Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01003592.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03600, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 717
Length: 1196
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.17, T:0.36
Found at i:548 original size:198 final size:198
Alignment explanation
Indices: 1--973 Score: 1046
Period size: 198 Copynumber: 4.9 Consensus size: 198
* * * ** *
1 TACACCTTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAA-GTGCTGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG-AACATGCAAGATTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTT
*
65 AGGGAATATATATTAAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACATTCTT
65 AGGGAATATGTATT-AATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATG-GGTATGTGTCAAC-TTCTT
* * * * *
126 AACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGATAGTGTATTGTATAAAAATTCTATAAGAAAATT
127 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAAT
* *
191 TATACAA
192 TACAAAA
* * *
198 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGATTTA-ACTTTAAGGGTTGACATATGT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGAACATGC---A---AGA-TTTAAGGGTTGACATGTGT
* *
262 ATCCTTAGAGAATATGTATTAATA-TAAA-ATTT--TTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACT
59 ACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTATGTGTCAACT
* * *
323 TCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTATTATATAATAATTCTATAAGAA
123 TCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAA
388 AAATTACAAAA
188 AAATTACAAAA
* * * * *
399 TAC-CCGTTAGTGGATTTTAGCAAACTGAACATGCAAGATTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCTTA
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGAACATGCAAGATTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTA
* *
463 GGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTTAACTTTTTAAC
66 GGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTATGTGTCAACTTCTTAAC
* * * *
528 CCACTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATGATAA-TCATATAAAAAAAATTA
130 CCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTC-TATAAGAAAAATTA
* *
592 TACAA
194 CAAAA
* * * * ** * * *
597 TATACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACATG--GGTTTTTGGGGTTTACATGTCT-CCTT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG-A-ACATGCAAGATTTAAGGGTTGACATGTGTACC-C
**
659 TTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTT
63 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTATGTGTCAACTTCTT
* * * * * *
724 ATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTAC-CATAACAGTATATTATATAATAATCCTATAA-AAAAG
127 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAC-TGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAA-
***
787 ATTATGCAA
190 ATTACAAAA
* * * * * *
796 TACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTAT-CCCTTA
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGAACATGCAAGATTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTA
* *
860 GGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATCATGAAATGGAGTATGTGTCAACTTCTTAAC
66 GGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGG-GTATGTGTCAACTTCTTAAC
* *
925 CCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATT
130 CCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATT
974 TTTATTATAA
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 93, Indels: 55
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
194 39 0.06
195 5 0.01
196 5 0.01
197 39 0.06
198 200 0.31
199 192 0.29
200 29 0.04
201 79 0.12
202 31 0.05
203 36 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGAACATGCAAGATTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTA
GGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGTATGTGTCAACTTCTTAACC
CGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTACA
AAA
Found at i:709 original size:199 final size:196
Alignment explanation
Indices: 1--972 Score: 1026
Period size: 199 Copynumber: 4.9 Consensus size: 196
* * *
1 TACACCTTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCA-AGTGC-TGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTACCC
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACA---CATGGGTTTTAAGGGTTGACATGTAT-CCC
* *
63 TTAGGGAATATATATTAA-ATATTAA-A--TATTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACATTC
62 TTAGGGAATATGTATTAATAT-TTAATATTTAATTAATTATGAAATG-GGTATGTGTCAAC-TTC
* * * * *
124 TTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGATAGTGTATTGTATAAAAATTCTATAAGAAAA
124 TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA-TCTATAAAAAAA
*
189 TTTATACAA
188 ATTATACAA
****
198 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGATTTAACTTTAAGGGTTGACATATGTA
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACATGGG---T---TTTAAGGGTTGAC--ATGTA
* *
263 T-CCTTAGAGAATATGTATTAATA--TAAAATTT--TTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACT
58 TCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTATGTGTCAACT
* * * *
323 TCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTATTATATAATAATTCTATAAGAA
122 TCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA-TCTATAAAAA
* *
388 AAATTACAAAA
186 AAATTATACAA
* * * * * * *
399 TAC-CCGTTAGTGGATTTTAGCAAACTG-A-ACATGCAAGATTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACATG--GGTTTTAAGGGTTGACATGTAT-CCCT
* * *
461 TAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTTAACTTTTTA
63 TAGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTATGTGTCAACTTCTTA
* * *
526 ACCCACTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATGATAATCATATAAAAAAAATT
127 ACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC-TATAAAAAAAATT
591 ATACAA
191 ATACAA
* * ** * * *
597 TATACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACATGGGTTTTTGGGGTTTACATGTCTCCTTTTA
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACATGGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCC-CTTA
* *
662 GGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTATC
65 GGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTATGTGTCAACTTCTTAAC
* * * * *
727 CCGCTTATGGAGTTCAAAATTTAC-CATAACAGTATATTATATAATAATCCTATAAAAAAGATTA
129 CCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAC-TGACAGTGTATTGTATAATAAT-CTATAAAAAAAATTA
*
791 TGCAA
192 TACAA
* *
796 TACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAT-GG-TTTAAGGGTTGACATGTATCCCTT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC--ACATGGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCTT
* * *
859 AGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATCATGAAATGGAGTATGTGTCAACTTCTTAA
64 AGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATGG-GTATGTGTCAACTTCTTAA
* *
924 CCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAAT
128 CCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
973 TTTTATTATA
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 91, Indels: 69
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
192 5 0.01
194 33 0.05
196 9 0.01
197 32 0.05
198 197 0.30
199 200 0.31
200 26 0.04
201 81 0.12
202 27 0.04
203 32 0.05
204 2 0.00
205 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (196 bp):
TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACATGGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCTTAG
GGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCC
GCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTATAAAAAAAATTATACA
A
Found at i:741 original size:397 final size:393
Alignment explanation
Indices: 40--972 Score: 1188
Period size: 397 Copynumber: 2.3 Consensus size: 393
30 AAGTGCTGGG
40 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAAATATTAAATA--T--TTAATTATG
1 TTTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATATATT-AATATTAAATATTTAATTAATTATG
* * * *
101 AAATGAGGTATGTGTCAACATTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGATAGTGTAT
64 AAATG-GGTATGTGTCAAC-TTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTAT
* * * * **
166 TGTATAAAAATTCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGT
127 TGTATAATAA-TCTATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACAC
*
231 GCGGGATTTAACTTTAAGGGTTGACATATGTATCCTTAGAGAATATGTATTAATATAAAATTTTT
191 ACGGGA-TT-A-TTTAAGGGTTGACA-ATGTATCCTTAGAGAATATGTATTAATATAAAATTTTT
* *
296 AATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTA-CATTGAC
252 AATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCA-TAAC
* * * *
360 AGTGTATTATATAATAATTCTATAAGAAAA-ATTACAAAATAC-CCGTTAGTGGATTTTAGCAAA
316 AGTATATTATATAATAATCCTATAA-AAAAGATTACAAAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAA
423 CTGAACATGCAAGA
380 CTGAACATGCAAGA
* *
437 TTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
1 TTTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
* * *
502 AATAGGGTATGTGTTAACTTTTTAACCCACTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
65 AAT-GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
* * *
567 TATGATAATCATATAAAAAAAATTATACAATATACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACAT
129 TATAATAATC-TATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACAC
* * * * * *
632 GGG-TT-TTT-GGGGTTTAC-ATGTCTCCTTTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATT
193 GGGATTATTTAAGGGTTGACAATGTATCC--TTAGAGAATATGTATTAATA--TAAAATTT--TT
*
693 AATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCATAACA
252 AATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCATAACA
*** * *
758 GTATATTATATAATAATCCTATAAAAAAGATTATGCAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
317 GTATATTATATAATAATCCTATAAAAAAGATTACAAAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAACT
* * * *
823 GCACGTGCATGG
382 GAACATGCAAGA
* *
835 TTTAAGGGTTGACATGTATCCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATCATGAA
1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAA
*
900 ATGGAGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GAAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTG
66 ATGG-GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAA-TCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
964 TATAATAAT
129 TATAATAAT
973 TTTTATTATA
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 51, Indels: 34
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
391 7 0.01
393 26 0.06
394 3 0.01
395 6 0.01
396 20 0.04
397 235 0.50
398 49 0.10
399 96 0.21
400 25 0.05
401 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (393 bp):
TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAA
ATGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTA
TAATAATCTATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACACACGGG
ATTATTTAAGGGTTGACAATGTATCCTTAGAGAATATGTATTAATATAAAATTTTTAATTATGAA
ATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCATAACAGTATATTAT
ATAATAATCCTATAAAAAAGATTACAAAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGAACATGCA
AGA
Done.