Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005031.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05049, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 322 Copynumber: 4.2 Consensus size: 324
1 AAAAAA-ATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCC
1 AAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC-AATATCGTTTTTCC
65 ATTTTTTTAGAATTTATTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAAATCCT
65 ATTTTTTTAGAATTTATTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAAC-AAATCCT
* * * * ** *
130 TCAATCCAATGTGTCTAAGATTTGGTGCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGCGTCAAA
129 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAACTTTTGCGACAAA
* * * *
195 AATCATGCAAAATTGAGTCAGGGCTCCGTAACGCGTTTTTTGCCAAAAAAATCCTGATGGTTAGT
194 AATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAATCCTGATGGTCAGT
* * * *
260 ATACGATTTCGGATAAAATTTTTCAAAAATTGGCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTTTTCCCACA
259 ACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAACTGACCC----AG---TACCTCAATTTTTTCCCACA
*
325 ATACTCGG
317 ATACTCAG
* *
333 AAAAAATAAATAATTGAATGCCAA-AAAAGTTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
1 AAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAA-TTGAAGGGTTTTTCACGCTTC-AATATCGTTTTTC
* * * * * *
396 CATTTTTTTCCA-AATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAAAT
64 CATTTTTTT--AGAATTTATTT-TAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * * * * *
460 CTTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTC-AGGGAGTCTTTGCGC
126 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAACT-TTTGCGA
* * * * *
524 CAAAAATCATGCAAAATTGATTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAG-TAAAAAACT-GTGATGGT
190 CAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAATCCTGATGGT
* *** * * *
587 CAGTACACGGTTTCTTCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCC-G-ACCTCAATTTTTTGCTACAATA
255 CAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAGTACCTCAATTTTTTCCCACAATA
650 CTCAG
320 CTCAG
*
655 AAAAATTATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAAGTATCGTTTTTCC
1 AAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAA-TATCGTTTTTCC
*
720 ATTTTTATAGAATTTATTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
65 ATTTTTTTAGAATTTATTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * *
785 AAATTCAATGTGGCTGACATTTGGTT-ACATGAATATAGATATTTTAAGGACACTTTCTG-GAAA
130 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGA-ACTTT-TGCGACA
* * *
848 AAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGC-CCTGAAACGCGTTTTTATCC--AAAAATCATGATGGTT
192 AAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAATCCTGATGGTC
* * ** * *** ** **
910 AGTATACGATTTCGGCTAAAA-ACTGACCCGAAAA--G---TTTTTTCTCAATTTTTTTTGACAC
256 AGTACACGATTTCGGATAAAATTTTG---CAAAAACTGACCCAGTACCTCAA--TTTTTTCCCAC
969 AATACTCAG
316 AATACTCAG
** * * * * * *
978 -AAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTTTAAGCTTTTAATATCG-TTT
1 AAAAAATATATAATTCAATGC--CAAGAAAA-TTGAAGGGTTTTTCACGC-TTCAATATCGTTTT
* * ** * * * ** **
1041 TCCAATCTTCCA-AATTAATTTTTATTTTAAA-CGAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAA
62 TCCATTTTTTTAGAATTTA-TTTTA-ATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * ** * * * *
1104 TCCTTCAATCCAATGTGGCTAAAATTTGGTTTGATGAATATAAATATTT-GAGGGAGTCTTTGCG
125 TCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAACT-TTTGCG
* * * * * *
1168 TCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGACTGCGTAACGCGTTTTTAGCC--GAAAA-CGCAGATG
189 ACAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAATC-CTGATG
* * * * * *
1230 GTTAGTATACGATTTCAGATAAAATTTTGCAAAAATTTG-CCCGAAAAGTTTTTCATCAA-TTTT
253 GTCAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAA-CTGACCC----AG---TACCTCAATTTTT
1293 TCCCACAATACTCAG
310 TCCCACAATACTCAG
* * * * * * *
1308 ATAAAATATATAACTGAATGCGAA-AAAAATGAATGG-TTTTCACGCTTGTAATATCGTTTTTC
1 AAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTT-CAATATCGTTTTTC
1370 AAGGACTCTT
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 139, Indels: 107
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
