Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005010.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05028, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 783
Length: 1306
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Found at i:274 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1--1306 Score: 908
Period size: 56 Copynumber: 24.3 Consensus size: 54
* * * *
1 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
* * * * * * *
54 GTCTAATTCAGAGTAATCAAACTCAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* ** * * * * *
110 GTATCTTTCAGAGTAATTAAACT-AAGA-AGTAAAAGGATGGAGAT--TAG-TA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTAAATAGTAGATA
* * * * *
159 GTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
** * *
212 GTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* * *
268 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-GGAGTAATCAATA-ATTA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA--AAT-AGTAGA-TA
** * * * * *
323 GTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAA--AGAATGTAAATAGTAGATA
* * * *
379 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAGAT--TAG-TA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTAAATAGTAGATA
* * * *
427 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT---AAGCAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAG-AGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
** *
480 GTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* * *
536 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
* * * *
589 GTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAATAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACAGTAG-TA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTA-AAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* *
644 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAATG-AAGATTAGCAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTAA-A-TAGTAGATA
* ** * * *
698 GTTTAATTTAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* * * *
754 GTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTA-ATTA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA--AAT-AGTAGA-TA
** * * * * *
809 GTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAA--AGAATGTAAATAGTAGATA
* * * *
865 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAGAT--TAG-TA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTAAATAGTAGATA
* * *
913 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT---AAGCAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAG-AGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
* * * * * * *
966 CTCTAATTCAGAGTAATCAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* * * * * *
1022 GTATCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAGGAATGGAGAT--TAG-TA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTAAATAGTAGATA
* * * * *
1071 GTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
** *
1124 GTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
* * *
1180 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AATAGTAGATA
** * * *
1233 GTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTATATAGTAGACA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAATAGTAGATA
*
1289 GTTTAATTCAGAATAATT
1 GTTTAATTCAGAGTAATT
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 181, Indels: 159
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
46 2 0.00
48 56 0.06
49 97 0.10
50 10 0.01
51 14 0.01
52 27 0.03
53 176 0.18
54 97 0.10
55 197 0.20
56 277 0.28
57 26 0.03
58 8 0.01
59 4 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAATGTAAATAGTAGATA
Found at i:292 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 1--1306 Score: 1147
Period size: 109 Copynumber: 12.2 Consensus size: 107
* * * *
1 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* * ** *
66 GTAATCAAACTCAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATA
65 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATA
* ** * * *
110 GTATCTTTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAAGGATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAAA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* * *
171 GCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGATA
65 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATA
** * * * **
212 GTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTC
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAA--TGGAATTAGTAGATAGTTTAATTC
* * * *
277 AGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATCAATA-ATTA
62 AGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGA-TA
** * * * * * *
323 GTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGATAGTTTAATTC
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAA--AGAATGGAATTAGTAGATAGTTTAATTC
* * *
388 AGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAG-A-T--TAG-TA
62 AGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATA
* * *
427 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGCAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* *
492 GTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATA
65 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATA
*
536 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTTAGA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* * **
601 GTAATTAAACTAAATAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACAGTAG-TA
65 GTAATTAAACTAAAAAGAGTA-AAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATA
* * *
644 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAGTTTAATTTAG
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAG
* * ** *
709 AGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATA
64 AGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATA
* * *
754 GTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATT
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATG--G-AATTAGTAGA-TAGTTTAATT
* * ** * *
817 CAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGATA
61 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATA
*
865 GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* * * *
925 GCAATTAAGCT---AAGCAGTAAAAGAATGTAG-ATTAGTTGATA
65 GTAATTAAACTAAAAAG-AGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATA
* * * * * * ** * * *
966 CTCTAATTCAGAGTAATCAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTATCATTC
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATG-G-AATTAGTAGATAGTTTAATTC
* * *
1031 AGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAGGAATGGAG-A-T--TAG-TA
62 AGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATA
* *
1071 GTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* *
1136 GTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATA
65 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATA
1180 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
1 GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* *
1245 GTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTATATAGTAGACA
65 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAT-TAGTAGATA
*
1289 GTTTAATTCAGAATAATT
1 GTTTAATTCAGAGTAATT
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 131, Indels: 122
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
100 5 0.00
101 60 0.06
102 76 0.08
103 45 0.04
104 84 0.08
105 48 0.05
106 10 0.01
107 1 0.00
108 46 0.05
109 402 0.40
110 76 0.08
111 147 0.15
112 1 0.00
113 4 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (107 bp):
GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
TAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTATTAGTAGATA
Done.