Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004987.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05005, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3717
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Found at i:1734 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3--3717 Score: 3404
Period size: 334 Copynumber: 11.1 Consensus size: 331
1 TC
* * * *
3 TTGGCGCAGAGAATCCTTGAAATATGTAAATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTACATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * *
68 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
66 GGATTTGTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * * * *
133 TTAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCGAGTCTTTCTGG--TGTTAAATTATTTTTATT
130 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAAT-TTAAATTAATATT-TT
* ** * *
196 TTATGAGTGTTTTATTCAAAAATTGAGG-AATATTTTTACGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG
193 TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTT-CGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG
* * * * * * * *
260 ACAAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCT-AAAAACGTGTGTCGGGGCCTCGGCTTAGT
257 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAACGT-TCT-AGGGCCCCGGCTCAGT
324 TTTGCATGATTT
320 TTTGCATGATTT
* * * * * *
336 TTGGCACA-ACGACTCCTTTAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTA
1 TTGGCGCAGA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTA
* * * *
400 AGAATTTGTTTCTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCATTCAGAAAAAGT
65 AGGATTTGTTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAT
* * * * * ** *
465 AGGAAAAATGATATTAGAATCGTAAAAAACCCAT-CAATAATTTTT-GAATTTTAATCTAATATT
129 ATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAAT-ATTTTTGGAATTTAAAT-TAATATT
* * * * ** * * *
528 TTTTACGATTAGTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCCAGTCA-ATTTTTGCAAAATGTCA
191 TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTA
* * * * * * *
592 GCCGAAATCGTGTAATAATCATAACAGTTTTTTGCTAAAAATACGTTCTAGGACCCCGACTTAGT
256 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA-ACGTTCTAGGGCCCCGGCTCAGT
*
657 TTTACATGATTT
320 TTTGCATGATTT
* * * * ***
669 TTGACGCAAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATGGAAGCCACATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * * * * * *
734 GGATTTGTTTTTACTAGAAACCGAATCTTGTTTGGATTGGATTTAATAAAAAAATTAATTCAG-A
66 GGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTG--T---TTCGATTTAAT-TAGAAATTAATTCAGAA
* *
798 AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACT-TTTTTGGTA-TTAAATTATA
124 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-TATTTTTGGAATTTAAATTA-A
* * * * *
861 TATATTTCATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTCTGTTGCAAAAT
187 TATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAAT
* * * ** * *
926 TTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGATACAAACGCGTT-TCGGGGCTCCGGC
252 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTA-AAAAACGTTCT-AGGGCCCCGGC
*
990 TCAATTTTGCATGATTT
315 TCAGTTTTGCATGATTT
* * * * * * *
1007 TTAGCGCCGAAAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGTATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* *
1072 GGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTCTTGTTTCGATTTCATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATA
66 GGATTTGTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * *
1136 GGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACTCCTCCAGTCTTTTTGG--TGTTAAA-TAATTTTTAT
130 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAAT-TTAAATTAA-TATT-T
* *
1198 TTTATGAGTGTTTTATCCAAAAATTGAGG-AAAAT-TTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG
192 TTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG
* * * ** * *
1261 ACAAAATTGTGTACTAACCATCAAAGTTTTTGGCT-AAAAACGTGTCTCAGGGCCTCGGCTCAGT
257 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAACGT-TCT-AGGGCCCCGGCTCAGT
1325 TTTGCATGATTT
320 TTTGCATGATTT
* * * ** * * * *
1337 TTCGCACCGAGACTCAATGAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * * * *
1402 GAATTTGTTTCTACAAGCATCTGAGTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCATTCAGAAAAAGTA
66 GGATTTGTTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * ** * ** **
1467 GGAAAAACGATATTAGAATAGTAAAAACCCCAT-CAATAATTTTTGGAATTTAACCTAATATTTT
130 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAAT-ATTTTTGGAATTTAAATTAATATTTT
* * *** * *
1531 TTACGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCCAATCATTTTTTTGCAAAATGTCAGC
193 TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * *
1596 CAAAATCGTGTAATAACCATAACGGTTTTTTGCTAAAAATACGTTCTAGGACCCCGGCTTAGTTT
258 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA-ACGTTCTAGGGCCCCGGCTCAGTTT
*
1661 TACATGATTT
322 TGCATGATTT
* * * *** *
1671 TTGGCGCAAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATGGAAGCCACATCGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * * * * * * *
1736 GGATTTGTTTTTACTAGAAACCGAATCATGTTTGGATTGGATTTAATAAAAAAATTAATTCAGAA
66 GGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATC----TT-GTTTCGATTTAAT-TAGAAATTAATTCAGAA
* * * * *
1801 AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGAGTGAAAATTCCTCCAAT-TTTTTGGTA-TTAAATTTATA
124 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAATTTAAATTAATA
* * * * *
1864 TATTTCATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTCTGTTGCAAAATTT
189 TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTT
* * * * * * * *
1929 TAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCTCCGACTCA
