Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016213.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16234, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26867
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Warning! 3 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2124 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 2078--2198 Score: 188
Period size: 33 Copynumber: 3.7 Consensus size: 33
2068 ACTTTTTTTT
* *
2078 AATGCTATAATCAACCAAAACACAATTATTTGC
1 AATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTATTTGC
*
2111 AATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTTTTTGC
1 AATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTATTTGC
* * *
2144 AATGCTATGATCAACCAAAGCAGAATTATTTAC
1 AATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTATTTGC
2177 AATGCTATGATCAACCAAAACA
1 AATGCTATGATCAACCAAAACA
2199 GATTTGTTTT
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 8, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 80 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.20, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (33 bp):
AATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTATTTGC
Found at i:2228 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 2089--2233 Score: 168
Period size: 66 Copynumber: 2.2 Consensus size: 66
2079 ATGCTATAAT
* * * *
2089 CAACCAAAACACAATTATTTGCAATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTTTTTGCAATGCTATGA
1 CAACCAAAACAGAATTATTTACAATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTTTTTGCAATACAATGA
*
2154 T
66 G
* * *
2155 CAACCAAAGCAGAATTATTTACAATGCTATGATCAACCAAAAC-AGATTTGTTTTC-ATCACAAT
1 CAACCAAAACAGAATTATTTACAATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTT-TTTGCAAT-ACAAT
*
2218 TAG
64 GAG
*
2221 CATCCAAAACAGA
1 CAACCAAAACAGA
2234 TTTAGTATCA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 11, Indels: 4
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 7 0.11
66 59 0.89
ACGTcount: A:0.43, C:0.21, G:0.10, T:0.27
Consensus pattern (66 bp):
CAACCAAAACAGAATTATTTACAATGCTATGATCAACCAAAACAAAATTTTTTGCAATACAATGA
G
Found at i:2263 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 2226--2330 Score: 131
Period size: 33 Copynumber: 3.2 Consensus size: 33
2216 ATTAGCATCC
2226 AAAACAGATTTAGTATCATCACAAACAACACTT
1 AAAACAGATTTAGTATCATCACAAACAACACTT
* ** *
2259 AAAACAGATTTAGTGTCATTGCAAACAACACTC
1 AAAACAGATTTAGTATCATCACAAACAACACTT
** *
2292 AAATTAGGTTTAGTATCATCACAAACAACA-TCT
1 AAAACAGATTTAGTATCATCACAAACAACACT-T
2325 AAAACA
1 AAAACA
2331 CTCTTTGCAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 13, Indels: 2
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.02
33 57 0.98
ACGTcount: A:0.47, C:0.20, G:0.09, T:0.25
Consensus pattern (33 bp):
AAAACAGATTTAGTATCATCACAAACAACACTT
Found at i:14165 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 14131--14233 Score: 94
Period size: 30 Copynumber: 3.7 Consensus size: 29
14121 GACCTTTTTA
14131 TTTGGTGCCAAAAAAAAACCCTTGTTCCCT
1 TTTGGTGCCAAAAAAAAACCCTTGTT-CCT
14161 TTTGGTGCC-----AAAACCCTTGTT-CT
1 TTTGGTGCCAAAAAAAAACCCTTGTTCCT
*
14184 TTATTG-GCCAAAAAAAAACCCCTTGTTCCT
1 TT-TGGTGCCAAAAAAAAA-CCCTTGTTCCT
* *
14214 TTTGTTTGCAAAAAAAAAAC
1 TTTG-GTGCCAAAAAAAAAC
14234 ATTGTTTCTT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 20
0.71 0.05 0.24
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.12
24 2 0.03
25 12 0.20
28 4 0.07
29 9 0.15
30 14 0.24
31 11 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
TTTGGTGCCAAAAAAAAACCCTTGTTCCT
Found at i:16494 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 16448--16495 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
16438 TAAAATTATC
*
16448 AATTAAAAAGAAAGCAATTA
1 AATT-AAAAGAAAGCAAGTA
*
16468 AACTTAAAATAAAGCAAAGTA
1 AA-TTAAAAGAAAGC-AAGTA
16489 AATTAAA
1 AATTAAA
16496 TCTAAATCTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.67
21 8 0.33
ACGTcount: A:0.65, C:0.06, G:0.08, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
AATTAAAAGAAAGCAAGTA
Found at i:17243 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17226--17264 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 3.4 Consensus size: 12
17216 ACACCCTTAG
17226 GAAAAACTAGAA
