Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01004353.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04361, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2942
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.34

Warning! 2 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:90 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 82--111  Score: 60
    Period size: 3  Copynumber: 10.0  Consensus size: 3

         72 AGAGAGAGAG

                                                   
         82 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
          1 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA

        112 GATGAAGTAT


Statistics
Matches: 27,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   27  1.00

ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.33, T:0.00


Consensus pattern (3 bp):   
AGA

Found at i:2335 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 2327--2388  Score: 124
    Period size: 3  Copynumber: 20.7  Consensus size: 3

       2317 ATTTCATTTC

                                                                           
       2327 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                              
       2375 ATT ATT ATT ATT AT
          1 ATT ATT ATT ATT AT

       2389 ATATATATAA


Statistics
Matches: 59,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   59  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.