254 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA-ACGTTCTAGGGCCCCGGCTCA
* *
1994 ATTTTGCATGATTC
318 GTTTTGCATGATTT
* * * * *
2008 TTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATGTAAATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTACATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * * *
2073 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
66 GGATTTGTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * *
2138 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTCG--TGTTAAATTATTTATATT
130 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAAT-TTAAATTA-ATATTTT
* ** * * * *
2201 TTATGAGTGTTTTATACATAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGA
193 TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * *
2265 CAAAATCGTGTACTAAGCATCACAGTTTTTGGCT-AAAAACGTGTGTCAGGGCCTCGGCTCAGTT
258 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAACGT-TCT-AGGGCCCCGGCTCAGTT
*
2329 TTGCATG-CTT
321 TTGCATGATTT
* * * * * * *
2339 TTGGCACCGAGACT-TTCTGAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTA
1 TTGGCGCAGAGACTCCT-TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTA
* * * *
2403 AGAATTTGTTTCTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCATTCAGAAAAAGT
65 AGGATTTGTTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAT
* * * * ** * *
2468 AGGAAAAACGATATTAGAATCGTAAAAAACCCAT-CAATATTTTTTGAATTTTAATCTAATA-TT
129 ATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAATATTTTTGGAATTTAAAT-TAATATTT
* * ** ** * * *
2531 TTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGATTTATTTCCAGTCA-ATTTTTGCAAAATGTCAG
192 TTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG
* * * * * *
2595 CCGAAATCGTGTAATAAGCATAACAGTTTTTTGCTAAAAATACGTTCTAGGACCCCGGCTTAGTT
257 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA-ACGTTCTAGGGCCCCGGCTCAGTT
*
2660 TTACATGATTT
321 TTGCATGATTT
* * * * *** *
2671 TTGACGCAAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATGGAAGCCCCATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * * * * *
2736 GGATTTGTTTTTACGAGAAACCGAATCTTGTTTGGATTGGATTAAATAAAAAATTAATTCAGAAA
66 GGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA-T---TT-AATTAGAAATTAATTCAG-AA
* *
2801 AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACT-TTTTTGGTA-TTAAATTATA
124 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-TATTTTTGGAATTTAAATTA-A
* * * * * * *
2864 TATATTTCATGATTATTTTAGTCC-AAAATTGCGGAAAAATATTTCGAGTCATTCTCTTGCAAAA
187 TATTTTTTATGAGTATTTTAG-CCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAA
* * * * * * * *
2928 TTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCTCCGAC
251 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA-ACGTTCTAGGGCCCCGGC
* *
2993 TCAATTTTGCATGATTC
315 TCAGTTTTGCATGATTT
* * * *
3010 TTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATCTAAATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTACATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
* * *
3075 GGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTCTTATTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
66 GGATTTGTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * * * *
3140 TGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGTCCTGCAATCTTTTT-CATTTTAAATTATTTATATTT
130 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAATTTAAATTA-ATATTTTT
* ** * * *
3204 TATGAGTGTTAAATCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTCAAG
194 TATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTT--AG
* * * * * * *
3268 ACAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCT-AAAAACGTGTGTCGTGGCCTCGGCTCAAT
257 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAACGT-TCTAG-GGCCCCGGCTCAGT
*
3332 TTTGCATTATTT
320 TTTGCATGATTT
* * * * * * *
3344 TTGGCACCGAGACTCATTGAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
** * * *
3409 TAATTTGTTTCTACGAGCATGTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCATTCAGAAAAAGTA
66 GGATTTGTTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * ** * * *
3474 GGAAAAACGATATTAGAATCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGG-CTTTTAATCTAATATTTTT
130 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAATTTAAAT-TAATA-TTTT
* * * *
3538 TTACGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTATGTTGCAAAATTTTAGC
193 TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * * * * *
3603 CGAAATCGTGTATTAACCATCACGGCTATTCGGTAAAAACGCGTT-TCGGGGCTCCGGCTCAATT
258 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA-ACGTTCT-AGGGCCCCGGCTCAGTT
*
3667 TTGCATGATTC
321 TTGCATGATTT
* *
3678 TTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAT
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAT
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 564, Indels: 195
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 6 0.00
329 1 0.00
330 188 0.07
331 354 0.13
332 323 0.12
333 450 0.17
334 504 0.19
335 81 0.03
336 32 0.01
337 278 0.10
338 275 0.10
339 181 0.07
340 47 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
GGATTTGTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT
GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAATTTAAATTAATATTTTTTA
TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAACGTTCTAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
TGATTT
Found at i:2119 original size:671 final size:662
Alignment explanation
Indices: 3--3717 Score: 3472
Period size: 671 Copynumber: 5.6 Consensus size: 662
1 TC
* * * * *
3 TTGGCGCAGAGAATCCTTGAAATATGTAAATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTACATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
