Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01003635.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig03643, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 604
Length: 1008
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Found at i:81 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 57--96 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
47 CGAATTAAGT
57 TAATTACCAAATTACTTAATC
1 TAATTACC-AATTACTTAATC
* *
78 TAATTATCAATTGCTTAAT
1 TAATTACCAATTACTTAAT
97 TACACTGAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.59
21 7 0.41
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TAATTACCAATTACTTAATC
Found at i:110 original size:55 final size:57
Alignment explanation
Indices: 4--311 Score: 175
Period size: 56 Copynumber: 5.2 Consensus size: 57
1 AAC
* *
4 TACCAAATTACTTAACTTAAATTACCAATTTTCTTAATTGCACCGAATTAAGTTAAT
1 TACCAAATTACTTAACTTAAATTACCAATTTGCTTAATTACACCGAATTAAGTTAAT
* * *
61 TACCAAATTACTTAA-TCT-AATTATCAA-TTGCTTAATTACACTGAATTAAGTTGAT
1 TACCAAATTACTTAACT-TAAATTACCAATTTGCTTAATTACACCGAATTAAGTTAAT
* * *
116 TACCAAATTACCAATTTACTT-AATTACATCGAATTAAGTTGTTTACCAAATT--ACC-AATTTA
1 TACCAAATTA-C--TTAACTTAAATTAC--C-AA-T---TTGCTT----AATTACACCGAATTAA
*
177 CTTAAT
52 GTTAAT
* * * * * **
183 TACACCGAATTAAGTTGTTTAC-TAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTT
1 T--ACCAAATT-A---CTTAACTTAAATTACCAATTTGCTTAATTACACCGAATTAAGTTAAT
* * * **
245 TACCAAATTACTTAA-TTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTT
1 TACCAAATTACTTAACTTAAATTACCAATTTGCTTAATTACACCGAATTAAGTTAAT
301 TACCAAATTAC
1 TACCAAATTAC
312 CAATTTACTT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 28, Indels: 55
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
55 34 0.17
56 61 0.31
57 16 0.08
58 9 0.05
59 6 0.03
60 8 0.04
61 5 0.03
62 9 0.05
63 4 0.02
66 6 0.03
67 12 0.06
68 3 0.02
69 8 0.04
70 15 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (57 bp):
TACCAAATTACTTAACTTAAATTACCAATTTGCTTAATTACACCGAATTAAGTTAAT
Found at i:143 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 91--539 Score: 558
Period size: 43 Copynumber: 9.8 Consensus size: 43
81 TTATCAATTG
* *
91 CTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
*
134 CTTAATTACATCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
177 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACTAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
220 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A---AA--T--T-ACCAATTTA
276 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
*
319 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
362 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A---AA--T--T-ACCAATTTA
*
418 CTTAATTACACCGAATTAAGTT-TCTTACCATATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGT-TTACCAAATTACCAATTTA
* *
461 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTATCAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
*
504 CTTAATTACACCGAATTAAGTTATTTACCAAATTAC
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
540 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 16, Indels: 56
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
43 269 0.74
44 3 0.01
46 2 0.01
48 5 0.01
51 4 0.01
53 2 0.01
55 3 0.01
56 74 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (43 bp):
CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
Found at i:278 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 168--354 Score: 347
Period size: 99 Copynumber: 1.9 Consensus size: 99
158 TTACCAAATT
* *
168 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACTAGATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
233 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
267 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
332 AATTAAGTTGTTTACCAGATTAC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
355 CAATTTACTT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
99 85 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (99 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:306 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 125--590 Score: 855
Period size: 142 Copynumber: 3.3 Consensus size: 142
115 TTACCAAATT
*
125 ACCAATTTACTTAATTACATCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
190 AATTAAGTTGTTTACTAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
66 AATTAAGTTGTTTACTAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
255 CTTAATTTAATC
131 CTTAATTTAATC
267 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
332 AATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
66 AATTAAGTTGTTTACTAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
397 CTTAATTTAATC
131 CTTAATTTAATC
*
409 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT-TCTTACCATATTACCAATTTACTTAATTACACC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGT-TTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACC
*
473 GAATTAAGTTGTTTA-TCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTATTTACCAAAT
65 GAATTAAGTTGTTTACT-AGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAAT
537 TACTTAATTTAATC
129 TACTTAATTTAATC
*
551 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAA
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAA
591 CTGATTTAAC
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 7, Indels: 6
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 1 0.00
142 313 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACTAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
CTTAATTTAATC
Found at i:336 original size:185 final size:184
Alignment explanation
Indices: 22--539 Score: 688
Period size: 185 Copynumber: 2.8 Consensus size: 184
12 TACTTAACTT
* * * *
22 AAATTACCAATTTTCTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATCTAATTATCA
1 AAATTACCAATTTACTTAATT-CACCGAATTAAGTTATTTACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
* * * *
87 A-TTGCTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACATCGAATT
65 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATT
*
151 AAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACT
130 AAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC
* * *
206 AGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCACCA
1 AAATTACCAATTTACTTAATT-CACCGAATTAAGTTATTTACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
271 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATT
65 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATT
*
336 AAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC
130 AAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC
* * * * * * * ** *
391 AAATTA-C--TTAATTTAA-TCACC-AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTTCTTACCATAT
1 AAATTACCAATTTACTTAATTCACCGAATTAAGTT-ATT-TACCAAATT-ACTTAATT--TA-AT
* *
451 TACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTATCAGATTACCAATTTACTTAATTACACC
60 TACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACC
*
516 GAATTAAGTTATTTACCAAATTAC
125 GAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
540 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 31, Indels: 13
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.02
180 6 0.02
181 8 0.03
182 12 0.04
184 60 0.20
185 203 0.69
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (184 bp):
AAATTACCAATTTACTTAATTCACCGAATTAAGTTATTTACCAAATTACTTAATTTAATTACCAA
TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
AGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC
Found at i:413 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 310--496 Score: 331
Period size: 99 Copynumber: 1.9 Consensus size: 99
300 TTACCAAATT
310 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGT-TTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT-TCTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACC
374 GAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
65 GAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
409 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTTCTTACCATATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTTCTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCG
* *
474 AATTAAGTTGTTTATCAGATTAC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
497 CAATTTACTT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 3, Indels: 2
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
98 1 0.01
99 83 0.99
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (99 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTTCTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:543 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 519--564 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
509 TTACACCGAA
* *
519 TTAAGTTATTTACCAAATTAC
1 TTAAGTTAATCACCAAATTAC
* *
540 TTAATTTAATCACCAATTTAC
1 TTAAGTTAATCACCAAATTAC
561 TTAA
1 TTAA
565 TTACACCGAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TTAAGTTAATCACCAAATTAC
Found at i:557 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 495--617 Score: 185
Period size: 56 Copynumber: 2.2 Consensus size: 56
485 TTATCAGATT
* *
495 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT-ATTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGA-TTACCAAATGACTTAACTTAATC
* * *
551 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAACTGATTTAACTTAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATGACTTAACTTAATC
607 ACCAATTTACT
1 ACCAATTTACT
618 GATTACTATT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
56 60 0.98
57 1 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATGACTTAACTTAATC
Done.