Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004314.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04322, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2230
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Found at i:1701 original size:198 final size:194
Alignment explanation
Indices: 1319--2215 Score: 846
Period size: 198 Copynumber: 4.7 Consensus size: 194
1309 GTAAGCTATA
* * *
1319 ATAAGGATTATTATACAATACAATGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTT
1 ATAA-GATTATTATACAATACACTGTC-ATGTAAATTTTGAACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTT
* *
1384 GACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTTAGGGGACAC
64 GACACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATA-TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
* * * * * * *
1449 ATGTCAACCCTTAAACCATGCATGTGCAGTTTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTATAGTCT
128 ATGTCAACCCTAAAACC-CGCACGTGCAG-CTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAT-T
1514 TTTTT
190 TTTTT
* * ** * * *
1519 ATAAGATTATTATACAATACACTGTTACGTAAATTCCGAACTCCATAAGCGGGATAAGAAGTTGA
1 ATAAGATTATTATACAATACACTGTCATGTAAATTTTGAACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTGA
* *
1584 CACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATAAAATATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACAT
66 CACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATAT-TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * *
1649 GTCAACCCCAAAAAACCCGCGCGTGCAGCTGCTAAATTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTT
130 GTCAA-CCC-TAAAACCCGCACGTGCAGCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTT
1714 TT
193 TT
* * *
1716 ATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGATTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTG
1 ATAAGATTATTATACAATACACTGTCA-TGTAAATTTTGAACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTG
* *
1781 ACACATA-CC-----C-----T-ATT-AA-A-TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGAATACAT
65 ACACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * * * *
1831 GTCAATCCTTAAACCCCGCACGTCCAATCTGCTAAAACTCCACTGACGGTGTATTGCATAATTTT
130 GTCAA-CCCTAAAACCCGCACGTGC-AGCTGCT-AAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTT
1896 TCTT
192 T-TT
* * ** *
1900 AT-AGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGAATTCCATAAATAGGTTAAGAAGTT
1 ATAAG-ATTATTATACAATACACTGTCA-TGTAAATTTTGAACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTT
*
1964 GACACATACTCTATTTCATAATTAATTAAATATTCAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
64 GACACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATT-AATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
* **
2029 ATGTCAACCCTTAAATCCTACACGTGCA---G-----------T---GG-GTATTGTATAATTTT
128 ATGTCAACCC-TAAAACCCGCACGTGCAGCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTT
2076 TCTT
192 T-TT
* * * * * * *
2080 AT-AGAATTATTATATAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGATTAAGAAGTT
1 ATAAG-ATTATTATACAATACACTGTCA-TGTAAATTTTGAACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTT
* * *
2144 AACACATA-CCTCATTTCATAATTAA--ATAT-TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACAC
64 GACACATACCCT-ATTTCATAATTAATTAAATATTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
2205 ATGTCAACCCT
128 ATGTCAACCCT
2216 TAAAGTTAAA
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 74, Indels: 77
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 39 0.07
177 2 0.00
178 3 0.01
179 2 0.00
180 92 0.15
181 14 0.02
182 42 0.07
183 31 0.05
184 68 0.11
185 3 0.01
186 3 0.01
187 1 0.00
190 1 0.00
192 1 0.00
195 1 0.00
196 4 0.01
197 36 0.06
198 162 0.27
199 35 0.06
200 56 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (194 bp):
ATAAGATTATTATACAATACACTGTCATGTAAATTTTGAACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTGA
CACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
TCAACCCTAAAACCCGCACGTGCAGCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTTT
Found at i:1946 original size:184 final size:182
Alignment explanation
Indices: 1617--1978 Score: 514
Period size: 184 Copynumber: 2.0 Consensus size: 182
1607 TTAAATATAA
* *
1617 AATATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACATGTCAACCCCAAAAAACCCGCGCGTGCAGCTGCT
1 AATATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACATGTCAACCCCAAAAAACCCGCACGTCCAGCTGCT
* * *
1682 AAATTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTTTATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGT
66 AAACTCCACTGACGGTGTATTGCATAATTTTTTTATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTAT
* *
1747 AAATTTTGGATTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTGACACATACCCTATTAAAT
131 AAATTTTGAATTCCATAAACAGGTTAAAAAGTTGACACATACCCTATTAAAT
* * ** * *
1799 AATATTAATACATATTCCCTAAG-GGAATACATGTCAA-TCCTTAAACCCCGCACGTCCAATCTG
1 AATATTAATACATATTCCCTAAGAGG-ACACATGTCAACCCCAAAAAACCCGCACGTCC-AGCTG
1862 CTAAAACTCCACTGACGGTGTATTGCATAATTTTTCTTATA-GAATTATTATACAATACACTGTC
64 CT-AAACTCCACTGACGGTGTATTGCATAATTTTT-TTATATG-ATTATTATACAATACACTGTC
* * *
1926 AGTATAAATTTTGAATTCCATAAATAGGTTAAGAAGTTGACACATACTCTATT
126 AGTATAAATTTTGAATTCCATAAACAGGTTAAAAAGTTGACACATACCCTATT
1979 TCATAATTAA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 16, Indels: 8
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
181 16 0.10
182 39 0.25
183 31 0.19
184 73 0.46
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (182 bp):
AATATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACATGTCAACCCCAAAAAACCCGCACGTCCAGCTGCT
AAACTCCACTGACGGTGTATTGCATAATTTTTTTATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTAT
AAATTTTGAATTCCATAAACAGGTTAAAAAGTTGACACATACCCTATTAAAT
Found at i:2116 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 1881--2219 Score: 502
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
1871 CACTGACGGT
*
1881 GTATTGCATAATTTTTCTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGAATTCCA
1 GTATTGCATAATTTTTCTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGAACTCCA
* *
1946 TAAATAGG-TTAAGAAGTTGACACATA-CTCTATTTCATAATTAATTAAATATTCAATATTAATA
66 T-AAGAGGATTAAGAAGTTAACACATACCTC-ATTTC---A-TAATTAAATATTCAATATTAATA
2009 CATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTACACGTGCAGTGG
125 CATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTACACGTGCAGTGG
* * * * * *
2061 GTATTGTATAATTTTTCTTATAGAATTATTATATAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCTA
1 GTATTGCATAATTTTTCTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGAACTCCA
* *
2126 TAAGCGGATTAAGAAGTTAACACATACCTCATTTCATAATTAAATATTTAATATTAATACATATT
66 TAAGAGGATTAAGAAGTTAACACATACCTCATTTCATAATTAAATATTCAATATTAATACATATT
*
2191 CCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTTAAA
131 CCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA
2220 GTTAAACCCT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 12, Indels: 8
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 56 0.39
177 1 0.01
179 4 0.03
180 81 0.56
181 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (176 bp):
GTATTGCATAATTTTTCTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGAACTCCA
TAAGAGGATTAAGAAGTTAACACATACCTCATTTCATAATTAAATATTCAATATTAATACATATT
CCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTACACGTGCAGTGG
Done.