Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01004175.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04183, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 792

Length: 1321
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.16, T:0.37


Found at i:336 original size:198 final size:199

Alignment explanation


    Indices: 2--929  Score: 1221
    Period size: 199  Copynumber: 4.7  Consensus size: 199

          1 C

                               *      *                                      
          2 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTATGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

               *                *        *   * *             *   *           
         63 AATGGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGTTTACGAAGTCCAAAATTTATACTCACAGTGTATTG
         66 AATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                                                  *   *  *         *         
        128 TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATAC-CCGTTAGTAGATTTTAGCAGATTGCACGTGC
        131 TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC

             * *
        192 AAGA
        196 AGGG

                                                               *    *        
        196 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATATAATCAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

                *                     *                      *               
        261 AATAAGGTATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTATTG
         66 AATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                                      **       *                     *       
        326 TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATGTAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGC
        131 TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC

            *   
        391 GGGG
        196 AGGG

                             *                                               
        395 TTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

               *                                        *          *         
        460 AATTGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAATTTTACACTGATAGTGTATTG
         66 AATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                      *                      *      *    *                *  
        525 TATAATAATCATATAA-AAAAATTATACAATA-TCCGTCATTGGATTTTAGCAGACTGCACGCGC
        131 TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC

            *   
        588 GGGG
        196 AGGG

                                **     *                   *    *            
        592 TTTAAGGGTTGACATGTGTCATCTTAGAGAATATGTATTAATAATT-TATATCTAATTAATTATG
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATTTAATTAATTATG

                                 *              *    *           *           
        656 AAATAGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCAG-TTATAGAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTAT
         65 AAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCC-GCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTAT

                              *                     *            *        *  
        720 TGTATAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGTAGACTGCATGT
        129 TGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGT

               *  
        785 GCATGG
        194 GCAGGG

                        *       **   *                  *                    
        791 TTTAAGGGTTGATATGTGTCATCTTTGGGAATATG-ATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

                           *      *                       *     *            
        855 AAT-GGGATATGTGTTAACTTCATAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAGTTACATTGACAGTGTATT
         66 AATAGGG-TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA-T

                       
        919 TGTATAATAAT
        129 TGTATAATAAT

        930 TCTTATTATA


Statistics
Matches: 646,  Mismatches: 75, Indels: 21
        0.87            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
 194   48  0.07
 196    1  0.00
 197  162  0.25
 198  202  0.31
 199  233  0.36

ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.18, T:0.36


Consensus pattern (199 bp):   
TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
AATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC
AGGG

Found at i:731 original size:396 final size:397

Alignment explanation


    Indices: 2--929  Score: 1271
    Period size: 396  Copynumber: 2.4  Consensus size: 397

          1 C

                               *      *                                      
          2 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTATGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

               *                *        *   * *             *   *           
         63 AATGGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGTTTACGAAGTCCAAAATTTATACTCACAGTGTATTG
         66 AATTGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                      *                          *                *      *   
        128 TATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACCCGTTAGTAGATTTTAGCAGATTGCACGTGCA
        131 TATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATACCCGTCAGTAGATTTTAGCAGACTGCACGCGCA

                                   *      *                                  
        193 AGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATATAATCAATTA
        196 AGATTTAAGGGTTGACATGTGTCACCTTAGAGAATATGTATTAATATTAAATATATAATCAATTA

                                         *       *              *            
        258 TGAAATAAGGTATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTA
        261 TGAAATAAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA

                               *         **                                  
        323 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATGTAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACG
        326 TTGTATAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACG

               *   
        388 TGCGGGG
        391 TGCAGGG

                             *                                               
        395 TTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

                                                        *          *         
        460 AATTGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAATTTTACACTGATAGTGTATTG
         66 AATTGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                                            *      * *                      *
        525 TATAATAATCATATAA-AAAAATTATACAATATCCGTCATTGGATTTTAGCAGACTGCACGCGCG
        131 TATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATACCCGTCAGTAGATTTTAGCAGACTGCACGCGCA

            * *                     *                         *    *    *    
        589 GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCATCTTAGAGAATATGTATTAATAATT-TATATCTAATTAATT
        196 AGATTTAAGGGTTGACATGTGTCACCTTAGAGAATATGTATTAAT-ATTAAATATATAATCAATT

                    *               *                   *           *        
        653 ATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCAG-TTATAGAGTTCAAAATTTACATTGACAGTG
        260 ATGAAATAAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCC-GCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTG

                                                    *  *            *     *  
        717 TATTGTATAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGTAGACTGCA
        324 TATTGTATAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACA

            *     *  
        782 TGTGCATGG
        389 CGTGCAGGG

                        *       **   *                  *                    
        791 TTTAAGGGTTGATATGTGTCATCTTTGGGAATATG-ATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

                           *      *                       *     *            
        855 AA-TGGGATATGTGTTAACTTCATAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAGTTACATTGACAGTGTATT
         66 AATTGGG-TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA-T

                       
        919 TGTATAATAAT
        129 TGTATAATAAT

        930 TCTTATTATA


Statistics
Matches: 470,  Mismatches: 57, Indels: 13
        0.87            0.11        0.02

Matches are distributed among these distances:
 393   47  0.10
 394    4  0.01
 395   80  0.17
 396  254  0.54
 397   85  0.18

ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.18, T:0.36


Consensus pattern (397 bp):   
TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
AATTGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
TATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATACCCGTCAGTAGATTTTAGCAGACTGCACGCGCA
AGATTTAAGGGTTGACATGTGTCACCTTAGAGAATATGTATTAATATTAAATATATAATCAATTA
TGAAATAAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA
TTGTATAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACG
TGCAGGG
Done.