Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01003342.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03350, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1846
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.12, T:0.37
Found at i:660 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 614--1042 Score: 360
Period size: 35 Copynumber: 12.6 Consensus size: 33
604 TGCTTACTAA
*
614 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTG-ACT
*
649 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGACT
*
684 CACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG---
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACT
* * *
716 ACTTAAATACTCTGAATTAAGTCATTAACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGACT
*
750 CACTTAATTAATTACCCTGAATTAAGCTATTTACTGACT
1 -AC----TTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACT
789 -C--AATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGACT
* *
820 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTTATCC
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA-CT
* * *
856 ACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGATTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACT-GACT
* *
891 ACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACTGGCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAC-T
* * *
926 GCTTAATTTCCCTGAATTAAG----T--TGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
* *
953 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTG-ACT
988 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAC--T
*
1024 ACCTAATTACCCTGAATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTA
1043 GGTTGCTTAT
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 34, Indels: 65
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.06
28 2 0.01
30 5 0.02
31 50 0.15
32 1 0.00
33 1 0.00
34 3 0.01
35 164 0.50
36 52 0.16
37 2 0.01
39 25 0.08
40 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (33 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACT
Found at i:770 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 718--829 Score: 107
Period size: 39 Copynumber: 3.1 Consensus size: 39
708 ACTTACTGAC
* *
718 TTAAATACTCTGAATTAAGTCATTAACTGACTCACTTAA
1 TTAATTACCCTGAATTAAGTCATTAACTGACTCACTTAA
*
757 TTAATTACCCTGAATTAAG-CTATTTACTGACT--C----
1 TTAATTACCCTGAATTAAGTC-ATTAACTGACTCACTTAA
* *
790 --AATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACTCACTTAA
1 TTAATTACCCTGAATTAAGTCATTAACTGACTCACTTAA
827 TTA
1 TTA
830 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 5, Indels: 20
0.70 0.06 0.24
Matches are distributed among these distances:
31 27 0.47
33 1 0.02
37 1 0.02
38 1 0.02
39 28 0.48
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (39 bp):
TTAATTACCCTGAATTAAGTCATTAACTGACTCACTTAA
Found at i:918 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 888--981 Score: 98
Period size: 27 Copynumber: 3.2 Consensus size: 27
878 TGATTACTAA
*
888 ATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
*
915 ATTACTGGCTTGCTTAATTTCCCTGAATTAAGTTG
1 ATTA----C-T---TAATTACCCTGAATTAAGTTG
950 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
977 ATTAC
1 ATTAC
982 AGAATTACTT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 3, Indels: 16
0.75 0.04 0.21
Matches are distributed among these distances:
27 29 0.52
30 1 0.02
31 2 0.04
32 1 0.02
35 23 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
Found at i:966 original size:97 final size:98
Alignment explanation
Indices: 856--1047 Score: 298
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 98
846 TTACTTATCC
856 ACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGATTACTA-AATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGATTAC-AGAATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTAC
* * * *
920 TGGC-TTGCTTAATTTCCCTGAATTAAGTTGATT
65 TGACTTTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* *
953 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACT
*
1018 GACTTTACCTAATTACCCTGAATTAGGTTG
66 GACTTTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1048 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 3
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
96 1 0.01
97 63 0.73
98 22 0.26
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (98 bp):
ACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACT
GACTTTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
Found at i:987 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 930--989 Score: 93
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
920 TGGCTTGCTT
* **
930 AATTTCCCTGAATTAAGTTGATTACTT
1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAG
957 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAG
1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAG
984 AATTAC
1 AATTAC
990 TTAATTACCC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 30 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAG
Found at i:993 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 888--1017 Score: 206
Period size: 62 Copynumber: 2.1 Consensus size: 62
878 TGATTACTAA
* ** * *
888 ATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACTGGCTTGCTTAATTTCCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
*
950 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1012 ATTACT
1 ATTACT
1018 GACTTTACCT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 62 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (62 bp):
ATTACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTACAGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
Found at i:1664 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 1557--1754 Score: 179
Period size: 53 Copynumber: 3.7 Consensus size: 52
1547 CACATTATTC
* * *
1557 AAAGATTTAATCTTTTACTT-AAAAGATTGAATCTTTATTTACAAAAATTACTTA
1 AAAGA-TTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTTAC--AAATTACTTA
* * * *
1611 AAAG-TTCAATCTTTTAA-T-CAAAGATTACATTTTTTATTTACAAACTTACTTA
1 AAAGATT-AATCTTTTAATTAAAAAAATT-CAATCTTTATTTACAAA-TTACTTA
* *
1663 AAAGCTTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTCACAAATTACTTA
1 AAAGATTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTA
* *
1715 AAAGATTTAATCTTTCACTTAAAAAATAAATTCAATCTTT
1 AAAGA-TTAATCTTTTAATT--AAAA-AAATTCAATCTTT
1755 TACTTAAAAA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 13, Indels: 18
0.80 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
51 3 0.02
52 42 0.35
53 49 0.40
54 10 0.08
55 4 0.03
56 13 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (52 bp):
AAAGATTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTA
Found at i:1700 original size:53 final size:50
Alignment explanation
Indices: 1563--1741 Score: 180
Period size: 52 Copynumber: 3.4 Consensus size: 50
1553 ATTCAAAGAT
* * *
1563 TTAATCTTTTACTTAAAAGATTGAATCTTTATTTACAAAAATTACTTAAAAG
1 TTAATCTTTTAATTAAAAAATTCAATCTTTATTTAC--AAATTACTTAAAAG
* * * *
1615 TTCAATCTTTTAA-TCAAAGATTACATTTTTTATTTACAAACTTACTTAAAAG
1 TT-AATCTTTTAATTAAAAAATT-CAATCTTTATTTACAAA-TTACTTAAAAG
*
1667 CTTAATCTTTTAATTAAAAAAATTCAATCTTTATTCACAAATTACTTAAAAG
1 -TTAATCTTTTAATT-AAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAG
* *
1719 ATTTAATCTTTCACTTAAAAAAT
1 --TTAATCTTTTAATTAAAAAAT
1742 AAATTCAATC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 13, Indels: 14
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
51 3 0.03
52 49 0.46
53 49 0.46
54 6 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (50 bp):
TTAATCTTTTAATTAAAAAATTCAATCTTTATTTACAAATTACTTAAAAG
Done.