Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01003503.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03511, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 915
Length: 1525
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Found at i:502 original size:201 final size:199
Alignment explanation
Indices: 18--854 Score: 620
Period size: 196 Copynumber: 4.1 Consensus size: 199
8 TTTTACAATG
* *
18 TATTGTATAATAATCCTAT-AAGAAAAATTATACAATAC-CGTAAGTGGATTTTAACAGACTGCA
1 TATTGTATAATAAT-CTATAAAGAAAAATTATACAATACACGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCA
* * * * *
81 CGTGCAGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATGTTAAATATTTAAT
65 CGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAAT
* * * *
146 TTATTAAGAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTATATTGA
130 TAATTAAGAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTGA
*
211 CAGTG
195 CAGTA
* *
216 TA---T-TAATAATCT-TATAAGAAAAATTATCCAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGC
1 TATTGTATAATAATCTATA-AAGAAAAATTATACAATACAC-GTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGC
* * *
276 ACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTATGGAATATTTATTAATATTACATATTTAA
64 ACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA
* ** * ***
341 TTAATTATGAAATGGGGTGTGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAA-TTTACACTG
129 TTAATTAAGAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTG
405 ACAGTA
194 ACAGTA
* *
411 TATTGTATAATAATCATATAAAACAAAAATTATACAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG
1 TATTGTATAATAATC-TAT-AAAGAAAAATTATACAATACAC-GTAAGTGGAGTTTAGCAGACTG
* * ** *
476 CATGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTACTAGCGCGTGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCTCT
63 CACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACA--TGTA-T--C-C--CCTT-A-GG--GA-ATATG------
* ** * * * ** * *
541 TAGTGAATATGTATTAATAATTTATATCTAATTAATTATGAAATAAGGTATGTGTTAACGTCTTA
109 TA-TTAATATTAAATAT----TTA-AT-TAATT-A--A-GAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTA
* * * *
606 ACCCGTTTGTGGAGTTCAAAA-TTTACACTGACAGTG
163 ACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTGACAGTA
* * * * *
642 TATTGTATAATAATCCTACACA-AAAAATTATACAATACACCGTTAGTAGAGTTTAGCAGACTGT
1 TATTGTATAATAAT-CTATAAAGAAAAATTATACAATACA-CGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGC
* ** * *
706 ACATGCATGGTTTAAGGGTTGGCATGTATCCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTA
64 ACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTAT-CCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTA
* * ** * * * * *
771 ATTAATTATA-AAAT-GGGTATGTGTTAACTTCTTAAACCACTTATGAAGTCCAAAA-TTTACAT
128 ATTAATTA-AGAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTACAC
*
833 TGACAGTG
192 TGACAGTA
*
841 TATTCGTACAATAA
1 TATT-GTATAATAA
855 ACCTTATTAT
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 81, Indels: 86
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
192 1 0.00
193 2 0.00
194 25 0.05
195 16 0.03
196 123 0.24
198 3 0.01
199 59 0.11
200 13 0.03
201 64 0.12
202 3 0.01
203 5 0.01
204 6 0.01
205 2 0.00
206 4 0.01
207 1 0.00
209 2 0.00
210 10 0.02
211 3 0.01
213 2 0.00
214 3 0.01
217 4 0.01
218 2 0.00
220 4 0.01
221 9 0.02
222 2 0.00
224 1 0.00
225 4 0.01
226 3 0.01
227 9 0.02
228 1 0.00
229 55 0.11
230 3 0.01
231 69 0.13
232 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (199 bp):
TATTGTATAATAATCTATAAAGAAAAATTATACAATACACGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
AATTAAGAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTGAC
AGTA
Done.