1 GAAAAACTAGAA
17238 GAAAAACTAG-A
1 GAAAAACTAGAA
*
17249 GAAAAA-TAGAG
1 GAAAAACTAGAA
17260 GAAAA
1 GAAAA
17265 GAAATTGTGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 3 0.12
11 12 0.48
12 10 0.40
ACGTcount: A:0.67, C:0.05, G:0.21, T:0.08
Consensus pattern (12 bp):
GAAAAACTAGAA
Found at i:20060 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 19984--20073 Score: 103
Period size: 42 Copynumber: 2.1 Consensus size: 42
19974 GCGGGCTAGC
* *
19984 GCGGCAGTGATCGGTCTTGGCCGGGCATAGGGCAC-GGATGGA
1 GCGGCAGTGATCGGGCTTGGCCGGGAATAGGGCACAGG-TGGA
* * *
20026 GCGGCAGTTATCGGGCTTGGCCTGGAAT-GAGGCACAGGTGGT
1 GCGGCAGTGATCGGGCTTGGCCGGGAATAG-GGCACAGGTGGA
20068 GCGGCA
1 GCGGCA
20074 TTGGCCGGTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 4
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.02
42 38 0.93
43 2 0.05
ACGTcount: A:0.17, C:0.21, G:0.44, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
GCGGCAGTGATCGGGCTTGGCCGGGAATAGGGCACAGGTGGA
Found at i:20960 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 20928--20975 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
20918 AGTTACACTG
*
20928 AATTAACTTGATT-ACCAAATTACC
1 AATTAACTTAATTAACCAAATTACC
*
20952 AATTTACTTAATTACACCAAATTA
1 AATTAACTTAATTA-ACCAAATTA
20976 ACTTGTTTAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 11 0.55
26 9 0.45
ACGTcount: A:0.44, C:0.19, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
AATTAACTTAATTAACCAAATTACC
Found at i:20967 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 20915--21079 Score: 206
Period size: 43 Copynumber: 3.8 Consensus size: 43
20905 TATCAAATTG
* * *
20915 CTTAGTTACACTGAATTAACTTGATTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAACTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
20958 CTTAATTACACCAAATTAACTTGTTTACTAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAACTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* **
21001 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGGTTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAACTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* * * *
21044 CTTAATCATACCGAATTAAGTCT-TTTACTAAATTAC
1 CTTAATTACACCGAATTAACT-TGTTTACCAAATTAC
21080 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 15, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 105 0.99
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
CTTAATTACACCGAATTAACTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
Found at i:21113 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 20992--21240 Score: 392
Period size: 99 Copynumber: 2.5 Consensus size: 99
20982 TTACTAAATT
** *
20992 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGGTTACCAATTTACTTAATCATACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATCACACCG
*
21057 AATTAAGTCT-TTTACTAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGT-TGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* ** *
21091 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGTCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATCACACCG
21156 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
21190 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCTAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACC-AATT
21241 ACACCGAATC
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 12, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
98 1 0.01
99 131 0.96
100 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (99 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATCACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:21139 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 21091--21572 Score: 263
Period size: 43 Copynumber: 11.0 Consensus size: 43
21081 TAATTTAATC
* **
21091 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGTCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
21134 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAAT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A---AA--T--T
*
21189 CACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATT
1 -ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
*
21233 A-C------C-TAATTACACCGAATCAAGTTG---A-----TT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
