Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01002019.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig02022, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 959
Length: 1599
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Found at i:684 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1--1596 Score: 1803
Period size: 328 Copynumber: 4.9 Consensus size: 329
* * * ** *
1 TTTTTCGCCACAACACTTTTAAAATATATAAAATCCAATGC--AAGAAGACCGAATAGCTTTTCA
1 TTTTTCGCCACAACACTCTTAAAA-ATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCA
* * * * *
64 CGCTTCAGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTTATAAAATTGAAAAATGATTCTC
65 CTCTTCTGATATCGTTTTTCCTTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTC
* * * * *
129 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATATAGCTGATATTTGGTTAGATGGATATAAATATT
129 ATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATT
* * * * * * * *
194 TTAGTGTGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGTCACGGAATGCTTTTTTACCA
194 TCAATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGCA
* * ** * *
259 AAAGACTATGATTGTTAATACTTGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTAAAAAATTTT
259 AAAGACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGACCTAAAAAATTTT
324 CCTCAA
324 CCTCAA
** * * * *
330 TTTTTTACCACGAC-TTGCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGGTTGAAATGGCTTTTT
1 TTTTTCGCCACAACACT-CTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGATTG-AATGGCTTTTC
* * *
394 ACTCTTCTGATATCGTTTTCCCTATTTTTTCAAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCT
64 ACTCTTCTGATATCGTTTTTCCT-TTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCT
* * * * *
459 GATGCTCAG-AAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATCTGATTAGATGGATATGGATA
128 CATGCTC-GTAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATA
* * * * *
523 TTTCAATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAATTGAACCGGAGTCCCGGAATGTTTTTTTAG
192 TTTCAATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAG
** * *
588 GGAAAGACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAACTGACCTAAAAAAAT
257 CAAAAGACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGACCT-AAAAAAT
653 TTTCCTCAA
321 TTTCCTCAA
* * ** *
662 TTTTTCG-AACAACACTCTTAAAAAATATAAAACTCTTTGCAAAAAAA-ATTGAATGCCTTTTCA
1 TTTTTCGCCACAACACTCTT-AAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCA
* * * *
725 CTCTTCTGATATCGTTTTCCCTTTTTTTCCGAAATAATTTATAATAAAATCGAAAAATGATTCTT
65 CTCTTCTGATATCGTTTTTCCTTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTC
* * * *
790 ATGCTCGTAAAAGCAAATCCTT-AA-CCAATGTTA-CTAAGATTTGGTTAAATGGTTATAGATAT
129 ATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATG-TAGCTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATAT
* * *
852 TTCAATG-GATCTTGGCGCCAGAAATCAAGCAAAACTGATCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAG
193 TTCAATGTG-TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAG
* * *
916 CAAAAGACTGTGAT-GTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACCGACCTGAAAAAAT
257 CAAAAGACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGACCT-AAAAAAT
*
980 TTTGCTCAA
321 TTTCCTCAA
* * ** * *
989 TTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAATATATAATTCAATGC-AAAAAATACCGGATGGCTTTTAAC
1 TTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCAC
* * * * *
1053 GCTTCTGATATTGTTTTTCCTTCTTTTCCGAATTCATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGA
66 TCTTCTGATATCGTTTTTCCTT-TTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCA
* * * *
1118 TACTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCATTGT-GTCTGAGATTTGGTTAGATAGATATAGATATT
130 TGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTAG-CTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATT
* * * * * * * * *
1182 TCAATGTGTCTTGACACAAAAAATAATGAAAAACTGACCCGGGATACCGTAATGCTTTTTTAGCG
