Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016118.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16139, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4835
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.16, T:0.34
Found at i:452 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 399--878 Score: 580
Period size: 35 Copynumber: 13.7 Consensus size: 35
389 TTCTTACTAA
* * *
399 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
* * * *
434 ACATAACTT-CCCTAAATTAAGTTGATTA-TTAACT
1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
* * *
468 CACTTCATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
*
504 ACTTAATTA-CCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
* *
537 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
* *
573 ACTTAGTTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
* * *
607 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTTAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
*
643 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
*
677 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
*
713 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--TAATTACTGAACT
* * *
750 CACTTAATTACCTTGAATTAAGTTAATTACCGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
*
786 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTAATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
*
820 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
856 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
879 GCTTATTACT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 46, Indels: 36
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 2 0.01
34 41 0.11
35 290 0.76
36 17 0.04
37 3 0.01
38 28 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAACT
Found at i:616 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 399--879 Score: 750
Period size: 70 Copynumber: 6.8 Consensus size: 70
389 TTCTTACTAA
* * * * * * *
399 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACATAACTT-CCCTAAATTAAGTTGATTAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
463 TAACTC
65 TGACTC
* *
469 ACTTCATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTA-CCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
533 GACTC
66 GACTC
* *
538 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAGTTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
603 GACTC
66 GACTC
* *
608 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
673 GACTC
66 GACTC
678 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATT
743 ACTGACTC
63 ACTGACTC
* * * *
751 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
816 GACTC
66 GACTC
821 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
880 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 26, Indels: 10
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
69 64 0.17
70 250 0.66
73 66 0.17
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (70 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GACTC
Found at i:793 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 751--865 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 13.2 Consensus size: 8
741 TTACTGACTC
751 ACTTAATT
1 ACTTAATT
759 ACCTTGAATT
1 A-CTT-AATT
*
769 AAGTTAATT
1 -ACTTAATT
**
778 ACCGAATT
1 ACTTAATT
786 ACTTAATT
1 ACTTAATT
*
794 ACCCTAAATT
1 A--CTTAATT
*
804 AAGTTAATT
1 -ACTTAATT
* * *
813 ACTGACTC
1 ACTTAATT
821 ACTTAATT
1 ACTTAATT
*
829 ACCCTGAATT
1 A--CTTAATT
*
839 AAGTTAATT
1 -ACTTAATT
*
848 ACTGAATT
1 ACTTAATT
856 ACTTAATT
1 ACTTAATT
864 AC
1 AC
866 CCTGAATTAA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 22, Indels: 18
0.66 0.19 0.16
Matches are distributed among these distances:
8 38 0.50
9 17 0.22
10 18 0.24
11 3 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (8 bp):
ACTTAATT
Found at i:824 original size:213 final size:209
Alignment explanation
Indices: 399--879 Score: 775
Period size: 213 Copynumber: 2.3 Consensus size: 209
389 TTCTTACTAA
* * * * * *
399 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACATAACTT-CCCTAAATTAAGTTGATTAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGAATTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* *
463 TAACTCACTTCATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTACCTGAATTAAGTTGA
65 TAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCTGAATTAAGTTGA
* *
528 TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAGTTACCCTGAATTAA
130 TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTAAATTAA
*
593 GTTGATTACTGACTC
195 GTTAATTACTGACTC
*
608 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
673 GACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGC
66 AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTA-CCTGAATTAAGTTG-
*
738 TTATTACTGACTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTAAAT
129 --ATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTAAAT
803 TAAGTTAATTACTGACTC
192 TAAGTTAATTACTGACTC
*
821 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
880 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 16, Indels: 6
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
208 2 0.01
209 101 0.40
210 14 0.06
213 134 0.53
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (209 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCTGAATTAAGTTGAT
TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTAAATTAAG
TTAATTACTGACTC
Found at i:827 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 399--890 Score: 766
Period size: 143 Copynumber: 3.5 Consensus size: 143
389 TTCTTACTAA
* * * * * * *
399 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACATAACTT-CCCTAAATTAAGTTGATTAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTGCTTAT
* *
463 TA---ACTCACTTCATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTA-CCTGAATTAAG
65 TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAG
524 TTGATTACTGACTC
130 TTGATTACTGACTC
* *
538 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAGTTACCCTGAATTAAGTTG---ATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
* *
600 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
66 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
665 TGATTACTGACTC
131 TGATTACTGACTC
678 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
* * *
743 ACTGACTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTAAATTAAGT
66 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
*
808 TAATTACTGACTC
131 TGATTACTGACTC
821 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
886 ACTGA
66 ACTGA
891 TTCATTTTTT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 20, Indels: 12
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
136 4 0.01
138 2 0.01
139 92 0.28
140 82 0.25
143 145 0.45
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (143 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
TGATTACTGACTC
Done.