Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004977.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig04995, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19619
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Found at i:1366 original size:51 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1248--1383 Score: 215
Period size: 51 Copynumber: 2.6 Consensus size: 54
1238 AGTAAGATGT
* *
1248 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTATTAAATTAAGTCATTTGG
1 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG-ACTAAATTAAGTAATTTGG
1303 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-G-CT-AATTAAGTAATTTGG
1 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGACTAAATTAAGTAATTTGG
*
1354 TAATCAATTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1384 GATGGTAATC
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 3, Indels: 4
0.92 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
51 43 0.55
52 1 0.01
54 1 0.01
55 33 0.42
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (54 bp):
TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGACTAAATTAAGTAATTTGG
Found at i:1377 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1338--2089 Score: 179
Period size: 35 Copynumber: 20.3 Consensus size: 35
1328 AGTAAATTGC
*
1338 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAATTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
** *
1373 TAATTAAGTAAGATGGTAATCAACTTAATTCGGTA
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* * * * ***
1408 CAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATGTGG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-TTCGGT-G
* * * * * *
1445 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGTG
1 TAATTAA-GTAATT-TG-GTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1482 ATTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 --T-AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1520 TAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGT-AA----T--T-TGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1563 TAATTAAGTAAATCGGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAA-T---T-AA----GTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
** * * * *
1607 TAATTAAGTAAAATGGTGATTAAATTTAAGTAATTGG-G
1 TAATTAAGTAATTTGGT-AATCAACTTAA-T--TCGGTG
** * * *
1645 TAAACAACTTAATTCGGT-GT-AA-TTAA----GT-
1 TAATTAA-GTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* * * *
1673 AAATT-GGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1707 TAATTAAGTAAATAAGTAATTAGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAG----TAA-T--TT-GGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1750 TAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGT-AA----T--T-TGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1793 TAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAA-T---T-AA---GTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* *
1836 TAATTAAGTAATTCGGT-GT-AA-TTAA----GT-
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* * *
1863 AAATTGA-TAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
1897 TAATTAAGCAAATTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TAATT------A--AGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* * *
1940 TAATTAAGAAAATTGGTAATTAAGCTAAGTAACTT--G-G
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAA-CT---TAA-TTCGGTG
* *
1977 TAATT-A--AATTAGGTAATTAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* ** *
2009 TAATTAAGTAAATCAGTAGTCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* ** *** *
2044 TAATTAAGTAAATCAGTAATTGGCTTAATTTGGTG
1 TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
2079 TAATTAAGTAA
1 TAATTAAGTAA
2090 ATAAATGACT
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 81, Indels: 180
0.68 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
26 15 0.03
27 5 0.01
28 9 0.02
29 10 0.02
30 3 0.01
31 1 0.00
32 10 0.02
33 9 0.02
34 20 0.04
35 159 0.29
36 18 0.03
37 26 0.05
38 20 0.04
39 27 0.05
40 23 0.04
42 4 0.01
43 141 0.26
44 29 0.05
45 1 0.00
46 1 0.00
47 3 0.01
48 4 0.01
50 2 0.00
51 4 0.01
52 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
TAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
