Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016360.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16381, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 38644
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:570 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 506--619 Score: 210
Period size: 55 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
496 ATATGAACTA
506 TATTATATTAAAGTATAAATATTTAAATAATTAGAAAATATAAAATAATTTCTAT
1 TATTATATTAAAGTATAAATATTTAAATAATTAGAAAATATAAAATAATTTCTAT
* *
561 TATTATATTAAATTGTAAATATTTAAATAATTAGAAAATATAAAATAATTTCTAT
1 TATTATATTAAAGTATAAATATTTAAATAATTAGAAAATATAAAATAATTTCTAT
616 TATT
1 TATT
620 TGTAATAATC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 57 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (55 bp):
TATTATATTAAAGTATAAATATTTAAATAATTAGAAAATATAAAATAATTTCTAT
Found at i:869 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 845--883 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
835 GGGTTGATCA
* *
845 GGTTCGGGTCATTTTG
1 GGTTTGGGTCATTTCG
861 GGTTTGGGTCATTTCG
1 GGTTTGGGTCATTTCG
877 GGTTTGG
1 GGTTTGG
884 ATTGTTTGGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 21 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.10, G:0.41, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
GGTTTGGGTCATTTCG
Found at i:915 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 845--917 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 4.6 Consensus size: 16
835 GGGTTGATCA
* *
845 GGTTCGGGTCATTTTG
1 GGTTCGGGTAATTTCG
* *
861 GGTTTGGGTCATTTCG
1 GGTTCGGGTAATTTCG
* * **
877 GGTTTGGATTGTTT-G
1 GGTTCGGGTAATTTCG
*
892 GATTCGGGTAATTTCG
1 GGTTCGGGTAATTTCG
908 GGTTCGGGTA
1 GGTTCGGGTA
918 CCCAAAAATT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 11, Indels: 2
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.22
16 35 0.78
ACGTcount: A:0.10, C:0.10, G:0.38, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
GGTTCGGGTAATTTCG
Found at i:10651 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10621--10670 Score: 93
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
10611 AACAACATTT
10621 AACCATG-AAACTTCAAGAAATTC
1 AACCATGAAAACTTCAAGAAATTC
10644 AACCATGAAAACTTCAAGAAATTC
1 AACCATGAAAACTTCAAGAAATTC
10668 AAC
1 AAC
10671 TCACCTCTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.27
24 19 0.73
ACGTcount: A:0.50, C:0.22, G:0.08, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
AACCATGAAAACTTCAAGAAATTC
Found at i:17691 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 17671--17704 Score: 68
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
17661 GAAGGTGGTC
17671 ATGAGGCTGGAGATT
1 ATGAGGCTGGAGATT
17686 ATGAGGCTGGAGATT
1 ATGAGGCTGGAGATT
17701 ATGA
1 ATGA
17705 AGGCAATATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.38, T:0.26
Consensus pattern (15 bp):
ATGAGGCTGGAGATT
Found at i:22259 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 22105--22287 Score: 357
Period size: 88 Copynumber: 2.1 Consensus size: 88
22095 TCGACAAAGA
*
22105 TATCTAACGAGAATGCCAGAAACAACAAAGTAATGTCCTTTTCATAAAGGCCAATTTTGAATGTG
1 TATCGAACGAGAATGCCAGAAACAACAAAGTAATGTCCTTTTCATAAAGGCCAATTTTGAATGTG
22170 TCACAAACATTGGGCAACAAGGC
66 TCACAAACATTGGGCAACAAGGC
22193 TATCGAACGAGAATGCCAGAAACAACAAAGTAATGTCCTTTTCATAAAGGCCAATTTTGAATGTG
1 TATCGAACGAGAATGCCAGAAACAACAAAGTAATGTCCTTTTCATAAAGGCCAATTTTGAATGTG
22258 TCACAAACATTGGGCAACAAGGC
66 TCACAAACATTGGGCAACAAGGC
22281 TATCGAA
1 TATCGAA
22288 TGCCATTTGG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
88 94 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (88 bp):
TATCGAACGAGAATGCCAGAAACAACAAAGTAATGTCCTTTTCATAAAGGCCAATTTTGAATGTG
TCACAAACATTGGGCAACAAGGC
Found at i:22490 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22448--22490 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
22438 CCAATTTACT
22448 TTCATTCATATTAATCACA
1 TTCATTCATATTAATCACA
* *
22467 CTCATTCATATTAATCATA
1 TTCATTCATATTAATCACA
22486 TTCAT
1 TTCAT
22491 GTTCATGTTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCATTCATATTAATCACA
Found at i:26587 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 26536--26666 Score: 125
Period size: 38 Copynumber: 3.7 Consensus size: 37
26526 AAATTTCCAA
*
26536 AAGTTTTCAATTTAGGGAAACATCCCGCCAAGTCTTCT
1 AAGTTTT-AATTTAGGGAAAGATCCCGCCAAGTCTTCT
* *
26574 AAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCTGCCAAG-----T
1 AAGTTTTA-ATTTAGGGAAAGATCCCGCCAAGTCTTCT
* **
26607 ---TTTCAATTTAGGGAAAGATCCCATCAAGTCTTCT
1 AAGTTTTAATTTAGGGAAAGATCCCGCCAAGTCTTCT
26641 AAGTTTTAGATTTAGGGAAAGATCCC
1 AAGTTTTA-ATTTAGGGAAAGATCCC
26667 ACCATGTTTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 20
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
29 19 0.25
30 4 0.05
33 1 0.01
34 1 0.01
37 5 0.07
38 45 0.60
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (37 bp):
AAGTTTTAATTTAGGGAAAGATCCCGCCAAGTCTTCT
Found at i:26634 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 26574--26635 Score: 72
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
26564 CAAGTCTTCT
**
26574 AAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCTGCC
1 AAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCCACC
* *