321 98 0.12
322 155 0.18
323 139 0.16
324 100 0.12
325 28 0.03
326 20 0.02
327 11 0.01
328 4 0.00
329 2 0.00
330 17 0.02
331 53 0.06
332 55 0.06
333 132 0.16
334 33 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (324 bp):
AAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAATATCGTTTTTCCA
TTTTTTTAGAATTTATTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAACTTTTGCGACAAAAA
TCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAATCCTGATGGTCAGTAC
ACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAGTACCTCAATTTTTTCCCACAATACTCAG
Found at i:1209 original size:323 final size:316
Alignment explanation
Indices: 1--1369 Score: 1185
Period size: 333 Copynumber: 4.2 Consensus size: 316
* * **
1 AAAAAAATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCA
1 AAAAATATATAATTCAATG-CAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCA
** * * *
66 TTTTTTTAGAATTTA-TTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAAATCCT
65 TTTTTCCA-AATTTATTTTTAATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC-AAATCCT
* * * * *
130 TCAATCCAATGTGTCTAAGATTTGGTGCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGCGTCAAA
127 TAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGTCAAA
* *
195 AATCATGCAAAATTGAGTCAGGGCTCCGTAACGCGTTTTT-TGCCAAAAAAATCCTGATGGTTAG
192 AATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTAT-CC-AAAAAATCATGATGGTTAG
* *
259 TATACGATTTCGGATAAAATTTTTCAAAAATTGGCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTTTTCCCAC
255 TATACGATTTCGG---------CT-AAAAATT-GCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTTTT-GCAC
*
324 AATACTCGG
308 AATACTCAG
* * * *
333 AAAAAATAAATAATTGAATGCCAAAAAAGTTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
1 -AAAAATATATAATTCAATG-CAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCC
* * * *
397 ATTTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAAATCT
64 A--TTTTTCCAAATTTATTTTTAATTAAATCGAAACA-GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
462 TTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTCTTTGCGCCAA
126 TTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGTCAA
* * * *
527 AAATCATGCAAAATTGATTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGT--AAAAAA-CTGTGATGGTCA
191 AAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTA-TCCAAAAAATC-ATGATGGTTA
* * ** * * ****
589 GTACACGGTTTCTTCTAAAATTTTG--CTAAAACTGACCCGACCTCAATTTTTTGCTACAATACT
254 GTATACGATTTCGGCTAAAA-ATTGCCCGAAAA--G-TTTTACCTCAATTTTTTGC-ACAATACT
652 CAG
314 CAG
* *
655 AAAAATTATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGC-TTCAAGTATCGTTTTTC
1 AAAAA-TATATAATTCAATG-CAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAA-TATCGTTTTTC
** * * *
719 CATTTTTATAGAATTTA-TTTTAATTAAATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCC
63 CATTTTTCCA-AATTTATTTTTAATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * ** *
783 TTAAATTCAATGTGGCTGACATTTGGTTAC-ATGAATATAGATATTTTAAGGACACTTT-CTGGA
126 TTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTT-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC--GT
* *
846 AAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGC-CCTGAAACGCGTTTTTATCC-AAAAATCATGATGGT
188 CAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCC-GTAACGCGTTTTTATCCAAAAAATCATGATGGT
* **
909 TAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTTGACACAATAC
252 TAGTATACGATTTCGGCTAAAAATTG-CCCGAAAAGTTTTACCTCAA--TTTTTTG-CACAATAC
974 TCAG
313 TCAG
** * * *
978 AAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTTTAAGCTTTTAATATCG-TTTT
1 AAAAATATATAATTCAATGC---AAAAAAA-TTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT
* * * * *
1042 CCAATCTTCCAAATTAATTTTTATTTTAAA-CGAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATC
62 CCATTTTTCCAAATTTATTTTTA-ATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC
* * * * * *
1106 CTTCAATCCAATGTGGCTAAAATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTGAGGGAGTCTTTGCGTCA
125 CTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGTCA
* * * * **
1171 AAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGACTGCGTAACGCGTTTTTAGCCGAAAACGCA-GATGGTTAG
