Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016165.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16186, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28694
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.16, T:0.33
Found at i:850 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 835--866 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
825 TCGCATGCGA
835 TGGCCGGTCATG
1 TGGCCGGTCATG
*
847 TGGCCGGACATG
1 TGGCCGGTCATG
859 TGGCCGGT
1 TGGCCGGT
867 GTTGCACAGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 18 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.25, G:0.44, T:0.22
Consensus pattern (12 bp):
TGGCCGGTCATG
Found at i:1024 original size:116 final size:116
Alignment explanation
Indices: 820--1048 Score: 388
Period size: 116 Copynumber: 2.0 Consensus size: 116
810 TTGCCCCATG
*
820 CGATGTCGCATGCGATGGCCGGTCATGTGGCCGGACATGTGGCCGGTGTTGCACAGCTTCTCCAA
1 CGATGTCGCATGCGATGGCCAGTCATGTGGCCGGACATGTGGCCGGTGTTGCACAGCTTCTCCAA
* * *
885 GCAATGGTCGGTCAGACGTGCTCCAAACTCCATGCTCCTCCAAGCTAGCAT
66 GCAATGGCCGGTCACACATGCTCCAAACTCCATGCTCCTCCAAGCTAGCAT
*
936 CGATGTCGCATGCGATGGCCAGTCATGTGGCCGGACATGTGGCCGGTGTTGCGC-GACTTCTCCA
1 CGATGTCGCATGCGATGGCCAGTCATGTGGCCGGACATGTGGCCGGTGTTGCACAG-CTTCTCCA
*
1000 AGCAATGGCCGGTCACACATGCTCCCAACTCCATGCTCCTCCAAGCTAG
65 AGCAATGGCCGGTCACACATGCTCCAAACTCCATGCTCCTCCAAGCTAG
1049 ATTCAAATCC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 6, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 1 0.01
116 105 0.99
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (116 bp):
CGATGTCGCATGCGATGGCCAGTCATGTGGCCGGACATGTGGCCGGTGTTGCACAGCTTCTCCAA
GCAATGGCCGGTCACACATGCTCCAAACTCCATGCTCCTCCAAGCTAGCAT
Found at i:7092 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 7078--7108 Score: 53
Period size: 9 Copynumber: 3.3 Consensus size: 9
7068 GGTCGGAAAA
7078 TTTTTTTAT
1 TTTTTTTAT
7087 TTTTTTTAT
1 TTTTTTTAT
7096 TTTTTTATAT
1 TTTTTT-TAT
7106 TTT
1 TTT
7109 GCGATATAAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
9 15 0.71
10 6 0.29
ACGTcount: A:0.13, C:0.00, G:0.00, T:0.87
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTTAT
Found at i:8209 original size:30 final size:32
Alignment explanation
Indices: 8135--8214 Score: 92
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
8125 ATCCGAATGG
* * *
8135 CCCAATCGATGTCCGGTTGTGGCCGGTTGGTGC
1 CCCAAGCGATGGCCGGTTGTGGCCGG-TGATGC
*
8168 GCCAAGCGATGGCCGGTTGTGGCC-G-GATGC
1 CCCAAGCGATGGCCGGTTGTGGCCGGTGATGC
*
8198 CCCATGCGATGGCCGGT
1 CCCAAGCGATGGCCGGT
8215 CATGTGGCTG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 3
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 19 0.46
32 1 0.02
33 21 0.51
ACGTcount: A:0.11, C:0.29, G:0.39, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
CCCAAGCGATGGCCGGTTGTGGCCGGTGATGC
Found at i:10673 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10655--10686 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
10645 TCTTGAATTA
10655 ATTCTTCAAAAT
1 ATTCTTCAAAAT
10667 A-TCTTC-AAAT
1 ATTCTTCAAAAT
10677 ATTCTTCAAA
1 ATTCTTCAAA
10687 CACGAACTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 4
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.28
11 10 0.56
12 3 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (12 bp):
ATTCTTCAAAAT
Found at i:15643 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15617--15913 Score: 432
Period size: 22 Copynumber: 13.5 Consensus size: 22
15607 ATCCTTTCCT
*
15617 TGCCCTGAGATGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
15639 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
15661 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
*
15683 TACCCTGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
*
15705 TGCCCTGAGACACTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
* *
15727 TACCCTGAGACACTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
*
15749 TGCCCCGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
* **
15771 TGCCCTGAGACACTTGCGAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
* *
15793 TACCCCGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
* *
15815 TGCCCTGAGACACTTGAAATTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
* *
15837 TGCCCGGAGACACTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
*
15859 TACCCTGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
*
15881 TACCCTGAGACGCTTGAAAGTC
1 TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
*
15903 TACCCTGAGAC
1 TGCCCTGAGAC
15914 AAAGGAGGAC
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 26, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 249 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
TGCCCTGAGACGCTTGAAAGTC
Found at i:20774 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 20734--20878 Score: 168
Period size: 36 Copynumber: 4.0 Consensus size: 36
20724 GATTAAGTTC
*
20734 TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTTAATTAAGCCT
1 TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
* * *
20770 TTTATTGACACTACTTAATTACCCTGAATTGAGCCT
1 TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
** * *
20806 TTTATTGA-TGTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTCCC
