Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016316.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16337, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25618
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.18, T:0.33
Found at i:1043 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1026--1054 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
1016 TCTCCTTTTC
1026 TCTTTCTCTACAGG
1 TCTTTCTCTACAGG
1040 TCTTTCTCTACAGG
1 TCTTTCTCTACAGG
1054 T
1 T
1055 GACATGTGCC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.28, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
TCTTTCTCTACAGG
Found at i:13035 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 13020--13045 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 2.6 Consensus size: 10
13010 AGTTGCTGCC
13020 AAATTCCAGA
1 AAATTCCAGA
13030 AAATTCCAGA
1 AAATTCCAGA
13040 AAATTC
1 AAATTC
13046 TAGAGTCCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.19, G:0.08, T:0.23
Consensus pattern (10 bp):
AAATTCCAGA
Found at i:13981 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 13956--13989 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 13
13946 ATAATTATTG
13956 TTTGCTTTATTAA
1 TTTGCTTTATTAA
13969 TTTGCTTTA-TAA
1 TTTGCTTTATTAA
*
13981 TCTGCTTTA
1 TTTGCTTTA
13990 GATTTAGATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.55
13 9 0.45
ACGTcount: A:0.21, C:0.12, G:0.09, T:0.59
Consensus pattern (13 bp):
TTTGCTTTATTAA
Found at i:13997 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 13986--14012 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
13976 TATAATCTGC
13986 TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTT
1 TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTT
14013 GCTTTGCTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.15, T:0.56
Consensus pattern (6 bp):
TTTAGA
Found at i:15361 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 15319--15502 Score: 259
Period size: 36 Copynumber: 5.2 Consensus size: 36
15309 TTTTTTTTAG
* *
15319 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTGCCCCGA
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
*
15355 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
* * * *
15391 ATTAAATTCTTTATTAACTCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
*
15427 ATTAAGCCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
*
15463 ATTAAGTCC----TTGACTCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
15495 ATTAAGTC
1 ATTAAGTC
15503 ATTTTCTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 13, Indels: 4
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 30 0.22
36 105 0.78
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
Found at i:15575 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 15509--15627 Score: 112
Period size: 36 Copynumber: 3.3 Consensus size: 35
15499 AGTCATTTTC
* *
15509 TTTACTTAATCCCCTTGGGTTAAGTCTTTGACTGGT
1 TTTACTTAATCCCCTTGGATTAAGTCTTTG-CTGAT
* *
15545 TTTACTTAATCATCTTTGGATTAAGTCTTTGCTGAT
1 TTTACTTAATC-CCCTTGGATTAAGTCTTTGCTGAT
** * * *
15581 TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTAT
1 TTTACTTAATCCCCTTG-GATTAAGTCTTTGCTGAT
*
15617 CTTTACCTAAT
1 -TTTACTTAAT
15628 TTCCTTGAAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 10, Indels: 5
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 5 0.07
36 40 0.57
37 25 0.36
ACGTcount: A:0.22, C:0.17, G:0.13, T:0.48
Consensus pattern (35 bp):
TTTACTTAATCCCCTTGGATTAAGTCTTTGCTGAT
Found at i:15628 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 15564--16103 Score: 607
Period size: 37 Copynumber: 14.0 Consensus size: 37
15554 TCATCTTTGG
* *
15564 ATTAAGTCTTTGC-TGAT-TTTACTTAATTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTG-TCTTTACCTAATTTCCTTGAA
*
15600 ATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
* *
15637 ATTAAGTTTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
* *
15674 ATTAAGTCTATGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAA
* * * *
15715 ATTAAGTATGAGCTTGTCTTTTCCTAATCTCCATCATTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAAT-T---TCCTTGAA
* * *
15756 ATTAAGTATGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTTAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
* *
15793 ATTAAGTTTGTGCTTGTCTTTTACCTAATTTACTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTC-TTTACCTAATTTCCTTGAA
* *
15831 ATTAAGTCTATGCTTGTTTTTACCTAATTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
15868 ATTAAGTCTGTGCTTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCTTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGC-TTGTCTTTACCTAATTT-C--C-TTGAA
* *
15910 ATTAAGTTTGTGCTTATCTTTTACCTAATTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTC-TTTACCTAATTTCCTTGAA
*
15948 ATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAA
*
15989 ATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
* *
16026 ATTAAGTCTTTGCTTGCCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAA
* * *
16067 ATTAAGTTTGTGCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAA
1 ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
16104 TTGAGTCATT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 39, Indels: 47
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 13 0.03
37 184 0.42
38 70 0.16
39 8 0.02
40 1 0.00
41 136 0.31
42 29 0.07
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (37 bp):
ATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAA
Found at i:15788 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 15591--16103 Score: 664
Period size: 78 Copynumber: 6.6 Consensus size: 78
15581 TTTACTTAAT
* *
15591 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTATCT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCT
15656 TTACCTAA--T--
66 TTACCTAATTTCC
* * *
15665 TTCCTTGAAATTAAGTCTATGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGAGCTT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT
* *
15730 GTCTTTTCCTAATCTCC
62 GTCTTTACCTAATTTCC
* * * * * * *
15747 ATCATTGAAATTAAGTATGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTTAAATTAAGTTTGTGCTTGTCT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTC-
15812 TTTACCTAA--T--
65 TTTACCTAATTTCC
* * * *
15822 TTACTTGAAATTAAGTCTATGCTTGTTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTGTC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC-TTGTC
15887 TTTACCTAATTTCC
65 TTTACCTAATTTCC
* * *
15901 TTCTTTGAAATTAAGTTTGTGCTTATCTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTTC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATC-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTC
15966 TTTACCTAATTTCC
65 TTTACCTAATTTCC
* * *
15980 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGCCT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCT
16045 TTACCTAATTTCC
66 TTACCTAATTTCC
* * *
16058 TTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAA
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAA
16104 TTGAGTCATT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 39, Indels: 26
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
74 35 0.09
75 59 0.15
76 6 0.02
77 2 0.01
78 148 0.38
79 71 0.18
80 34 0.09
82 30 0.08
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (78 bp):
TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCT
TTACCTAATTTCC
Found at i:16388 original size:79 final size:83
Alignment explanation
Indices: 16293--16520 Score: 302
Period size: 83 Copynumber: 2.8 Consensus size: 83
16283 ATTACTCGGG
* * * * * * *
16293 ATTAAGACTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTA-CC-AAATCAAGACCTTAACTGTGTTTGC-
1 ATTAAGACTTTGACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTAATTGTGTTTACT
16355 TCTTCTTAATT-CCCTGA
66 TCTTCTTAATTACCCTGA
* *
16372 ATTAAGACTTTGACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGATTGTGTTTACT
1 ATTAAGACTTTGACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTAATTGTGTTTACT
* *
16437 TTTTCTTAATTACCTTGA
66 TCTTCTTAATTACCCTGA
* * *
16455 ATTTAGACCTTGACTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTAATTGTGTTTACT
1 ATTAAGACTTTGACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTAATTGTGTTTACT
16520 T
66 T
16521 TATGCATATG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 16, Indels: 4
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 32 0.25
80 2 0.02
81 19 0.15
82 10 0.08
83 66 0.51
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (83 bp):
ATTAAGACTTTGACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTAATTGTGTTTACT
TCTTCTTAATTACCCTGA
Found at i:16423 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 16233--16521 Score: 300
Period size: 41 Copynumber: 7.1 Consensus size: 41
16223 TGACAGTTGT
* * *
16233 TTTTACTTAATTTTCCC-GAATTAAGTCCTTGACTGTGTTTGC
1 TTTT-CTTAA-TTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
* * * * * * *
16275 CTTTCCTAATTACTCGGGATTAAGA-CTCTAACTGTGTTTGC
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCT-TGACTGTGTTTAC
* * * *
16316 TTTTCTTAATTA-CC-AAATCAAGACCTTAACTGTGTTTGC
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
* *
16355 TCTTCTTAATT-CCCTGAATTAAGACTTTGACTGTGTTTAC
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
* *
16395 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGATTGTGTTTAC
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
* * *
16436 TTTTTCTTAATTACCTTGAATTTAGACCTTGACTGTGTTTTC
1 -TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
* *
16478 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTAATTGTGTTTAC
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
16519 TTT
1 TTT
16522 ATGCATATGA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 31, Indels: 15
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.15
40 39 0.19
41 100 0.48
42 39 0.19
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACCTTGACTGTGTTTAC
Found at i:17330 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17295--17334 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
17285 AATGTGTGTG
17295 TAAAATGCAGTGTATGTGAA
1 TAAAATGCAGTGTATGT-AA
*
17315 TAAATTGCAGTG-ATGTAA
1 TAAAATGCAGTGTATGTAA
17333 TA
1 TA
17335 TATGCTGAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.21
19 4 0.21
20 11 0.58
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
TAAAATGCAGTGTATGTAA
Found at i:21782 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 21771--21801 Score: 55
Period size: 6 Copynumber: 5.3 Consensus size: 6
21761 ATAATTGCTA
21771 TAGATT TAGATT TAGATT TAGATT TA-ATT TA
1 TAGATT TAGATT TAGATT TAGATT TAGATT TA
21802 CTTTGCTTAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.20
6 20 0.80
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.13, T:0.52
Consensus pattern (6 bp):
TAGATT
Done.