* * **
21260 ACCAATTTACTTAATTACATCGATTTAAGTTGCCTACCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
21303 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAAT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A---AA--T--T
*
21358 CACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTTACC-----
1 -ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
*
21397 A--AA-TTACTTAATTACACCGAATCAAGTTG--------ATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
*
21429 ACCAATTTATTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAAT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A---AA--T--T
* *
21484 CACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGCTTACCAAATT
1 -ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
21528 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
21571 AC
1 AC
21573 TTAATTACAC
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 22, Indels: 138
0.69 0.04 0.27
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.01
28 1 0.00
32 2 0.01
34 3 0.01
35 86 0.25
36 3 0.01
38 2 0.01
42 1 0.00
43 115 0.33
44 2 0.01
46 2 0.01
48 6 0.02
51 7 0.02
53 3 0.01
55 3 0.01
56 109 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT
Found at i:21195 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 21134--21409 Score: 278
Period size: 56 Copynumber: 4.9 Consensus size: 56
21124 TTGTCAAATT
21134 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* *
21190 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCTAA-TT-A-C
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
** * * * * ** * * *** *
21243 ACCGAATCAAGTTGATT--ACC-AATTTACTTAATTACATCGATTTAAGTTGCCT-ACCAAATT
1 ACC-AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTAC--C-A---AA-TTACTTAATTTAATC
21303 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
21359 ACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
21410 ACACCGAATC
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 29, Indels: 30
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
51 11 0.06
52 3 0.02
53 5 0.03
54 11 0.06
55 6 0.03
56 103 0.59
57 3 0.02
58 5 0.03
59 11 0.06
60 4 0.02
61 3 0.02
62 11 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:21229 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 21190--21353 Score: 184
Period size: 35 Copynumber: 4.5 Consensus size: 35
21180 TAATTTAATC
21190 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTT
* * * *
21225 ACCAAATTACCTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTT
* *
21260 ACCAATTTACTTAATTACATCGATTTAAGTTGCCTACCAAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG-----C---TT
*
21303 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTT
*
21338 ACCAAATTACTTAATT
1 ACCAATTTACTTAATT
21354 TAATCACCAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 14, Indels: 16
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
35 75 0.70
43 32 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTT
Found at i:21269 original size:99 final size:95
Alignment explanation
Indices: 20992--21444 Score: 368
Period size: 99 Copynumber: 4.9 Consensus size: 95
20982 TTACTAAATT
** * * * *
20992 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGGTTACCAATTTACTTAATCATACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAA--TGTTTGTCA--TTACCAAATTACCTAATTACACCG
* *
21057 AATTAAGTCT-TTTACTAAATTACTTAATTTAATC
62 AATCAAGT-TGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* * *
21091 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGTCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAA--TGTTTGTC--ATTACCAAATTACCTAATTACACCG
*
21156 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
62 AATCAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
21190 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAA-G-TTG-C-TTACCAAATTACCTAATTACACCGAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAATGTTTGTCATTACCAAATTACCTAATTACACCGAATC
* *
21251 AAGTTGATTACCAATTTACTTAA-TT-A-C
66 AAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* * * * * * *
21278 ATCGATTTA---AGTTGCCTACC--A--AA----T-T-AC---CAATTTACTTAATTACACCGAA
1 ACCAATTTACTTAATT-AC-ACCGAATTAATGTTTGTCATTACCAAATTACCTAATTACACCGAA
*
