Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016232.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16253, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13935
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Found at i:2370 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 1850--3335 Score: 1744
Period size: 199 Copynumber: 7.5 Consensus size: 198
1840 TCAAATCACT
* * * *
1850 TTATATAA-TTCTCTTATAGGATTATTATACAATACACTTTTCAGTGTAAATTTTAGACTTCATA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACAC-TGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATA
* * *
1914 AGCGAGTTAAGAAGTTGACACATACCTTA-TTCATAATCAATTAAATAGT-TAATATTAATACAT
65 AGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATA-TCTAATATTAATACAT
* * * * * * *
1977 ATTCCTTAAGGGGACACATGCCAACCCTTAAACCCTGCACGCGTAGTGTGCTAAATTCGACTGAC
129 ATTCC-TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC
2042 GGTGTA
193 GGTGTA
* * * * *
2048 -TAGTTTAACTTCTCCTATATAAGATTATTATACAATCCACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCA
1 TTA-TATAA-TTTTTCT-TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCA
* *
2112 TAAGCGGGTTAAGAAGTTGACATATACCAT-ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATAC
63 TAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACC-TCATTTCATAATTAATTAAATATCTAATATTAATAC
* * * * * *
2176 ATATTCCAAATGGAGAAATATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAAATCCACTG
127 ATATTCCTAA-GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTG
2241 ACGGTGTA
191 ACGGTGTA
* * * ** *
2249 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAGTGTAAGTTTTAAACTCTATAA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAA
* * * *
2314 GCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATCAAATATTAATACATAT
66 GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATCTAATATTAATACATAT
* * * **
2379 TCCCTTAGGGGGCACATGTCATCCCTTAAACCCTACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
131 T-CCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
*
2444 TATA
195 TGTA
* * * *
2448 -TATTATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTCTGAACTCCATA
1 TTA-TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATA
* * * *
2512 A-CTGGGTTAAAAAGTTGATTACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACA
65 AGC-GGGTTAAGAAGTTGA-CACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATCTAATATTAATACA
* * *
2576 TATTCCTTAAGGTGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCGACTGA
128 TATTCC-TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGA
2641 CGGTGTA
192 CGGTGTA
* * *
2648 TAATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACA----CAGTGTAAATTTTGAAGTCCATAA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAA
* * * *
2709 GCGGGTTAAGAAGTTGACAAATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATAT
66 GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATCTAATATTAATACATAT
* * * * *
2774 TCTCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACATACAGTCTGCTAAACTCTACTGACAG
131 TC-CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
2839 TGTA
195 TGTA
* * * *
2843 TTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAA
* * *
2908 GAGGGTTAAGAAGTTGACACATACC-CTATTTCGTAATTATTTAAATACTCCTATTTAATATTAA
66 GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTC-ATTTCATAATTAATTAAATA-T-C----TAATATTAA
* ** ** *
2972 TACATATTCCCTAAGGGGACACATGTGAATTCTTAAATTCCGCACGTGCAGTCTGCTAAATTCCA
124 TACATATT-CCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCA
*
3037 CTGATGGTGTA
188 CTGACGGTGTA
* * * * ** * * *
3048 TTGTATAACTTTGCTTAAAGGATTATTATACAGCACATTGTCAGTGCAAATTTTGGACTCCATTA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAA
* *
3113 GCGGGTTAAAAAGTTGACACATACAT-ATTTCATAATTAATTAAATAT-TCAATATT-ATGACAT
66 GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATCT-AATATTAAT-ACAT
* * *
3175 ATTCCATAAGGGGACACATGTCAACCCTTGAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCTACTGAC
129 ATTCC-TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC
3240 GGTGTA
193 GGTGTA
* * *
3246 TTGA-ATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGCACTGCATA
1 TT-ATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATA
*
3310 AGCGGGTTAAGAAGTTGACAGATACC
65 AGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACC
3336 ACCATATATA
Statistics
Matches: 1096, Mismatches: 157, Indels: 70
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
195 136 0.12
196 36 0.03
197 8 0.01
198 151 0.14
199 282 0.26
200 198 0.18
201 116 0.11
202 2 0.00
203 1 0.00
204 18 0.02
205 147 0.13
206 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (198 bp):
TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAA
GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATCTAATATTAATACATAT
TCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGT
GTA
Found at i:2875 original size:395 final size:394
Alignment explanation
Indices: 1850--3335 Score: 1788
Period size: 400 Copynumber: 3.7 Consensus size: 394
1840 TCAAATCACT
* * *
1850 TTATATAA-TTCTCTTATAGGATTATTATACAATACACTTTTCAGTGTAAATTTT-AGACTTCAT
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATAC-A-ACAC--ATCAGTGTAAATTTTGA-ACTCCAT
* * *
1913 AAGCGAGTTAAGAAGTTGACACATACCTTA-TTCATAATCAATTAAATAGTTAATATTAATACAT
61 AAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACAT
* * * * * * *
1977 ATTCCTTAAGGGGACACATGCCAACCCTTAAACCCTGCACGCGTAGTGTGCTAAATTCGACTGAC
126 ATTCCATAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGAC
* * * * * ** *
2042 GGTGTATAGTTTAACTTCTCCTATATAAGATTATTATACAATCCACTGTCAGTGTAAATTTTGGA
191 GGTGTATTGTATAA-TTTTTCT-TATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGA
*
2107 CTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACATATACCAT-ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATT
254 CTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACC-TCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATT
* * * *
2171 AATACATATTCCAAATGGAGAAATATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAAATC
318 AATACATATTCCTAA-GGAGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATC
2236 CACTGACGGTGTA
382 CACTGACGGTGTA
* * * *
2249 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAGTGTAAGTTTTAAACTCTATAA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACA--C-ATCAGTGTAAATTTTGAACTCCATAA
* * **
2314 GCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATCAAATATTAATACATAT
63 GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATAT
* * * * * *
2379 TCCCTTAGGGGGCACATGTCATCCCTTAAACCCTACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
128 TCCATAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGG
* * *
2444 TATATAT-TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTCTGAACTC
193 TGTAT-TGTATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTC
* * *
2508 CATAA-CTGGGTTAAAAAGTTGATTACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAA
257 CATAAGC-GGGTTAAGAAGTTGA-CACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAA
* * * *
2572 TACATATTCCTTAAGGTGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCGA
320 TACATATTCC-TAAGGAGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCA
2637 CTGACGGTGTA
384 CTGACGGTGTA
* * *
2648 TAATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACA-CAGTGTAAATTTTGAAGTCCATAAGCG
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACATCAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCG
* * * *
2712 GGTTAAGAAGTTGACAAATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCT
66 GGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATTC-
* * *
2777 C-TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACATACAGTCTGCTAAACTCTACTGACAGTG
130 CATAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTG
*
2841 TATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAT
195 TATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAT
* * *
2906 AAGAGGGTTAAGAAGTTGACACATACC-CTATTTCGTAATTATTTAAATACTCCTATTTAATATT
260 AAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTC-ATTTCATAATTAATT-AA-A----TATTTAATATT
* * ** ** *
2970 AATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTGAATTCTTAAATTCCGCACGTGCAGTCTGCTAAATTC
318 AATACATATT-CCTAAGGAGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATC
*
3035 CACTGATGGTGTA
382 CACTGACGGTGTA
* * * * * * * *
3048 TTGTATAACTTTGCTTAAAGGATTATTATACAGCACATTGTCAGTGCAAATTTTGGACTCCATTA
1 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACA---TCAGTGTAAATTTTGAACTCCATAA
* * * *
3113 GCGGGTTAAAAAGTTGACACATACAT-ATTTCATAATTAATTAAATATTCAATATT-ATGACATA
63 GCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAAT-ACATA
* * *
3176 TTCCATAAGGGGACACATGTCAACCCTTGAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCTACTGACG
127 TTCCATAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACG
* * * * * *
3241 GTGTATTGAATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGCACTG
192 GTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTC
*
3306 CATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACAGATACC
257 CATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACC
3336 ACCATATATA
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 121, Indels: 50
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
393 1 0.00
394 20 0.02
395 211 0.22
396 2 0.00
397 2 0.00
398 62 0.07
399 194 0.21
400 225 0.24
401 2 0.00
402 3 0.00
403 175 0.19
404 42 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (394 bp):
TTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACATCAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCG
GGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
ATAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGT
ATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATA
AGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATA
TTCCTAAGGAGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGG
TGTA
Found at i:3124 original size:600 final size:594
Alignment explanation
Indices: 1862--3340 Score: 1875
Period size: 600 Copynumber: 2.5 Consensus size: 594
1852 ATATAATTCT
* * * * * *
1862 CTTATAGGATTATTATACAATACACTTTTCAGTGTAAATTTTAGACTTCATAAGCGAGTTAAGAA
1 CTTATAGGATTATTATACAATACA-TTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATTAGCGGGTTAAAAA
* *
1927 GTTGACACATACCT-TATTCATAATCAATTAAATAGTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGGA
65 GTTGACACATACCTAT-TTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGGA
* * * * * * *
1991 CACATGCCAACCCTTAAACCCTGCACGCGTAGTGTGCTAAATTCGACTGACGGTGTATAGTTTAA
129 CACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAATATAA
* * * * *
2056 CTTCTCCTATATAAGATTATTATACAATCCACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGT
194 -TTTTTCT-TATAGGATTATTATACAAT-CACT-ACAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGT
* ** *
2121 TAAGAAGTTGACATATACCATATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCAAA
255 TAAGAAGTTGACAAATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCAAA
* * ** *
2186 TGGAGAAATATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGTGTATT
320 TGGAGAAACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTCTGCTAAAATCCACTGACAGTGTATT
* ** * * *
2251 ATATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAGTGTAAGTTTTAAACTCTATAAGC
385 ATATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAATGTAAATTTTAAACTCCATAAGC
*
2316 AGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATCAAATATTAATACATATTC
450 AGGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATCAAATATTAATACATATTC
