Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01004994.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05012, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*** *
1 GAAAAGCCATTCAAT-TTTTTGGTACTGAATTATACATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * *
65 GAGGGAGAATTTTTCTGGT-ATTTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATTATTACGG
66 GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGG
* * * *
129 TTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCACGACTCAATTTT-CGATGGTTTTG-GACGCCGACAC
131 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGC-ATGATTTTGTG-CGCCGACAC
* * *
192 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATAAAAGT-TTAGCCACATTACAATTAAGGATTTGTTTTT
194 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAA-TCTTAGCCACATTGCAATTAAGTATTTG-TTTT
* *
256 ACGATCATCTAAATCTTCTTTTTCGATATAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGA
257 ACGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGA
321 TATTAAAAGCGT
322 TATTAAAAGCGT
* * *** * *
333 GAAAATCCATTCAATTTTTTTCATGTTGAATTATACATTTTGTATGAGTACTGTGGCTAAAAATT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * * * *
398 GAGGAAGAATTTTTCTGGTAATTTTTTGCAAAGTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAATTATCACGG
66 GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGG
*
463 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTGTGCGCCGACACTC
131 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGTGCGCCGACACTC
* * *
528 CTTGAAATATCTATATTTATCTATTAAAATCTTATCCACATTGCAATTAATTATTTGTTTTACGA
196 CTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGTATTTGTTTTACGA
593 TCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATT
261 TCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATT
658 AAAAGCGT
326 AAAAGCGT
* ** * * * *
666 GAAAAGCCCTTTGATCTTTTAGGCGTTGAATTATATATATTTTTTTGAGTATTATGGCTAAAAAT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAAT
* *
731 TGA-GGA-AATTCCTTTCGGGTCCA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATC
65 TGAGGGAGAATT--TTTCTGGT-CATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATC
* * * * * * * * * *
793 ACAGTTTTTTTTTTGGCTAAAAAGGCG-TTCTGGGACAAGATTAAATTTTGAATGATTTT-TCTC
127 AC-G---GTTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGT-GC
* * * * * ** *
856 GCCGAGACTACTTGAAATGTCTATATTCAT-T--T--AACCAAATCC-CA--GCAATT--GT-TT
186 GCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGTATT
* * * * * *
910 TG----ACAAACATCTGAATCATG--TTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTC-GTAAAAGAAATAG
251 TGTTTTACGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG--AAA-AAATAT
* *
968 GGAAAACGATATTAGAAGCGT
313 GAAAAACGATATTAAAAGCGT
* * * * *
989 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCATTGAAGTATTTATTTTGTATGATTATTGTGGCTAATAATT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * * * * **
1054 GAGGGACAATTTTTCTGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTGA-CAATCATA
66 GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATC-ATCACG
** ** ** * ** *
1118 GTTTTTTGCTAAAAACATGTTT-AGGGGCCTGGGTTCAGTTTTGCATGCTTTTAG-GCGTTGAGA
130 GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCA-GGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTT-GTGCGCCGACA
* * * * ** * *
1181 CTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAATAAAATCTTAGCCATAAAGCATTTAAGGATTTGTTTTT
193 CTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGTATTTG-TTTT
* *
1246 ACGATCATCTAATTCTTG--TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAATATGAAAAACGA
257 ACGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGA
1309 TATTAAAAGCGT
322 TATTAAAAGCGT
* * * *
1321 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGCATGATTATTGTGGCTAAAAACT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * * * * * *
1386 GA-GGA-AATCCCTTTC-GGATCCTTTTTTTGGAAAATTTTAGTCAAAATTGTGTAATAATCATC
66 GAGGGAGAAT--TTTTCTGG-T-CATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATC
* ** * * *
1448 ACGGTTTTTTTTTTTGGCTAAAAATGC-TTTCTAGGGCC-CGGTTCAATTTAGAATGATTTT-TG
127 ACGG-----TTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTC-AGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGT-
* * ** * *
1510 GCGCTGACACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-T--T--AA-CCAAGTCC-C--GGC-CTT---T
184 GCGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAG-CCACATTGCAATTAAGT
* * * * * * *
1562 -TTTTTTTTACAAACATCTGAATCATG--TTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAAAAT
248 ATTTGTTTTACGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAAAT
* * * * *
1624 AGGGAAAACAATATTAGAAGCAT
311 ATGAAAAACGATATTAAAAGCGT
* * *
1647 GAAAAGCCATTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGGGGCTAAAAATT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * * * *
1712 GAGGGA-AATTTTTCTGGCCATTTTTTGCAAAGTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGA
66 GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGG
* * *
1776 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGGTTTTGGGCGCCGACACTC
131 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGTGCGCCGACACTC
* **
1841 CTTGAAATATCTATATTCATCTAGTAAAATCTTAGGTACATTGCAATTAAGGT-TTTGTTTTAAC
196 CTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAA-GTATTTGTTTT-AC
** * *
1905 GAGAATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATAAAAAAACGAA
259 GATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGAT
* *
1970 AGTAAAAACGT
323 ATTAAAAGCGT
* * *
1981 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTGTATATATATATTTTTATGAGTATTATGGCTAA
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAA---T-TATATAT-TTTGTATGAGTATTGTGGCTAA
* *
2046 AAATTGA-GGA-AATCCCTTTT-GGGTCCATTTTTT-CAAAATTTTTA-CCGAAATCGTGTAATA
61 AAATTGAGGGAGAAT---TTTTCTGGT-CATTTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * * ** * * *
2106 ATTATCACAGATTTTTTTGGGGCTAAAAACGCG-TTCTGGGACC-CGGTTTAATTTTGAATGATT
121 ATCATCAC-G-GTTTTTT---GCTAAAAACGCGTTTCAGGG-CCACGACTCAGTTTTGCATGATT
* * * * * *** *
2169 TT-TGGCGCCAAGACTACTTGCAATATCTATATTCATCTAACCAAA---T--CC-CA--GCCATT
180 TTGT-GCGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATT
* * * ** ** * ** * *
2225 --GT-TTTG----ACAAACATCTGAATCATAATTCGTTTTAATTAGAAATT---AATT-CGTGAA
244 AAGTATTTGTTTTACGATCATCTAAATC-TTGTT--TTTCGATT--TAATTAGAAATTAATTCAG
** *
2279 AAAAATA-GGGAAAA-GGATATTAAAAGCGT
304 AAAAA-ATATGAAAAACGATATTAAAAGCGT
* * * *
2308 GAAAAGCAATTCAATCATTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * *
2373 GAGGTA-AGTTTTTTCTAGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ATCCATCAC
66 GAGGGAGA-ATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAT-CATCAC
* * * *
2436 GGTTTTATGCTAAAAACGCGTTTC-GGAGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTT-TGGCGACGAC
129 GGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGG-GCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGT-GCGCCGAC
2499 ACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAAG-ATTTGTTT
192 ACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATT-AAGTATTTG-TT
* * * * * * *
2563 TTACGATCATTTTAATCTTGCTTATCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAATAAATATGAAAAAC
255 TTACGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAC
2628 GATATTAAAAGCGT
320 GATATTAAAAGCGT
* *
2642 GAAAAGCCATTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATACATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
* * * * *
2707 GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAGTTTTAGCAGAAATCGTATAGTAACCATCACGG
66 GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGG
* * * * *
2772 TTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCACGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTG-GACGCCTACACT
131 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGTG-CGCCGACACT
* * *
2836 TCTTGAAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAGTTAAGGATTTGTTTTAA
195 CCTTG-AAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGTATTTGTTTT-A
* *
2901 TGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAAATATGAAAAACGAT
258 CGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGAT
2966 ATTAAAAGCGT
323 ATTAAAAGCGT
* * * *
2977 GAAAAGCCATTCAAT-TTTTTAGGAGTTGAATTATACATTTTGTATGAGTATTGTGGCTCAAACT
1 GAAAAGCCATTCAATCTTTTT-GGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAAT
* * * * *
3041 TGAGAGAGAATTTTTCTGGTAATTTTTTGCAAAGTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACG
65 TGAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACG
* * * *
3106 TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGATTTTG-GCGCCAACAC
130 GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGCAT-GATTTTGTGCGCCGACAC
3170 TCCTTGAAATATCTAT
194 TCCTTGAAATATCTAT
3186 CTTT
Statistics
Matches: 2331, Mismatches: 373, Indels: 296
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
317 25 0.01
318 123 0.05
319 58 0.02
320 7 0.00
321 48 0.02
322 123 0.05
323 90 0.04
324 87 0.04
325 11 0.00
326 98 0.04
327 49 0.02
328 19 0.01
329 25 0.01
330 16 0.01
331 17 0.01
332 125 0.05
333 265 0.11
334 509 0.22
335 321 0.14
336 12 0.01
337 4 0.00
338 127 0.05
339 50 0.02
340 27 0.01
341 19 0.01
342 6 0.00
344 56 0.02
345 14 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (333 bp):
GAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT
GAGGGAGAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGG
TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTGTGCGCCGACACTC
CTTGAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGTATTTGTTTTACGA
TCATCTAAATCTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATT
AAAAGCGT
Found at i:1504 original size:656 final size:653