*
68 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
66 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * * * *
133 TTAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCGAGTCTTTCTGG-TGTTAAATTATTTTTATTT
131 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAT-TTAAATTATATATATTT
* ** * * *
197 TATGAGTGTTTTATTCAAAAATTGAGG-AATATTTTTACGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGA
195 TATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTT-CGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * ** * * * *
261 CAAAATCGTGTACTAACCATCATGGTT-TTTGGCTAAAAACGTGTGTCGGGGCCTCGGCTTAGTT
259 CAAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTT-GCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATT
* * * * * *
325 TTGCATGATTTTTGGCACAACGACTCCTTTAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCAC
323 TTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCAC
* * * *
390 ATTGCATTTAAGAATTTGTTTCTACGAGCATA-TGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCA
388 ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-AAACTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * * * * *
453 TTCAGAAAAAGTAGGAAAAATGATATTAGAATCGTAAAAAACCCATCAATAATTTTT-GAATTTT
452 TTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCC-TCAAT-ATTTTTGGTA-TTA
* * * * * * **
517 AATCTAATATTTTTTACGATTAGTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCCAGTCAATTTTTG
514 AAT-TTATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTC-ATTTTTG
* * * * ** * *
582 CAAAATGTCAGCCGAAATCGTGTAATAATCATAACAGTTTTTTGCTAAAAATACGTTCTAGGACC
577 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGG-GC
* * *
647 CCGACTTAGTTTTACATGATTT
641 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * **
669 TTGACGCAAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATGGAAGCCACATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
* * * * * * * * *
734 GGATTTGTTTTTACTAGAAACCGAATCTTGTTTGGATTGGATTTAATAAAAAAATTAATTCAG-A
66 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGA--T--T--AGAAATTAATTCAGAA
*
798 AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACT-TTTTTGG-TATTAAATTATA
125 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-TATTTTTGGAT-TTAAATTATA
* * * *
861 TATATTTCATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTCTGTTGCAAAAT
188 TATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAAT
* * * * *
926 TTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGATACAAACGCGTTTCGGGGCTCCGGCT
253 TTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCT
* *
991 CAATTTTGCATGATTTTTAGCGCCGAAA-A-TCCTTGAAATATCTATATTAATCTAATAAAATCT
318 CAATTTTGCATGATTTTTGGCG-C-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCT
* * * * * *
1054 CAGCCACATTGTATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTC-TTGTTTCGATTTCATTAGA
381 CAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAACTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * *
1118 AATTAATTCAG-AAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACTCCTCCAGTCTTTTTGGT
446 AATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCT-CAATATTTTTGGT
* * * *
1182 GTTAAATAATT-TTTATTTTATGAGTGTTTTATCCAAAAATTGAGG-AAAAT-TTTCGGGTCATT
510 ATTAAAT--TTATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCA--
* * * * * * * * *
1244 TTTTTGCAAAATTTTAGACAAAATTGTGTACTAACCATCAAAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTCTC
571 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTT
1309 AGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
636 AGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * ** * * * *
1337 TTCGCACCGAGACTCAATGAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
* * * * *
1402 -GAATTTG-TTTCTACAAGCATCTGAGTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCATTCAGAAAAAG
66 TG-ATTTGTTTTC-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAA
* * ** * ** **
1465 TAGGAAAAACGATATTAGAATAGTAAAAACCCCAT-CAATAATTTTTGGAATTTAACCTA-ATAT
129 TATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAAT-ATTTTTGG-ATTTAAATTATATAT
* * * *** * *
1528 TTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCCAATCATTTTTTTGCAAAATGTC
191 ATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTT
* * * * * * *
1593 AGCCAAAATCGTGTAATAACCATAACGGTTTTTTGCTAAAAATACG-TTCTAGGACCCCGGCTTA
256 AGCCAAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGCTAAAAACACGTTTC-GGGGCCCCGGCTCA
* * * * * ***
1657 GTTTTACATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATGGAAGC
320 ATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGC
* * * * * * *
1722 CACATCGCATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGAAACCGAATCATGTTTGGATTGGATTTAATAAAA
385 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAACTGAATC---TTT-GTTTCGATTTAAT-TAG
* * * *
1787 AAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGAGTGAAAATTCCTCCAAT-TTTTTGG
445 AAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCT-CAATATTTTTGG
* *
1851 TATTAAATTTATATATTTCATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTC
509 TATTAAATTTATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATT-
* * * * *
1916 TGTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGGTAAAAACGCGTTTTG
573 T-TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTA
* * *
1981 GGGCTCCGACTCAATTTTGCATGATTC
637 GGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * * *
2008 TTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATGTAAATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTACATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
* *