194 TCAATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGC-
* *
1247 AAAA-ACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGGAAAAATTTTGCAAAAAATGACCTTAAAAAATT
258 AAAAGACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGACC-TAAAAAATT
1311 TTCCTCAA
322 TTCCTCAA
* **
1319 -ATTTCGCCACAACACTC-TAAAAACTAT-AAATTGCAATGC--AAAAAGACCGAATGGCTTTTC
1 TTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAA-TATAAAATT-CAATGCAAAAAAAGATTGAATGGCTTTTC
* * **
1379 ACGT-TTCAGATATCGTTTTTTCTATTTTGCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTC
64 AC-TCTTCTGATATCGTTTTTCCT-TTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTC
* * * * *
1443 TCAAGCTCGTAAAAGCAAAACCTTAAATTTAATGTAGTTGACATTTGGTTAGATGGATATAGATA
127 TCATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATA
* * * * * *
1508 TTTTAGTGTGTCTTGGCGTCAAAAATCTTGCAGAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGC-TTTTTAG
192 TTTCAATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAG
*
1572 CAAAAGGCTGTGATGGTTAATACAC
257 CAAAAGACTGTGATGGTTAATACAC
1597 TAT
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 167, Indels: 62
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
326 10 0.01
327 187 0.17
328 306 0.29
329 144 0.13
330 147 0.14
331 223 0.21
332 53 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
TTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCAC
TCTTCTGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCAT
GCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTC
AATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGCAAA
AGACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGACCTAAAAAATTTTCC
TCAA
Found at i:1260 original size:657 final size:656
Alignment explanation
Indices: 3--1596 Score: 2000
Period size: 657 Copynumber: 2.4 Consensus size: 656
1 TT
* * * * * * * *
3 TTTCGCCACAACACTTTTAAAATATATAAAATCCAATGCAAGAAGACCGAATAG-CTTTTCACGC
1 TTTCGCAACAACAC-TCTAAAAAATATAAACTGCAATGCAAAAAAACCGAAT-GCCTTTTCACTC
* *
67 TTCAGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCC-AAATTAATTTCTTATAAAATTGAAAAATGATTCTCAT
64 TTCAGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCGAAA-TAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCAT
* * * *
131 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATATAGCTGATATTTGGTTAGATGGATATAAATATTTT
128 GCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATTTAATGTAGCTGACATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTT
* * *
196 AGTGTGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGTCACGGAATGCTTTTTTACCAAA
193 AGTGTGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGCAAA
* ** *
261 AGACTATGATTGTTAATACTTGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTAAAAAATTTTCC
258 AGACTGTGA-TGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACCGACCTAAAAAATTTTCC
* * * *
326 TCAATTTTTTACCACGACTTGCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAAGGTTGAAATGGCTT
322 TCAATTTTTCACCACAACCTGCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAACG-TG-AATGGCTT
* * *
391 TTTACTCTTCTGATATCGTTTTCCCTATTTTTTCAAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGAT
385 TTAACGCTTCTGATATCGTTTTCCCTATTTTTCCAAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGAT
* * * *
456 TCTGATGCTCAGAAAAGCAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATCTGATTAGATGGATATGGA
450 TCTGATACTCAGAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATCTGATTAGATAGATATAGA
* * * * * * *
521 TATTTCAATGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAATTGAACCGGAGTCCCGGAATGTTTTTTT
515 TATTTCAATGTGTCTTGACACAAAAAATAATGAAAAACTGAACCGGAGTACCGGAATGCTTTTTT
* * *
586 AGGGAAAGACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAACTGACCTAAAAAA
580 AGCGAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAAATGACCTAAAAAA
*
651 ATTTTCCTCAATT
645 ATTTTCCTCAA-A