Alignment explanation
Indices: 284--3185 Score: 3390
Period size: 656 Copynumber: 4.4 Consensus size: 653
274 TTTTTCGATA
* * *
284 TAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAATCCATTCAA
1 TAATTAGAAATTAATTCGTA-AAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
* * * *
347 T-TTTTT-TCATGTTGAATTATACATTTTGTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAGAATTT
65 TCTTTTTGGCA--TTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGA-AATTT
* * * **
410 TTCTGGTAATTTTTTGCAAAGTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAATTATCACGGTTTTTTGCTAAA
127 TTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAA
* *
475 AACGCGTTTCA-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTGTGCGCCGACACTCCTTGAAATATC
192 AACGCGTTT-AGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTG-GCGCCGACACTCCTTGAAATATC
* * * **
539 TATATTTATCTATTAAAATCTTATCCACATTGCAATTAATTATTTG-TTTTACGATCATCTAAAT
255 TATATTCATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTAAAT
603 CTTGTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGA
320 CTTG-TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGA
** * * *
668 AAAGCCCTTTGATCTTTTAGGCGTTGAATTATATATATTTTTTTGAGTATTATGGCTAAAAATTG
384 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTGTATGAGTATTATGGCTAAAAATTG
* *
733 AGGAAATTCCTTTCGGGTCCATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGT
449 AGGAAATCCCTTTCGGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGT
* ** * **
798 TTTTTTTTTGGCTAAAAAGGCGTTCTGGGACAAGATTAAATTTTGAATGATTTTTCTCGCCGAGA
514 TTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGACCCGGTTAAATTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGA
*
863 CTACTTGAAATGTCTATATTCATTTAACCAAATCCCAGCAATTGTTTTGACAAACATCTGAATCA
579 CTACTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCCCAGCAATTGTTTTGACAAACATCTGAATCA
928 TGTTTCGTTT
644 TGTTTCGTTT
*
938 TAATTAGAAATTAATTCGTAAAAGAAATAGGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
1 TAATTAGAAATTAATTCGTAAAA-AAATAGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
* * * *
1003 TCTTTTTGGCATTGAAGTATTTATTTTGTATGATTATTGTGGCTAATAATTGAGGGACAATTTTT
65 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGA-AATTTTT
* * * * * **
1068 CTGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTGACAATCATAGTTTTTTGCTAAAAA
129 CTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
** * ** * ** * *
1133 CATGTTTAGGGGCCTGGGTTCAGTTTTGCATGCTTTTAGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTAC
194 CGCGTTTAGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTT-GGCGCCGACACTCCTTGAAATATCTAT
* * ** * *
1198 ATTCATCTAATAAAATCTTAGCCATAAAGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTAATTCTT
258 ATTCATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTAAATCTT
*
1263 G-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
323 GTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* * * *
1327 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTGCATGATTATTGTGGCTAAAAACTGAGGA
388 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTGTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGA
* * * * * *
1391 AATCCCTTTCGGATCCTTTTTTTGGAAAATTTTAGTCAAAATTGTGTAATAATCATCACGGTTTT
453 AATCCCTTTCGGGTCC-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAG-TTT
* * * * * *
1456 TTTTTTTGGCTAAAAATGCTTTCTAGGG-CCCGGTTCAATTTAGAATGATTTTTGGCGCTGACAC
516 TTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGGACCCGGTTAAATTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGAC
* * * ** * *
1520 TCCTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAGTCCCGGCCTTTTTTTTTTTACAAACATCTGAATC
580 TACTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCCCAG-C-AATTGTTTTGACAAACATCTGAATC
1585 ATGTTTCGTTT
643 ATGTTTCGTTT
* * *
1596 TAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAAAATAGGGAAAACAATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAA
1 TAATTAGAAATTAATTCGT-AAAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
* *
1661 TTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGGGGCTAAAAATTGAGGGAAATTTTTC
65 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGAAATTTTTC
* * * *
1726 TGGCCATTTTTTGCAAAGTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAAC
130 TGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAC
* *
1791 GCGTTTCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGGTTTTGGGCGCCGACACTCCTTGAAATATCTATA
195 GCGTTTAGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTT-GGCGCCGACACTCCTTGAAATATCTATA
** * * **
1856 TTCATCTAGTAAAATCTTAGGTACATTGCAATTAAGGTTTTGTTTTAACGAGAATCTAAATCTTG
259 TTCATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTAAATCTTG
* * * *
1921 TTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATAAAAAAACGAAAGTAAAAACGTGAAAA