190 AAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTATCCAAAAAATCATGATGGTTAG
* * **
1235 TATACGATTTCAGATAAAATTTTGC-AAAAATTTGCCCGAAAAGTTTTTCATCAATTTTTCCCAC
255 TATACGATTTC-G----------GCTAAAAA-TTGCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTTTTGCAC
1299 AATACTCAG
308 AATACTCAG
* * * *
1308 ATAAAATATATAACTGAATGCGAAAAAAA-TGAATGG-TTTTCACGCTTGTAATATCGTTTTTC
1 A-AAAATATATAATTCAATGC-AAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTC
1370 AAGGACTCTT
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 132, Indels: 116
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
319 5 0.01
320 1 0.00
321 116 0.14
322 145 0.17
323 113 0.13
324 113 0.13
325 27 0.03
326 21 0.02
327 11 0.01
329 7 0.01
330 14 0.02
331 45 0.05
332 27 0.03
333 160 0.19
334 43 0.05
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (316 bp):
AAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCAT
TTTTCCAAATTTATTTTTAATTAAATCGAAACAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
TCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGTCAAAAATC
ATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTATCCAAAAAATCATGATGGTTAGTATACG
ATTTCGGCTAAAAATTGCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTTTTGCACAATACTCAG
Found at i:3071 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1508--3647 Score: 1990
Period size: 330 Copynumber: 6.6 Consensus size: 328
1498 TTTTTGACAT
* * ** * * * * *
1508 AATACTTAGGAAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTAAGCTTTTAATA
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGC-CAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATA
* * * * * *
1573 TCG-TTTTCCA-ATATTCCAAATTAATTTTTATTTTAAA-CGAAACCAGATTAAGATGCTCGTAA
64 TCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTA-ATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTAA
* *
1635 AAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCT-AAATTTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
127 AAACAAATCCTT-AATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * * *
1699 TTTTGCGTC-AAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGACTGCGCAACGCGTTTTTAG-CTGAAAAC-
190 CTTTGCG-CAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTC-AAAAACT
* * * *
1761 GCTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGGCCCGAAATGTTTTACCTCA
253 G-TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTACCTCA
*
1826 ATTTTTTCCCAC
317 ATTTTTTCCTAC
* *
1838 AATACTCAGAAAAAAAAATATAATTGAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATAT
1 AATACTCAG-AAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATAT
* *
1903 CGTTTTTCCATTTTTTATCCAAAATTATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGATGCTTGTAA
65 CGTTTTTCCA-TTTTT-TCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACA-GATTCAGATGCTCGTAA
* * *
1968 AAA-AAATCTTTAAAT-CAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAGGGAGTC
127 AAACAAATCCTT-AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * *
2031 TTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCCGGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTG
191 TTTGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGTG
* * *
2096 ATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCC-AAAATGTTTTTCCTCAATT
256 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-GTTTTACCTCAATT
*
2160 TTTTGCTAC
320 TTTTCCTAC
* * *
2169 AGTACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAAATAT
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATAT
* **
2234 CGTTTTTCCATTTTTGT--AGAATTTATTT-TAATTAAATTC-AAATAAGATTGGGATGCTCGTA
65 CGTTTTTCCATTTTT-TCCA-AATTTATTTCTAATTAAA-TCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTA
* * * * *
2295 AAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGACATTTGGTT-ACATGAATATAAATATTTTAAGGAC
126 AAAACAAATCCTT-AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * *
2359 ACTTT-CTGGAAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTA-TCCAAA
189 TCTTTGC--G--CAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGT-CAAA
* *
2422 AA-TCGTGAAGGTTAGTATACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCG-AAA---TT--
