Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01004898.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04916, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 7309
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35


Found at i:1578 original size:243 final size:243

Alignment explanation


    Indices: 1150--1873  Score: 1394
    Period size: 243  Copynumber: 3.0  Consensus size: 243

       1140 ACTTACTGAG

                   *           *                               *             
       1150 AGTGTAAGTTTATTAAATTAACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAACCTCAGATAACAAA
          1 AGTGTAACTTTATTAAATTTACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAATCTCAGATAACAAA

                                   *                                         
       1215 ATTTGTTAATTACCTTTATTATTGACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA
         66 ATTTGTTAATTACCTTTATTATTAACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA

             *         *                                                     
       1280 GTATTTTCCTAATCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT
        131 GCATTTTCCTATTCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT

                                                            
       1345 TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAATTAGC
        196 TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAATTAGC

                                                                             
       1393 AGTGTAACTTTATTAAATTTACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAATCTCAGATAACAAA
          1 AGTGTAACTTTATTAAATTTACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAATCTCAGATAACAAA

                                                                             
       1458 ATTTGTTAATTACCTTTATTATTAACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA
         66 ATTTGTTAATTACCTTTATTATTAACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA

                                                                             
       1523 GCATTTTCCTATTCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT
        131 GCATTTTCCTATTCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT

                                                            
       1588 TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAATTAGC
        196 TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAATTAGC

                                                                             
       1636 AGTGTAACTTTATTAAATTTACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAATCTCAGATAACAAA
          1 AGTGTAACTTTATTAAATTTACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAATCTCAGATAACAAA

                                                                             
       1701 ATTTGTTAATTACCTTTATTATTAACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA
         66 ATTTGTTAATTACCTTTATTATTAACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA

                                                                             
       1766 GCATTTTCCTATTCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT
        131 GCATTTTCCTATTCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT

                                                       
       1831 TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAA
        196 TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAA

       1874 ATAGTAAGGT


Statistics
Matches: 475,  Mismatches: 6, Indels: 0
        0.99            0.01        0.00

Matches are distributed among these distances:
 243  475  1.00

ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.39


Consensus pattern (243 bp):   
AGTGTAACTTTATTAAATTTACTGATAAAACCTATGTAGAGTTTTTGCTAATCTCAGATAACAAA
ATTTGTTAATTACCTTTATTATTAACGAAAGGAAACAAAATATTGAATTTATTGATAAGAGTGTA
GCATTTTCCTATTCTGTATAGGTTTTTTAGTAATCTCATGTAAAGATAATAGCATCTCAAACTAT
TTTGTAACCATTACAGTTTTTTAGTAACTTTAAATAAAAAAAATTAGC

Found at i:2401 original size:2 final size:2

Alignment explanation


    Indices: 2394--2438  Score: 54
    Period size: 2  Copynumber: 22.5  Consensus size: 2

       2384 ACGCTGCACT

                                        *     *     *     *               
       2394 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TG TA TG TA TG TA TG TA TA TA TA TA
          1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA

                
       2436 TA T
          1 TA T

       2439 TATTAAACGA


Statistics
Matches: 35,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.81            0.19        0.00

Matches are distributed among these distances:
   2   35  1.00

ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.09, T:0.51


Consensus pattern (2 bp):   
TA

Done.