Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01003567.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03575, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 653
Length: 1089
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.17, T:0.35
Found at i:816 original size:197 final size:197
Alignment explanation
Indices: 477--1088 Score: 721
Period size: 197 Copynumber: 3.1 Consensus size: 197
467 TTGGCACAAA
* *
477 AACTTCTTAAT-TCGCTTATGGAATCCAAAATTTACAT-TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTA
1 AACTTCTTAATCT-GCTTATGGAGTCCAAAA-TTAC-TCTGACAATGTATTGTATAATAATCCTA
* * *
540 CAAGAAAATTTATACAATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTACACATGCAGGGTTTAACTTT
63 TAAGAAAATTTATAC-A-ACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGC-GGGTTTAACTTT
605 AAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATAATAAAATGGGG
125 AAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATAATAAAATGGGG
670 TATGTGTC
190 TATGTGTC
*
678 AACTTCTTAATCTGCTTATGGAGTCCAAAATTACTCTGAAAATGTATTGTATAATAATCCTATAA
1 AACTTCTTAATCTGCTTATGGAGTCCAAAATTACTCTGACAATGTATTGTATAATAATCCTATAA
743 GGAAAATTTATAC-A-ACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGGTTTAACTTTAAGG
66 -GAAAATTTATACAACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGC-GGGTTTAACTTTAAGG
* * ** * * * *
806 GTTTACATGTGTACCTTTAAAGAATAGGTATTAATATTAAATATTTAATCATGAAATGAGGTATG
129 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATAATAAAATGGGGTATG
871 TGTC
194 TGTC
* * * * *
875 AACTTCTTAATCTAC---TGGAGTCCAAATTTACACTGACAATTTATTGTATAATAATCCTTTAA
1 AACTTCTTAATCTGCTTATGGAGTCCAAAATTACTCTGACAATGTATTGTATAATAATCCTATAA
* * * * * * *
937 GAAAAATTATACAATACCCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGC----ATGA-TTTAAGAG
66 GAAAATTTATACAACA-CCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGTTTAACTTTAAGGG
* *
997 TTGACATGTGT-CCTCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATATAATTAATTATGAATGGGGT
130 TTGACATGTGTACC-CTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA-TAA-TA-AAATGGGGT
1061 ATGTG-C
191 ATGTGTC
* * *
1067 AAATTTCTTAACCCGCTTATGG
1 -AACTTCTTAATCTGCTTATGG
1089 C
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 41, Indels: 33
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
189 2 0.01
190 45 0.13
191 4 0.01
192 2 0.01
193 34 0.10
194 43 0.12
195 1 0.00
196 32 0.09
197 121 0.34
198 1 0.00
199 1 0.00
200 30 0.08
201 39 0.11
202 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (197 bp):
AACTTCTTAATCTGCTTATGGAGTCCAAAATTACTCTGACAATGTATTGTATAATAATCCTATAA
GAAAATTTATACAACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGTTTAACTTTAAGGGT
TGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATAATAAAATGGGGTATGTG
TC
Done.