249 AACT-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTAC
** *
2470 -T---TTTTTGAC-AG
313 CTCAATTTTTTCCTAC
** * * * * * *
2481 AATACTCAGAAAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAATTGAAGGTTTTTTAAGCTTTTAATATC
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * * * *
2546 G-TTTTCCA-ATTTTCCGAATTAATTTCTATTTTAAA-CGAAACCAGATTAAGATGCTTGTAAAA
66 GTTTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTA-ATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* * *
2608 ACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTCTT
129 ACAAATCCTT-AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * * *
2673 TGCGTAAAAAATCAT-CAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-GCAG
193 TGCGCAAAAAATCATGC-AAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTG-TG
* * * *
2736 ATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACAAAAATTGGCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTT
256 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTACCTCAATTT
*
2801 TTTCCAAC
321 TTTCCTAC
* * *
2809 AATACTCAGAAAATATATATAATTGAATGCCAAAAAACTTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATC
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATC
2874 GTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGATGCTCGTAAAA
66 GTTTTTCCA-TTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACA-GATTCAGATGCTCGTAAAA
* * * * *
2939 A-AAATCTTATAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAAAGAATATTGATATTTCAGGGAGTCTT
129 ACAAATCCT-TAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* *
3003 TGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGTGAT
193 TGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGTGAT
* * * *
3068 GGTTAGTACAC-AGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCCGAAATGTTTTTCCTC-AGTTT
258 GGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTT
*
3131 TTGCTAC
322 TTCCTAC
* * * *
3138 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATTCCAAGAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCAAATAT
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG-GTTTTCACGCTTCTAATAT
* * * * *
3203 CGTTTTCCCATTTTTT--AGAATTTATTT-TAATTAAATTGAAATAAAATTCGGATGCTCGTAAA
65 CGTTTTTCCATTTTTTCCA-AATTTATTTCTAATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * **
3265 AACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCTGACATTTGGTT-ACATGAATATAAATATTTTAAGGACAC
128 AACAAATCCTT-AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * *
3328 TTT-CTGGAAAAAATCATGTAAAATTAAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTA-TCCAAAAA-TC
191 TTTGC-GCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGT-CAAAAACT-
* * ** **
3390 GTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA-ATTG-----A---A-CCGAAATTTTTTTTCTCAA
253 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTACCTCAA
*
3445 TTTTTTTGAC-AC
318 -TTTTTT-CCTAC
* ** * * * * * *
3457 AATACT-AAAAAAAAGTATATAACACAACGCAAAAAAAAATTAAAGGGTTTTTTTAAGCTTTTAA
1 AATACTCAGAAAAAA-TATATAATTCAATGC-CAAAAAAATTGAAGGG--TTTTCACGCTTCTAA
* * * * *
3521 TATCG-TTTTCCA-ATTTTCCAAATTAATTTCTATTTTAAA-CGAAACCAGATTAAGATGCTTGT
62 TATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTA-ATTAAATCGAAA-CAGATTCAGATGCTCGT
* * *
3583 AAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAGGGAG
125 AAAAACAAATCCTT-AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAG
3648 CCAAAATCAT
Statistics
Matches: 1495, Mismatches: 225, Indels: 188
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
306 2 0.00
307 65 0.04
308 1 0.00
309 13 0.01
310 84 0.06
311 22 0.01
312 40 0.03
313 6 0.00
315 1 0.00
316 1 0.00
317 26 0.02
318 12 0.01
319 30 0.02
320 27 0.02
321 62 0.04
322 36 0.02
323 14 0.01
324 1 0.00
325 1 0.00
326 7 0.00
327 146 0.10
328 112 0.07
329 104 0.07
330 307 0.21
331 247 0.17
332 25 0.02
333 103 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATC
GTTTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
AAATCCTTAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC
GCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGT
TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTACCTCAATTTTTTCC
TAC
Found at i:3656 original size:970 final size:974