324 -TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
*
1986 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTGTATATATATATTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATT
387 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA---T-TATATATATTTGTATGAGTATTATGGCTAAAAATT
* *
2051 GAGGAAATCCCTTTTGGGTCCATTTTTT-CAAAATTTTTA-CCGAAATCGTGTAATAATTATCAC
448 GAGGAAATCCCTTTCGGGTCC-TTTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCAC
* ** * *
2114 AGATTTTTTTGGGGCTAAAAACGCGTTCTGGGACCCGGTTTAATTTTGAATGATTTTTGGCGCCA
511 AGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGACCCGGTTAAATTTTGAATGATTTTTGGCGCCG
* * *
2179 AGACTACTTGCAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCATTGTTTTGACAAACATCTGAA
576 AGACTACTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCCCAGCAATTGTTTTGACAAACATCTGAA
**
2244 TCATAATTCGTTT
641 TCATGTTTCGTTT
* *
2257 TAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAAATAGGGAAAAGGATATTAAAAGCGTGAAAAGCAATTCAA
1 TAATTAGAAATTAATTCGT-AAAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
* * * * *
2322 TCATTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAGTTTTTT
65 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGAA-ATTTTT
* * *
2387 CTAGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTATGCTAAAAA
129 CTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
* * *
2452 CGCGTTTCGGAGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGACGACACTCCTTGAAATATCTAT
194 CGCGTTTAGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGG-TTTTGGCGCCGACACTCCTTGAAATATCTAT
* * * *
2517 ATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAAGATTTGTTTTTACGATCATTTTAATCTT
258 ATTCATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTAAATCTT
* * * *
2582 GCTTATCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAATAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
323 G-TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
* * * *
2647 GCCATTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATACAT-TTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGG
387 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTGTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGA-G
* * * * * * * *
2711 GAGAAT--TTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAGTTTTAGCAGAAATCGTATAGTAACCATCAC-G--
451 GA-AATCCCTTTCGGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTT
* * * * * * * * *
2771 -GTTTTTT-GCTAAAAATGCGTT-TCGGGGCCACGGCTCAGTTTTGCATG-GTTTTGGACGCCTA
515 TTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGGACC-CGGTTAAATTTTGAATGATTTTTGG-CGCCGA
* * * * ** *
2832 CACTTCTTGAAAATATCTATATTTATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAGTTAAGGATTTGTT
577 GACTACTTG-AAATATCTATA--T-TC-------AT-TTAACCAAATCCCAG--CA--A-TTGTT
* ** * * * *
2897 TTAATGATCATCTAAATCTTGTTTTTCGATT
625 TTGACAAACATCTGAATCATG--TTTCGTTT
* * *
2928 TAATTAGAAATTAGTTC--AGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
1 TAATTAGAAATTAATTCGTA-AAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAA
* * * *
2991 T-TTTTTAGG-AGTTGAATTATACATTTTGTATGAGTATTGTGGCTCAAACTTGAGAGAGAATTT
65 TCTTTTT-GGCA-TTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGA-AATTT
* * * *
3054 TTCTGGTAATTTTTTGCAAAGTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTTTTTGCTAAA
127 TTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAA
* * *
3119 AACGCGTTTCA-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGATTTTGGCGCCAACACTCCTTGAAATATC
192 AACGCGTTT-AGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGG-TTTTGGCGCCGACACTCCTTGAAATATC
3183 TAT
255 TAT
3186 CTTT
Statistics
Matches: 1910, Mismatches: 281, Indels: 99
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
650 1 0.00
651 24 0.01
652 29 0.02
653 10 0.01
654 57 0.03
655 146 0.08
656 367 0.19
657 207 0.11
658 147 0.08
659 39 0.02
660 47 0.02
661 186 0.10
662 213 0.11
663 92 0.05
664 42 0.02
665 52 0.03
668 6 0.00
669 222 0.12
670 1 0.00
671 22 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (653 bp):
TAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCATTCAAT
CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGAAATTTTTCT
GGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACG
CGTTTAGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTGGCGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATT
CATCTAGTAAAATCTTAGCCACATTGCAATTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTAAATCTTGTT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTGTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAAT
CCCTTTCGGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTTTT
TTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGACCCGGTTAAATTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTACTTG
AAATATCTATATTCATTTAACCAAATCCCAGCAATTGTTTTGACAAACATCTGAATCATGTTTCG
TTT
Done.