Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01004900.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04918, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3880
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.32


Found at i:3635 original size:332 final size:333

Alignment explanation


    Indices: 2669--3878  Score: 1517
    Period size: 332  Copynumber: 3.6  Consensus size: 333

       2659 CTTGGTTCAT

                    * *              **   *  *      *       *  *      * *   *
       2669 AATTTTAGTCAAAATCATGTACTAATAATCGCGGTTTTTGGCTAAAAATACATTCC-GAGACCCT
          1 AATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGACTAAAAACACGTTCCAGGGCCCCA

              *                  *  **                *  *      *            
       2733 GATTCAGTTTTGCTTGATTTTGGGTGCCCAGACTCCTTGAAACATATATATTTATCTAACCAAAT
         66 G-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT

                      *                        *            *      *         
       2798 CTC-AGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCTATTTAATTA
        130 CTCGA-CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTA

            *          *                *          *  ***                  * 
       2862 CAAATTAATT-TGGAAAAAATA-GAAAAACGATATTAGACGCGCAAAAAGCCC-TTCAATCTTGT
        194 GAAATTAATTCAGGAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCGTT-AATCTTTT

                                     *                            *     *    
       2924 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGTC-AAAATTTGAGGAAAATTTTTTTGGAT
        258 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTT-AGGAAAAATTTTTCGGAT

                     *  
       2988 CATTTTTTGTAA
        322 CATTTTTTGAAA

                              *                          *                   
       3000 AATTTTAGCCGAAATCATATACACTAACCATCACGATTTTTGAC-CAAAA-ACGTGTCCAGGGCC
          1 AATTTTAGCCGAAATCATGT--ACTAACCATCACGATTTTTGACTAAAAACACGT-TCCAGGGCC

             **          *   *   *  *  *                          *          
       3063 CTGGCTCAGTTTTACTTCATTGTTAGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAA
         63 CCAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA

                      * *                    *          *                    
       3128 ATCTCGACCAGAATGGATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTTAATCATGTTTCGATTTAATT
        128 ATCTCGACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATT

                  *     *                                                *   
       3193 AGAAAAATAATTTAGGAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCGTTAATATTT
        193 AG-AAATTAATTCAGGAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCGTTAATCTTT

                 *                                                 *       * 
       3258 TTGGCCTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGT
        257 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGAT

                        
       3323 CATTTTTTGAAA
        322 CATTTTTTGAAA

                     *      *                                                
       3335 AATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCAC-AGTTTTTGACTAAAAACACGTTCCAGGGCCCC
          1 AATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGA-TTTTTGACTAAAAACACGTTCCAGGGCCCC

                  *                 *  *                           *         
       3399 AGCTCATTTTTGCTTGATTTTTGGTACGCAGACTCCTTGAAATAT-TATATTCATATAACCAAAT
         65 AGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT

                 *      *                                              *     
       3463 CTCGATCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTGATTAG
        130 CTCGACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAG

                                        *   *                                
       3528 AAATTAATTCAGGAAAAAATAGGAAAAGGGATTTTAGATGCTTGAAAAGCCCGTTAATCTTTTTG
        195 AAATTAATTCAGGAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCGTTAATCTTTTTG

                                           *            *                    
       3593 GCGTTGAATTATAT-TTTCTTTATGAGTATTATGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT-A
        260 GCGTTGAATTATATATTT-TTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGATCA

            *      *  
       3656 ATTTTTGCAA
        324 TTTTTTGAAA

                                        * *          *        *       *      
       3666 AATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAACCGTTACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAAGGCCCC
          1 AATTTTAGCCGAAATCATGTACT-AACCATCACGATTTTTGACTAAAAACACGTTCCAGGGCCCC

                           *       *                                         
       3731 AGCTCAGTTTTGCTTTATTTTTGACACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
         65 AGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT

                    *                 *                                      
       3796 CTCGACCATATTGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAG
        130 CTCGACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAG

                              
       3861 AAATTAAATTCAGGAAAA
        195 AAATT-AATTCAGGAAAA

       3879 TA


Statistics
Matches: 760,  Mismatches: 101, Indels: 33
        0.85            0.11        0.04

Matches are distributed among these distances:
 331   53  0.07
 332  303  0.40
 333  210  0.28
 334   72  0.09
 335  113  0.15
 336    9  0.01

ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36


Consensus pattern (333 bp):   
AATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGACTAAAAACACGTTCCAGGGCCCCA
GCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
TCGACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGA
AATTAATTCAGGAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCGTTAATCTTTTTGG
CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGATCATT
TTTTGAAA
Done.