1 TTTATTGACT-CCACTTAATTACCCTGAATTAAG-CCT
*
20843 TTTATTGAC-CCTACTTAATTACCCCGAATTAAGCCT
1 TTTATTGACTCC-ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
20879 CTGACTTGAC
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 14, Indels: 8
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
36 62 0.68
37 29 0.32
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
Found at i:21142 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 20887--21152 Score: 372
Period size: 37 Copynumber: 7.2 Consensus size: 37
20877 CTCTGACTTG
* * * *
20887 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTCTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
20924 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
20961 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTTCC-TTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAG-TCCTTTACTCT
20998 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* * *
21035 ACTTAATTCCATTCCTTGGAATCAAGTCTTTTGCTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* * * *
21072 ACTTAATTTCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTTTCTTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* * * *
21109 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCTTTTTCTTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
21146 ACTTAAT
1 ACTTAAT
21153 CCCCGGAGGT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 15, Indels: 4
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 3 0.01
37 206 0.97
38 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (37 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
Found at i:21799 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 21308--22361 Score: 1862
Period size: 344 Copynumber: 3.1 Consensus size: 342
21298 CCTTCCTTGA
* *
21308 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCAC-TGAAATTAAGTCTGTACTTACCTTAC
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTC-CTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTAC
*
21372 TTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGTAATTAAGTCTGT
65 TTAATTACCC-GAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGT
*
21437 GCTTACTTTACCTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAA
129 GCTTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAA
21502 TTAAGTCTATGTTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTA
194 TTAAGTCTATGTTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTA
21567 ATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT
259 ATTACCC-GAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT
21632 TACTTTACTTAATTACTCC-G
323 TACTTTACTTAATTAC-CCTG
*
21652 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
* *
21717 TAATTACCACAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTACCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
66 TAATTACC-CGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
* *
21782 CTTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAATTTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAAT
130 CTTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAAT
*
21847 TAAGTCTAT-TCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTA
195 TAAGTCTATGT-TTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTA
*
21911 ATTATCCCGAATTAAGTTTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT
259 ATTA-CCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT
21976 TACTTTACTTAATTACCCTG
323 TACTTTACTTAATTACCCTG
21996 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
22061 TAATTACTCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
66 TAATTAC-CCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
*
22126 CTTACTTTACTTAATTTCCTTCGCTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAAT
130 CTTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAAT
* *
22191 TAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCATTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAA
195 TAAGTCTATGTTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAA
*
22256 TTACCCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTT
260 TTA-CCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT
22321 ACTTTACTTAATTACCCTG
324 ACTTTACTTAATTACCCTG
*
22340 AATTAAGTCTAGGCTTGTCTTT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
22362 TCCTGCCTTG
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 24, Indels: 14
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
343 4 0.01
344 670 0.99
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (342 bp):
AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
TAATTACCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
TTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATT
AAGTCTATGTTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAAT
TACCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTAC
TTTACTTAATTACCCTG
Found at i:22361 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 21230--22349 Score: 1002
Period size: 76 Copynumber: 14.6 Consensus size: 76
21220 TTAATTCTTA
* * * *
21230 TGAAATTAAGTCTTTGC-TAATTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTATGTGCTTGCCTTTACCT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
21293 AATTTCCTTCC
