Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01003274.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03282, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2017
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.14, T:0.35
Found at i:760 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 712--1323 Score: 667
Period size: 35 Copynumber: 17.6 Consensus size: 33
702 TTACTAAACC
*
712 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTG-ACTACT
* * * * *
747 TAATTACCATGAATTGAGTTACTCATTAACTCACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACT-ACT
* *
782 TAATTACCCCGAATTAAAGTTGATTACTAACTCACT
1 TAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGACT-ACT
* *
818 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTG-ACTACT
*
853 TAATTACCCTGAATTAAGTTTACTACTGACTCACT
1 TAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGACT-ACT
*
888 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTG-ACTACT
923 TAATTACCCT-AAGTTAAGTTGATTACTGACTCACT
1 TAATTACCCTGAA-TTAAGTT-ATTACTGACT-ACT
*
958 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTATTGACTTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGAC-TACT
993 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGACT-ACT
*
1028 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTG-ACTACT
1063 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGAC-TACT
*
1098 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTG-ACTACT
*
1133 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTATT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAC-TACT
*
1168 TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGACTTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAC-TACT
* * *
1203 TAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTTACC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAC-TACT
* *
1237 TAATTACCCTGAATTAAG---TTGCTGAATTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTG-ACTACT
1268 TAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACTTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGAC-TACT
*
1303 TAATTGCCCTGAATTAAGTTA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTA
1324 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 41, Indels: 58
0.84 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 22 0.04
32 1 0.00
34 46 0.09
35 391 0.77
36 45 0.09
37 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (33 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACTACT
Found at i:900 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 712--1322 Score: 805
Period size: 70 Copynumber: 8.8 Consensus size: 70
702 TTACTAAACC
* * * *
712 TAATTACCCTGAATTAAG-TTACTTATTGAACT-ACTTAATTACCATGAATTGAGTT-ACT-CAT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTA-TTACTG-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-T
* *
773 TAACTCACT
63 GAA-TTACT
* * * *
782 TAATTACCCCGAATTAAAGTTGATTACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGA
1 TAATTACCCTGAATT-AAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
847 ATTACT
65 ATTACT
*
853 TAATTACCCTGAATTAAGTTTACTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
918 TTACT
66 TTACT
* * *
923 TAATTACCCT-AAGTTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTATTGA
1 TAATTACCCTGAA-TTAAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
*
987 CTTACT
65 ATTACT
*
993 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
1058 TTACT
66 TTACT
*
1063 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
1128 TTACT
66 TTACT
* * * * * *
1133 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
1198 TTACT
66 TTACT
* * * *
1203 TAATTACCCTGAATTAAG-TTACCTA-TTACTTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTG----CTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTA-TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1262 ATTACT
65 ATTACT
* *
1268 TAATTACCCTGAATTAAG-TTATTCACTGACTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATT-ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1323 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 42, Indels: 24
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
64 1 0.00
65 30 0.06
66 26 0.05
69 30 0.06
70 347 0.71
71 48 0.10
72 7 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (70 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
TTACT
Found at i:959 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 712--1322 Score: 839
Period size: 105 Copynumber: 5.9 Consensus size: 105
702 TTACTAAACC
* * * * * * *
712 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACTACTTAATTACCATGAATTGAG-TTACTCATTA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTA-TTACTG
* * *
775 ACTCACTTAATTACCCCGAATTAAAGTTGATTACT-AACTCACT
64 ACTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGAA-TTACT
* *
818 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTACTACTGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGAC
*
883 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
66 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
* * *
923 TAATTACCCT-AAGTTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTATTGA
1 TAATTACCCTGAA-TTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
* *
987 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACT
65 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
1028 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGAC
1093 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
66 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
* * * *
1133 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGAC
* * * *
1198 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-TTACTTACC
66 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAATTACT
1237 TAATTACCCTGAATTAAGTTG----CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTCACTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATT-ACTGA
*
1297 CTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
65 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1323 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 35, Indels: 20
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
99 4 0.01
100 55 0.12
104 30 0.06
105 295 0.64
106 75 0.16
107 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (105 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGAC
TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACT
Done.