Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01004124.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04132, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 631

Length: 1053
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.13, T:0.41


Found at i:977 original size:210 final size:210

Alignment explanation


    Indices: 615--1012  Score: 753
    Period size: 210  Copynumber: 1.9  Consensus size: 210

        605 TAAAATTAAC

                                                                             
        615 TTTTTTTTTGAAAACGTAAAATTAATCTAATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAATTTTTTT
          1 TTTTTTTTTGAAAACGTAAAATTAATCTAATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAATTTTTTT

                                                                             
        680 AGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATATGAAATT
         66 AGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATATGAAATT

                     *                     *                                 
        745 ACCTATTAATCATTAGAATTTAAAACTAAAGTTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGATATTTCAG
        131 ACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAAGCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGATATTTCAG

                           
        810 GTTCATGGTTTTTGT
        196 GTTCATGGTTTTTGT

                                                                             
        825 TTTTTTTTTAGAAAACGT-AAATTAATCTAATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAATTTTTT
          1 TTTTTTTTT-GAAAACGTAAAATTAATCTAATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAATTTTTT

                                                                        *    
        889 TAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATATTAAAT
         65 TAGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATATGAAAT

                                                                       
        954 TACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAAGCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT
        130 TACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAAGCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGAT

       1013 CATGGTTTTT


Statistics
Matches: 184,  Mismatches: 3, Indels: 2
        0.97            0.02        0.01

Matches are distributed among these distances:
 210  176  0.96
 211    8  0.04

ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.43


Consensus pattern (210 bp):   
TTTTTTTTTGAAAACGTAAAATTAATCTAATAATAATAATAGTATTTGCAAGCTTTAATTTTTTT
AGATATTAAGAGATTGAATTTAAATAAAAGTTTAAGAAGATGTATATTTCCTTTTATATGAAATT
ACCTATTAACCATTAGAATTTAAAACTAAAGCTTTATATTAAAAAGGGTATTTTAGATATTTCAG
GTTCATGGTTTTTGT
Done.