Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004267.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04275, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 729
Length: 1215
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Found at i:262 original size:139 final size:141
Alignment explanation
Indices: 94--423 Score: 522
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 141
84 GTTAGTGATC
* * *
94 GTTAGTTAATTTT-TCCAATCAGAGTTGTAATTGATTGATAATTATTTAATTTTACCAT-AAATC
1 GTTAGTTAATTTTGT-CAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTTTACCATAAAATC
* *
157 GCTA-CAAAAAAAATAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTTCCAAAAAAATAAATT
65 GCCACCAAAAAAAATAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATT
*
221 ATTGAACATTTT
130 ATTGAACATGTT
*
233 GTTAGTTAATTTTGTCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTTTACCATAAAATTG
1 GTTAGTTAATTTTGTCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTTTACCATAAAATCG
* * *
298 CCACCAAAAAGATTACCATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATTA
66 CCACCAAAAAAAATAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATTA
363 TTGAACATGTT
131 TTGAACATGTT
* *
374 GTTAGTTAATTTTGCCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATCTAAT
1 GTTAGTTAATTTTGTCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAAT
424 CAAAGTTGTA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 12, Indels: 4
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 53 0.30
140 8 0.05
141 115 0.65
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
GTTAGTTAATTTTGTCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTTTACCATAAAATCG
CCACCAAAAAAAATAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATTA
TTGAACATGTT
Done.