Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01003252.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03260, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 639

Length: 1066
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.11, T:0.36


Found at i:188 original size:55 final size:55

Alignment explanation


    Indices: 116--423  Score: 454
    Period size: 55  Copynumber: 5.6  Consensus size: 55

        106 TATCAATTTA

                   * *         * *     *              *     *  *   
        116 CTGATTACTATCTTTTTACCTGATTACTGATTTACTGATTACCATTACATTGACT
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT

                        *                *              *      *   
        171 CTGATTAATCTCGTTTTACTTAATTACCGGTTTACTGATTACTACTACCTTGACT
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT

                                              *                    
        226 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTATTGATTACTATTACCTTAACT
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT

                                                                    
        281 CTTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT
          1 C-TGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT

              *                                                    
        337 CTAATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT

              *       *                *    
        392 CTAATTAATCCCTTTTTACTTAATTACTGATT
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATT

        424 GCCCTCTTTC


Statistics
Matches: 233,  Mismatches: 19, Indels: 2
        0.92            0.07        0.01

Matches are distributed among these distances:
  55  179  0.77
  56   54  0.23

ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.06, T:0.47


Consensus pattern (55 bp):   
CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT

Found at i:321 original size:166 final size:166

Alignment explanation


    Indices: 117--423  Score: 470
    Period size: 166  Copynumber: 1.8  Consensus size: 166

        107 ATCAATTTAC

                  *             *     *                       *     *        
        117 TGATTACTATCTTTTTACCTGATTACTGATTTACTGATTACCATTACATTGACTCTGATTAATCT
          1 TGATTAATATCTTTTTACCTAATTACCGATTTACTGATTACCATTACATTAACTCTAATTAATCT

                              *                     *     *       *          
        182 CGTTTTACTTAATTACCGGTTTACTGATTACTACTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTT
         66 CGTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTACTACCTTAACTCTAATTAATCCCTTTTTACTT

                                                
        247 AATTACCGATTTATTGATTACTATTACCTTAACTCT
        131 AATTACCGATTTATTGATTACTATTACCTTAACTCT

                    *         *                      *     *                 
        283 TGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTAATTAATCT
          1 TGATTAATATCTTTTTACCTAATTACCGATTTACTGATTACCATTACATTAACTCTAATTAATCT

             *                               *                               
        348 CTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTAATTAATCCCTTTTTACTT
         66 CGTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTACTACCTTAACTCTAATTAATCCCTTTTTACTT

                  *    
        413 AATTACTGATT
        131 AATTACCGATT

        424 GCCCTCTTTC


Statistics
Matches: 125,  Mismatches: 16, Indels: 0
        0.89            0.11        0.00

Matches are distributed among these distances:
 166  125  1.00

ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.07, T:0.47


Consensus pattern (166 bp):   
TGATTAATATCTTTTTACCTAATTACCGATTTACTGATTACCATTACATTAACTCTAATTAATCT
CGTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTACTACCTTAACTCTAATTAATCCCTTTTTACTT
AATTACCGATTTATTGATTACTATTACCTTAACTCT

Found at i:331 original size:111 final size:110

Alignment explanation


    Indices: 116--423  Score: 454
    Period size: 111  Copynumber: 2.8  Consensus size: 110

        106 TATCAATTTA

                   * *         * *     *              *     *  *             
        116 CTGATTACTATCTTTTTACCTGATTACTGATTTACTGATTACCATTACATTGACTCTGATTAATC
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATC

              *                *                     *   
        181 TCGTTTTACTTAATTACCGGTTTACTGATTACTACTACCTTGACT
         66 TCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTACTACCTTAACT

                                              *                              
        226 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTATTGATTACTATTACCTTAACTCTTGATTAAT
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTC-TGATTAAT

                                               *          
        291 CTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACT
         65 CTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTACTACCTTAACT

              *                                                      *       
        337 CTAATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTAATTAATC
          1 CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATC

            *                *    
        402 CCTTTTTACTTAATTACTGATT
         66 TCTTTTTACTTAATTACCGATT

        424 GCCCTCTTTC


Statistics
Matches: 179,  Mismatches: 18, Indels: 2
        0.90            0.09        0.01

Matches are distributed among these distances:
 110   75  0.42
 111  104  0.58

ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.06, T:0.47


Consensus pattern (110 bp):   
CTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATC
TCTTTTTACTTAATTACCGATTTACTGATTACTACTACCTTAACT
Done.