Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004239.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04247, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 957
Length: 1596
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.18, T:0.30
Found at i:89 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 7--413 Score: 464
Period size: 35 Copynumber: 11.5 Consensus size: 35
1 AAGTAG
* *
7 CTTAATTCAGGGTAAATAAGTAAGCCAGTAATAATCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAA
* * * *
45 CTTAATTCAGGGTAGTTAAGCAAATCAGTAATTAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
* *
80 CTTAATTCAGGTTAATTAAGTAATTCAGTAATCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
* *
115 CTTAATTCGGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-AG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TCAA
*
146 CTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAA
* * *
184 CTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATTCGTAATAATCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTC--AGTAATCAA
* *
222 CTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAATCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
* *
257 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAATAAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
*
292 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
** *
327 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTGGTAAACAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
* * *
362 CTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAGTCGGTAAGCAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
397 CTTAATTCAGGGTAATT
1 CTTAATTCAGGGTAATT
414 CAGATCGACT
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 40, Indels: 27
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 24 0.08
32 2 0.01
34 1 0.00
35 207 0.65
37 5 0.02
38 73 0.23
39 4 0.01
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAA
Found at i:97 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 38--413 Score: 104
Period size: 19 Copynumber: 21.3 Consensus size: 18
28 AAGCCAGTAA
*
38 TAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAACTTAATTCA-GG
* *
57 TAGTTAAGC--AAATCA-G
1 TAATTAA-CTTAATTCAGG
73 TAATTAACTTAATTCAGG
1 TAATTAACTTAATTCAGG
*
91 TTAATTAA-GTAATTCA-G
1 -TAATTAACTTAATTCAGG
*
108 TAATCAACTTAATTC-GG
1 TAATTAACTTAATTCAGG
** *
125 --GGTAA-TTAAGTCA-G
1 TAATTAACTTAATTCAGG
* *
139 TAAGTAGCTTAATTCAAGG
1 TAATTAACTTAATTC-AGG
* *
158 TAATTAA-GTAAGTCA-G
1 TAATTAACTTAATTCAGG
174 TAATAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAAT--T-AACTTAATTCA-GG
*
196 TAATTAAGC-AAATTC--G
1 TAATTAA-CTTAATTCAGG
212 TAATAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAAT--T-AACTTAATTCA-GG
*
234 TAATTAAGC--AAATCA-G
1 TAATTAA-CTTAATTCAGG
*
250 TAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAACTTAATTCA-GG
* *
269 TAATTAA-GTAAGTCA-G
1 TAATTAACTTAATTCAGG
* *
285 CAATAAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAACTTAATTCA-GG
* * *
304 TAATTAA-GTGAGTCA-G
1 TAATTAACTTAATTCAGG
*
320 TAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAACTTAATTCA-GG
*
339 TAATTAA-GTAAGTT--GG
1 TAATTAACTTAA-TTCAGG
**
355 TAAACAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAACTTAATTCA-GG
* * *
374 TAATCAA-GTAAGTC-GG
1 TAATTAACTTAATTCAGG
**
390 TAAGCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAACTTAATTCA-GG
409 TAATT
1 TAATT
414 CAGATCGACT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 55, Indels: 92
0.64 0.14 0.23
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.03
15 4 0.02
16 63 0.25
17 44 0.17
18 46 0.18
19 71 0.28
20 11 0.04
22 10 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAACTTAATTCAGG
Found at i:150 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 115--175 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
105 CAGTAATCAA
** *
115 CTTAATTCGGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAG
1 CTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTAAGTAG
*
146 CTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
1 CTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTAAGTA
176 ATAATCAACT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 26 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
CTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTAAGTAG
Found at i:307 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 7--413 Score: 545
Period size: 177 Copynumber: 2.3 Consensus size: 175
1 AAGTAG
* * *
7 CTTAATTCAGGGTAAATAAGTAAGCCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGCAAATCA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-GTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCA
* * * * * *
72 GTAATTAACTTAATTCAGGTTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCGGGGTAATT-A-AG
65 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAG
*
135 TCAGTAAGT-AGCTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAA
130 TCAGTAA-TCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGT-A-AA-CAA
* *
184 CTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATTCGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTCGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCA
249 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTG
65 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAA--G
* **
314 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTGGTAAACAA
128 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACAA
* * *
362 CTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAGTCG--GTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
414 CAGATCGACT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 20, Indels: 14
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 23 0.11
177 115 0.56
178 26 0.13
179 2 0.01
180 2 0.01
181 36 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (175 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAG
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAGT
CAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACAA
Found at i:1173 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1129--1596 Score: 492
Period size: 35 Copynumber: 13.3 Consensus size: 35
1119 AGAAATTTAG
* *
1129 TTCAAGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1164 TTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1199 TTCAGGGTAATAAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* * *
1234 TTTAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT-AACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAATCAACTTAA
* *
1269 TTTAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
*
1304 TTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-AGCTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TCAACTTAA
1335 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAA
* * *
1373 TTCAGGGTAGTTAAGCAAATCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1408 TTCAGGTTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1443 TTCGGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-AGCTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TCAACTTAA
*
1474 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATTAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAA
* * *
1512 TTCAGGGTAATTAAGCAAATCCGTAATAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGT-C--AGTAATCAACTTAA
* * *
1550 TTAAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT-AACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAATCAACTTAA
*
1585 TTTAGGGTAATT
1 TTCAGGGTAATT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 40, Indels: 48
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 51 0.14
32 4 0.01
34 5 0.01
35 215 0.58
36 6 0.02
37 3 0.01
38 83 0.22
39 1 0.00
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
Found at i:1314 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1283--1354 Score: 74
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
1273 GGGTAATTAA
1283 GTAATTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTCAGTAAGT-AACTTAATTCAGG
*
1310 GTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGG
1 GTAA-T---TCAGTAAGTAACTTAATTCAGG
*
1341 GTAATTAAGTAAGT
1 GTAATTCAGTAAGT
1355 CAGTAATAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 10
0.76 0.04 0.20
Matches are distributed among these distances:
27 12 0.32
28 1 0.03
30 1 0.03
31 23 0.61
32 1 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
GTAATTCAGTAAGTAACTTAATTCAGG
Found at i:1420 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 1134--1596 Score: 623
Period size: 139 Copynumber: 3.3 Consensus size: 139
1124 TTTAGTTCAA
*
1134 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAA-TCAACTTA
1 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG----TCAGTAAGT-AGCTTA
* * * ** *
1198 ATTCAGGGTAATAAAGTGAGTCAG---TAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTA
61 ATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAG-TA
* *
1260 GT-AACTTAATTTAG
125 ATCAACTTAATTAAG
1274 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCA
1 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCA
*
1339 GGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGCAAATCAGTAATCAAC
66 GGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAATCAAC
*
1404 TTAATTCAG
131 TTAATTAAG
* *
1413 GTTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCGGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCA
1 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCA
* *
1478 GGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCCGTAATAATC
66 GGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAAT-C--AGTAATC
1543 AACTTAATTAAG
128 AACTTAATTAAG
* * * *
1555 GGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT-AACTTAATTTAGGGTAATT
1 GGTAATTAAGTAATTCAG-TAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 22, Indels: 16
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
136 34 0.12
137 1 0.00
138 3 0.01
139 156 0.53
140 46 0.16
142 49 0.17
143 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (139 bp):
GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCA
GGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAATCAAC
TTAATTAAG
Done.