66 AATTTCCTTCC
* * * * *
21304 TTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTACTT-ACC
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TC-CTG-AATTAAGTCTGTGCTTGACT
* *
21368 TTACTTAA-TTAC--CC
60 TTACCTAATTTCCTTCC
* * *
21382 TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGTAATTAAGTCTGTGCTT-ACTT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TCC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
21445 TACCTAATTTCCTTCAC
61 TACCTAATTTCCTTC-C
* * * *
21462 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTCTATGTTTGTCTTTACCT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
21526 AATTTCCTTCC
66 AATTTCCTTCC
* * *
21537 TTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACC
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACC
21601 TAATTTCCTTCC
65 TAATTTCCTTCC
* * *
21613 TTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACTCC-GAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACC
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACC
21677 TAATTTCCTTCC
65 TAATTTCCTTCC
* * *
21689 TTGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTAC-CAC-AAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTAC
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTC-CTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTAC
*
21752 CTAATTACCTTCC
64 CTAATTTCCTTCC
* * * *
21765 TTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAATTTGTGCTT-ACTT
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAA-TTAC-TC-CTG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
* *
21829 TACTTAA-TTAC--CC
61 TACCTAATTTCCTTCC
* * *
21842 TG-AATTAAGTCTATTCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TCC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
*
21905 TACTTAATTAT-C--CC
61 TACCTAATT-TCCTTCC
* * * *
21919 -G-AATTAAGTTTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TCC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
* *
21981 TACTTAA-TTAC--CC
61 TACCTAATTTCCTTCC
* * *
21994 TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TCC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
* *
22057 TACTTAA-TTAC-TCC
61 TACCTAATTTCCTTCC
* * *
22071 -G-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TCC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
*
22133 TACTTAATTTCCTTCGC
61 TACCTAATTTCCTTC-C
* * *
22150 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCT
1 TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
*
22214 AATTTCATTCC
66 AATTTCCTTCC
* * * *
22225 TTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACC
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACC
22289 TAATTTCCTTCC
65 TAATTTCCTTCC
* *
22301 TTGAAATTAAGTATGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTCT
1 -TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCT
22350 AGGCTTGTCT
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 59, Indels: 71
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
74 1 0.00
75 68 0.07
76 724 0.76
77 33 0.03
78 8 0.01
79 13 0.01
80 35 0.04
81 54 0.06
82 14 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (76 bp):
TGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
AATTTCCTTCC
Found at i:22361 original size:268 final size:264
Alignment explanation
Indices: 21230--22349 Score: 1505
Period size: 268 Copynumber: 4.2 Consensus size: 264
21220 TTAATTCTTA
* * * *
21230 TGAAATTAAGTCTTTGC-TAATTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTATGTGCTTGCCTTTACCT
1 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
*
21293 AATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCAC-TGAAATTAAGT
66 AA-TTAC--CC-TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTC-CTTGAAATTAAGT
* *
21357 CTGTACTTACCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCT
125 CTGTGCTTACTTTACTTAATTACCC-GAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCT
* * * * *
21422 TGTAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACCTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTT
189 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACC--C-C-G-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
* *
21486 ACTTAA-TTAC--CC-
249 ACCTAATTTCCTTCCT
* * * * *
21498 TG-AATTAAGTCTATGTTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTT
1 TGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-TCC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTT
*
21561 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTC
61 TACCTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTC
21626 TGTGCTTACTTTACTTAATTACTCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTT
126 TGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTT
* * *
21691 GAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACTTAATTACCACAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAA
190 GAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAA
*
21756 TTACCTTCCT
255 TTTCCTTCCT
* * *
21766 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTTCCTTCACTGAAATTAAATTTGTGCTT-ACTTT
1 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAA-TTAC-TC-CTG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTTT
* * *
