Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004906.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04924, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6371
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Found at i:951 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 65--1929 Score: 1112
Period size: 329 Copynumber: 5.6 Consensus size: 329
55 ATCGTGTACG
* * *
65 TCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTTCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGC-A
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAG-GCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTA
* * *
129 GAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATTTAATAAAATCTTAGACACATTGCATTTAAGGATTTGC
65 -AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAG-CACATTGCATTTAAGGATTTGT
* *
194 TTTTACGAGCATGTGAAGT-TTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
128 TTTTACGAGCATCTGAA-TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* * * * *
258 CGATATTAAAAGCGTGCAAAGCCATTCAA-AATTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTCTATAACTA
192 CGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTCTAGAACTA
* * *
322 TTGCGGCTAAAAATTGAGGAAATATATTCCGGGTCAAGTTTTGCAAAATATTAGCCAAAATTGTG
257 TTGCAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTCCGGGTCAAGTTTTGCAAAATATAAGCCAAAATTGTG
387 TAATATCA
322 TAATATCA
* * * * * *
395 -CA-GTTTTTTATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCTCGGGTCAGTTTTACATGATTTTTAA
1 TCACG----GT-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGG-CCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGA
* * * * * *
458 TG-TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTCAGCAAATTGGATTTAAAGAT
60 CGCT-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCACATTGCATTTAAGGAT
* * * * * *
522 TTGTGTTTACGGGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AGGAAAAAGTAGGG
124 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAATATGA
* * * *
586 AAAACGATTTTAGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCT-G
188 AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATA-TTTTCTAG
* ** * * *
650 AGC-ATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTTC-GGTCAA-TTTTCGCAAAATATAAGCCGA
252 AACTATTGCAGCCAAAAATTGAGGAAATAT-ATTCCGGGTCAAGTTTT-GCAAAATATAAGCCAA
712 AATTGTGTAATAATCA
315 AATTGTGTAAT-ATCA
* * * * *
728 TCACGGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCGTGTCAGTTTTGCATTAATTTTGGCGCTAA
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAA
* * *
793 GACTCCTT-AAGATATCTAAATTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTACATTTAAGGATTT-TT
66 GACTCCTTGAA-ATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAG-CACATTGCATTTAAGGATTTGTT
* * * * *
856 TTTACGCGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAATTTAATTCATAAAAAATATGAAAAATG
129 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACG
* * * * *
921 ATATGAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATATTTTTGGCGTTAATATAAATATAAATATATATATAT
194 ATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCG----T-TGAAT-TAAATAT-T-T-TCT
* ** * * * * *
986 ATATATCATGAGTATTTTATCCCAAAATTGAGGAAAATATTTTTCTGGTC-A-TTTT------T-
250 AGA-A-C-----TATTGCAGCCAAAAATTGAGG-AAATATATTCCGGGTCAAGTTTTGCAAAATA
** *
1042 TTTG-CAAATTTGTAGCTGAA-ATC-
307 TAAGCCAAAATTGT-G-T-AATATCA
* * ** * *
1065 T-ACGGTTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCC-AGCTCAGTTTTGCATGACTTTTG-C-A
1 TCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCAGGCCCCGAG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGACGC
* ** * * * *
1126 TCAAAACTTATTGAAATATCTACATTCATCTAATCAAATCTCAACCACATTGCA--TAAGGATTT
63 T-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCT-TAGCACATTGCATTTAAGGATTT
*
1189 GTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG--AAAATATGAAAA
126 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * * * ** *
1252 GCAATATTAAAAGCG-GGAAAACTCCTACAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATATTTTATGAG
191 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAAC-CCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTA-A-ATATTTTCT-AG
* * * * * * * *
1316 TACT-TT--AG--ATAAAATTGAGGAAAAATATTTCTGGTTAATTTTTGCAAAATATTAGCTGAA
252 AACTATTGCAGCCA-AAAATTGAGGAAATATATTCCGGGTCAAGTTTTGCAAAATATAAGC-CAA
* * *
1376 ATTATTGACGT-TTGTCAAAA
315 A--ATTG-TGTAATATC---A
* ** * **
1396 TCACAGTTTTT-G--AAAAACGCGTTTTGAGGCCCCG-GTTCAGTGTTGCATGATTTTTGGTGCT
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCAGGCCCCGAG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCT
* ** *
1457 GAA-ACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGGATTT-
64 -AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAG-CACATTGCATTTAAGGATTTG
*** * * * * * * *
1520 TTAAAACAAGCATCAGAATCATGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAATAATAGGAAAA
127 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AATATGAAAA
* * * * * *
1585 ACGATATTAGAAA-CATGAAAGACCCTTCAATCTTTTTGGCATTTAATTATATAATTTTCCT-G-
191 ACGATATTA-AAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAAT-ATTTT-CTAGA
* ** * * * * * * *
1647 AGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAATA-ACTTTCGAGTCAATTTTTGAAAAAT-TCTAGCCGAA
253 ACTATTGCAGCCAAAAATTGAGGAAATATA-TTCCGGGTCAAGTTTTGCAAAATAT-AAGCCAAA
*
1710 ATCGTGTAATAATCA
316 ATTGTGTAAT-ATCA
* * * * *
1725 TTACGGTTTTTTTTTGGCT-AAAACGCGTTCCGGGACCC-ACTCTAAGTTTTGCATG-TTTTGGC
1 TCACGG----TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCGAGTC--AGTTTTGCATGATTTTTG-
* * * * * **
1787 ACG--AAAACT--TTCTAAGTTATCCATATTCATCTAATCAAATC-T--CA-A-T--ATTTAAAA
59 ACGCTAAGACTCCTT-GAA-ATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCACATTGCATTTAAGG
* * * * * *
1841 AATTGTTTTTAATGAGCATCTGAATCTTATTTCCATTCAATTAGAAACTAATTC--AAAAAATAT
122 ATTTGTTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT
*
1904 GAAAAACGATAGTAAAAGCGT-AAAAA
186 GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAA
1930 GTCCTCCAAT
Statistics
Matches: 1201, Mismatches: 219, Indels: 237
0.72 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
316 13 0.01
317 11 0.01
318 5 0.00
320 2 0.00
321 1 0.00
323 7 0.01
324 20 0.02
325 16 0.01
326 3 0.00
327 44 0.04
328 47 0.04
329 203 0.17
330 93 0.08
331 33 0.03
332 165 0.14
333 195 0.16
334 109 0.09
335 36 0.03
336 51 0.04
337 67 0.06
338 37 0.03
339 2 0.00
340 3 0.00
346 28 0.02
347 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAA
GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTT
TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGAT
ATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTCTAGAACTATTGC
AGCCAAAAATTGAGGAAATATATTCCGGGTCAAGTTTTGCAAAATATAAGCCAAAATTGTGTAAT
ATCA
Done.