Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01004109.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04117, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 919

Length: 1533
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.40


Found at i:637 original size:213 final size:215

Alignment explanation


    Indices: 365--791  Score: 795
    Period size: 213  Copynumber: 2.0  Consensus size: 215

        355 TAAAATTTAC

                        *                                                    
        365 TTTTTTTTTTTTCGAAAACGTAAAATTAATCTAATATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAAT
          1 TTTTTTTTTTTTAGAAAACGTAAAATTAATCTAATATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAAT

                                                                *            
        430 TTTGTTTAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATGTTTCCTTTTATA
         66 TTTGTTTAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATA

                                            *                                
        495 TTAAATTACCTATTAACCATTAGAATTTAAAATTAAACCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT
        131 TTAAATTACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAACCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT

                                
        560 ATTTCAGGTCATGGTTTTTG
        196 ATTTCAGGTCATGGTTTTTG

                                                                             
        580 TTTTTTTTTTTTAGAAAACGTAAAATTAATCT-A-ATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAAT
          1 TTTTTTTTTTTTAGAAAACGTAAAATTAATCTAATATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAAT

               *                                                             
        643 TTTTTTTAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATA
         66 TTTGTTTAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATA

                                                 *                           
        708 TTAAATTACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAAGCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT
        131 TTAAATTACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAACCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT

                               
        773 ATTTCAGGTCATGGTTTTT
        196 ATTTCAGGTCATGGTTTTT

        792 TAAGTTTAGA


Statistics
Matches: 207,  Mismatches: 5, Indels: 2
        0.97            0.02        0.01

Matches are distributed among these distances:
 213  175  0.85
 214    1  0.00
 215   31  0.15

ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.44


Consensus pattern (215 bp):   
TTTTTTTTTTTTAGAAAACGTAAAATTAATCTAATATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAAT
TTTGTTTAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATA
TTAAATTACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAACCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT
ATTTCAGGTCATGGTTTTTG
Done.