** **
664 TTTCG-AACAACACTCTTAAAAAATATAAAACT-CTTTGCAAAAAAAATTGAATGCCTTTTCACT
1 TTTCGCAACAACACTC-TAAAAAATAT-AAACTGCAATGC-AAAAAAACCGAATGCCTTTTCACT
* * * *
727 CTTCTGATATCGTTTTCCCTTTTTTTCCGAAATAATTTATAATAAAATCGAAAAATGATTCTTAT
63 CTTCAGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCGAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCAT
** * * * *
792 GCTCGTAAAAGCAAATCCTT-AA-CCAATGTTA-CTAAGATTTGGTTAAATGGTTATAGATATTT
128 GCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATTTAATG-TAGCTGACATTTGGTTAGATGGATATAGATATTT
* * * * * *
854 CAATG-GATCTTGGCGCCAGAAATCAAGCAAAACTGA-TCCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGC
192 TAGTGTG-TCTTGGCGTCAAAAATCATGCAGAACTGAGT-CGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGC
917 AAAAGACTGTGATGTTAATACACGATTTC-AGCTAAAATTTTGCAAAAACCGACCTGAAAAAATT
255 AAAAGACTGTGATGTTAATACACGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAACCGACCT-AAAAAATT
* * *
981 TTGCTCAATTTTTCGCCACAACACT-CTTAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATACCG-G-AT
318 TTCCTCAATTTTTCACCACAAC-CTGCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAA-A-CGTGAAT
* * * * *
1043 GGCTTTTAACGCTTCTGATATTGTTTTTCCT-TCTTTTCCGAATTCATTTCTAATAAAATCGAAA
380 GGCTTTTAACGCTTCTGATATCGTTTTCCCTAT-TTTTCCAAAATAATTTCTAATAAAATCGAAA
* * * *
1107 AATGATTCTGATACTC-GTAAAAGCAAATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATAG
444 AATGATTCTGATACTCAG-AAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATCTGATTAGATAG
* *
1171 ATATAGATATTTCAATGTGTCTTGACACAAAAAATAATGAAAAACTGACCCGG-GATACCGTAAT
508 ATATAGATATTTCAATGTGTCTTGACACAAAAAATAATGAAAAACTGAACCGGAG-TACCGGAAT
* * *
1235 GCTTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGGAAAAATTTTGCAAAAAATGAC
572 GCTTTTTTAGCGAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAAATGAC
*
1300 CTTAAAAAATTTTCCTCAAA
637 CTAAAAAAATTTTCCTCAAA
* * * * *
1320 TTTCGCCACAACACTCTAAAAACTATAAATTGCAATGCAAAAAGACCGAATGGCTTTTCACGT-T
1 TTTCGCAACAACACTCTAAAAAATATAAACTGCAATGCAAAAAAACCGAATGCCTTTTCAC-TCT
* * * * *
1384 TCAGATATCGTTTTTTCTATTTTGCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCAAGC
65 TCAGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCGAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCATGC
* *
1449 TCGTAAAAGCAAAACCTTAAATTTAATGTAGTTGACATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTTAG
130 TCGTAAAAGCAAATCCTTAAATTTAATGTAGCTGACATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTTAG
*
1514 TGTGTCTTGGCGTCAAAAATCTTGCAGAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGC-TTTTTAGCAAAAG
195 TGTGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGCAAAAG
*
1578 GCTGTGATGGTTAATACAC
260 ACTGTGAT-GTTAATACAC
1597 TAT
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 113, Indels: 54
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
655 97 0.12
656 46 0.06
657 333 0.42
658 42 0.05
659 146 0.18
660 27 0.03
661 101 0.13
662 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (656 bp):
TTTCGCAACAACACTCTAAAAAATATAAACTGCAATGCAAAAAAACCGAATGCCTTTTCACTCTT
CAGATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCGAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTCATGCT
CGTAAAAGCAAATCCTTAAATTTAATGTAGCTGACATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTTAGT
GTGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCTTTTTTAGCAAAAGA
CTGTGATGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACCGACCTAAAAAATTTTCCTCAA
TTTTTCACCACAACCTGCTTAAAAATATAAAATTCAATGCAAAAAAACGTGAATGGCTTTTAACG
CTTCTGATATCGTTTTCCCTATTTTTCCAAAATAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGAT
ACTCAGAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATCTGATTAGATAGATATAGATATTTC
AATGTGTCTTGACACAAAAAATAATGAAAAACTGAACCGGAGTACCGGAATGCTTTTTTAGCGAA
AAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAAATGACCTAAAAAAATTTTC
CTCAAA
Done.