Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01001912.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01914, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 817
Length: 1363
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Found at i:608 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--1361 Score: 1762
Period size: 332 Copynumber: 4.1 Consensus size: 332
* * * * *
1 CTGAGCCGGGGCCCCGAAAGGCGTTTTTGGCCAAATTCTGTAATGGTTAGTACACGATTTTGGCA
1 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATTCTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGAC-
* * *
66 AAAAAATTTT-AAAAAA-ATGACACGAAATTTTTCCCTTAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAA
65 TAAAATTTTTCAAAAAACA-GACTCGAAATTTTTCCCTTAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAA
* ** *
129 AATATATAATTGAACATCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTAACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATG
129 AATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATG
** * *
194 TTTTTTCGATTTATTTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAT
194 CATTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAT
* * *
259 ATGCAATGTGACTGAGATTTGGTCAGTTGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGTGCAAAAAAT
259 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGTTGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAAT
*
324 AATCGAAAA
324 AATCCAAAA
*
333 CTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAATTCTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGACT
1 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATTCTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGACT
* * *
398 AAAATTTTTCAAAAAGCAGACTCGAAATTTTTTCCCTTAATTTGTGGCCACAATACTCAT-AAAA
66 AAAATTTTTCAAAAAACAGACTCGAAA-TTTTTCCCTTAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAAA
* * *
462 ATATATAATTCAATGCCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACGTTTTAAATATCGTTTTTCATATGC
130 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATGC
* *
527 ATTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATA
195 ATTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATA
* *
592 TCCAATGTGGCTGAGATTTGG-CTAGTTGAATATAGATATTTTAAGAAGTCTTAGTGCCAAAAAT
260 TCCAATGTGGCTGAGATTTGGTC-AGTTGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAAT
656 AATCCAAAA
324 AATCCAAAA
*
665 CTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAATATC-GTAATGGTTAGTACACGATTTCGAC
1 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAT-TCTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGAC
* * * * *
728 TAAAATATTTCAAAAAACTGACTCGAAATTTTTTTCCTTAATTTCTGGCCATGATACTCATAAAA
65 TAAAATTTTTCAAAAAACAGACTCGAAA-TTTTTCCCTTAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAA
* * *
793 AATATATAGTTTAACGTCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATG
129 AATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATG
* * *
858 CTTTTTCG-ATT-A-----AA-T---T-GAAACTGGTTCAGATGATCGAAAAAACAAATCCTTAT
194 CATTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAT
* * *
911 ATCCAATGTGGCTGAGATTTAGTCAGTTGAATATAGATATTTAAAGGAGACTTGGTGCCAAAAAT
259 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGTTGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAAT
*
976 AATCAAAAA
324 AATCCAAAA
* * * * * * *
985 CTGAGCCGGGGCCCCGAAAC-AGTTTTTAGCTAAATTCTGTGATGGTTAGTACACGATATCAAAT
1 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATTCTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGACT
* * *
1049 AAAATTTTTTAAAAAACTGACTCGGAAATTTTT-CCTTAATTTTTTGCCATAATACTCAT-AAAA
66 AAAATTTTTCAAAAAACAGACTC-GAAATTTTTCCCTTAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAAA
* * * * * * * *
1112 ATATATATTTCAATGCCAAAAAGGATGGAGAGCTTTTCACGTTTTAAATATTGTTTTTCCTAT--
130 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATGC
* * ** * *
1175 ATTTTTTGAATTAATTTGTAATTAAATCGAAACTGCATCTGATACTCGAAAAAACAAATCATTAT
195 A-TTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAT
* * * *
1240 ATCCATTGTGGCTAAAATTT-GTCAGTTGAATATAGATATTTTAAGGAATCTTGGTGCCAAAAAT
259 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGTTGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAAT
*
1304 CATCCAAAA
324 AATCCAAAA
* ** *
1313 CTGAGCCGGGGCTCCAAAACGCGTTTTTGGCCAAATTCTGTAATGGTTA
1 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATTCTGTAATGGTTA
1362 AT
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 101, Indels: 51
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
317 5 0.01
318 60 0.07
319 26 0.03
320 166 0.18
321 17 0.02
324 3 0.00
325 3 0.00
328 67 0.07
329 72 0.08
330 1 0.00
331 117 0.13
332 336 0.37
333 31 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATTCTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGACT
AAAATTTTTCAAAAAACAGACTCGAAATTTTTCCCTTAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAAAA
TATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAGGGATTTTCACATTTTAAATATCGTTTTTCCTATGCA
TTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTCTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATAT
CCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGTTGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATAA
TCCAAAA
Done.