* * *
2381 CCTTAGGGGGCACATGTCATCCCTTAAACCCTACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTA
515 CCTAAGGGGACACATGTAATCCCTTAAACCCTACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTA
* *
2446 TATATTATAATTTTT
580 TATATTATAACTTTG
* * * * * *
2461 CTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTCTGAACTCCA-TAACTGGGTTAAAAA
1 CTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATTAGC-GGGTTAAAAA
* *
2525 GTTGATTACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGTG
65 GTTGA-CACATACCT-ATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGG
* *
2590 ACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAATATA
128 ACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAATATA
*
2655 ATTTTTCTTATAGGATTATTATACAAT-AC-ACAGTGTAAATTTTGAAGTCCATAAGCGGGTTAA
193 ATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATCACTACAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAA
*
2718 GAAGTTGACAAATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCTCTAA-G
258 GAAGTTGACAAATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTC-CAAATG
* * * * * *
2782 GGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACATACAGTCTGCTAAACTCTACTGACAGTGTATTGT
322 GAGAAACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTCTGCTAAAATCCACTGACAGTGTATTAT
* **
2847 ATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAG-AG
387 ATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAATGTAAATTTTAAACTCCATAAGCA-
* * *
2911 GGTTAAGAAGTTGACACATACC-CTATTTCGTAATTATTTAAATACTCCTATTTAATATTAATAC
451 GGTTAAGAAGTTGACACATACCTC-ATTTCATAATCAATTAAATA-T-C-A---AATATTAATAC
* * * *
2975 ATATTCCCTAAGGGGACACATGTGAAT-TCTTAAATTCC-GCACGTGCAGTCTGCTAAATTCCAC
509 ATATTCCCTAAGGGGACACATGT-AATCCCTTAAA-CCCTACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCAC
* *
3038 TGATGGTGTAT-TGTATAACTTTG
572 TGACGGTATATAT-TATAACTTTG
* ** *
3061 CTTAAAGGATTATTATACAGCACATTGTCAGTGCAAATTTTGGACTCCATTAGCGGGTTAAAAAG
1 CTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATTAGCGGGTTAAAAAG
* * * *
3126 TTGACACATACATATTTCATAATTAATTAAATATTCAATATT-ATGACATATTCCATAAGGGGAC
66 TTGACACATACCTATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAAT-ACATATTCCTTAAGGGGAC
* * *
3190 ACATGTCAACCCTTGAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTGA-ATAA
130 ACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTA-TAATATAA
* *
3254 TTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGCACTGCATAAGCGGGTTA
194 TTTTTCTTATAGGATTATTATACAAT-CACTA-CAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTA
*
3319 AGAAGTTGACAGATACCACCAT
257 AGAAGTTGACAAATACC-CCAT
3341 ATATATACTA
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 96, Indels: 44
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
593 2 0.00
594 231 0.30
595 4 0.01
596 3 0.00
597 5 0.01
598 175 0.23
599 46 0.06
600 236 0.31
601 9 0.01
602 45 0.06
603 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (594 bp):
CTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATTAGCGGGTTAAAAAG
TTGACACATACCTATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGGACA
CATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAATATAATT
TTTCTTATAGGATTATTATACAATCACTACAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAA
GTTGACAAATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCAAATGGAGA
AACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTCTGCTAAAATCCACTGACAGTGTATTATATAA
TTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAATGTAAATTTTAAACTCCATAAGCAGGTTA
AGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATCAATTAAATATCAAATATTAATACATATTCCCTAAG
GGGACACATGTAATCCCTTAAACCCTACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTATATATT
ATAACTTTG
Found at i:6509 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 6492--6525 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
6482 ACATAAATTT
6492 AATGTTATA-ACATA
1 AATGTTATATA-ATA
6506 AATGTTATATAATA
1 AATGTTATATAATA
6520 AATGTT
1 AATGTT
6526 CTAAAATTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 18 0.95
15 1 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
AATGTTATATAATA
Found at i:9655 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 9648--9682 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
9638 AAATAATTAA
*
9648 AG AG AG AG AG GG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
9683 ATGGAAAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.51, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:11732 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 11725--11787 Score: 117
Period size: 2 Copynumber: 31.5 Consensus size: 2
11715 AAATAATTAA
*
11725 AG AG AG AG AG AG GG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
11767 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
11788 AGAAATGAAT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 59 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.51, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:13836 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 13829--13928 Score: 121
Period size: 2 Copynumber: 50.5 Consensus size: 2
13819 AAATAATTAA
* *
13829 AG AG AG AG AG GG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG TG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
* * * * * *
13871 TG TG -G TG AG AG AG AG AG TG AG AG CG AG AG AG AG AG AG AA AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
13912 AG AG AG AG AG AG AG AG A
1 AG AG AG AG AG AG AG AG A
13929 ATGGAAA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 10, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.01
2 86 0.99
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.50, T:0.05
Consensus pattern (2 bp):
AG
Done.