Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01016485.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig16506, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8951
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.19, T:0.36
Found at i:233 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 1--325 Score: 625
Period size: 130 Copynumber: 2.5 Consensus size: 130
1 GTTTATTTGACAAGTGTCAATAG-TAATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
1 GTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
*
65 AGTTTATATTAAACCTACTATTAATTTTATGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTG
66 AATTTATATTAAACCTACTATTAATTTTATGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTG
*
130 GTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTGATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
1 GTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
195 AATTTATATTAAACCTACTATTAATTTTATGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTG
66 AATTTATATTAAACCTACTATTAATTTTATGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTG
260 GTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
1 GTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
325 A
66 A
326 GTTTGGAAAA
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 3, Indels: 1
0.98 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
129 23 0.12
130 169 0.88
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.13, T:0.49
Consensus pattern (130 bp):
GTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATTTTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTT
AATTTATATTAAACCTACTATTAATTTTATGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTG
Found at i:539 original size:270 final size:269
Alignment explanation
Indices: 224--764 Score: 1064
Period size: 270 Copynumber: 2.0 Consensus size: 269
214 ATTAATTTTA
224 TGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTGGTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATT
1 TGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTGGTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATT
289 TTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTTAGTTTGGAAAAATTAAAAGGCATTCATCC
66 TTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTTAGTTTGGAAAAATTAAAAGGCATTCATCC
354 CCTTTCCTATATAAAATAAATTAGCAAATAATTATAAATTAATTTATTATGAATATACATGTATG
131 CCTTTCCTATATAAAATAAATTAGCAAATAATTATAAATTAATTTATTATGAATATACATGTATG
419 TTGTGTATGTCCATGAATCTAATTAAAGCATGGATAAGATTGATGACTTGGTTCATTCATACACA
196 -TGTGTATGTCCATGAATCTAATTAAAGCATGGATAAGATTGATGACTTGGTTCATTCATACACA
484 TATACCTATG
260 TATACCTATG
494 TGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTGGTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATT
1 TGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTGGTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATT
559 TTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTTAGTTTGGAAAAATTAAAAGGCATTCATCC
66 TTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTTAGTTTGGAAAAATTAAAAGGCATTCATCC
*
624 CCTTTCCTATATAAAATAAATTAGCAAATAATTATAAATTAATTTATTATGAATATACATTTATG
131 CCTTTCCTATATAAAATAAATTAGCAAATAATTATAAATTAATTTATTATGAATATACATGTATG
689 TGTGTATGTCCATGAATCTAATTAAAGCATGGATAAGATTGATGACTTGGTTCATTCATACACAT
196 TGTGTATGTCCATGAATCTAATTAAAGCATGGATAAGATTGATGACTTGGTTCATTCATACACAT
754 ATACCTATG
261 ATACCTATG
763 TG
1 TG
765 CTAAGTTCAT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 1, Indels: 1
0.99 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
269 76 0.28
270 194 0.72
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (269 bp):
TGTACAAGACTCTCATTGAGTGCCACTTGGCATTTGGTTTATTTGACAAGTGTCAATAGTTAATT
TTCTAAATGTTTTGTTTATTATATTTGTATTCATTTAGTTTGGAAAAATTAAAAGGCATTCATCC
CCTTTCCTATATAAAATAAATTAGCAAATAATTATAAATTAATTTATTATGAATATACATGTATG
TGTGTATGTCCATGAATCTAATTAAAGCATGGATAAGATTGATGACTTGGTTCATTCATACACAT
ATACCTATG
Found at i:1011 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 959--1054 Score: 174
Period size: 46 Copynumber: 2.1 Consensus size: 46
949 ATTTCACAAC
959 AAAATTTGATTTCTTAACTGAATTTTCTTAAAAAAATTTATAAAAT
1 AAAATTTGATTTCTTAACTGAATTTTCTTAAAAAAATTTATAAAAT
* *
1005 AAAATTTGATTTTTTAACTGAATTTTCTTAAAAGAATTTATAAAAT
1 AAAATTTGATTTCTTAACTGAATTTTCTTAAAAAAATTTATAAAAT
1051 AAAA
1 AAAA
1055 CAGCCGCACG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 48 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (46 bp):
AAAATTTGATTTCTTAACTGAATTTTCTTAAAAAAATTTATAAAAT
Done.