Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01000389.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00389, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 953
Length: 1589
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.17, T:0.32
Found at i:96 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 4--1131 Score: 1447
Period size: 35 Copynumber: 33.0 Consensus size: 35
1 GTG
* *
4 AGTCAGTAAAATCAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTA
1 AGTCAGT--AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
41 AGT-ATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
75 AGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
110 AGTCAG---T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
141 ATTCAGTAGTCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
172 AGTCAGTAATCAACTAAATTCAAGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
207 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTG
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
242 AGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTA
1 AGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
280 AGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
314 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
345 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
380 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTG
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
415 AGTCAGTAATAATCAACTTAATTAAGAGTAATTAAGTA
1 AGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
453 AGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
487 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
522 AGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
557 AGTCAG---T-AACTTAATTCATGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
588 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG---TT-ATTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
619 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
654 ATTCAGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTG
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
689 AGTCAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
724 AGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
758 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
792 AGTTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TA
1 AG-TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
824 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
859 ATTTAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTG
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
894 AGTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
929 ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
964 AGTCAGTGAAT-AACTTAACTCAGGGTAA-T---TA
1 AGTCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
995 AGTCAGTAAGT-AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * * * *
1030 AGTTAGTTAGCAACTTGATTTAGGATAATTAAGTAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A
* *
1066 AGTCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
1 AGTCAG-TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A
1102 AG-CAG---T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1132 GCTTAATTCA
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 79, Indels: 97
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.00
31 213 0.22
32 10 0.01
34 132 0.14
35 507 0.52
36 34 0.04
37 8 0.01
38 60 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
Found at i:109 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 79--240 Score: 112
Period size: 31 Copynumber: 5.1 Consensus size: 29
69 TAAGTAAGTC
79 AGTAAT-A-AACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTAATCAGAACTTAATTCAGGGTAATTA
106 AGTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTAA-TCAG-AACTTAATTCAGGGTAATTA
137 AGTAATTCAGTAGTCAACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTAA-TC---AG--AACTTAATTCAGGGTAATTA
* * * * *
172 AGTCAGTAATCAACTAAATTCAAGGTAATTA
1 AGT-AATCA-GAACTTAATTCAGGGTAATTA
*
203 AGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
1 AGTAA-TCAG-----AACTTAATTCAGGGTAATTA
238 AGT
1 AGT
241 GAGTCAGTAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 13, Indels: 24
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.05
28 1 0.01
29 1 0.01
30 1 0.01
31 50 0.47
32 1 0.01
34 2 0.02
35 44 0.42
36 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
AGTAATCAGAACTTAATTCAGGGTAATTA
Found at i:121 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 14--1258 Score: 1162
Period size: 35 Copynumber: 36.9 Consensus size: 33
4 AGTCAGTAAA
* * *
14 ATCAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTAAGT-ATTA
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA--G
48 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
81 TAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
116 -T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
147 TAGTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A-
1 -A-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * *
180 ATCAACTAAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
213 TAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
248 TAATAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAAGT-AG
1 -----ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
285 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
320 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A-
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
353 ATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
386 TAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTGAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
421 TAATAATCAACTTAATTAAGAGTAATTAAGTAAGT-AG
1 -----ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
458 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
493 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
528 TAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
563 -T-AACTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTCAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
594 TAATCAACTTAATTCAGGGTTATTAAGTCAGT-A-
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
627 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
660 TAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
695 TAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAGT-AG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