26603 AAGTTTTCA-ATTTAGGGAAAGATCCCATC
1 AAGTTTT-AGATTTAGGGAAAAATCCCACC
26632 AAGT
1 AAGT
26636 CTTCTAAGTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 27 0.96
30 1 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (29 bp):
AAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCCACC
Found at i:26644 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 26536--26703 Score: 228
Period size: 67 Copynumber: 2.5 Consensus size: 67
26526 AAATTTCCAA
** **
26536 AAGTTTTCAATTTAGGGAAACATCCCGCCAAGTCTTCTAAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCTG
1 AAGTTTTCAATTTAGGGAAACATCCCATCAAGTCTTCTAAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCCA
26601 CC
66 CC
* *
26603 AAGTTTTCAATTTAGGGAAAGATCCCATCAAGTCTTCTAAGTTTTAGATTTAGGGAAAGATCCCA
1 AAGTTTTCAATTTAGGGAAACATCCCATCAAGTCTTCTAAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCCA
26668 CC
66 CC
* * *
26670 ATGTTTTTTTCAATTTAAGGAAATATCCCATCAA
1 AAG---TTTTCAATTTAGGGAAACATCCCATCAA
26704 AAGACATTTT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 9, Indels: 3
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 63 0.71
70 26 0.29
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (67 bp):
AAGTTTTCAATTTAGGGAAACATCCCATCAAGTCTTCTAAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCCA
CC
Found at i:26686 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 26539--26699 Score: 102
Period size: 38 Copynumber: 4.7 Consensus size: 34
26529 TTTCCAAAAG
* *
26539 TTTTCAATTTAGGGAAACATCCCGCCAAGTCTTC
1 TTTTCAATTTAGGGAAAGATCCCACCAAGTCTTC
* * **
26573 TAAGTTTTAGATTTAGGGAAAAATCCTGCCAAG-----
1 T---TTTCA-ATTTAGGGAAAGATCCCACCAAGTCTTC
*
26606 TTTTCAATTTAGGGAAAGATCCCATCAAGTCTTC
1 TTTTCAATTTAGGGAAAGATCCCACCAAGTCTTC
* *
26640 TAAGTTTTAGATTTAGGGAAAGATCCCACCATGT-TT-
1 T---TTTCA-ATTTAGGGAAAGATCCCACCAAGTCTTC
* *
26676 TTTTCAATTTAAGGAAATATCCCA
1 TTTTCAATTTAGGGAAAGATCCCA
26700 TCAAAAGACA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 14, Indels: 28
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
29 19 0.19
30 4 0.04
32 16 0.16
33 5 0.05
34 2 0.02
36 1 0.01
37 10 0.10
38 43 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (34 bp):
TTTTCAATTTAGGGAAAGATCCCACCAAGTCTTC
Found at i:35318 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 35277--36026 Score: 731
Period size: 35 Copynumber: 21.7 Consensus size: 34
35267 CAGTAATAAG
*
35277 TAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTAAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AA
35312 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC---AA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * * *
35343 CAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGT-AATAGG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-A
35377 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
35407 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAG
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAA
* * * *
35444 TAACTTAGTTCAAGGAAATTAAGTAAGGCAG---
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
35475 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
35509 TCAACTTAATTAAGGGTGATTAAGCAAGTCAGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* **
35544 TCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGCGAGTCAGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
35579 TCAACCTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAACG-AG
1 T-AA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TC-A-GTAA
*
35616 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
35650 TCAACTTAGTTCAGGGTAATTATGTGAGTCAGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
35685 TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA
1 T-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
35721 TCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
35756 TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
35791 TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAATAA
1 T-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
35827 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATGAG
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGT-AA
* * *
35863 TAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCGGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
35897 TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATGAG
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGT-AA
* * * *
35933 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAATGAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AA
*
35968 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAA
* *
36002 GTAACTTAGTTTAGGGTAATTAAGT
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
36027 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 60, Indels: 70
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.01
31 74 0.12
32 1 0.00
33 3 0.00
34 29 0.05
35 379 0.61
36 122 0.20
37 6 0.01
38 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (34 bp):
TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
Found at i:35631 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 35478--36026 Score: 643
Period size: 106 Copynumber: 5.2 Consensus size: 105
35468 AAGGCAGTAA
* * * * *
