Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004989.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05007, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1800
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Found at i:1644 original size:334 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--1800 Score: 1810
Period size: 333 Copynumber: 5.4 Consensus size: 332
* * * * **
1 AGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGACATTGAATTATATCATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
1 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
* * * * *
66 AAATTGAGGAAAAAAAAATTGGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGAACAAACC
66 AAATTGA-GAAAAAAAATTTTGGGTCACTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * *
131 ATCACAGTTTCTGGCTGGAAAACGCATTCCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGC
130 ATCACAGTTTCTGGCT-GAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
* * * * ** * * *
196 CGAAACTCCTTGTAATATCGATATCTATATGATCAAATCTCAGCCACACTTGATTTAAAGATATG
194 CGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATAAAATCAAATCTCAG-CACAATGGATTTAAGGATATG
* * *
261 TTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAGAAATTAA-TTGAAAAGAA-ATGAAAAA
258 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTTGAAAAAAATATGAAAAA
* *
324 CCATTTTTAC
323 CCATATTTAA
* * *
334 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCATTGAATTATACAACTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
1 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
* * * *
399 AAATTGGGAAAAAAAATTTCGGG-CAAACTTTTTGGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
66 AAATTGAGAAAAAAAATTTTGGGTC--ACTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * * ** *
463 CATCATAGTTTTTTGCTGAAAACGTGTTCCGGGGCCACAACTCAATTTTG-ATTGATTTTTGGCA
129 CATCACAGTTTCTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAGTTTTGCA-TGATTTTTGGCA
** * * * *
527 CTAAGACTCATTGAAATATTTATA-TT-T---ATCAAATCTCAGCAACAATGGAATTAGGGATAT
193 CCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATAAAATCAAATCTCAGC-ACAATGGATTTAAGGATAT
* * ** *
587 GTTTTTACTAGCATCTGAATCTTGTTTCGA-TTTAAAAAAAATTAATTTGGTAAAAAAT-TGGAA
257 GTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTT-GAAAAAAATAT-GAA
* * **
650 CAACTATATTCGA
320 AAACCATATTTAA
* * ** * * * **
663 AGCATGAAAAACACTTGAATATTTTTGGAGATGAATTATATAAA-TTTTACGAGTATTGTGGCTG
1 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATA-AAATTTTTATGAGTATTGTGGCCA
* * * * *
727 AAAATTGAGAAAAAAAAATTCT-GGTCA--TTTTTGTAAAATTTTAGCTGAATTCGTATAGTAAC
65 AAAATTGAG-AAAAAAAATTTTGGGTCACTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * *
789 TATCACGGTTTCTGGATGAAAACGCGTTCCGAGGTC-CAGCTCAGTTTTGCATGATATTTT-GCA
129 CATCACAGTTTCTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGGCA
* * * ***
852 CCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATAGAGTCAAATATCAGTCATGTTGGATTTAAGGATAT
193 CCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATAAAATCAAATCTCAG-CACAATGGATTTAAGGATAT
* * * * * * * * *
917 ATTTTTACGAGTTTTTGAATCTTATTTTGATTTAATCAGAAATTAATTTGGGAAAAAAGTAAGAA
257 GTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTT--GAAAAAAATATGAA
* *
982 ATACCATATTTTA
320 AAACCATATTTAA
* * * * * * **
995 AGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAACTTTTATGAGTATTATGGCTGA
1 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
* * * * *
1060 AAATTGAGATAAAAAAATTCT-GGTTATTTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAATTCGTGTAGTAAC
66 AAATTGAGA-AAAAAAATTTTGGGTCA-CTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * * **
1124 TATCACGGTTTCTAGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTACAC
129 CATCACAGTTTCTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
* * * * * **
1189 CGACACTCCTTGAAATAACAATATTTATATAGA-CAAACCTCAGTCACGTTGGATTTAAGGATAT
194 CGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATA-AAATCAAATCTCAG-CACAATGGATTTAAGGATAT
* * *
1253 ATTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGGTTTTATCAAAAACTAATTTGAAAAAAAAATATGAA
257 GTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTTG--AAAAAAATATGAA
1318 AAACCATATTTAA
320 AAACCATATTTAA
* * * * * *
1331 ATCATGAAAAGCCCCAAAATATTTTTGTCGTTGAATTATAAAATTTTTATGACTAGTGTAGCCAA
1 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
* * *
1396 AAATTGAG-AATAAATTTTTGGGTCACTTTTTTGTAAAATATTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
66 AAATTGAGAAAAAAAATTTTGGGTCACTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * * *
1460 TCACAGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCATGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTACTG
131 TCACAGTTTCTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCG
* * *
1525 AGTCTCCTTGAAATATCTACATTTATCAAAATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAATGATATGT
196 AGACTCCTTGAAATATCTATATTTAT-AAAATCAAATCTCAGC-ACAATGGATTTAAGGATATGT
* * *
1590 TTTTACGAGCATCTAAATCTTCTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTTGAAAAAAATATGAAAAAC
259 TTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTTGAAAAAAATATGAAAAAC
1655 CATATTTAA
324 CATATTTAA
** *
1664 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGTTTTGAATTATACAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
1 AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
** * * * * * *
1729 AAATTGATTAAAAAAATTAT-GGTCA-TTTTCTT-TTAAATTTTAGCGGAATTCGTATACTAACT
66 AAATTGAGAAAAAAAATTTTGGGTCACTTTT-TTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
*
1791 ATCACGGTTT
130 ATCACAGTTT
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 216, Indels: 77
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 38 0.03
326 76 0.06
327 56 0.05
328 8 0.01
329 70 0.06
330 61 0.05
331 21 0.02
332 205 0.17
333 208 0.17
334 130 0.11
335 144 0.12
336 196 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
AGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGCGTTGAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
AAATTGAGAAAAAAAATTTTGGGTCACTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
TCACAGTTTCTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCG
AGACTCCTTGAAATATCTATATTTATAAAATCAAATCTCAGCACAATGGATTTAAGGATATGTTT
TTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAAATTAATTTGAAAAAAATATGAAAAACCA
TATTTAA
Done.