Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01002765.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig02773, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 738

Length: 1230
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.11, T:0.34


Found at i:72 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1--556  Score: 493
    Period size: 35  Copynumber: 16.4  Consensus size: 35

                         *            *        
          1 ACCCTGAATTAAGCT-ATT--T-ACTGACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                                  * *   *      
         32 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTAATTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                            *  *     *         *
         67 ACCCTGAATTAAAG-TAATAACTGAATTACTTAATC
          1 ACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                           *     *    *        
        102 ACCCTGAATTAAGTTAATTACCGACTGACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                            * *                
        137 ACCCTGAATTAAGTTGCTAACTGACTTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                 *             *                
        172 ACCCTAAATTAAGTT-ACTAACTGACTTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATT

                                  *   *        
        207 ACCCTGAATTAA---G-TTACTAACTGACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

              *    *           * *               
        238 ACTCTGACTTAAGTT-ACTCATTGAAC-TACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACTTACTTAATT

                                   *   *        
        273 ACCCTGAATTAAGGTTGATTACTAACTCACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAA-GTTGATTACTGACTTACTTAATT

                    *   *              *      *
        309 ACCCTGAACTAACTTGATTACTGACTTGCTTAATC
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                                    *          
        344 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

                                   *           
        379 ACCCTGAATTAA---G-TTACTGCCTTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

            *       *          *                 
        410 TCCCTGAACTAAGTT-ACTAACTGACTCTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACT-TACTTAATT

                         *                    * 
        446 ACCCTGAATTAAGCT-ACTTACT-A---ACTTAACT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATT

                              *    *            
        477 ACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-TTACTTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATT

                                               
        511 ACCCTGAATTAAGTTG----CTGACTTACTTAATT
          1 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

            *              
        542 GCCCTGAATTAAGTT
          1 ACCCTGAATTAAGTT

        557 ACTTATTACT


Statistics
Matches: 432,  Mismatches: 64, Indels: 58
        0.78            0.12        0.10

Matches are distributed among these distances:
  30    1  0.00
  31  118  0.27
  32    4  0.01
  34   26  0.06
  35  225  0.52
  36   57  0.13
  37    1  0.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.10, T:0.37


Consensus pattern (35 bp):   
ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT

Found at i:246 original size:14 final size:15

Alignment explanation


    Indices: 199--256  Score: 66
    Period size: 14  Copynumber: 3.9  Consensus size: 15

        189 TAACTGACTT

                       *   
        199 ACTTAA-TTACCCTG
          1 ACTTAAGTTACTCTG

             *               
        213 AATTAAGTTACTAACTG
          1 ACTTAAGTTACT--CTG

                           
        230 ACTTAA-TTACTCTG
          1 ACTTAAGTTACTCTG

                         
        244 ACTTAAGTTACTC
          1 ACTTAAGTTACTC

        257 ATTGAACTAC


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 3, Indels: 7
        0.79            0.06        0.15

Matches are distributed among these distances:
  14   14  0.38
  15   10  0.27
  16    5  0.14
  17    8  0.22

ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.09, T:0.38


Consensus pattern (15 bp):   
ACTTAAGTTACTCTG

Found at i:560 original size:27 final size:28

Alignment explanation


    Indices: 437--561  Score: 108
    Period size: 31  Copynumber: 4.1  Consensus size: 28

        427 TAACTGACTC

                                           
        437 TACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACT
          1 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--TTACT

            *      *                          
        468 AACTTAACTACCCTGAATTAAGTTACCTATTACT
          1 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-----T-TTACT

                                           
        502 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTGACT
          1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTT--T-ACT

                     *                  
        533 TACTTAATTGCCCTGAATTAAG-TTACT
          1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTACT

              
        560 TA
          1 TA

        562 TTACTGATTC


Statistics
Matches: 81,  Mismatches: 6, Indels: 18
        0.77            0.06        0.17

Matches are distributed among these distances:
  27    5  0.06
  28    2  0.02
  29    1  0.01
  30    2  0.02
  31   44  0.54
  34   25  0.31
  35    2  0.02

ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.09, T:0.38


Consensus pattern (28 bp):   
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTACT
Done.