Found at i:1433 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1409--1503 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 4.9 Consensus size: 21
1399 AATTCGGTAC
1409 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
1430 AATTAAGT-AATGTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAAT-TGGTAATTA
* * *
1451 ACTTAA-T---TCGGT--GT-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
1465 AATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
1486 AATTAAGTAATTTGGTAA
1 AATTAAGTAAATTGGTAA
1504 ACAACTTAAT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 10, Indels: 16
0.68 0.12 0.20
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.09
15 1 0.02
17 3 0.05
18 5 0.09
20 5 0.09
21 37 0.66
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:1438 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1374--1683 Score: 288
Period size: 56 Copynumber: 6.0 Consensus size: 55
1364 AATTCGGTGT
**
1374 AATTAAGTAAGATGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAG-TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
1430 AATTAAGTAATGTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAA-GTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
1486 AATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG------
1 AATTAAGTAA-GTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * * *
1536 ---TAA-T--CTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCGG---GT-
1 AATTAAGTAAGTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
1581 AA-T---T---TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAATGGTGATTA
1 AATTAAGTAAGTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
1629 AATTTAAGTAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAAT
1 AA-TTAAGTAAGT-GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAAT
1684 CTGGTAAACA
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 12, Indels: 35
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
43 37 0.17
44 36 0.16
45 1 0.00
46 1 0.00
47 5 0.02
48 2 0.01
50 1 0.00
53 1 0.00
56 100 0.45
57 40 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (55 bp):
AATTAAGTAAGTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:1460 original size:91 final size:90
Alignment explanation
Indices: 1288--1813 Score: 334
Period size: 86 Copynumber: 5.6 Consensus size: 90
1278 ATTGGTATTA
* * * * *
1288 AATTAAGTCATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGCTAATT-AAGTAA-T-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTA
* *
1350 -TTGGTAATCAATTTAATTCGGTGT
66 ATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
*
1374 AATTAAGTAAGA-TGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGT
1 AATTAAGTAA-ATTGGTAATCAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGT
*
1438 AATGTGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
65 AAT-TGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
* * * * * * * *
1465 AATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGGTA-AA-CAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 AATTAAGTAAATTGGT-AATCAACT---TAATTCGGTATAATTAAGTAAATT--G-GTAATTAAA
*
1528 TAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
59 TTAA---GTAAT-TGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
* * * *
1564 AATTAAGTAAATCGGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAATGGTGATTA
1 AATTAAGT--A------AA-TTGGTAATCAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1629 AATTTAAGTAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
57 AA-TTAAGTAATT-GGTAAACAACTTAATTCGGTGT
* *
1665 AATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA----TAAGT-A
1 AATTAAGTAAATTGGTAA-----T---CAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAATTGGTAATTAA
1725 A-T---T-A--GGTAAACAACTTAATTCGGTGT
58 ATTAAGTAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
*
1751 AATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AATTAAGTAAATTGGTAA-----T---CAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAATTGGTAATT
1814 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 35, Indels: 80
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
86 125 0.34
87 5 0.01
88 1 0.00
89 1 0.00
90 7 0.02
91 36 0.10
92 12 0.03
93 10 0.03
94 2 0.01
95 12 0.03
96 14 0.04
99 36 0.10
100 28 0.08
101 36 0.10
103 7 0.02