729 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
764 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAG
*
799 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A-
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
832 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * *
865 TAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAGTCAATA
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-A-G
* *
902 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
935 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA--G
* * *
972 AAT-AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAG
1 -ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* *
1005 -T-AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * * *
1036 TTAGCAACTTGATTTAGGATAATTAAGTAAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
*
1072 TTAGT-AACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAG-CAG
1 --A-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
1107 -T-AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGT-AG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
1133 -----CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * *
1161 TTAGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAAAGTCAG
1 --ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
*
1197 TTAGT-AACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGT-AG
1 --A-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
1232 -T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1259 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 1055, Mismatches: 91, Indels: 134
0.82 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.01
24 1 0.00
26 5 0.00
27 6 0.01
28 2 0.00
30 4 0.00
31 231 0.22
32 7 0.01
33 1 0.00
34 130 0.12
35 516 0.49
36 72 0.07
37 5 0.00
38 60 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (33 bp):
ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
Found at i:139 original size:66 final size:68
Alignment explanation
Indices: 4--1258 Score: 1303
Period size: 66 Copynumber: 18.5 Consensus size: 68
1 GTG
* * *
4 AGTCAGTAAAATCAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTAAGT-ATTAATCAACTTAATTCAGGGTAA
1 AGTCAGT--AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA--GATCAACTTAATTCAGGGTAA
68 TTAAGTA
62 TTAAGTA
*
75 AGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-T-AACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA
138 GTA
66 GTA
* * * * *
141 ATTCAGTAGTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A-ATCAACTAAATTCAAGGTAATTAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA
204 GTA
66 GTA
* * * *
207 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-----ATCAACTTAATTCAGGGTA
272 ATTAAGTA
61 ATTAAGTA
*
280 AGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
343 ---TA
64 AAGTA
* * *
345 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
410 AAGTG
64 AAGTA
* *
415 AGTCAGTAATAATCAACTTAATTAAGAGTAATTAAGTAAGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTA
1 AGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTA
479 ATTAAGTA
61 ATTAAGTA
*
487 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
552 AAGTA
64 AAGTA
* *
557 AGTCAG---T-AACTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG---TT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
615 -ATTA
64 AAGTA
* *
619 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
684 AAGTG
64 AAGTA
*
689 AGTCAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
753 AAGTA
64 AAGTA
758 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAAT
821 T---TA
63 TAAGTA
* * *
824 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
889 AAGTG
64 AAGTA
* * *
894 AGTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG--ATCAACTTAATTCAGGGTAATT
959 AAGTA
64 AAGTA
* * * *
964 AGTCAGTGAAT-AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAG-T-AGCTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATCAACTTAATTCAGGGTAATTA
1026 AGTA
65 AGTA
* * * * * * *
1030 AGTTAGTTAGCAACTTGATTTAGGATAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGAAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG--A-TCAACTTAATTCAGGGTAA
1094 TTAAGTAA
62 TTAAGT-A
1102 AG-CAG---T-AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGT-AG-----CTTAATTCAGGGTAATTAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA
1152 GTA
66 GTA
* * * * * *
1155 AGTTAGTTAGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGAAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG--A-TCAACTTAATTCAGGGTAA
1219 TTAAGTA
62 TTAAGTA
*
1226 A---AGTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1259 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 86, Indels: 125
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.00
54 22 0.02
58 15 0.01
59 1 0.00
61 2 0.00
62 14 0.01
63 7 0.01
64 2 0.00
65 9 0.01
66 377 0.36
67 47 0.05
68 6 0.01
69 145 0.14
70 206 0.20
71 56 0.05
72 72 0.07
73 54 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (68 bp):
AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA
GTA
Found at i:235 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 4--1258 Score: 1284
Period size: 101 Copynumber: 12.4 Consensus size: 101
1 GTG
* * *
4 AGTCAGTAAAATCAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTAAGT-ATTAATCAACTTAATTCAGGGTAA
1 AGTCAGT--AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA
*
68 TTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
64 -T---TAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
110 AGTCAG---T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAGTCAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
171 AAGTCAGTAATCAACTAAATTCAAGGTAATTAAGTA
66 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
207 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGAGTA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGTA
*
272 ATTAAGTAAGTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
63 ATTAAGT---CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
314 ATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
375 AAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTG
66 AAG----TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
415 AGTCAGTAATAATCAACTTAATTAAGAGTAATTAAGTAAGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTA
1 AGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTA
479 ATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