35478 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC-AGTAATCAACTTAATTAAGGGTGATTAAGCAAGTCAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAAG-AGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
* *
35542 AATCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGCGAGTCAGTAATCAAC
64 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC
*
35584 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAACGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAA-GAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
* *
35649 ATCAACTTAGTTCAGGGTAATTATGTGAGTCAGTAATCAAC
65 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC
* * * * *
35690 TTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC-AGTAATCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAAG-AGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
35753 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC
63 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC
* * *
35796 TTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTT-AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAA-GAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAG
* * *
35859 TGAGT-AACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCGGTAATCAA-
63 T-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC
* * *
35901 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAATG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAA-GAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-
* *
35966 AGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT-AA-
64 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTAA-TCAAC
* *
36006 CTTAGTTTAGGGTAATTAAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGT
36027 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 32, Indels: 29
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
104 7 0.02
105 110 0.28
106 268 0.68
107 11 0.03
108 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (105 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAAGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC
Found at i:35648 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 35273--36026 Score: 736
Period size: 141 Copynumber: 5.4 Consensus size: 140
35263 GAATCAGTAA
* *
35273 TAAGTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTAAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGA
* * * *
35338 GTC-----AACAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGT-AATAGGT-AACTTAATTCAGGGTAA-
65 GTCAAGGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-ATCAACTTAATTCAGGGTAAT
35395 T---TAAGTCAG
129 TAAGTAAGTCAG
* * * * *
35404 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAAGGAAATT-A---
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTG
* * * * *
35465 AGT-AAGGCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTAAGGGTGAT
64 AGTCAAGGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAAT
*
35529 TAAGCAAGTCAG
129 TAAGTAAGTCAG
* **
35541 TAA-TCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGCGAGTCAGTAATCAACCTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT-AA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * * *
35605 -AGTTCAACG-AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAATCAACTTAGTTCAGGGTA
63 GAG-TCAAGGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTA
* *
35668 ATTATGTGAGTCAG
127 ATTAAGTAAGTCAG
* *
35682 TAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGT
1 TAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
*
35746 GAGTC--GGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGT
63 GAGTCAAGGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGT
* * *
35809 AATTAAGTGAGTTAA
126 AATTAAGTAAGTCAG
* * *
35824 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGT-AATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTG
* *
35888 AGTC--GGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATGAGT-AACTTAATTCAGGGT
64 AGTCAAGGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGT
* * *
35949 AATTAAGTGAGTTAA
126 AATTAAGTAAGTCAG
* * * *
35964 TGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGTAACTTAGTTTAGGGTAATTAAGT
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
36027 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 53, Indels: 55
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
128 3 0.01
131 27 0.05
132 52 0.10
133 19 0.04
134 1 0.00
135 3 0.01
136 9 0.02
137 44 0.08
138 1 0.00
139 2 0.00
140 91 0.17
141 215 0.40
142 70 0.13
143 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (140 bp):
TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG
TCAAGGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTA
AGTAAGTCAG
Found at i:35756 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 35700--35756 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
35690 TTTAATTCAG
35700 GGTAATTAAGTGAGTC
1 GGTAATTAAGTGAGTC
* * * *
35716 AGTAATCAACTTAGTTC
1 GGTAATTAAGTGAG-TC
35733 AGGGTAATTAAGTGAGTC
1 --GGTAATTAAGTGAGTC
35751 GGTAAT
1 GGTAAT
35757 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 6
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 16 0.53
17 2 0.07
18 2 0.07
19 10 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
GGTAATTAAGTGAGTC
Done.