104 12 0.03
105 2 0.01
106 6 0.02
107 6 0.02
108 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (90 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTA
ATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
Found at i:1545 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1492--1623 Score: 228
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 43
1482 ATTAAATTAA
1492 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
* *
1535 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCGG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT-TG
*
1579 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAATG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1622 GT
1 GT
1624 GATTAAATTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 5, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 43 0.52
44 40 0.48
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (43 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:1624 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 1428--1766 Score: 590
Period size: 143 Copynumber: 2.4 Consensus size: 143
1418 AATTGGTAAT
* *
1428 TAAATTAAGTAATGTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAA-TTAA
1 TAAA-TAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTTAA
*
1492 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
65 GTAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1557 TCGGTGTAATTAAG
130 TCGGTGTAATTAAG
** *
1571 TAAATCGGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAATGGTGATTAAATTTAA
1 TAAAT-AAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTTAA
1636 GTAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
65 GTAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1701 TCGGTGTAATTAAG
130 TCGGTGTAATTAAG
*
1715 TAAATAAGTAATTAGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGT
1 TAAATAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGT
1767 AATCTGGTAA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 10, Indels: 4
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 1 0.01
143 96 0.52
144 87 0.47
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (143 bp):
TAAATAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTTAAG
TAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATT
CGGTGTAATTAAG
Found at i:1690 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1643--1846 Score: 365
Period size: 43 Copynumber: 4.7 Consensus size: 43
1633 TAAGTAATTG
1643 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
1 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
**
1686 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAAGTAAT-T
1 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
1728 AGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
1 -GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
*
1772 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTT
1 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
1815 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1847 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 5, Indels: 4
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.01
43 152 0.99
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCT
Found at i:1849 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1826--1864 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
1816 GTAAACAACT
1826 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
1844 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
1862 TAA
1 TAA
1865 ATTGATAATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:1854 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 1783--1904 Score: 235
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
1773 GTAAACAACT
*
1783 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1844 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1905 CAAATTAGTA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 60 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (61 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:1864 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 1740--1947 Score: 380
Period size: 104 Copynumber: 2.0 Consensus size: 104
1730 GTAAACAACT
* *
1740 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGCAAA
*