63 A-T---TAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
522 AGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---T-AACTTAATTCATGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
583 AAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG---TT-ATTA
66 AAG----TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
619 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
684 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTA
66 -A---AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
724 AGT-AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
788 AAGTAGTTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TA
66 -A--AG-TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
824 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
889 AAGTGAGTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
66 -A---AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
929 ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAAT-AACTTAACTCAGGGTAAT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAAT
*
993 TAAGTCAGTAAGT-AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
65 TAAGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * * * * * *
1030 AGTTAGTTAGCAACTTGATTTAGGATAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGAAA
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAATCAACTTAATTCAGGGTAA
* * *
1094 TTAAGTAAAGCAGT-AACTTAATTCAGGGTAA-T---TA
64 TTAAGT-CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * * *
1128 AGT-AG-------CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTTAGCAACTTGATTCAGGATAATT
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T
* *
1185 AAGTAAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
65 ---T-AAGTCAG-TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
1226 A---AGTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1259 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 86, Indels: 148
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
88 1 0.00
89 20 0.02
90 19 0.02
93 3 0.00
94 23 0.02
95 1 0.00
96 2 0.00
97 87 0.09
98 10 0.01
100 58 0.06
101 307 0.31
102 77 0.08
103 14 0.01
104 165 0.17
105 68 0.07
106 10 0.01
107 116 0.12
108 6 0.01
111 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (101 bp):
AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
Found at i:315 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 311--381 Score: 88
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
301 GGGTAATTAA
* *
311 GTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAAG
338 GTAATTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAG
1 GTAATT-A---AGTAATCAACTTAATTCAAG
369 GTAATTAAGTAAT
1 GTAATTAAGTAAT
382 TCAGTAATCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 8
0.79 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 12 0.32
30 1 0.03
31 25 0.66
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
GTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAAG
Found at i:1124 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1098--1147 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
1088 GGGAAATTAA
*
1098 GTAAAGCAGTAACTTAATTCAGG
1 GTAAAGAAGTAACTTAATTCAGG
** *
1121 GTAATTAAGTAGCTTAATTCAGG
1 GTAAAGAAGTAACTTAATTCAGG
1144 GTAA
1 GTAA
1148 TTAAGTAAGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (23 bp):
GTAAAGAAGTAACTTAATTCAGG
Found at i:1148 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1105--1155 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
1095 TAAGTAAAGC
1105 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
*
1128 AGTAGCTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
1151 AGTAA
1 AGTAA
1156 GTTAGTTAGC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 26 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
Found at i:1153 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 1001--1256 Score: 494
Period size: 125 Copynumber: 2.0 Consensus size: 125
991 ATTAAGTCAG
*
1001 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTTAGCAACTTGATTTAGGATAATTAAGTAA
1 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTTAGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAA
1066 AGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGCAGTAACTTAATTCAGGGTAAT
66 AGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGCAGTAACTTAATTCAGGGTAAT
1126 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTTAGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAA
1 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTTAGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAA
*
1191 AGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGTAGTAACTTAATTCAGGGTAAT
66 AGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGCAGTAACTTAATTCAGGGTAAT
1251 TAAGTA
1 TAAGTA
1257 AGGGTAATTA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
125 129 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (125 bp):
TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTTAGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAA
AGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGCAGTAACTTAATTCAGGGTAAT
Found at i:1206 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1128--1258 Score: 153
Period size: 36 Copynumber: 3.9 Consensus size: 34
1118 AGGGTAATTA
* *
1128 AGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTT
1 AGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAG-TAGTT
* *
1163 AGCAACTTGATTCAGGATAATTAAGTAAAGTCAGTT
1 AGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AAGT-AGTT
1199 AGTAACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAA--AG-T
1 AGTAACTTAATTCA-GGATAATTAAGTAAGTAGTT
*
1230 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 AGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAG
1259 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 7, Indels: 13
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.02
31 25 0.30
32 2 0.02
35 25 0.30
36 27 0.32
37 3 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (34 bp):
AGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTAGTT
Found at i:1260 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1243--1269 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
1233 AACTTAATTC
1243 AGGGTAATTAAGTA
1 AGGGTAATTAAGTA
1257 AGGGTAATTAAGT
1 AGGGTAATTAAGT
1270 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (14 bp):
AGGGTAATTAAGTA
Done.