21830 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATTCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
62 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
*
21895 GTGCTTACTTTACTTAATTATCCCGAATTAAGTTTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTG
127 GTGCTTACTTTACTTAATTA-CCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTG
*
21960 AAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAAT
191 AAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAAT
22025 TTCCTTCCT
256 TTCCTTCCT
* *
22034 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACTCC-GAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCT
1 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
* * * *
22098 AATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAATTTCCTTCGC-TGAAATTAAGT
66 AA-TTAC--CC-TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTC-CTTGAAATTAAGT
*
22161 CTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCATTCCT
125 CTGTGCTTACTTTACTTAATTACCC-GAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCT
22226 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTA
189 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTA
22291 ATTTCCTTCCT
254 ATTTCCTTCCT
*
22302 TGAAATTAAGTATGTGCTTACTTTACTTAATTAC-CCTGAATTAAGTCT
1 TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCT
22350 AGGCTTGTCT
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 51, Indels: 52
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
263 28 0.04
264 19 0.02
265 7 0.01
266 2 0.00
267 25 0.03
268 615 0.79
269 43 0.06
270 5 0.01
272 5 0.01
273 11 0.01
274 15 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (264 bp):
TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACTCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCT
AATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
TTACTTTACTTAATTACCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATT
AAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCT
TCCT
Found at i:22418 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 22373--23473 Score: 1166
Period size: 37 Copynumber: 28.4 Consensus size: 37
22363 CCTGCCTTGA
* * * *
22373 AATT-AGTCCTTTAACTGCTCTTACTTAATTTCCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
* *
22409 AATTAAGTCCTCTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTG
*
22446 AATTAAGTTTTTTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTG
* *
22483 AATTAAGCTCTCTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTG
* ** * **
22520 AATTATGTTCCCTGGCTG-TGTTTACTTAATTTTCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTG
* * * * *
22557 AATCAAGTTCTCTGACTGCTTTTACATAATTTCCCCG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
* * *
22594 AATTAAGTTCTGTGA-TGCTTTTACTTAATTTCCCCG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
*
22630 AATTAAGTTCTTTGA-TGCTTTTACTTAGTTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
22666 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTACTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTG---------CTTTTACTTAATTACCCTG
* *
22712 AATTAAGTTCTTTGAGTGCTTTTACTTAATTTCCCATG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCC-TG
* *
22750 AATTAAGTTCTTTGAGTGCTTTTACTTAATTATCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
22787 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
22824 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTG------C---TTTTACTTAATTACCCTG
* * *
22870 AATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTTCTCTG
1 AATTAAGTTCTTTGA-CTGCTTTTACTTAATTACCCTG
*
22907 AATTAAGTTCTTTGTCTGCTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
*
22944 AATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
*
22981 AATTAAGTTCTTTAACTGTTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTC-TT---TG-----ACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
23027 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTG------C---TTTTACTTAATTACCCTG
*
23073 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTTACCATG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAA-TTACCCTG
23111 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
23148 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTG------C---TTTTACTTAATTACCCTG
* *
23194 AATTAAGTTC-TTAACATGCTTTTACTTAATTTCCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTG
*
23231 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCTTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
23268 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
23305 AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTG------C---TTTTACTTAATTACCCTG
*
23351 AATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGA-CTGCTTTTACTTAATTACCCTG
23388 AATTAAGTTCTTTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTG
*
23425 AATTAA-TTCTTTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCCG
1 AATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTG
23461 AATTAAGTTCTTT
1 AATTAAGTTCTTT
23474 AATTGTGCAT
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 60, Indels: 135
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
36 108 0.12
37 528 0.56
38 83 0.09
40 4 0.00
41 2 0.00
42 2 0.00
43 3 0.00
45 12 0.01
46 195 0.21