1805 TTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
66 TTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
*
1844 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGCAAA
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGCAAA
1909 TTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
66 TTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1948 AAAATTGGTA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
104 100 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (104 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGCAAA
TTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:1897 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1844--1960 Score: 191
Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 43
1834 TGTAATTAAG
*
1844 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGATAATTTGGTAAACAACT
*
1887 TAATTCGGTGTAATTAAGCAAATT-AGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGA-TAATTTGGTAAACAACT
*
1930 TAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGTAATT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGATAATT
1961 AAGCTAAGTA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 3, Indels: 4
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.01
43 68 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (43 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGATAATTTGGTAAACAACT
Found at i:1968 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1944--1983 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
1934 TCGGTGTAAT
1944 TAAGAAAATTGGTAATTAAGC
1 TAAGAAAATTGGTAATTAAGC
* *
1965 TAAGTAACTTGGTAATTAA
1 TAAGAAAATTGGTAATTAA
1984 ATTAGGTAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
TAAGAAAATTGGTAATTAAGC
Found at i:2013 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1989--2050 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
1979 ATTAAATTAG
1989 GTAATTAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAACTTAATTCGGT
* * *
2008 GTAATTAA-GTAAATC--A
1 GTAATTAACTTAATTCGGT
* *
2024 GTAGTCAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAACTTAATTCGGT
2043 GTAATTAA
1 GTAATTAA
2051 GTAAATCAGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 10, Indels: 6
0.65 0.22 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.20
17 5 0.17
18 5 0.17
19 14 0.47
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
GTAATTAACTTAATTCGGT
Found at i:2033 original size:147 final size:142
Alignment explanation
Indices: 1693--2064 Score: 401
Period size: 147 Copynumber: 2.5 Consensus size: 142
1683 TCTGGTAAAC
*
1693 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAAGTAATTAGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT-AG--A-TATGT--ACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
* * * * *
1758 TAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACA
60 TAAATTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGTAATTAGCTAAACA
**
1823 ACTTAATTCGGTGTAATT
125 ACTTAATTAAGTGTAATT
* *
1841 AA-GTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAGAT-A--T-GT--ACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
* **
1905 CAAATTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGTAATTAAGCTAAGT
60 TAAATTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGTAATT-AGCTAAAC
*
1970 AACTTGGTAATTAAATTAGGTAATT
124 AAC-T--TAATT-AAGT--GTAATT
1995 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAG-TA-GT-CAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
1 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT-AGATATGTACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
*
2057 CAGTAATT
65 TAGTAATT
2065 GGCTTAATTT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 18, Indels: 27
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
143 1 0.01
144 2 0.01
146 1 0.01
147 137 0.71
148 9 0.05
149 1 0.01
150 2 0.01
151 5 0.03
152 1 0.01
154 9 0.05
155 24 0.12
156 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (142 bp):
AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAGATATGTACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT
AGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGTAATTAGCTAAACAACTTAA
TTAAGTGTAATT
Found at i:2750 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2658--2858 Score: 357