21327 TTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
64 TCAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
* *
21359 ACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAA-G-TTGT--TTACCAAATTACTTAATTACACCGAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAATGTTTGTCATTACCAAATTACCTAATTACACCGAATC
* * *
21420 AAGTTGATTACCAATTTATTTAATT
66 AAGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
21445 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 32, Indels: 54
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
78 42 0.14
79 2 0.01
80 1 0.00
81 9 0.03
82 3 0.01
83 3 0.01
84 4 0.01
85 4 0.01
86 3 0.01
87 3 0.01
88 9 0.03
89 2 0.01
90 2 0.01
91 90 0.30
94 1 0.00
95 3 0.01
96 1 0.00
98 1 0.00
99 115 0.38
101 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (95 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAATGTTTGTCATTACCAAATTACCTAATTACACCGAATC
AAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:21303 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21091--21600 Score: 699
Period size: 169 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
21081 TAATTTAATC
* **
21091 ACCAATTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGTCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
21156 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
* *
21221 GCTTACCAAATTACCTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
131 GTTTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
* * **
21260 ACCAATTTACTTAATTACATCGATTTAAGTTGCCTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
21325 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
21390 GTTTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
131 GTTTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
* * *
21429 ACCAATTTATTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA-C--TTAATTTAA-T-CACC-
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
* * * * * * ** * *
21488 AATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAAT
66 AATTAAGTT-GTT-TACCAAATT-ACTTAATT---TAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAAT
* *
21553 TAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATT
125 TAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
21598 ACC
1 ACC
21601 CACTGATTTA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 30, Indels: 12
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.02
164 6 0.02
165 8 0.03
166 12 0.04
168 1 0.00
169 271 0.89
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
GTTTACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
Found at i:21395 original size:126 final size:123
Alignment explanation
Indices: 21295--21529 Score: 400
Period size: 126 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
21285 TAAGTTGCCT
21295 ACCAA-ATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
21359 ACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTACACCGA
66 ACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTGAATTACACCGA
* *
21417 ATCAAGTTGATTACCAATTTATTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTA
1 ACCAA---GATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTA
*
21482 ATCACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGCTTACCAAATTAC
63 ATCACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
21530 CAATTTACTT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 3, Indels: 4
0.94 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
122 4 0.04
126 102 0.96
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (123 bp):
ACCAAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
ACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTGAATTACACCGA
Found at i:21398 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 21359--21600 Score: 193
Period size: 35 Copynumber: 7.1 Consensus size: 35
21349 TAATTTAATC
* *
21359 ACCAATTTACTTAATTACACCTAATTAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* *
21394 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* *
21429 ACCAATTTATTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* * **
21464 ACCAAATTACTTAATTTAATCACC-AATTTACTTAATT
1 ACCAAATTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTTGTTT
** * *
21501 A-C-ACCTAATTAAGTTGCTTACC--A--AA-----TT
