Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01000266.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00266, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2614
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.16, T:0.35
Found at i:2054 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1923--2076 Score: 210
Period size: 36 Copynumber: 4.2 Consensus size: 37
1913 CTCTTTTTAG
* * * *
1923 ATTAAGTTC-TTTATTGACTCCACCTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1959 ATTAAG-CCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1995 ATTAAG-CCTTTTATTGACGCTACTTAATTA-CCTCGA
1 ATTAAGTCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCT-GA
*
2031 ATTAAGTACC-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGA
1 ATTAAGT-CCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
2068 ATTAAGTCC
1 ATTAAGTCC
2077 CTAACTTGAC
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 5, Indels: 10
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 4 0.04
36 70 0.65
37 30 0.28
38 4 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (37 bp):
ATTAAGTCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
Found at i:2072 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 1932--2073 Score: 207
Period size: 73 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
1922 GATTAAGTTC
* *
1932 TTTATTGACTCCACCTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAAT
1 TTTATTGACGCCACCTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAAT
1997 TAAGCCT
66 TAAGCCT
* *
2004 TTTATTGACGCTACTTAATTA-CCTCGAATTAAGTACC-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCCG
1 TTTATTGACGCCACCTAATTACCCT-GAATTAAG--CCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCG
2067 AATTAAG
63 AATTAAG
2074 TCCCTAACTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 4, Indels: 5
0.88 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
71 3 0.05
72 26 0.41
73 32 0.51
74 2 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (72 bp):
TTTATTGACGCCACCTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAAT
TAAGCCT
Found at i:2108 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2066--2238 Score: 197
Period size: 37 Copynumber: 4.7 Consensus size: 36
2056 TAATTACCCC
* *
2066 GAATTAAGTCC-CTAACTTGACTTAATTTCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCT-ACTT-ACTTAATTCCCTTCCTTG
* *
2103 AAATTAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG
*
2140 GAATCAAGTCCTCTACTCCACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG
**
2177 GAATCAAGTCC-CTTTTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG
* *
2213 GAATCAAGTCCTTTTCTTTACTTAAT
1 GAATCAAGTCCTCTAC-TTACTTAAT
2239 CCCCAGAGGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 10, Indels: 8
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 33 0.27
37 85 0.70
38 4 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
GAATCAAGTCCTCTACTTACTTAATTCCCTTCCTTG
Found at i:2190 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2166--2223 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
2156 TCCACTTAAT
2166 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
** * * *
2185 TCCCTT--TTCTACTTAAT
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
2202 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
2221 TCC
1 TCC
2224 TTTTCTTTAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 10, Indels: 4
0.66 0.24 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.44
19 15 0.56
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TCCCTTCCTTGGAATCAAG
Found at i:2238 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 2085--2224 Score: 228
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74
2075 CCCTAACTTG
* *
2085 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
2150 CTCTACTCC
66 CTCTACTCC
* **
2159 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCC-CTTTTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
2223 CT
66 CT
2225 TTTCTTTACT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
73 35 0.57
74 26 0.43
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (74 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
CTCTACTCC
Found at i:2474 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2422--2601 Score: 224
Period size: 37 Copynumber: 4.9 Consensus size: 36
2412 TTTATATTTT
* *
2422 TTAACTGTTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTC
*
2458 TTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 TT-AACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTC
*
2495 TTAACTGCTTTTACTTAATTGT-CCTGAACTAAGTTC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATT-TCCCTGAATTAAGTTC
2531 TTAACTGCTTTTTACTTAATTAT-CCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGC-TTTTACTTAATT-TCCCTGAATTAAGTTC
*
2568 TTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAG
1 -TTAACTGC-T-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAG
2602 CTACTTTGAC
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 9, Indels: 11
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
36 44 0.34
37 81 0.63
38 4 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
TTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTC
Found at i:2509 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 2421--2601 Score: 246
Period size: 73 Copynumber: 2.5 Consensus size: 74
2411 CTTTATATTT
*
2421 TTTAACTGTTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTCAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTG
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTT-AACTGCTTTTTACTTAATTACCCTG
2485 AATTAAGTTC
65 AATTAAGTTC
* * *
2495 -TTAACTGCTTTTACTTAATTGT-CCTGAACTAAGTTCTTAACTGCTTTTTACTTAATTATCCTG
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATT-TCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTG
2558 AATTAAGTTC
65 AATTAAGTTC
*
2568 TTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAG
1 TTTAACTGC-T-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAG
2602 CTACTTTGAC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 6, Indels: 12
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
72 7 0.07
73 62 0.65
74 26 0.27
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (74 bp):
TTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTGA
ATTAAGTTC
Done.