Alignment explanation
Indices: 1365--3709 Score: 3795
Period size: 970 Copynumber: 2.4 Consensus size: 974
1355 GTAATATCGT
* * *
1365 TTTTCAAGGACTCTTTCTGGAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGAAACGCGTTTTTA
1 TTTT-AAGGACACTTTCTGGAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTA
* *
1430 TCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGAGTTT-TGCTAGAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTC
65 TCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-TTTTTTTTCTC
* *
1494 AATTTTTTTGACATAATACTTAGGAAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAATTGAAGGGTTTT
128 AATTTTTTTGACACAATAC-TAGAAAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAATTGAAGGGTTTT
* *
1559 TTAAGCTTTTAATATCGTTTTCCAATATTCCAAATTAATTTTTATTTTAAACGAAACCAGATTAA
192 TTAAGCTTTTAATATCGTTTTCCAATTTTCCAAATTAATTTCTATTTTAAACGAAACCAGATTAA
*
1624 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAA-ATTTTGGTTCGATGAATATAGATA
257 GATGCTTGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGA-TTTGGTTCGATGAATATAGATA
* * *
1688 TTTCAAGGAGTTTTTGCGTCAAAAATCATGC-AAAATTGAGTCGGGACTGCGCAACGCGTTTTTA
321 TTTC-AGG-G----AGC-TCAAAAATCAT-CAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTA
** * * *
1752 GCTGAAAACGCTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGGCCCGAAATGT
378 GCCAAAAACGCAGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACAAAAATTGGCCCGAAAAGT
*
1817 TTTACCTCAATTTTTTCCCACAATACTCAGAAAAAAAAATATAATTGAATGCCAAAAAAATTGAA
443 TTTACCTCAATTTTTTCCAACAATACTCAGAAAAAAAAATATAATTGAATGCCAAAAAAATTGAA
1882 GGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTATCCAAAATTATTTCTAATTAAATCGAA
508 GGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTATCCAAAATTATTTCTAATTAAATCGAA
* *
1947 ACAGGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAATCTTTAAATCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAATGAAT
573 ACAGGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCTTTAAATCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAAAGAAT
2012 ATAGATATTTCAGGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCCGGAACGCA
638 ATAGATATTTCAGGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCCGGAACGCA
*
2077 TTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCCA
703 TTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCCA
* *
2142 AAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAGTACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAA
768 AAATGTTTTTCCTCAAGTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAA
* *
2207 TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTGTAGAATTTATTTTAATTAAATT
833 TTGAAGGATTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTCCCATTTTTGTAGAATTTATTTTAATTAAATT
* *
2272 CAAATAAGATTGGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGACATTTGGTTACA
898 CAAATAAAATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGACATTTGGTTACA
2337 TGAATATAAATA
963 TGAATATAAATA
2349 TTTTAAGGACACTTTCTGGAAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
1 TTTTAAGGACACTTTCTGG---AAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
*
2414 TATCCAAAAATCGTGAAGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA---------T-
63 TATCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTC
*
2469 --TTTTTTTGACAGAATACTCAGAAAAAATATATAACACAACGC-AAAAAAAATTGAA-GGTTTT
128 AATTTTTTTGACACAATACT-AGAAAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAATTGAAGGGTTTT
*
2530 TTAAGCTTTTAATATCGTTTTCCAATTTTCCGAATTAATTTCTATTTTAAACGAAACCAGATTAA
192 TTAAGCTTTTAATATCGTTTTCCAATTTTCCAAATTAATTTCTATTTTAAACGAAACCAGATTAA
2595 GATGCTTGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATAT
257 GATGCTTGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATAT
2660 TTCAGGGAGTCTTTGCGTAAAAAATCATCAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTAGC
322 TTCAGGGAG-C--T-C---AAAAATCATCAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTAGC
2725 CAAAAACGCAGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACAAAAATTGGCCCGAAAAGTTT
380 CAAAAACGCAGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACAAAAATTGGCCCGAAAAGTTT
* * *