1 ACCAAATTACTTAA-TTAC--ACCGAATTAAGTTGTTT
*
21528 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
* *
21563 ACCAAATTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATT
1 ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
21598 ACC
1 ACC
21601 CACTGATTTA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 27, Indels: 32
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.02
27 3 0.02
28 5 0.03
29 7 0.04
30 2 0.01
32 1 0.01
33 1 0.01
34 1 0.01
35 123 0.75
36 3 0.02
37 11 0.07
38 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
ACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTT
Found at i:21677 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 21625--21836 Score: 217
Period size: 47 Copynumber: 4.5 Consensus size: 48
21615 AATTGCTAAT
** *
21625 TTACTGA-TTACTATTACCGTAACTCTGATTAATCCCTTTTTACTTAA
1 TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCCCTTTTTACTTAA
* * * *
21672 TTACTGATTTACTGATTACTATT-A--C--ATTGA-CTCCTTAATTACTGAT
1 TTACTGATTTACT-ATTAC-ATTGACTCTGATTAATC-CCTT-TTTACTTAA
* *
21718 TTACT-AATTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTC-TTTTACTTAA
1 TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCCCTTTTTACTTAA
*
21764 TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAA
1 TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCCCTTTTTACTTAA
21812 TTACTGATTTACTGATTACTATTGA
1 TTACTGATTTACT-ATTAC-ATTGA
21837 ACTTAATTGC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 13, Indels: 27
0.77 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.02
44 7 0.05
45 14 0.10
46 23 0.17
47 39 0.28
48 33 0.24
49 12 0.09
50 6 0.04
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (48 bp):
TTACTGATTTACTATTACATTGACTCTGATTAATCCCTTTTTACTTAA
Found at i:21711 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 21667--21742 Score: 143
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
21657 TCCCTTTTTA
*
21667 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACATTGACTC
1 CTTAATTACTGATTTACTAATTACTATTACATTGACTC
21705 CTTAATTACTGATTTACTAATTACTATTACATTGACTC
1 CTTAATTACTGATTTACTAATTACTATTACATTGACTC
21743 TGATTAATCT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 37 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (38 bp):
CTTAATTACTGATTTACTAATTACTATTACATTGACTC
Found at i:21720 original size:93 final size:91
Alignment explanation
Indices: 21612--21781 Score: 259
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 91
21602 ACTGATTTAA
* * *
21612 CTTAATTGCTAATTTACTGATTACTATTACCGTAACTCTGATTAATCCCTTTTTACTTAATTACT
1 CTTAATTACTAATTTACTAATTACTATTACAGTAACTCTGATTAATCCC-TTTTACTTAATTACT
21677 GATTTACTGATTACTATTACATTGACTC
65 GATTTACT-ATTACTATTACATTGACTC
* * * *
21705 CTTAATTACTGATTTACTAATTACTATTACATTGACTCTGATTAATCTCTTTTACTTAATTACTG
1 CTTAATTACTAATTTACTAATTACTATTACAGTAACTCTGATTAATCCCTTTTACTTAATTACTG
21770 ATTTACTATTAC
66 ATTTACTATTAC
21782 ATTGACTCTG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 7, Indels: 2
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
91 5 0.07
92 23 0.33
93 42 0.60
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (91 bp):
CTTAATTACTAATTTACTAATTACTATTACAGTAACTCTGATTAATCCCTTTTACTTAATTACTG
ATTTACTATTACTATTACATTGACTC
Found at i:22844 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 22678--22896 Score: 241
Period size: 50 Copynumber: 4.3 Consensus size: 51
22668 AAACTTTAAT
* * *
22678 TCAAAGGTGACA-TTTTA-TTCCCAAATTACTTAAAAAAGATTCAATCTTTTAT
1 TCAAAGGTGACATTTTTACTT-ACTAATTAC-TAAAAAA-ATTCAATCTTTTAC
* * * * ** *
22730 TCAAATGTTACATCTTTATTTACTAATTACTCTAAAAA-TCAATCTTTTGC
1 TCAAAGGTGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAAAATTCAATCTTTTAC
*
22780 TCAAAGGTGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAAAATTCAAACTTTTAC
1 TCAAAGGTGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAAAATTCAATCTTTTAC
* *
22831 CCAAAGGTGACATTTTTACTTACTAATTACT--AAGAATTCAATCTTTTAC
1 TCAAAGGTGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAAAATTCAATCTTTTAC
* *
22880 CCAAAGATGACATTTTT
1 TCAAAGGTGACATTTTT
22897 TATTTAAGTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 21, Indels: 9
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