2073 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
66 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* *
2138 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTCG-TGTTAAATTATTTATATTT
131 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAT-TTAAATTATATATATTT
* ** * * * *
2202 TATGAGTGTTTTATACATAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGAC
195 TATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * * ** * * * *
2266 AAAATCGTGTACTAAGCATCACAGTT-TTTGGCTAAAAACGTGTGTCAGGGCCTCGGCTCAGTTT
260 AAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTT-GCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTT
* * ** * * * *
2330 TGCATG-CTTTTGGCACCGAGACT-TTCTGAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCAC
324 TGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCT-TGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCAC
* * * *
2393 ATTGCATTTAAGAATTTGTTTCTACGAGCATA-TGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCA
388 ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-AAACTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * * * * *
2456 TTCAGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAGAATCGTAAAAAACCCATCAATATTTTTTGAATTTTA
452 TTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCC-TCAATATTTTTGGTA-TTAA
* * * ** **
2521 ATCTA-ATATTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGATTTATTTCCAGTCAATTTTTGC
515 ATTTATATA-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTC-ATTTTTGC
* * * * ** * *
2585 AAAATGTCAGCCGAAATCGTGTAATAAGCATAACAGTTTTTTGCTAAAAATACGTTCTAGGACCC
578 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGG-GCC
* *
2650 CGGCTTAGTTTTACATGATTT
642 CGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * ** *
2671 TTGACGCAAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATGGAAGCCCCATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
* * * * * * * *
2736 GGATTTGTTTTTACGAGAAACCGAATCTTGTTTGGATTGGATTAAATAAAAAATTAATTCAGAAA
66 TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGA-T---T-AGAAATTAATTCAG-AA
*
2801 AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACT-TTTTTGG-TATTAAATTATA
125 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-TATTTTTGGAT-TTAAATTATA
* * * * * *
2864 TATATTTCATGATTATTTTAGTCC-AAAATTGCGGAAAAATATTTCGAGTCATTCTCTTGCAAAA
188 TATATTTTATGAGTATTTTAG-CCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAA
* * * * * *
2928 TTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCTCCGAC
252 TTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGC
* ** * * *
2993 TCAATTTTGCATGATTCTTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATCTAAATTCATCTAATCAAATCTC
317 TCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTC
* * * * * * *
3058 AGCCACATTACATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTGATTC-TTATTTCGATTTGATTAGAA
382 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAACTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * ** *
3122 ATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGTCCTGCAATCTTTTTCATT
447 ATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCT-CAATATTTTTGGTA
* * ** * * *
3187 TTAAATTATTTATATTTTATGAGTGTTAAATCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTGGGTCATTTT
511 TTAAATT-TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCA-TTT
* * * * * *
3252 TTGCAAAATTTTCAAGACAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGTG-TGTC
574 TTGCAAAATTTT--AGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTA
* *
3316 GTGGCCTCGGCTCAATTTTGCATTATTT
637 G-GGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * * * *
3344 TTGGCACCGAGACTCATTGAAATATTTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
1 TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
* * * * *
3409 TAATTTG-TTTCTACGAGCATGTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTCATTCAGAAAAAGT
66 TGATTTGTTTTC-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAT
* * * * ** * * * *
3473 AGGAAAAACGATATTAGAATCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTTTTAATCTA-ATATTTT
130 ATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGATTTAAAT-TATATA-TAT
* * * *
3537 TTTACGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTATGTTGCAAAATTTTAG
193 TTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG
* * * * * *
3602 CCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGCTATTCGGTAAAAACGCGTTTCGGGGCTCCGGCTCAATT
258 CCAAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATT
* ** *
3667 TTGCATGATTCTTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAT
323 TTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAT
Statistics
Matches: 2455, Mismatches: 510, Indels: 166
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
662 62 0.03
663 214 0.09
664 245 0.10
665 9 0.00
666 90 0.04
667 67 0.03
668 424 0.17
669 254 0.10
670 198 0.08
671 711 0.29
672 45 0.02
673 136 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (662 bp):
TTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAA
TGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGATTTAAATTATATATATTTT
ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCA
AAATCGTGTATTAACCATCACGGTTATTTGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTG
CATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATT
GCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAACTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCAATATTTTTGGTATTAAATTTAT
ATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTGCAAAATTTT
AGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCGGCTCAGT
TTTGCATGATTT
Done.