Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01015804.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15825, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6990
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.24, T:0.27


Found at i:5954 original size:20 final size:20

Alignment explanation


    Indices: 5925--5978  Score: 72
    Period size: 20  Copynumber: 2.7  Consensus size: 20

       5915 AAATGGGATA

                 *              
       5925 TTTGGCTAAAAGATGTAACC
          1 TTTGGATAAAAGATGTAACC

                 *        *     
       5945 TTTGGTTAAAAGATTTAACC
          1 TTTGGATAAAAGATGTAACC

                *         
       5965 TTTGAATAAAAGAT
          1 TTTGGATAAAAGAT

       5979 TGAATTTTTA


Statistics
Matches: 30,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.88            0.12        0.00

Matches are distributed among these distances:
  20   30  1.00

ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.17, T:0.35


Consensus pattern (20 bp):   
TTTGGATAAAAGATGTAACC

Found at i:6076 original size:51 final size:50

Alignment explanation


    Indices: 5953--6290  Score: 363
    Period size: 51  Copynumber: 6.7  Consensus size: 50

       5943 CCTTTGGTTA

                             *                     *   *      
       5953 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTGATTGGTAAAG
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTAGTAAAG

               *  * * *                                       *
       6003 AAAAATGTCATCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAGTAATTAGTAAAT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTA-AGTAATTAGTAAAG

                             *                         *      
       6054 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTGGTAAAG
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTAGTAAAG

               *  * * *            *               *        *  *
       6104 AAAAATGTCATCTTTGAGTAAAACATTGAATTTTTTAGAATAATTAGTGAAT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAA-TTTTTA-AGTAATTAGTAAAG

                *            *           *             *      
       6156 AAAGGTTTAACCTTTGAATAAAAGATTG-TTTTTTAAGTAATTGGTAAAG
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTAGTAAAG

               *  * * *                           *        *  *
       6205 AAAAATGTCATCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAATAATTAGTGAAT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTA-AGTAATTAGTAAAG

                *                              
       6256 AAAGGTTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTT

       6291 TAAAAAATAA


Statistics
Matches: 230,  Mismatches: 53, Indels: 9
        0.79            0.18        0.03

Matches are distributed among these distances:
  49   32  0.14
  50   79  0.34
  51   88  0.38
  52   31  0.13

ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.16, T:0.38


Consensus pattern (50 bp):   
AAAGATTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTAGTAAAG

Found at i:6132 original size:101 final size:101

Alignment explanation


    Indices: 5953--6290  Score: 588
    Period size: 101  Copynumber: 3.3  Consensus size: 101

       5943 CCTTTGGTTA

                                                   *                         
       5953 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTGATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT

                                   *        *   
       6018 GAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAGTAATTAGTAAAT
         66 GAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAATAATTAGTGAAT

                                                                             
       6054 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT

                    *                            
       6119 GAGTAAAACATTGAATTTTTTAGAATAATTAGTGAAT
         66 GAGTAAAAGATTGAA-TTTTTAGAATAATTAGTGAAT

                *                        *                                   
       6156 AAAGGTTTAACCTTTGAATAAAAGATTG-TTTTTTAAGTAATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT

                                                
       6220 GAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAATAATTAGTGAAT
         66 GAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAATAATTAGTGAAT

                *            *                 
       6256 AAAGGTTTAACCTTTGAGTAAAAGATTGAATTTTT
          1 AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTT

       6291 TAAAAAATAA


Statistics
Matches: 226,  Mismatches: 9, Indels: 4
        0.95            0.04        0.02

Matches are distributed among these distances:
 100   48  0.21
 101  132  0.58
 102   46  0.20

ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.16, T:0.38


Consensus pattern (101 bp):   
AAAGATTTAACCTTTGAATAAAAGATTGAATTTTTAAGTAATTGGTAAAGAAAAATGTCATCTTT
GAGTAAAAGATTGAATTTTTAGAATAATTAGTGAAT
Done.