49 32 0.22
50 42 0.29
51 41 0.29
52 15 0.10
53 11 0.08
54 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (51 bp):
TCAAAGGTGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAAAATTCAATCTTTTAC
Found at i:22858 original size:101 final size:102
Alignment explanation
Indices: 22678--22896 Score: 259
Period size: 101 Copynumber: 2.2 Consensus size: 102
22668 AAACTTTAAT
* * ** * *
22678 TCAAAGGTGACA-TTTTATTCCCAAATTACTTAAAAAAGATTCAATCTTTTATTCAAATGTTACA
1 TCAAAGGTGACATTTTTATTCACAAATTACTTAAAAAAGATTCAAACTTTTACCCAAAGGTGACA
* *
22742 TCTTTATTTACTAATTACTCTAA-AAATCAATCTTTTGC
66 TCTTTACTTACTAATTA--CTAAGAAATCAATCTTTTAC
*
22780 TCAAAGGTGACATTTTTACTT-ACTAATTAC-TAAAAAA-ATTCAAACTTTTACCCAAAGGTGAC
1 TCAAAGGTGACATTTTTA-TTCACAAATTACTTAAAAAAGATTCAAACTTTTACCCAAAGGTGAC
* *
22842 ATTTTTACTTACTAATTACTAAGAATTCAATCTTTTAC
65 ATCTTTACTTACTAATTACTAAGAAATCAATCTTTTAC
* *
22880 CCAAAGATGACATTTTT
1 TCAAAGGTGACATTTTT
22897 TATTTAAGTT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 13, Indels: 8
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
99 4 0.04
100 28 0.28
101 36 0.36
102 19 0.19
103 12 0.12
104 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (102 bp):
TCAAAGGTGACATTTTTATTCACAAATTACTTAAAAAAGATTCAAACTTTTACCCAAAGGTGACA
TCTTTACTTACTAATTACTAAGAAATCAATCTTTTAC
Found at i:24278 original size:38 final size:35
Alignment explanation
Indices: 24199--24268 Score: 115
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
24189 GGGAGAGCTT
*
24199 TATTTTGTCTCCATGTGTGATGTGTGTTGTTGAAG
1 TATTTTGTCTCCATGTATGATGTGTGTTGTTGAAG
24234 TATTTTGTCTCCATGTATG-TGTGTGTGTGTTGAAG
1 TATTTTGTCTCCATGTATGATGTGTGT-TGTTGAAG
24269 GGTGATTTTG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 7 0.21
35 26 0.79
ACGTcount: A:0.14, C:0.09, G:0.29, T:0.49
Consensus pattern (35 bp):
TATTTTGTCTCCATGTATGATGTGTGTTGTTGAAG
Found at i:25648 original size:90 final size:92
Alignment explanation
Indices: 25371--25699 Score: 470
Period size: 92 Copynumber: 3.6 Consensus size: 92
25361 ATCCTTTGAA
* * *
25371 GAAAATCTACTGCACCGAGCTTACCGAATTCTAATATTTGAAGAAATAATGCACCGCATTAACTT
1 GAAAATCTGCTGCACCGAGCTCACCGAATTCCAATATTTGAAGAAATAATGCACCGCATTAACTT
25436 GATTCACCGAATCACCTTGAACTGTTT
66 GATTCACCGAATCACCTTGAACTGTTT
* *
25463 GAAAATGTGCTGCACCGAGCTTACCGAATTCCAATATTTGAAGAAATAATGCACCGCATTAACTT
1 GAAAATCTGCTGCACCGAGCTCACCGAATTCCAATATTTGAAGAAATAATGCACCGCATTAACTT
* *
25528 GATTCACTGAATCACCTTGAACTATTT
66 GATTCACCGAATCACCTTGAACTGTTT
* * *
25555 GAAAATGTGCTGCACCGAGCTCACCGAA-TCCAA-CTTTGAAGAAATAATGCACCACATTAACTT
1 GAAAATCTGCTGCACCGAGCTCACCGAATTCCAATATTTGAAGAAATAATGCACCGCATTAACTT
** *
25618 GATTCACCGAATC-CTCCAGAACTGTCT
66 GATTCACCGAATCAC-CTTGAACTGTTT
* * *
25645 GAAAATCTGCTGCACCGAGCTCACCGAATT-CGA-CTTTGAAGAAATAAGGCACCGC
1 GAAAATCTGCTGCACCGAGCTCACCGAATTCCAATATTTGAAGAAATAATGCACCGC
25700 CTCTGTAGAC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 17, Indels: 6
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
89 1 0.00
90 97 0.44
91 6 0.03
92 114 0.52
ACGTcount: A:0.33, C:0.25, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (92 bp):
GAAAATCTGCTGCACCGAGCTCACCGAATTCCAATATTTGAAGAAATAATGCACCGCATTAACTT
GATTCACCGAATCACCTTGAACTGTTT
Found at i:25864 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25804--25866 Score: 72
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
25794 GGGGCATTTT
* * **
25804 GGTCATTTGCATGTACAGGGGCATTTT
1 GGTCATTTGCATATACAGGAGCATTGA
*
25831 GGTCATTTGCATATTCAGAGAGCATTGA
1 GGTCATTTGCATATACAG-GAGCATTGA
25859 GGTCATTT
1 GGTCATTT
25867 TGAGTCCACT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.53
28 14 0.47
ACGTcount: A:0.22, C:0.14, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
GGTCATTTGCATATACAGGAGCATTGA
Found at i:25982 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25949--26003 Score: 65
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
25939 GCACTTTTAG
**
25949 CATTGTAGTATATTCCATTGCATTTT
1 CATT-TAGTA-ATTCCACAGCATTTT
*
25975 CATTTAGTAATTTCACAGCATTTT
1 CATTTAGTAATTCCACAGCATTTT
25999 CATTT
1 CATTT
26004 TATAATTTAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 17 0.65
25 5 0.19
26 4 0.15
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (24 bp):
CATTTAGTAATTCCACAGCATTTT
Done.