Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01003300.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03308, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 715

Length: 1192
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36


Found at i:740 original size:199 final size:199

Alignment explanation


    Indices: 468--1192  Score: 822
    Period size: 199  Copynumber: 3.7  Consensus size: 199

        458 AATCACTTTA

                             *          *         *               *     *   *
        468 TATAATTTTAT-TTATAGGATTATTATATAATACACCTTTCAATGTAAATTTTACACTCCCTAAA
          1 TATAATTTT-TCTTATAAGATTATTATACAATACA-CTGTCAATGTAAATTTTAGACTCCATAAG

                               *                *                 *          
        532 CGGGTTAAGAAGTTGACATTTACCCCATTTCATAATGAATTAAATATTTAATATCAATACATATT
         64 CGGGTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATT

                                                                             
        597 CCTTAAGGGGACACATAG-CAACCATTAAACCCTGCACGTACAGTCTGCTAAATTCAACTGACGG
        129 CCTTAAGGGGACACAT-GTCAACCATTAAACCCTGCACGTACAGTCTGCTAAATTCAACTGACGG

                   
        661 TGTATAG
        193 TGTATAG

                                           *                   *             
        668 TATAATTTTTCTTATAAGATTATTATACAATCCACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCG
          1 TATAATTTTTCTTATAAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTAGACTCCATAAGCG

                                              *            *                 
        733 GGTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTTATATTAATACATATTCC
         66 GGTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC

            *                    *             **             *  *   *   *   
        798 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCTGCACCAACAGTCTGCTAAAATCCACTTACGATGT
        131 TTAAGGGGACACATGTCAACCATTAAACCCTGCACGTACAGTCTGCTAAATTCAACTGACGGTGT

              **
        863 ATTT
        196 ATAG

                  *         *      *      *  *      *                *      *
        867 TATAATATTTCTTATAGGATTATCATACAACACGCTGTCAGTGTAAATTTTAGACTCTATAAGCA
          1 TATAATTTTTCTTATAAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTAGACTCCATAAGCG

                     *      *  *  *                      *                   
        932 GGTTAAGAAATTGACACATGCCTCATTTCATAATCAATTAAATATATAATATTAATACATATT-C
         66 GGTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC

                      *  *    *   *               *       *      *  **       
        996 TCTAAGGGGATACGTGTCGACCGTTAAACCCTGCACGTGCAG--TGTTAAACTCCATTTG-CGGT
        131 T-TAAGGGGACACATGTCAACCATTAAACCCTGCACGTACAGTCTGCTAAA-TTCAACTGACGGT

                  
       1058 GTATAG
        194 GTATAG

                                            * *     **         *       *     
       1064 TA-AATTTTTCTTATAAGATTATTATACAATAAATTGTCACCGTAAATTTTGGACTCCAAAAGCG
          1 TATAATTTTTCTTATAAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTAGACTCCATAAGCG

                            *    **  *       *                     *         
       1128 GGTTAAGAAGTTGACACATACATCACTTCATAAAC-A--AAATATTTAATATTAACACATATTCC
         66 GGTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC

               
       1190 TTA
        131 TTA


Statistics
Matches: 443,  Mismatches: 77, Indels: 17
        0.82            0.14        0.03

Matches are distributed among these distances:
 193   24  0.05
 194    2  0.00
 195    1  0.00
 196   79  0.18
 197   15  0.03
 198    4  0.01
 199  289  0.65
 200   29  0.07

ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.12, T:0.34


Consensus pattern (199 bp):   
TATAATTTTTCTTATAAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTAGACTCCATAAGCG
GGTTAAGAAGTTGACATATACCCCATTTCATAATCAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
TTAAGGGGACACATGTCAACCATTAAACCCTGCACGTACAGTCTGCTAAATTCAACTGACGGTGT
ATAG
Done.