Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01002818.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig02826, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 809
Length: 1349
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Found at i:1151 original size:197 final size:198
Alignment explanation
Indices: 594--1342 Score: 803
Period size: 197 Copynumber: 3.7 Consensus size: 198
584 AATCACTTTA
* * * * *
594 TATAATTTTTCTTATAGGATTACTATACAACACACTTTTCAGTGTGAATTTTACACTTCATAAGC
1 TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACAC-TGTCAGTGTAAATTTTAGACTCCATAAGC
* * * * * *
659 GGGTTAAGAAGTTGCCACATACCCTATTTCATAATCAATTAAATATTTAGTATCAGTACATATTC
65 GGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATATA-TATTAATACATATTC
* ** * * * *
724 CTTAA-CAGACACATGTCAACCCTCAAACCCTGCAT-GTGCAGTCTGCTAAATTTGACTGACGGT
129 CCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGC-TCGTGCAGTCTGCTAAAATTCACTAACGGT
787 GTATAG
193 GTATAG
* * *
793 TATAATTTTTCATATAAGATTACTATATTGTATACAATC-CAATGTCAGTGTAAAATTTTAGACT
1 TATAATTTTTCTTAT-AG--GA-T-TA-T-TATACAA-CACACTGTCAGTGT-AAATTTTAGACT
* * * * * *
857 CCATTAGCGGCTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAAAATTAAT
57 CCATAAGCGGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATAT-ATATTAAT
*
922 ACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA-CCTCGCTCGTGTAGTCTGCTAAAATTCA
121 ACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCT-GCTCGTGCAGTCTGCTAAAATTCA
*
986 CTAACGGTATATTA-
185 CTAACGGTGTA-TAG
* * * *
1000 TATAATTTTTCTGATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAATGTAAATTTTAGACTCTATAAGC-
1 TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACACTGTCAGTGTAAATTTTAGACTCCATAAGCG
**** * *
1064 GAGTTAAGAAGTTGACACATATGTTATTTCATCATCAATTACATATATA-ATTAATACATATTCC
66 GA-TTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATATATATTAATACATATTCC
* * * * * *
1128 CTAAGGGGACACATGTAAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTTACGGTGT
130 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCTCGTGCAGTCTGCTAAAATTCACTAACGGTGT
1193 ATAG
195 ATAG
* * *
1197 TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGCCAGTGTAAATTTT-GAACTCCATAAGC
1 TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACACTGTCAGTGTAAATTTTAG-ACTCCATAAGC
* * *
1261 GGATTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTC
65 GGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATAT-ATATTAATACATATTC
**
1326 TTTAAGGGGACACATGT
129 CCTAAGGGGACACATGT
1343 TAACTCT
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 68, Indels: 44
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
196 3 0.01
197 162 0.35
198 8 0.02
199 98 0.21
200 18 0.04
201 1 0.00
202 3 0.01
203 2 0.00
204 3 0.01
205 8 0.02
206 90 0.20
207 62 0.13
208 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
TATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAACACACTGTCAGTGTAAATTTTAGACTCCATAAGCG
GATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATATATATTAATACATATTCCC
TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCTCGTGCAGTCTGCTAAAATTCACTAACGGTGTA
TAG
Found at i:1334 original size:396 final size:404
Alignment explanation
Indices: 591--1342 Score: 1006
Period size: 396 Copynumber: 1.9 Consensus size: 404
581 TCAAATCACT
* * * *
591 TTATATAATTTTTCTTATAGGATTACTATACAACACACTTTTCAGTGTGAATTTTACACTTCATA
1 TTATATAATTTTTCTGATAGGATTACTATACAACACACTTGTCAATGTAAATTTTACACTTCATA
* * * *
656 AGCGGGTTAAGAAGTTGCCACATACCCTATTTCATAATCAATTAAATATTTAGTATCAGTACATA
66 AGCGAGTTAAGAAGTTGACACATACCCTATTTCATAATCAATTAAATATATAG-ATCAATACATA
* * * * **
721 TTCCTTAACAGACACATGTCAACCCTCAAACCCTGCATGTGCAGTCTGCTAAATTTGACTGACGG
130 TTCCCTAACAGACACATGTAAACCCTCAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
* * *
786 TGTATAGTATAATTTTTCATATAAGATTACTATATTGTATACAATCCAATGTCAGTGTAAAATTT
195 TGTATAGTATAATTTTTCATATAAGA-GACTATATTGTATACAATCAAATGCCAGTGTAAAATTT
* * * *
851 TAGACTCCATTAGCGGCTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAAA
259 TAGACTCCATAAGCGGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATATTTAAA
916 ATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCTCGCTCGTGTAGTCTGCTAAA
324 ATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCTCGCTCGTGTAGTCTGCTAAA
981 ATTCACTAACGGTATA
389 ATTCACTAACGGTATA
* * *
997 TTATATAATTTTTCTGATAGGATTATTATACAACACGC-TGTCAATGTAAATTTTAGAC-TCTAT
1 TTATATAATTTTTCTGATAGGATTACTATACAACACACTTGTCAATGTAAATTTTACACTTC-AT
*** * * *
1060 AAGCGAGTTAAGAAGTTGACACATATGTTATTTCATCATCAATTACATATATA-ATTAATACATA
65 AAGCGAGTTAAGAAGTTGACACATACCCTATTTCATAATCAATTAAATATATAGATCAATACATA
** * * *
1124 TTCCCTAAGGGGACACATGTAAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTTACG
130 TTCCCTAA-CAGACACATGTAAACCCTCAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACG
*
1189 GTGTATAGTATAATTTTTCTTAT-AG-GA-T-TA-T-TATACAAT-AAACTGCCAGTGT-AAATT
194 GTGTATAGTATAATTTTTCATATAAGAGACTATATTGTATACAATCAAA-TGCCAGTGTAAAATT
*
1246 TT-GAACTCCATAAGCGGATTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATTTA
258 TTAG-ACTCCATAAGCGGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATATTTA
* **
1310 ATATTAATACATATTCTTTAAGGGGACACATGT
322 AAATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
1343 TAACTCT
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 40, Indels: 18
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
395 1 0.00
396 94 0.31
397 16 0.05
398 1 0.00
399 2 0.01
400 1 0.00
401 1 0.00
403 18 0.06
404 70 0.23
405 63 0.21
406 35 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (404 bp):
TTATATAATTTTTCTGATAGGATTACTATACAACACACTTGTCAATGTAAATTTTACACTTCATA
AGCGAGTTAAGAAGTTGACACATACCCTATTTCATAATCAATTAAATATATAGATCAATACATAT
TCCCTAACAGACACATGTAAACCCTCAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGT
GTATAGTATAATTTTTCATATAAGAGACTATATTGTATACAATCAAATGCCAGTGTAAAATTTTA
GACTCCATAAGCGGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATATTTAAAAT
TAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCTCGCTCGTGTAGTCTGCTAAAAT
TCACTAACGGTATA
Done.