Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016059.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16080, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13110
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.18, T:0.33
Found at i:3815 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3788--3833 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
3778 GTTATTCAGT
3788 TTATGTTT-TATCTTTAATTTTCTA
1 TTAT-TTTATATCTTTAATTTTCTA
* *
3812 TTATTTTATGTCTTTATTTTTC
1 TTATTTTATATCTTTAATTTTC
3834 AAGTTCAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 3 0.16
24 16 0.84
ACGTcount: A:0.17, C:0.09, G:0.04, T:0.70
Consensus pattern (24 bp):
TTATTTTATATCTTTAATTTTCTA
Found at i:6681 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6661--6694 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
6651 GATTGCTTTC
*
6661 TTAGTTA-ATTTACTT
1 TTAGTTAGATTTAATT
6676 TTAGTTAGATTTAATT
1 TTAGTTAGATTTAATT
6692 TTA
1 TTA
6695 ATTCTTCTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.41
16 10 0.59
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.09, T:0.59
Consensus pattern (16 bp):
TTAGTTAGATTTAATT
Found at i:11396 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 11350--12033 Score: 744
Period size: 35 Copynumber: 19.7 Consensus size: 34
11340 TGCTTACTAA
*
11350 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACT
* ** * * *
11385 ACTTAATTACCCTGAATTAACTTTCTCATTAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
11419 CACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACT
*
11455 CACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTACTG---
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACT
* *
11487 ACTTAATTACTCTGAATTAAG-TCATTAGCTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-CTGACT
*
11521 CACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ATTTACTGACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACT
11556 -C--AATTACCCTGAATTAAGTT-ATTCACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGACT
* *
11587 CACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGATCC
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-CT
* *
11623 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
*
11658 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGCCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
* * *
11692 CGCTTAATTTCCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
11728 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
* *
11762 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
* *
11798 ACTTAATTACCATGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
* *
11833 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
* *
11868 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
11903 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTT-ATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTGATTACTGACT
* * *
11937 CACTTAATTATCCTGAATTAAGTTTATTAACTTACTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGAC-T
*
11974 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC--T
* *
12010 ACCTAATTACCCTGAATTAGGTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
12034 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 47, Indels: 59
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 6 0.01
31 50 0.09
33 2 0.00
34 11 0.02
35 406 0.71
36 96 0.17
37 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
Found at i:12647 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 12540--12737 Score: 179
Period size: 53 Copynumber: 3.7 Consensus size: 52
12530 CACATTATTC
* * *
12540 AAAGATTTAATCTTTTACTT-AAAAGATTGAATCTTTATTTACAAAAATTACTTA
1 AAAGA-TTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTTAC--AAATTACTTA
* * * *
12594 AAAG-TTCAATCTTTTAA-T-CAAAGATTACATTTTTTATTTACAAACTTACTTA
1 AAAGATT-AATCTTTTAATTAAAAAAATT-CAATCTTTATTTACAAA-TTACTTA
* *
12646 AAAGCTTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTCACAAATTACTTA
1 AAAGATTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTA
* *
12698 AAAGATTTAATCTTTCACTTAAAAAATAAATTCAATCTTT
1 AAAGA-TTAATCTTTTAATT--AAAA-AAATTCAATCTTT
12738 TACTTAAAAA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 13, Indels: 18
0.80 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
51 3 0.02
52 42 0.35
53 49 0.40
54 10 0.08
55 4 0.03
56 13 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (52 bp):
AAAGATTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTA
Found at i:12683 original size:53 final size:50
Alignment explanation
Indices: 12546--12724 Score: 180
Period size: 52 Copynumber: 3.4 Consensus size: 50
12536 ATTCAAAGAT
* * *
12546 TTAATCTTTTACTTAAAAGATTGAATCTTTATTTACAAAAATTACTTAAAAG
1 TTAATCTTTTAATTAAAAAATTCAATCTTTATTTAC--AAATTACTTAAAAG
* * * *
12598 TTCAATCTTTTAA-TCAAAGATTACATTTTTTATTTACAAACTTACTTAAAAG
1 TT-AATCTTTTAATTAAAAAATT-CAATCTTTATTTACAAA-TTACTTAAAAG
*
12650 CTTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTCACAAATTACTTAAAAG
1 -TTAATCTTTTAATT-AAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAG
* *
12702 ATTTAATCTTTCACTTAAAAAAT
1 --TTAATCTTTTAATTAAAAAAT
12725 AAATTCAATC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 13, Indels: 14
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
51 3 0.03
52 49 0.46
53 49 0.46
54 6 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (50 bp):
TTAATCTTTTAATTAAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAG
Done.