Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01001930.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01932, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1880
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.44


Found at i:804 original size:14 final size:14

Alignment explanation


    Indices: 785--831  Score: 51
    Period size: 14  Copynumber: 3.4  Consensus size: 14

        775 TTTTATAATT

                          
        785 ATTTTATTTTTAAC
          1 ATTTTATTTTTAAC

                   *     *
        799 ATTTTA-ATTTAAA
          1 ATTTTATTTTTAAC

             *          * 
        812 AGTTTATTTTTACC
          1 ATTTTATTTTTAAC

                  
        826 ATTTTA
          1 ATTTTA

        832 CTATTTTTAT


Statistics
Matches: 25,  Mismatches: 7, Indels: 2
        0.74            0.21        0.06

Matches are distributed among these distances:
  13   10  0.40
  14   15  0.60

ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.02, T:0.60


Consensus pattern (14 bp):   
ATTTTATTTTTAAC

Found at i:937 original size:150 final size:150

Alignment explanation


    Indices: 514--969  Score: 799
    Period size: 149  Copynumber: 3.0  Consensus size: 150

        504 TTATAATTAC

                                      * *                                    
        514 TTTATTTTTACCATTTTACTATTATTCAATAAAAACTTGGATATATTAAAATTTTTTAATATATA
          1 TTTATTTTTACCATTTTACTATT-TTTATTAAAAACTTGGATATATTAAAATTTTTTAATATATA

                                                                             
        579 GTTTGATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATT
         65 GTTTGATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATT

                                 
        644 TTTACCATTTTAATTTAAAAG
        130 TTTACCATTTTAATTTAAAAG

                                         *                     *             
        665 TTTATTTTTACCA--TTACTATTTTTCATAAAAAACTTGGATATATTAAAAGTTTTTAATATATA
          1 TTTATTTTTACCATTTTACTATTTTT-ATTAAAAACTTGGATATATTAAAATTTTTTAATATATA

                         *                                                   
        728 GTTTGATTCTACTCAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATT
         65 GTTTGATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATT

                *                
        793 TTTAACATTTTAATTTAAAAG
        130 TTTACCATTTTAATTTAAAAG

                                                  *          *               
        814 TTTATTTTTACCATTTTACTATTTTTATTAAAAACTTGAATATATTAAATTTTTTTAATATATAG
          1 TTTATTTTTACCATTTTACTATTTTTATTAAAAACTTGGATATATTAAAATTTTTTAATATATAG

                                                                             
        879 TTTGATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATTT
         66 TTTGATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATTT

                                
        944 TTACCATTTTAATTTAAAAG
        131 TTACCATTTTAATTTAAAAG

            *     
        964 GTTATT
          1 TTTATT

        970 GTGATTGACT


Statistics
Matches: 289,  Mismatches: 13, Indels: 7
        0.94            0.04        0.02

Matches are distributed among these distances:
 148    2  0.01
 149  140  0.48
 150  123  0.43
 151   24  0.08

ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.04, T:0.52


Consensus pattern (150 bp):   
TTTATTTTTACCATTTTACTATTTTTATTAAAAACTTGGATATATTAAAATTTTTTAATATATAG
TTTGATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATTCAATATTTTTATAATTATTTTATTT
TTACCATTTTAATTTAAAAG
Done.