Period size: 59 Copynumber: 3.4 Consensus size: 59
2648 ACAACGAGAG
*
2658 AAACATTAATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTT
1 AAACATTGATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTT
*
2717 AAACATTGATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTCGAAGCAATTAATTAAAAGCCTT
1 AAACATTGATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTT
*
2776 AAACATTGATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGGCTT
1 AAACATTGATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTT
**
2835 AAACATTGATTAAAAACAATTAAG
1 AAACATTGATTAAAAGTAATTAAG
2859 AAAGGGAAAT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 6, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
59 136 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (59 bp):
AAACATTGATTAAAAGTAATTAAGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTT
Found at i:7612 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7576--7639 Score: 92
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
7566 AATCCCGGAA
* *
7576 CTGAAATGACCCAAATCCAAAATGATCCGAAC
1 CTGAAACGACCCAAATCCAAAATGACCCGAAC
* *
7608 CTGAAACGACCCAGATCCAAAATTACCCGAAC
1 CTGAAACGACCCAAATCCAAAATGACCCGAAC
7640 TCGATCACCC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 28 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.31, G:0.12, T:0.14
Consensus pattern (32 bp):
CTGAAACGACCCAAATCCAAAATGACCCGAAC
Found at i:10811 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10794--10835 Score: 75
Period size: 12 Copynumber: 3.5 Consensus size: 12
10784 CATCGATACC
10794 TCGATATATCCG
1 TCGATATATCCG
*
10806 TCGATATACCCG
1 TCGATATATCCG
10818 TCGATATATCCG
1 TCGATATATCCG
10830 TCGATA
1 TCGATA
10836 CCTGTATTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 28 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (12 bp):
TCGATATATCCG
Found at i:10836 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10786--10837 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
10776 TTTAATTTCA
10786 TCGATA-CCTCGATATATCCG
1 TCGATACCCTCGATATATCCG
10806 TCGATATACCCGTCGATATATCCG
1 TCG--ATACCC-TCGATATATCCG
10830 TCGATACC
1 TCGATACC
10838 TGTATTAAAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.11
22 8 0.29
23 2 0.07
24 15 0.54
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.15, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
TCGATACCCTCGATATATCCG
Found at i:11498 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 11323--11654 Score: 619
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
11313 AAATGAAAAT
*
11323 AGAGTTTTTAGTAAAATAAAACTGTATATTAAAAATTTTGATATATCCAATCTTTATTCAAAAAT
1 AGAGTTTTTAGTAAAATAAAACTGCATATTAAAAATTTTGATATATCCAATCTTTATTCAAAAAT
*
11388 AGTAAAATGGTAAAAATAGAGAAATTATAAAGATATTAGATTTAATAATTGAATAAAAATAGAGT
66 AGTAAAATGGTAAAAATAGAGAAATTATAAAAATATTAGATTTAATAATTGAATAAAAATAGAGT
11453 TTTTAGTAGAATAAAACTACAATAGTTTAAGTAAGG
131 TTTTAGTAGAATAAAACTACAATAGTTTAAGTAAGG
* *
11489 AGAGTTTTTAGTAAAATAAAATTGCATATTAAAAATTTTGATATATCCAATTTTTATTCAAAAAT
1 AGAGTTTTTAGTAAAATAAAACTGCATATTAAAAATTTTGATATATCCAATCTTTATTCAAAAAT
11554 AGTAAAATGGTAAAAATAGAGAAATTATAAAAATATTAGATTTAATAATTGAATAAAAATAGAGT
66 AGTAAAATGGTAAAAATAGAGAAATTATAAAAATATTAGATTTAATAATTGAATAAAAATAGAGT
*
11619 TTTTAGTAGAATAAAATTACAATAGTTTAAGTAAGG
131 TTTTAGTAGAATAAAACTACAATAGTTTAAGTAAGG
11655 GCATTTAAGA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
166 161 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
AGAGTTTTTAGTAAAATAAAACTGCATATTAAAAATTTTGATATATCCAATCTTTATTCAAAAAT
AGTAAAATGGTAAAAATAGAGAAATTATAAAAATATTAGATTTAATAATTGAATAAAAATAGAGT
TTTTAGTAGAATAAAACTACAATAGTTTAAGTAAGG
Found at i:11842 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 11819--11850 Score: 64
Period size: 10 Copynumber: 3.2 Consensus size: 10
11809 TGTACCCTAT
11819 TTTTTAATTA
1 TTTTTAATTA
11829 TTTTTAATTA
1 TTTTTAATTA
11839 TTTTTAATTA
1 TTTTTAATTA
11849 TT
1 TT
11851 CCATTATTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 22 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (10 bp):
TTTTTAATTA
Found at i:11862 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11818--11869 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
11808 TTGTACCCTA
*
11818 TTTTTTAATTATTTTTAAT
1 TTTTTTAATTATTATTAAT
