Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01002695.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig02703, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8845
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36


Found at i:460 original size:205 final size:202

Alignment explanation


    Indices: 71--464  Score: 601
    Period size: 205  Copynumber: 1.9  Consensus size: 202

         61 ACTGACAGTG

                *                 *               *    *                     
         71 TATATAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
          1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGAGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC

                *             *                                              
        136 ATGTTTACCCTTAGGGGAGCATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
         66 ATGTGTACCCTTAGGGGAACATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA

                      *  *                                                   
        201 ACTTCTTAACTCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGAGTATTGTATAATAATCATATAA
        131 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGAGTATTGTATAATAATCATATAA

                   
        266 GAAAATT
        196 GAAAATT

                           *                                                 
        273 TATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGAGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
          1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGAGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC

                  *            *                                             
        338 ATGTGTCCCCTTA-GGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGT
         66 ATGTGTACCCTTAGGGGAACATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGGGGTATGT

                    *                          *   *     **                
        402 GTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACATTGTATTGTATAATAATC
        127 GTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGAGTATTGTATAATAATC

        465 CTTATTATAA


Statistics
Matches: 172,  Mismatches: 16, Indels: 5
        0.89            0.08        0.03

Matches are distributed among these distances:
 201   22  0.13
 202   71  0.41
 203    1  0.01
 205   78  0.45

ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.19, T:0.35


Consensus pattern (202 bp):   
TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGAGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
ATGTGTACCCTTAGGGGAACATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGAGTATTGTATAATAATCATATAA
GAAAATT

Found at i:6152 original size:42 final size:42

Alignment explanation


    Indices: 6093--6176  Score: 168
    Period size: 42  Copynumber: 2.0  Consensus size: 42

       6083 GTTGAACGTA

                                                      
       6093 TTTATTGTTAATTGTTACTTCCTCTGTCCCCTCTTATTTGTC
          1 TTTATTGTTAATTGTTACTTCCTCTGTCCCCTCTTATTTGTC

                                                      
       6135 TTTATTGTTAATTGTTACTTCCTCTGTCCCCTCTTATTTGTC
          1 TTTATTGTTAATTGTTACTTCCTCTGTCCCCTCTTATTTGTC

       6177 GCCTACAACC


Statistics
Matches: 42,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  42   42  1.00

ACGTcount: A:0.12, C:0.24, G:0.10, T:0.55


Consensus pattern (42 bp):   
TTTATTGTTAATTGTTACTTCCTCTGTCCCCTCTTATTTGTC
Done.