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (37 bp):
AATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTG
Found at i:22908 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 22769--23473 Score: 878
Period size: 83 Copynumber: 8.8 Consensus size: 83
22759 CTTTGAGTGC
*
22769 TTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
22834 TTTGACTGCTTTTACTGT
66 TTTGACTGCTTTTACTGT
* * *
22852 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTT
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGA-CTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
*
22916 C-TT---TG----T-CTGC
65 CTTTGACTGCTTTTACTGT
*
22926 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
22991 TTTAACTGTTTTTACTGT
66 TTTGACTGCTTTTACTGT
23009 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTGA
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTG------C---TTTTACTTAATTACCCTGA
23074 ATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTAC---
57 ATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGT
* *
23098 --TTA---ATTTACCATGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
23158 TTTGACTGCTTTTACTGT
66 TTTGACTGCTTTTACTGT
* *
23176 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACATGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTT
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
23240 CTTTGACTG------C---
65 CTTTGACTGCTTTTACTGT
*
23250 TTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
23315 TTTGACTGCTTTTACTGT
66 TTTGACTGCTTTTACTGT
*
23333 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGA-CTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
23397 CTTTGACTG-------TG-
65 CTTTGACTGCTTTTACTGT
*
23408 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAA-TTCTTTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTT
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
23470 CTTT
65 CTTT
23474 AATTGTGCAT
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 26, Indels: 94
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
72 1 0.00
73 35 0.06
74 151 0.27
75 53 0.10
76 2 0.00
77 1 0.00
78 3 0.01
79 2 0.00
80 4 0.01
82 13 0.02
83 218 0.39
84 26 0.05
87 3 0.01
89 1 0.00
92 41 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (83 bp):
TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
TTTGACTGCTTTTACTGT
Found at i:22989 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 22393--23473 Score: 1491
Period size: 157 Copynumber: 6.9 Consensus size: 157
22383 TTAACTGCTC
* * * * *
22393 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTCTGA-CTG-TGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCT-TAACCTGCT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTC
* *
22456 TTTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTCTCTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCT
64 TTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCT
* ** *
22519 GAATTATGTTC-----C--C--TGGCTGTGT
127 GAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
** * * * *
22541 TTACTTAATTTTCCTGAATCAAGTTCTCTGA-CTGCTTTTACATAATTTCCCCGAATTAAGTTCT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCT-TAACCTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCT
* * * *
22605 GTGA-TGCTTTTACTTAATTTCCCCGAATTAAGTTCTTTGA-TGCTTTTACTTAGTTACCCTGAA
65 TTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAA
**
22668 TTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTACTT
130 TTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
* *
22696 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGA-GTGCTTTTACTTAATTTCCCATGAATTAAGTTC
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTTCCC-TGAATTAAGTTC
* *
22760 TTTGAGTGCTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGA
64 TTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGA
22825 ATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
129 ATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
*
22854 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACCTGCTTTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTTCTT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACCTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTT
* *
22919 TGTCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAAT
66 TGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAAT
* *
22984 TAAGTTCTTTAACTGTTTTTACTGTTT
131 TAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
* * *
23011 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAAT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TT-A--AC-----CTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAAT
*
23076 TAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTTACCATGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAAT
57 TAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAAT
23141 TACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
121 TACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
*
23178 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACATGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACCTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTT
*
23243 TGACTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAAT
66 TGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAAT
23308 TAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
131 TAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
*
23335 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACCTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTT
*
23400 TGACTG-TGTTTACTTAATTACCCTGAATTAA-TTCTTTGACTG-TGTTTACTTAATTACCCCGA
66 TGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAATTACCCTGA
23462 ATTAAGTTCTTT
129 ATTAAGTTCTTT
23474 AATTGTGCAT
Statistics
Matches: 845, Mismatches: 59, Indels: 50
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
146 27 0.03
147 31 0.04
148 59 0.07
149 1 0.00
151 1 0.00
153 1 0.00
155 49 0.06
156 57 0.07
157 327 0.39
158 142 0.17
159 1 0.00
161 1 0.00
163 1 0.00
165 1 0.00
166 49 0.06
167 97 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (157 bp):
TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAACCTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTT
TGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAAT
TAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
Found at i:23465 original size:120 final size:118
Alignment explanation
Indices: 22614--23456 Score: 844
Period size: 120 Copynumber: 7.0 Consensus size: 118
22604 TGTGATGCTT
* * *
22614 TTACTTAATTTCCCCGAATTAAGTTCTTTGA-TGCTTTTACTTAGTTACCCTGAATTAAGTTCTT
1 TTAC-TAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTT
*
22678 TGACTGCTTTTACTACTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGAGTGCTTTTACTT-A
65 TGACTG-------T--TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAA
* *
22740 --A-T--TT-CCCATGAATTAAGTTCTTTGAGTGCTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTTCTT
1 TTACTAATTACCC-TGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTT
* **
22799 TGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
65 TGACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACT-TAA
* * *
22854 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTTCT
1 TTAC-TAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGA-CTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCT
* * *
22918 TTGTCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAA
64 TTGACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAA
** *** *
22973 TTACCCTGAATTA-AGTTCTTTAACTGTT-TTT-ACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
1 TTA--CT-AATTACCCTGAATTAA--GTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
23035 TCTTTGACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTT
61 TC-TT---TG-----ACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTT
23100 -A
117 AA
*
23101 --A-T--TTACCATGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTT
1 TTACTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TT
*
23161 GACTGCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACATGCTTTTACTT-A
65 ---TG-----ACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGAC-TGCTTTTACTTAA
*
23222 --A-T--TT-CCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTCTTT
1 TTACTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTT
* **
23281 GACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTGTTT
66 GACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACT-TAA
*
23335 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTAACCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCT
1 TTAC-TAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGA-CTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCT
*
23399 TTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAA-TTCTTTGACTG-TGTTTACTTAA
64 TTGACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCT-TTTACTTAA
23453 TTAC
1 TTAC
23457 CCCGAATTAA
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 44, Indels: 94
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
111 42 0.07
112 48 0.08
113 1 0.00
115 1 0.00
116 3 0.00
117 1 0.00
118 7 0.01
119 37 0.06
120 283 0.45
121 148 0.23
122 6 0.01
123 1 0.00
124 3 0.00
126 1 0.00
128 1 0.00
129 47 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (118 bp):
TTACTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTT
GACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTGACTGCTTTTACTTAA
Found at i:24802 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 24784--24809 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
24774 ATGGAGCGGA
24784 TGATGAGCTGTGG
1 TGATGAGCTGTGG
24797 TGATGAGCTGTGG
1 TGATGAGCTGTGG
24810 AAGGGTGAGT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.08, G:0.46, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
TGATGAGCTGTGG
Found at i:27928 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 27898--27994 Score: 104
Period size: 33 Copynumber: 2.9 Consensus size: 31
27888 TGCCCGGTTG
*
27898 TGGCCGGACATGTCCATGTCGCGTGGCCGGTGA
1 TGGCCGG-CATCTCCA-GTCGCGTGGCCGGTGA
*
27931 TGGCCAGGCATCTCCGAGTCGCGTGGCCGGTGT
1 TGGCC-GGCATCTCC-AGTCGCGTGGCCGGTGA
* *
27964 TGGCCGGGCTTCTCCAAGTCGCATGGCCGGT
1 TGGCC-GGCATCTCC-AGTCGCGTGGCCGGT
27995 CACTCGCGCC
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 4
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 53 0.95
34 3 0.05
ACGTcount: A:0.10, C:0.30, G:0.38, T:0.22
Consensus pattern (31 bp):
TGGCCGGCATCTCCAGTCGCGTGGCCGGTGA
Done.