11837 TATTTTTAATTATTCCATT-AT
1 T-TTTTTAATTATT--ATTAAT
11858 TTTTTTAATTAT
1 TTTTTTAATTAT
11870 AAATTGCTCC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 5
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.03
20 23 0.79
21 3 0.10
22 2 0.07
ACGTcount: A:0.27, C:0.04, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTTAATTATTATTAAT
Found at i:12120 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12092--12219 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 5.7 Consensus size: 22
12082 TATCTCTATG
12092 TGGTTATCAAAATTTCATAAGA
1 TGGTTATCAAAATTTCATAAGA
* * * *
12114 TGGTTATTATAATTCCATGAGGA
1 TGGTTATCAAAATTTCAT-AAGA
* *
12137 -GGTTATCAAAATTCCAT-AGTG
1 TGGTTATCAAAATTTCATAAG-A
*
12158 TGGTTACCAAAATTTCAT-AG-
1 TGGTTATCAAAATTTCATAAGA
* *
12178 TGCAGTTACCAAAATTTCATAGGA
1 TG--GTTATCAAAATTTCATAAGA
*
12202 TCAGGTTATTAAAATTTC
1 T--GGTTATCAAAATTTC
12220 TTACGTTGGT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 13, Indels: 16
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.04
22 63 0.75
23 4 0.05
24 13 0.15
26 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TGGTTATCAAAATTTCATAAGA
Found at i:12421 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12373--12613 Score: 76
Period size: 22 Copynumber: 10.9 Consensus size: 22
12363 CTTCATCGGG
*
12373 AGGTTATCAAAATTTTATAGTG-
1 AGGTTATCAAAATTTCATA-TGA
*
12395 TGGTTATCAAAATTTCATATGA
1 AGGTTATCAAAATTTCATATGA
*
12417 AGGTTAT-AAAAGTCTCAATTTCAT-A
1 AGGTTATCAAAA-TTTC-A--T-ATGA
* *
12442 AGG--AGTAAAAATTTGATA-GA
1 AGGTTA-TCAAAATTTCATATGA
*
12462 AGGTTATC-AAATCTCATA-G-
1 AGGTTATCAAAATTTCATATGA
* * *
12481 AGTGATTATCGAAATTTCACAAAGA
1 AG-G-TTATCAAAATTTCA-TATGA
*
12506 TAGTATTATCAAAATTT-ATATGA
1 -AG-GTTATCAAAATTTCATATGA
*
12529 AGATTATCAAAATTTCATAGTG-
1 AGGTTATCAAAATTTCATA-TGA
** * * *
12551 TTGTTATCAAATTTTCAAAGCGA
1 AGGTTATCAAAATTTCATA-TGA
* *
12574 A-GTTATAAAAATTACATAATG-
1 AGGTTATCAAAATTTCAT-ATGA
* *
12595 TGATTATCAAAATTTCATA
1 AGGTTATCAAAATTTCATA
12614 GAGGGGTCAA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 31, Indels: 47
0.68 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.01
20 15 0.09
21 27 0.16
22 81 0.49
23 10 0.06
24 5 0.03
25 20 0.12
26 5 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
AGGTTATCAAAATTTCATATGA
Found at i:12602 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 12511--12611 Score: 111
Period size: 44 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
12501 AAAGATAGTA
* * * * *
12511 TTATCAAAATTT-ATA-TGAAGATTATCAAAATTTCATAGTGTTG
1 TTATCAAAATTTCAAAGCGAAGATTATAAAAATTACATAATGTTG
*
12554 TTATCAAATTTTCAAAGCGAAG-TTATAAAAATTACATAATG-TG
1 TTATCAAAATTTCAAAGCGAAGATTATAAAAATTACATAATGTTG
12597 ATTATCAAAATTTCA
1 -TTATCAAAATTTCA
12612 TAGAGGGGTC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 5
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
43 13 0.27
44 31 0.65
45 4 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (45 bp):
TTATCAAAATTTCAAAGCGAAGATTATAAAAATTACATAATGTTG
Found at i:12661 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12626--12677 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
12616 GGGGTCAACA
*
12626 AAATTTT-ATAAAGATGTTACT
1 AAATTTTCATAAAGAGGTTACT
*
12647 AAATTTTCATAAAGAGGTTATT
1 AAATTTTCATAAAGAGGTTACT
12669 AAATTTTCA
1 AAATTTTCA
12678 AATTGTGATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.25
22 21 0.75
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
AAATTTTCATAAAGAGGTTACT
Found at i:12813 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12785--12849 Score: 94
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
12775 ATGGAGTAAT
12785 CAAAATTTCAGGGAGGATAC
1 CAAAA-TTCAGGGAGGATAC
*
12805 CAAAATTCAGGGAGAATAC
1 CAAAATTCAGGGAGGATAC
* *
12824 CAAAATTCAGTGAGGATAT
1 CAAAATTCAGGGAGGATAC
12843 CAAAATT
1 CAAAATT
12850 TCATACGAAG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
19 36 0.88
20 5 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (19 bp):
CAAAATTCAGGGAGGATAC
Found at i:12868 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12835--12979 Score: 89
Period size: 22 Copynumber: 6.6 Consensus size: 21
12825 AAAATTCAGT
*
12835 GAGGATATCAAAATTTCATAC
1 GAGGTTATCAAAATTTCATAC
*
12856 GAAGGTTATCAAATTTTCATA-
1 G-AGGTTATCAAAATTTCATAC
