Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01003068.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03076, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 681

Length: 1135
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.14, T:0.31


Found at i:55 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 3--141  Score: 199
    Period size: 35  Copynumber: 4.0  Consensus size: 35

          1 TA

                         *     *                
          3 AATTAAGTT-ACTAACTGACTCACTTAATTACCCTG
          1 AATTAAGTTGA-TTACTGAATCACTTAATTACCCTG

                              *      *         
         38 AATTAAGTTGATTACTGACTCACTTTATTACCCTG
          1 AATTAAGTTGATTACTGAATCACTTAATTACCCTG

                                **             
         73 AATTAAGTTGATTACTGAATTTCTTAATTACCCTG
          1 AATTAAGTTGATTACTGAATCACTTAATTACCCTG

                                *             
        108 AATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCT
          1 AATTAAGTTGATTACTGAATCACTTAATTACCCT

        142 AAACTAAATT


Statistics
Matches: 96,  Mismatches: 7, Indels: 2
        0.91            0.07        0.02

Matches are distributed among these distances:
  35   95  0.99
  36    1  0.01

ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.40


Consensus pattern (35 bp):   
AATTAAGTTGATTACTGAATCACTTAATTACCCTG

Found at i:92 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 35--129  Score: 77
    Period size: 17  Copynumber: 5.5  Consensus size: 17

         25 CTTAATTACC

                             
         35 CTGAATTAAGTTGATTA
          1 CTGAATTAAGTTGATTA

                 * * *  *    
         52 CTG-ACTCACTTTATTA
          1 CTGAATTAAGTTGATTA

                               
         68 CCCTGAATTAAGTTGATTA
          1 --CTGAATTAAGTTGATTA

                    **  *    
         87 CTGAATT-TCTTAATTA
          1 CTGAATTAAGTTGATTA

                               
        103 CCCTGAATTAAGTTGATTA
          1 --CTGAATTAAGTTGATTA

                    
        122 CTGAATTA
          1 CTGAATTA

        130 CTTAATTACC


Statistics
Matches: 58,  Mismatches: 14, Indels: 12
        0.69            0.17        0.14

Matches are distributed among these distances:
  16   15  0.26
  17   18  0.31
  18   10  0.17
  19   15  0.26

ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.13, T:0.41


Consensus pattern (17 bp):   
CTGAATTAAGTTGATTA
Done.