Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015971.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15992, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27110
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.19, T:0.35
Found at i:2231 original size:63 final size:64
Alignment explanation
Indices: 2153--2280 Score: 188
Period size: 63 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
2143 GGATTTGATC
* *
2153 AAATTTTTGTGGTAAAAGTTTAGTTTT-A-ATTATCATTCGATACTTGTTCCTTAAAGAAGGTTT
1 AAATTTTTGTGGTAAAAATTTAGTTTTAATATTATCATTC-ATACTTGTTCCTTAAACAAGGTTT
* *
2216 AAATTTTTGTGGTAAAAATTTAGTTTTAATTATTATCATTCATCCTTGTTCCTTACACAAGGTTT
1 AAATTTTTGTGGTAAAAATTTAGTTTTAA-TATTATCATTCATACTTGTTCCTTAAACAAGGTTT
2281 TTCAATTTCT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 4
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
63 26 0.45
64 1 0.02
65 21 0.36
66 10 0.17
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (64 bp):
AAATTTTTGTGGTAAAAATTTAGTTTTAATATTATCATTCATACTTGTTCCTTAAACAAGGTTT
Found at i:5281 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 5269--5294 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
5259 AGAATTATAT
5269 ATTTAAC
1 ATTTAAC
5276 ATTTAAC
1 ATTTAAC
5283 ATTTAAC
1 ATTTAAC
5290 ATTTA
1 ATTTA
5295 TAATAACACT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 19 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (7 bp):
ATTTAAC
Found at i:14764 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14743--14775 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
14733 TCTGACTGAT
14743 AACCATTGTTTATGAC
1 AACCATTGTTTATGAC
14759 AACCATTGTTTATGAC
1 AACCATTGTTTATGAC
14775 A
1 A
14776 TAAAATGAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
AACCATTGTTTATGAC
Found at i:15907 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 15902--15932 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
15892 AGTGTGTATA
15902 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
15933 TAAACAAGCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.48, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:22049 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 22042--22075 Score: 59
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
22032 GAGGGCATAC
*
22042 AT AT AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
22076 CATACTTTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:23327 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 23283--23765 Score: 409
Period size: 35 Copynumber: 13.8 Consensus size: 34
23273 ATCAGTAATA
* * *
23283 AGTATCTTAATTCAGGATAATTAAGTAGGTCAGT
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
* *
23317 GAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAAGT
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A---AGTCAGT
*
23356 CAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTCAGT
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
* * * *
23391 GAATAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTTAGTAAGT
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
* *
23426 CAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTAAGT-AAT
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
* * *
23460 AGGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTTAGT
1 A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
*
23495 AAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCT
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-T
* *
23531 AGTAACATGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCT
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-T
* *
23566 AGTAACATGATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTT
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-T
* *
23602 AGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAG---GC
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
* * * *
23633 AGTAACTTTATTCA-GTTCAATTAAGTATACATCAGC
1 AGTAACTTAATTCAGGGT-AATTAAGTA-A-GTCAGT
* * * * *
23669 AATCAACTTGATTCAGGGTAATTAAGAAATTTAGTT
1 AGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-T
* * * *
23705 ATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCATT
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
***
23739 GACCGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
23766 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 58, Indels: 38
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 22 0.06
32 2 0.01
33 1 0.00
34 29 0.08
35 224 0.60
36 41 0.11
37 18 0.05
38 3 0.01
39 30 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (34 bp):
AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
Found at i:23570 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 23283--23763 Score: 437
Period size: 139 Copynumber: 3.4 Consensus size: 139
23273 ATCAGTAATA
* * * * *
23283 AGTATCTTAATTCAGGATAATTAAGTAGGTCAG-TGAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGAT-AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAG
* * *
23347 TTAGTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTCAG-TGAATAACTTAATTTAGGGTA
65 TTAGTAAGT-AG---CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCT-AATAACTTGATTCAGGGTA
*
23411 ATTAAGTTAGTAAGT
125 ATTAAGTAAGTAAGT
* *
23426 CAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTAAGT-A-ATAGGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAATTAA
1 -AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATA-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAA
* *
23489 GTTAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCTAGTAACATGATTCAGGGTAATTA
64 GTTAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCTAATAACTTGATTCAGGGTAATTA
*
23554 AGTAAGTCAGCT
129 AGTAAGTAAG-T
* * *
23566 AGTAACATGATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGG--A--AATTAAG
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAG
* ** * * * *
23627 TAAGGCAGTAACTTTATTCA-GTTCAATTAAGTATACATCAGC-AATCAACTTGATTCAGGGTAA
65 TTAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGT-AATTAAGTA-A-GTCAGCTAAT-AACTTGATTCAGGGTAA
* * *
23690 TTAAGAAATTTAGTT
126 TTAAGTAAGTAAG-T
* * * **
23705 ATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCATTGACCG--ACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA--GATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
23764 GTTTAGTAAG
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 40, Indels: 36
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
136 2 0.01
137 31 0.11
138 21 0.08
139 132 0.47
140 9 0.03
141 16 0.06
142 7 0.03
143 36 0.13
144 26 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (139 bp):
AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGT
TAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCTAATAACTTGATTCAGGGTAATTAAG
TAAGTAAGT
Found at i:23685 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 23288--23765 Score: 448
Period size: 174 Copynumber: 2.7 Consensus size: 173
23278 TAATAAGTAT
* * * *
23288 CTTAATTCAGGATAATTAAGTAGGTCAGTGAA-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTCAG-CAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG-
* * * *
23352 AAGTCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTCAGTGAATAACTTAATTTAGGGTAATTAAG
64 --CT-AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACATAATTCAGGGTAATTAAG
* * * * *
23417 TTAGTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTAAGTAATAGGTAG
126 TAAGTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAG-AACAGGTAA
* * * *
23466 CTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTTAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTCAGCAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGCT
* * * *
23531 AGTAACATGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCT-AGTAACATGATTCAGGGTAATTAAGTAAA
66 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TGAATAACATAATTCAGGGTAATTAAGT-AA
* * *
23595 GTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAG-GCA-GTAA
129 GTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAGAACAGGTAA
* * * * *
23638 CTTTATTCA-GTTCAATTAAGTATACA-TCAGCAA-TCAACTTGATTCAGGGTAATTAAGAAATT
1 CTTAATTCAGGGT-AATTAA-T-TA-AGTCAGCAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
* * * * * *** *
23700 TAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCATTGACCGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
61 TAGCTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACATAATTCAGGGTAATTAAG
23765 T
126 T
23766 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 44, Indels: 22
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 17 0.07
173 4 0.02
174 133 0.54
175 36 0.15
177 2 0.01
178 53 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (173 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTCAGCAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGCT
AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACATAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
AAGTCAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAGAACAGGTAA
Done.