* *
12877 GTTTA-GTTTTCAAAATTTCATAA
1 G---AGGTTATCAAAATTTCATAC
12900 GAGGATTATCAAAATTTCAT-C
1 GAGG-TTATCAAAATTTCATAC
* * *
12921 GTATGTAGATCAAAATTTCATAGG
1 G-AGGT-TATCAAAATTTCATA-C
** * *
12945 GATATTAACAAAATTTCATAAT
1 GAGGTTATCAAAATTTCAT-AC
12967 GAGGTTATCAAAA
1 GAGGTTATCAAAA
12980 ATGAGCTTAT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 17, Indels: 21
0.72 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.01
21 5 0.05
22 83 0.86
23 6 0.06
24 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
GAGGTTATCAAAATTTCATAC
Found at i:12933 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 12834--12979 Score: 167
Period size: 66 Copynumber: 2.2 Consensus size: 67
12824 CAAAATTCAG
* * ** **
12834 TGAGGA-TATCAAAATTTCATACGAAGGTTATCAAATTTTCATA-GTTTAGTTTTCAAAATTTCA
1 TGAGGATTATCAAAATTTCATACGAAGGTGATCAAAATTTCATAGGGATA-TTAACAAAATTTCA
12897 TAA
65 TAA
* *
12900 -GAGGATTATCAAAATTTCAT-CGTATGTAGATCAAAATTTCATAGGGATATTAACAAAATTTCA
1 TGAGGATTATCAAAATTTCATACGAAGGT-GATCAAAATTTCATAGGGATATTAACAAAATTTCA
12963 TAA
65 TAA
12966 TGAGG-TTATCAAAA
1 TGAGGATTATCAAAA
12980 ATGAGCTTAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 8, Indels: 8
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
65 10 0.15
66 51 0.75
67 7 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (67 bp):
TGAGGATTATCAAAATTTCATACGAAGGTGATCAAAATTTCATAGGGATATTAACAAAATTTCAT
AA
Found at i:12934 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12840--12964 Score: 123
Period size: 44 Copynumber: 2.9 Consensus size: 43
12830 TCAGTGAGGA
* *
12840 TATCAAAATTTCATACGAAGG-TTATCAAATTTTCATAGTTTAG
1 TATCAAAATTTCATAAG-AGGATTATCAAAATTTCATAGTTTAG
* *
12883 TTTTCAAAATTTCATAAGAGGATTATCAAAATTTCATCGTATGTAG
1 -TATCAAAATTTCATAAGAGGATTATCAAAATTTCATAGT-T-TAG
*
12929 -ATCAAAATTTCAT-AG-GGATATTAACAAAATTTCATA
1 TATCAAAATTTCATAAGAGG--ATTATCAAAATTTCATA
12965 ATGAGGTTAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 7, Indels: 10
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.03
43 5 0.07
44 58 0.84
45 1 0.01
46 3 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
TATCAAAATTTCATAAGAGGATTATCAAAATTTCATAGTTTAG
Found at i:12984 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 12964--12994 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
12954 AAAATTTCAT
*
12964 AATGAGGTTATCAAA
1 AATGAGCTTATCAAA
12979 AATGAGCTTATCAAA
1 AATGAGCTTATCAAA
12994 A
1 A
12995 TTTGTAGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (15 bp):
AATGAGCTTATCAAA
Found at i:13059 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 13028--13131 Score: 104
Period size: 23 Copynumber: 4.6 Consensus size: 23
13018 AGAAAGTTAA
13028 TTATCAAAATTTTATAGGGAGGT
1 TTATCAAAATTTTATAGGGAGGT
* * *
13051 TTATTAAAATTTTATAGGAAGAT
1 TTATCAAAATTTTATAGGGAGGT
* *
13074 TTATCAAAATTTCATAGCGAGG-
1 TTATCAAAATTTTATAGGGAGGT
* * * * *
13096 TTATCACAATTTCATAGTG-TGA
1 TTATCAAAATTTTATAGGGAGGT
13118 TTATCAAAATTTTA
1 TTATCAAAATTTTA
13132 AAGTGTGATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 13, Indels: 3
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.01
22 29 0.43
23 37 0.55
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
TTATCAAAATTTTATAGGGAGGT
Found at i:13121 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13074--13142 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 3.1 Consensus size: 22
13064 ATAGGAAGAT
* * *
13074 TTATCAAAATTTCATAGCGAGG
1 TTATCAAAATTTCATAGTGTGA
*
13096 TTATCACAATTTCATAGTGTGA
1 TTATCAAAATTTCATAGTGTGA
* *
13118 TTATCAAAATTTTAAAGTGTGA
1 TTATCAAAATTTCATAGTGTGA
13140 TTA
1 TTA
13143 CTAACAATTC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 40 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
TTATCAAAATTTCATAGTGTGA
Found at i:13234 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13180--13235 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
13170 TTTTTATAAA
*
13180 GTGGTTATCAATATATCATATG
1 GTGGTTATCAACATATCATATG
* *
13202 GAGGTTATCAACATCTCATAATG
1 GTGGTTATCAACATATCAT-ATG
*
13225 TTGGTTATCAA
1 GTGGTTATCAA
13236 ATTTTCATTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 1
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 16 0.57
23 12 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
GTGGTTATCAACATATCATATG
Done.