 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGAT
*
29101 TACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG
65 TACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAT-GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG
*
29166 TTGATTA-TCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-TT
129 TTGATTACT-GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTT
* *
29203 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGTTATTAACTCACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGAT
1 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGAT
* * * *
29268 TACTAACTCACTTTATTACCCTGAATTCAGTCGATTATTGACTTGCTTAATTACCCTGAATTAAG
65 TACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG
*
29333 TTGATTACTG-CATTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT
129 TTGATTACTGAC-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT--T
* * * * * *
29373 ACCTTACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G
1 A-C-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAAC-TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
* * * * *
29435 -CTACTTACTGACTTAATTACGCTGAATTAAGTT-ACCTT-TTA--TACTTAATTACCCTGAATT
63 ATTACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA--TTATGACTTACTTAATTACCCTGAATT
29495 AAGTTG----CTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT
126 AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-T-TT
* * *
29534 CACAGACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTATTCACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A
1 -AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA
* * *
29594 CCTT--TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---CTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
64 --TTACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
29654 AGTT-ATTCACTGACTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
127 AGTTGATT-ACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
29693 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 42, Indels: 67
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
156 23 0.06
157 5 0.01
158 24 0.06
159 27 0.06
160 1 0.00
161 48 0.11
162 30 0.07
163 1 0.00
165 24 0.06
166 1 0.00
167 151 0.36
168 29 0.07
169 3 0.01
170 2 0.00
171 1 0.00
172 30 0.07
173 18 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
ACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
GATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTT
Found at i:29575 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 29519--29593 Score: 63
Period size: 14 Copynumber: 4.8 Consensus size: 17
29509 CTTAATTACC
29519 CTGAATTAAGTTATTCA
1 CTGAATTAAGTTATTCA
* * *
29536 CAGACTTAA-TTA--CC
1 CTGAATTAAGTTATTCA
29550 CTGAATTAAGTTATTCA
1 CTGAATTAAGTTATTCA
* *
29567 CTGACTTAA-TTA--CC
1 CTGAATTAAGTTATTCA
29581 CTGAATTAAGTTA
1 CTGAATTAAGTTA
29594 CCTTTTACTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 10
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 17 0.38
15 6 0.13
16 6 0.13
17 16 0.36
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
CTGAATTAAGTTATTCA
Found at i:29699 original size:39 final size:34
Alignment explanation
Indices: 29205--29693 Score: 436
Period size: 31 Copynumber: 14.7 Consensus size: 34
29195 ATTAAGTTAC
* *
29205 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGTTATTAACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACT
* * *
29240 CACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTAACT
1 TACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGACT
* * * * *
29276 CACTTTATTACCCTGAATTCAGTCGATTATTGACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TATTACTGACT
*
29311 TGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-CAT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAC-T
* *
29346 TGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAC---CT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
* * *
29377 TACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAC-T
*
29413 TACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG---
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACT
* *
29445 -ACTTAATTACGCTGAATTAAGTTACCTT--TTA--
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA--TTACTGACT
*
29476 TACTTAATTACCCTGAATTAAG---TTGCTGACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
*
29507 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-C--ACA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
*