2790 TACCTCAATTTTTTCCAACAATACTCAG-AAAATATATATAATTGAATGCCAAAAAACTTGAAGG
445 TACCTCAATTTTTTCCAACAATACTCAGAAAAAAAAATATAATTGAATGCCAAAAAAATTGAAGG
*
2854 GTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-TCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAAC
510 GTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTATCCAAAATTATTTCTAATTAAATCGAAAC
2918 AGGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATC-TTATAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAAAGAAT
575 AGGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCTTTA-AAT-CAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAAAGAAT
* * *
2982 ATTGATATTTCAGGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCG
638 ATAGATATTTCAGGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCCGGAACGCA
*
3047 TTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCCG
703 TTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCCA
*
3112 AAATGTTTTTCCTC-AGTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATTCCAAGAAAA
768 AAATGTTTTTCCTCAAGTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAA
3176 TTGAAGGATTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTCCCATTTTT-TAGAATTTATTTTAATTAAATT
833 TTGAAGGATTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTCCCATTTTTGTAGAATTTATTTTAATTAAATT
* *
3240 GAAATAAAATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCTGACATTTGGTTACA
898 CAAATAAAATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGACATTTGGTTACA
3304 TGAATATAAATA
963 TGAATATAAATA
* * *
3316 TTTTAAGGACACTTTCTGGAAAAAATCATGTAAAATTAAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAT
1 TTTTAAGGACACTTTCTGGAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAT
* *
3381 CCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAATTGAACCGAAATTTTTTTTCTCAAT
66 CCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAAT
* *
3446 TTTTTTGACACAATACTAAAAAAAAGTATATAACACAACGCAAAAAAAAATTAAAGGGTTTTTTT
131 TTTTTTGACACAATACTAGAAAAAA-TATATAACACAACGCAAAAAAAAATTGAAGGG-TTTTTT
3511 AAGCTTTTAATATCGTTTTCCAATTTTCCAAATTAATTTCTATTTTAAACGAAACCAGATTAAGA
194 AAGCTTTTAATATCGTTTTCCAATTTTCCAAATTAATTTCTATTTTAAACGAAACCAGATTAAGA
3576 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTT
259 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTT
* *
3641 CAGGGAGC-C-AAAATCATAAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACA
324 CAGGGAGCTCAAAAATCATCAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACG
3704 CAGATG
388 CAGATG
Statistics
Matches: 1275, Mismatches: 54, Indels: 77
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
964 91 0.07
965 1 0.00
966 1 0.00
967 49 0.04
968 69 0.05
969 145 0.11
970 284 0.22
971 274 0.21
972 15 0.01
973 39 0.03
974 1 0.00
975 7 0.01
976 33 0.03
977 12 0.01
978 3 0.00
979 142 0.11
983 14 0.01
984 4 0.00
985 3 0.00
986 88 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (974 bp):
TTTTAAGGACACTTTCTGGAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAT
CCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAAT
TTTTTTGACACAATACTAGAAAAAATATATAACACAACGCAAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTAA
GCTTTTAATATCGTTTTCCAATTTTCCAAATTAATTTCTATTTTAAACGAAACCAGATTAAGATG
CTTGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCA
GGGAGCTCAAAAATCATCAAAAATTGAGTCGGGACTCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGCAG
ATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACAAAAATTGGCCCGAAAAGTTTTACCTCAATTT
TTTCCAACAATACTCAGAAAAAAAAATATAATTGAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCT
TCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTATCCAAAATTATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGAT
GCTCGTAAAAAAAATCTTTAAATCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCAAAGAATATAGATATTTCAG
GGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCCGGAACGCATTTTTAGTCAAAA
ACTGTGATGGTTAGTACACAGTTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAACTGACCCAAAATGTTTTTCCT
CAAGTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAAAATTGAAGGATTTTT
CACGCTTCAAATATCGTTTTCCCATTTTTGTAGAATTTATTTTAATTAAATTCAAATAAAATTCG
GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGACATTTGGTTACATGAATATAAATA
Done.