29538 GACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-C--ACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
* *
29569 GACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTT--TTACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA--TTACTGACT
*
29603 TACTTAATTACCCTGAATTAAG---TTGCTGACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
29634 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGACT
*
29669 TACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA
29694 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 37, Indels: 60
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.01
29 4 0.01
30 1 0.00
31 149 0.39
32 26 0.07
33 3 0.01
34 33 0.09
35 109 0.28
36 59 0.15
37 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
Found at i:30355 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 30170--30548 Score: 373
Period size: 51 Copynumber: 7.5 Consensus size: 51
30160 AGATTTCATT
* * * * * *
30170 TTTATTT-CACATTA-TTCAAAGATTTCATCTTTTACTTAAAAGATTTAATC
1 TTTATTTACAAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAA-ATTCAATC
* * * * * *
30220 TTTATTTACAAAAATTACTTAAAAG-TTCAATCTTTTAATCAAAGATTACATTT
1 TTTATTTAC--AAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAAATT-CAATC
*
30273 TTTATTTTACAAACTTACTTAAAAG-CTTAATCTTTCAATTAAAAATTCAATC
1 TTTA-TTTACAAA-TTACTTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAAATTCAATC
* *
30325 TTTATTCACAAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTCACTTAAAAATTCAATC
1 TTTATTTACAAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAAATTCAATC
*
30376 TTTATTTACAAATTACTTAAAAG-CTTAATCTTTCAATTAAAAATTC-ATC
1 TTTATTTACAAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAAATTCAATC
* * * * *
30425 TCTATTTACAAATTACTTGAAAGA-TTCATC-TTCTAATTAAAAATCCCA-C
1 TTTATTTACAAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTC-AATTAAAAATTCAATC
* * * *
30474 TTTTATTTACAAATCACTTTAAAA-ATTCAATCTTTTACTTAAAAATTCAATC
1 -TTTATTTACAAATTAC-TTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAAATTCAATC
*
30526 TTTATATACAAATTACTTAAAAG
1 TTTATTTACAAATTACTTAAAAG
30549 CTTAAACTTT
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 38, Indels: 33
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
48 3 0.01
49 41 0.15
50 61 0.22
51 89 0.32
52 16 0.06
53 53 0.19
54 11 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (51 bp):
TTTATTTACAAATTACTTAAAAGATTTAATCTTTCAATTAAAAATTCAATC
Found at i:30377 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 30339--30378 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
30329 TTCACAAATT
*
30339 ACTTAAAAGATTTAATCTTTC
1 ACTTAAAAGATTCAATCTTTC
30360 ACTTAAAA-ATTCAATCTTT
1 ACTTAAAAGATTCAATCTTT
30379 ATTTACAAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.56
21 8 0.44
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
ACTTAAAAGATTCAATCTTTC
Found at i:30480 original size:150 final size:155
Alignment explanation
Indices: 30187--30558 Score: 465
Period size: 150 Copynumber: 2.4 Consensus size: 155
30177 CACATTATTC
* *
30187 AAAGATTTCATCTTTTACTTAAAAGATTTAATCTTTATTTACAAAAATTACTTAAAAG-TTCAAT
1 AAAGATTTAATCTTTTACTTAAAA-ATTCAATCTTTATTTAC--AAATTACTTAAAAGCTT-AAT
* * * * *
30251 CTTTTAATCAAAGATTACATTTTTTATTTTACAAACTTACTTAAAAGCTTAATCTTTCAATTAAA
62 CTTTCAATCAAAAATTACATTCTCTATTTTACAAACTTACTTAAAAGATTAATCTTTCAATTAAA
* *
30316 AATTCAATCTTTATTCACAAATTAC-TTA
127 AATCCAATCTTTATTCACAAATCACTTTA
*
30344 AAAGATTTAATCTTTCACTTAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAGCTTAATCTTT
1 AAAGATTTAATCTTTTACTTAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAGCTTAATCTTT
* * *
30409 CAATTAAAAATT-CA-TCTCTA-TTTACAAA-TTACTTGAAAGATTCATC-TTCTAATTAAAAAT
66 CAATCAAAAATTACATTCTCTATTTTACAAACTTACTTAAAAGATTAATCTTTC-AATTAAAAAT
* *
30469 CCCA-CTTTTATTTACAAATCACTTTA
130 CCAATC-TTTATTCACAAATCACTTTA
* * *
30495 AAA-ATTCAATCTTTTACTTAAAAATTCAATCTTTATATACAAATTACTTAAAAGCTTAAACTTT
1 AAAGATTTAATCTTTTACTTAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAGCTTAATCTTT
30559 GTACCAGATT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 19, Indels: 15
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
149 4 0.02
150 98 0.51
151 14 0.07
152 4 0.02
153 2 0.01
154 30 0.16
155 2 0.01
156 16 0.08
157 22 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (155 bp):
AAAGATTTAATCTTTTACTTAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAGCTTAATCTTT
CAATCAAAAATTACATTCTCTATTTTACAAACTTACTTAAAAGATTAATCTTTCAATTAAAAATC
CAATCTTTATTCACAAATCACTTTA
Done.